最大的军舰，四层甲板的巨型战列舰“三叉戟”号上，于是指挥“胜利”号向“三叉戟”号发动猛攻。
正当“胜利”号向“三叉戟”号发炮猛轰之际，“胜利”号的一名观测兵发现在“三叉戟”号后方有一艘不起眼的两层火炮甲板中型战列舰，此舰是法舰“布森陶尔”号，上面挂着总司令维尔纳夫的旗帜，维尔纳夫的旗舰被发现了。“胜利”号冒着敌人的炮火，钻到了“布森陶尔”号的身后，用其船头上的68磅短炮和侧舷的火炮，对准“布森陶尔”号的舷窗一顿猛射，由于“胜利”号逼得太近，炮火太猛，“布森陶尔”号被打得千疮百孔，人员死伤惨重。
此时，英国战列舰“海王星”号和“征服者”号也赶来围攻法国旗舰“布森陶尔”号，“胜利”号把这艘中型舰交给他们，自己转而进攻法国的大舰“敬畏”号。“胜利”号和“敬畏”号立即纠缠在一起，“胜利”号和“敬畏”号两艘战列舰互相逼近，双方投钩手立刻就把对方的战舰勾住了。英国水兵和法国水兵都准备跳上敌舰甲板，进行古老而残酷的接舷战。法舰“敬畏”号舰长、法国海军上校卢卡斯指挥法国水兵冲上“胜利”号的甲板，立即遭到英军水兵用步枪猛烈扫射，英军火力太猛，法军纷纷倒在英军枪口之下，死伤惨重。战斗持续了一小时。纳尔逊和“胜利”号舰长、皇家海军上校哈迪亲临甲板指挥战斗，就在法军的冲锋即将被英军击退之时，法舰“敬畏”号上的一个狙击手打来一枪，正中纳尔逊的胸膛，纳尔逊应声倒地，水兵们急忙将他抬到后舱抢救，纳尔逊一直平静地躺在那里等到战斗结束。
正当“胜利”号与“敬畏”号交战时，英国战列舰“提米莱尔”号和“海王星”号向法国最大的战列舰“三叉戟”号发起围攻，激战一个半小时后，“三叉戟”号死伤惨重，这艘四层甲板巨型战列再也支持不住，不得不降旗投降。英国人登上这艘大舰去收容俘虏，发现，“其死伤人数在三四百之间，到处都是血肉，后甲板上堆满伤兵，有的没有脚，有的没有手。”
法舰一艘接艘地投降，而英舰还在源源不断赶来助战，此后，英国战列舰“不列颠”号，“巨人”号和“征服者”号，先后加入战阵，围攻法国旗舰“布森陶尔”号，下午2时5分，维尔纳夫终于坚持不住，下令“布森陶尔”号降旗投降，维尔纳夫被俘。据英国人记载，法国旗舰上“到处都是死尸，景象非常之凄惨。死伤总数在四百人以上，多数尸体没有脑袋。”
英舰虽然数量比法舰少一些，但是，仅就火力来说，英舰以两面炮火攻击敌舰，已经相当于火力增加了一倍，再加上皇家海军技艺精湛，所以，皇家海军战斗力超过法舰数倍。因而，此战只是一部分英舰投入战斗，就已经击败了法国舰队，在“胜利”号开始作战40分钟后，英国战列舰“阿贾克斯”号才开始作战，而后战列舰“阿伽门农”号，“非洲”号、“奥利安”号，也都相继赶到参战，而当维尔纳夫降旗投降时，纳尔逊支队中的最后两艘战列舰，“米罗陶尔”号和“斯巴尔特”号都还不曾参加战斗。
特拉法尔加海战的最后阶段是法西联合舰队将领杜马罗尔的反攻，不过这只是法军的垂死挣扎而已。杜马罗尔的分舰队一直处于联合舰队的前卫，战斗打响时，维尔纳夫命令“各自为战”。但杜马罗尔缺乏主动攻击精神，一直在舰队的前卫位置徘徊，等待具体指示。而此时，舰队司令维尔纳夫正被纳尔逊打得焦头烂额，自顾不暇，那里有功夫管他？此时，杜马罗尔仍然没有主动参战的意思，还在等待命令。直到下午2时，维尔纳夫支持不住了，这才想起杜马罗尔，急忙发令，令他调转头来支援自己，但是，此时不巧风恰好停了，杜马罗尔舰队的调头转向十分困难。等到他好不容易转过头来，法军主力维尔纳夫已经投降了。最后时刻，杜马罗尔把10艘军舰编成两队投入反击。当时，联合舰队败局已定，但不管形势的恶化，杜马罗尔还是最后打了一下，总算是有所交代吧。经过一番炮战，法国战列舰“圣奥古斯丁”号、“拉约”号、“英提皮德”号、西班牙战列舰“海王星”号（作战双方各有一艘“海王星”号）纷纷向英国舰队投降。杜马罗尔则乘旗舰“恐怖”号连同“蝎子”号、“布朗山”号、“杜高陶因”号、“英雄”号等战列舰逃走。
10月21日下午4时30分，震天的炮声终于停止了，战场上空仍然硝烟弥漫，久久不散，鲜血染红了海面，有的军舰还在燃烧。整个会战历时近五个小时，法军死3373人，伤1155人，西班牙军死1022人，伤1383人，总计联合舰队两万余官兵，毙、伤、俘加在一起，损失了一万四千人，其中七千人被俘；而英军人员损失则小得多，死449人，伤1214人，死伤仅一千六百余人。军舰方面，法国和西班牙联合舰队的33艘战列舰中，有12艘被俘，7艘被摧毁，只有14艘逃脱，而在逃脱的14艘中，1艘起火燃烧，9艘逃往加的斯，4艘逃向直布罗陀。而当夜晚间，风暴大作，连续四天，多数负伤的法西军舰都沉没了，包括被俘的法西军舰。而在整个会战中和风暴之中，英国舰队则无一船损失。
