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不过，老百姓悦了忠于宇文氏的贵族就不悦了，相州总管尉迟迥率先起兵，很快反响强烈，其中包括杨忠的结义兄弟、周静帝岳父郧州总管司马消难。尉迟迥以儿子作人质，请南朝陈助兵，杨坚遣上柱国、陨国公韦孝宽率兵讨平，将尉迟迥传首阙下，司马消难逃往陈朝。毕王、雍州牧宇文贤联络京城五王，准备做掉杨坚，还没动手就被发现了。这种情况无需出兵，直接把毕王抓起来杀掉就行。但接下来对赵、陈等五王的处理体现出杨坚成熟的政治手腕，他没有简单粗暴地诛杀五王，反而给予他们剑履上殿，入朝不趋（上朝时可佩剑穿鞋，而且不用小步快跑）的特权，让他们安心。这五王逃出生天还受到此等优待，斯德哥尔摩综合症大爆发，对杨坚感激涕零，早忘了当初是为什么要反他。现在所有对杨坚还略有不满的人都已抚平，重要的是杨坚废除部族制，令所有赐鲜卑姓氏的汉人还汉姓，君臣穿汉服上朝。北周虽然有一些翻来覆去的汉化运动，但终究是鲜卑政权，杨坚本人是汉族，又力推汉化，得到汉族官民（重点是关陇汉族门阀）的热烈拥戴，威望日隆，篡位已成定局。
陈宣帝太建十三年（周静帝大定元年，581），周静帝禅位于随王杨坚，即为隋文帝。按理新王朝应该叫随朝，但杨坚认为“随”字有个“辶”不吉利，新朝遂称“隋”，改元开皇。
很多人认为隋文帝是所有开国皇帝中最轻松的一位，清人赵翼甚至说：“古来得天下之易，未有如隋文帝者，以妇翁之亲，安坐而登帝位。”其实未必中肯，隋文帝确实没有遵循大多数开国皇帝马上打江山的惯例，但并不能说就很轻松。隋文帝祖上几代为将，在南北朝这个血腥乱世中打拼得相当艰苦，经过数代积累，才将一个公爵传给杨坚。杨坚袭爵后经受了各方猜忌、打压。他坚持走低调路线，表面上波澜不惊，实则暗藏汹涌，很多时候甚至需要忍辱偷生，战战兢兢、如履薄冰地走过多年，才等到合适的时机上位。这不是明刀明枪的战争，但其实更加凶险！战场上的战争有时可以毕其功于一役，而杨坚的这场战争却历时数十年，容不得他犯下哪怕一次错误。
当然，杨氏能走到最后也有很多幸运因素，比如杨忠攀上独孤信、周武帝英年早逝、周宣帝下不了决心和他翻脸等，不过最重要的还是宇文氏自相残杀太烈，削弱了宗室，而且杨坚作为汉人，得到了广大汉族官民的支持，才能重建汉族王朝。
不过仅仅重建隋朝还不够，现在还有两个重大任务必须去做好：
第一，重新完成中华帝国的统一，将太平盛世还给饱受乱世摧残的各族人民。
第二，构建一套适时的行政组织结构和公共管理体系，突破中华文明发展至汉晋的瓶颈，引领人类走向新的文明阶段。
杨先生，整个中华民族都在翘首以待。
三省六部科举制
隋文帝的两大任务其实一个是目的，一个是手段，改革组织结构是实现太平盛世这个目的的一个手段。但“工欲善其事，必先利其器”，历史推进至隋朝，必须有一次大刀阔斧的改革才能突破瓶颈，走向新的文明阶段。
秦朝的三公九卿制和郡县制是中华帝国进入中国特色封建社会后的第一套成熟的组织结构体系，历经秦、汉、魏、晋近六百年历史，有力地推动了中国社会走过了这一文明阶段。但也暴露出很多问题，其中核心问题有三：
第一，宰相权限太大，容易专权。三公九卿中，三公（丞相、太尉、御史大夫）形成国家领导层，九卿（奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典容、宗正、治粟内史、少府）形成部门领导层，再加上皇帝本人，形成1：3：9的架构，在李斯看来很合理。但丞相（大司徒）和太尉（大司马、大将军）一个全权掌控政府，一个全权掌控军队，很容易形成专权。历代权臣都利用这两个职位掌权，可见职位设置本身就不合理。
第二，地方长官容易形成事实独立。中国特色封建社会不再分封拥有主权的封建领主，但行政上仍需条块分割，委政于吏。秦分郡县两级，事实证明层级太少，不利于有效管理。汉朝在郡县之上增设州一级，将全国分为十三个州。这更符合人口和国土规模的实际，沿用很长时间。但州刺史权限太大，很容易形成割据，最后中央成了空壳。晋朝汲取教训，但恢复分封的办法却是南辕北辙。如何把握地方长官权限设置，是历史上的一个重大课题。
第三，公民不分阶级，但门阀依然强大。汉式帝国废除分封，理论上除皇帝一人外，不应有所谓贵族存在。但事实上直到隋朝贵族还没有完全消失，只是在逐渐式微。而南北朝大量游牧部族把他们的贵族阶级思想带入中原，更是严重倒退。隋文帝本人也是袭爵而来的世家，他的朝廷中有不少鲜卑贵族，他的统治基础更来自于汉族关陇门阀的支持。大秦帝国横扫六合，所向无敌，却因六国贵族的反噬，二世而亡，隋朝又该如何处理魏晋南北朝以来形成的这些门阀世族？
其实这三个问题前人很早就认识到了，但隋文帝作出了开创性的贡献，所以被视为人类文明史上的一个里程碑。
第一是中央官制问题。汉朝坚持三公九卿，但从三国起，新建国家都试图有所创新，比如魏文帝设中书省、蜀后主以尚书令取代丞相等。北朝的官制很可爱，他们从游牧部族突然变成正式国家，急需照抄一套官制，大多抄自《周礼》《周官》。因为照抄，所以很多国家的元首不是皇帝，而是天王（周天子的爵位），国家领导层是周代六官中的大冢宰、大司徒等，并间有丞相、太尉、尚书令、大将军等职。隋朝当然不会用这套官制，也不会回到秦汉官制。隋文帝篡位前在北周恢复丞相职务，但很显然他也不会让这个王莽、董卓、曹操、司马炎还有他自己依次当过的职务继续存在下去了。
其实历代君主都为废除丞相这个篡权专用职位做出了很多努力，但都不太成功，直到隋文帝推出三省六部制，丞相这个伴随了中华帝国汉晋阶段的经典职务才正式退出历史舞台。
隋文帝在隋初名臣高颎、李德林的协助下，设计了一套全新的官制。新制并不直接废除前代的三公、三师职衔，而是将它们保留为正一品虚衔，实际行政则移交至新设立的三省六部。三省严格地说是六省，即尚书省、门下省、内史省、秘书省、殿中省、内侍省。其中秘书省主管典章图籍，殿中省主管皇帝个人饮食起居，内侍省则是宦官家政服务中心，都不是行政权力中枢，渐渐人们便习惯了只称三省。
内史省就是以前的中书省，后来唐朝又改回中书省名称，相当于皇帝本人的办公厅，负责草拟诏书，长官为内史令（中书令），副官为内史侍郎（中书侍郎）。门下省曾称禁中省，负责审核中书省发出的草诏，如果审核通过则发给尚书省执行，不通过则封还给中书省。长官旧称侍中，隋称纳言，唐后又改回侍中，副官为门下侍郎。尚书省则是具体的执行机构，长官为尚书令，副官为尚书左仆射和右仆射。由于尚书省掌有实权，事务较多，所以分设六个部门：吏部、礼部、兵部、度支、都官、工部。度支后改称民部、户部，都官后改称刑部。六部的长官为尚书，副官为侍郎，隋初每部内设四个司，共二十四司。
这套官制似乎可以找到前代官制的影子，比如三省似乎对应三公，六部似乎对应周代六官或六曹。表面上看，吏部尚书主管官吏任免，相当于周官中的天官大冢宰；度支（户部）尚书主管财政户籍，相当于地官大司徒；礼部尚书主管礼仪科教，相当于春官大宗伯；兵部尚书主管兵马军仗，相当于夏官大司马；都官（刑部）尚书主管审讼刑狱，相当于秋官大司寇；工部尚书主管基建工程，相当于冬官大司空（《周官》中司空一篇已散佚，但据判断应是此职能）。但周代六官是国家最高领导，大冢宰本身就是首相，同时又直接掌管人事。而六部尚书只是政府的中层部门领导，上面还有一层领导限制他们的权力，但这一层最高领导本身又不直接掌管部门，这就形成了一种制衡。
那隋唐官制中的最高领导层呢？按理说就应该是尚书令、中书令和侍中三职，似乎又和汉晋的三公一样了，但三公分管行政、军事和人事，在各自领域拥有很完整的权限，而三省并无特定权力领域，只各自掌管行政程序中的某个环节，这显然是有本质区别的两种行政权限划分方式，是公共管理科学的一个飞跃。至于六部和周代六官的职能相似，我想一个国家主要就是吏、民、礼、兵、刑、工六事，所以六部难逃六官的格式，甚至现代我们也可以找到组织部、发改委、宣传部、国防部、政法委和规划委来对应这六方面的工作，但很显然本质又早已飞跃。
三省六部的划分方式部门分工更明确，既提高了行政效率，又降低了权臣专权的概率，是科层制管理体系的一次伟大创举。旧制整个政府由丞相一个人说了算，军队由太尉一个人说了算，皇帝很容易被架空。而三省六部制划分了行政决定的环节，规范了权限衔接，使程序中每个环节的权限都缩小，自然每个人专权的概率就降低了。相对而言，尚书省实权最大，总揽六部基本上也就总揽了朝政实务，尚书令很接近丞相。对此，隋文帝规定尚书令不实授，左右仆射共同主持尚书省实际工作。后来，中书令、侍中也都成为虚衔，中书侍郎、门下侍郎主持两省实际工作。核心权力部门长官名不副实，相对分散了权威，从此形成了重要职务不设正职，而由左右副职共同主持工作的惯例。当然，久而久之，左副职自然就成为一把手，比如到宋朝已经公开将尚书左仆射称为首相，但这种名不副实的一把手终归比名正言顺的丞相弱势一些。
当然，宰相不容易专权了，皇帝本人也不容易了，新制皇帝的权限也受到了极大限制。隋文帝时形成了报批制和常务委员会制的雏形，这种模式比三省六部的外在形式影响更为深远，真正传承至今。
以往只要三公九卿忠于皇帝本人，皇帝可以通过他们比较自由地接受报告和下达命令，而从隋文帝起报批制渐成主流。三省六部制要求行政事务均由六部出台初步方案，依次上报给尚书省、门下省、中书省和皇帝。现在递送奏章的就不是个人，而是部门，报送的意见代表了一个部门的正式决议，权威性大大提高，就算是上级也不太好意思否决。而且在这种机制下上级一般只能被动接受报上来的方案，批示权仅在同意和不同意之间。比如皇帝或宰相想要任命某人为某职，这必须由吏部报上这样的任免方案，再由宰相报给皇帝批示同意，如果吏部不这样报，或者宰相不予转报，那就无法正式任命。
常务委员会制度的雏形也在隋文帝时发轫，由于三省六部制要求以部门而非个人名义上报和批复文件，便形成了部门常委会议决的形式。各部门的常务委员会一般由本部门的主要领导组成，比如六部由本部尚书、侍郎、郎中组成；尚书省由左右仆射和六部尚书组成，俗称八座。国家最高领导层则由三省长官作为宰相，加上副官一般有七八个人，一起在门下省的政事堂议事，组成最高一级常务委员会。常委会上每位常委都可以发表自己的意见，但最终必须形成统一意见上报或下发，这种极具中国特色的行政决定机制从此也成为中国公共管理者最常规的一种思维方式。这种以部门而不是以个人名义形成的集体决议权威极高，包括皇帝也难以对抗，极大地降低了个人（权臣）专权的概率。据传，上帝曾说：“要有光！”政事堂经研究决定“不批准”，于是就有了黑夜。
隋文帝草创了报批制和常务委员会制，但还算不上完善，在此后还会继续发展完善，不过这种行政决定的思维方式从此便深刻地融入了中国的公共管理科学之中。
为避免独裁专制和草率错误，隋文帝还设置了新的监督机制。门下省本身就带有一定的监察作用，方式也极具中国特色。门下省居于皇帝—中书省—门下省—尚书省—部门这个行政审批链条的中间，如果认为下游上报的奏章不对，可以驳回，那如果认为上峰下发的草诏不对呢？当然也是驳回，还有个专门术语叫封还。一道合法的诏书不但要由皇帝发出，还必须由中书门下副署才有效，各部门才能依法执行，所以门下省堪称掌握了行政审批的咽喉。门下省内设四名中层干部称给事中，可以无条件封还圣旨，到明朝发展为六科给事中，派驻到六部实施更深入的行政监察，这个品级并不太高的官职日后会经常在历史舞台上扮演明星角色。隋文帝设门下省本意是限制各部门权力，但客观上也限制了皇权。中国皇帝宁愿自己牺牲一部分权力，以形成和士大夫之间的相对均势，这是通过让渡部分皇权来增强皇位稳固的一种权谋，但客观上也促进了行政体制的规范发展。
除门下省外，中国的行政体系一直有一个相对独立的监察机构——御史台。汉晋的御史台主管察举人才，兼有监察职能，实际相当于现代的组织部。三省六部制察举人才的职能转移到了尚书吏部，御史台开始成为一个纯粹的监察机构。隋唐御史台的分量还不算特别重，后来宋明御史系统的作用在某种意义上将不亚于宰相甚至皇帝本人。
除了行政运行机制面目一新，这套官制还有一个隐藏的政治意义——军队公有化。以前太尉是可以和丞相分庭抗礼的重臣，现在兵权归于兵部，兵部尚书只是一个部门领导而非国家领导。军队的具体指挥仍