身负重伤的纳尔逊得知海战已胜利的消息后说：“我感到满意。”他亲吻了哈迪舰长：“感谢上帝，我总算尽了我的职责。”然后与世长辞，时年47岁。
10月27日，柯林伍德派拉皮罗提尔中尉回国报捷。11月4日，拉皮罗提尔在法尔茅斯上岸后，火速前往伦敦。他一路调换了19次马，于11月6日清晨1时赶到海军部。拉皮罗提尔见到英国海军部长的第一句话是：“报告！我们获得了伟大的胜利，但是，我们失去了纳尔逊子爵！”
特拉法尔加海战是帆船海战史上著名的以少胜多的一场歼灭战，也是19世纪规模最大的一次海战，特拉法加海战也是装备实心炮弹的木制帆船之间最大的一次海战。纳尔逊在这场海战中敢于突破陈旧的战斗序列理论，运用灵活机动的战术，以大无畏的英雄气概，彻底歼灭了法西联合舰队。纳尔逊非凡的胆略和高超的指挥艺术，使他成为一代名将而名垂史册。英吉利民族为他深感自豪，就连他的敌人拿破仑对他也是推崇备至，当听到纳尔逊的死讯后，拿破仑当即命令在每艘法国的军舰上，都挂上纳尔逊的画像，一是为纪念他，同时也是以他作为法军学习的榜样。英国军事理论家富勒在《西洋世界军事史》中评价说：“无论从那一方面来说，特拉法尔加海战都是一个值得记忆的会战，它对于历史具有广泛的影响。它把拿破仑征服英国的梦想完全击碎了。一百年来的英法海上争霸战从此告一结束。此战使英国获得了一个海洋帝国，这个帝国维持达一个世纪以上。
2005年6月28日，来自六个国家的一百六十余艘舰船，聚集在英格兰南部朴次茅斯港附近的索伦特海峡，参加特拉法尔加海战200周年纪念活动。庆典十分隆重，这是一次盛大的聚会，来自欧盟、美国、俄国、日本、埃及，印度的军舰，列队依次向英国女王致以最高的敬意，伊丽莎白二世女王的脸上光彩照人，似乎又看到了昔日大英帝国的无限荣耀。自特拉法尔加海战以后，海洋在人类生活中的地位越发重要。历史证明，近代以来，海洋决定了国家和民族的兴起与衰落，所以纪念特拉法尔加海战二百周年成为世界各重要国家参加的重大纪念活动。
拿破仑在海上是彻底失败了，但是，在大陆，他却是无敌的。英国在海上大获全胜，反法同盟中的俄国和奥地利的军队也不甘示弱，在大陆上展开广泛的战斗活动。为了解除后顾之忧，拿破仑不得不放弃渡海征英的计划，撤掉了布伦大营，回师东征，去迎击俄国和奥地利的军队。拿破仑的军队在陆上是很有威力的，他首先击溃了奥军，10月间迫使奥军在乌尔姆要塞投降。在库图佐夫指挥下的俄国军队，不得不赶快撤退到多瑙河彼岸。
1805年11月13日，拿破仑率军进入了维也纳，12月2日，也就是拿破仑加冕一周年，在摩拉维亚的奥斯特里茨村附近，爆发了著名的奥斯特里茨战役，也称“三皇之战”，在拿破仑的杰出指挥面前，俄奥联军不是对手，遭到彻底失败。至此，第三次反法同盟实际解体了。英国首相小皮特闻讯后，收起欧洲地图，叹道：“今后十年，用不着它了。”竟忧愤而致重病，不久就撒手人寰，年47岁。第三次反法同盟被粉碎。七十年代末，我国曾上演过一部法国历史巨片，《拿破仑在奥斯特里茨》，片中，小皮特和纳尔逊都出场了，影片中，当英国人担心拿破仑的入侵时，一只眼失明戴着眼罩的精明强干的纳尔逊敏捷地说道：“有我在，他休想！”给人以深刻印象。小皮特与老皮特一样，是非常有才能的政治家，他开创了近代英国保守主义的政治传统。
1806年1月，小皮特去世，此时，拿破仑正在欧洲大陆上所向披靡耀武扬威，为了全力抵抗拿破仑，而两党又无人能比得上小皮特的才能，英国不得不组成了两党联合执政的联合政府，由辉格党为主，由格伦维尔为内阁首脑，福克斯为外相。这届政府的最大成就不是抵抗拿破仑，而是废除了奴隶贸易，自1808年1月1日起，英国禁止奴隶贸易，命令英国海军拦截各国的奴隶贸易船，必要时不惜动用武力。
新任外交大臣福克斯，一向以反对小皮特的强硬政策而著称，他一上任，立即派代表到巴黎与拿破仑进行和谈，拿破仑同意英国的求和，转而全力在大陆上对德国作战，这次遭殃的是普鲁士。为了巩固对德意志西部和一部分中部地区的统治，拿破仑建立了西德同盟（“莱茵同盟”），参加同盟的包括德意志西部和中部的一些小邦国。1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，同时还“选举”拿破仑为保护这个西德同盟的大保护人，西德同盟成为法兰西帝国的附属国，存在了大约一千年的德意志罗马帝国就这样灭亡了。哈布斯堡君主不得不接受拿破仑的建议，放弃德意志罗马帝国皇帝的称号，只做了奥地利的皇帝。
与此同时，拿破仑积极准备发动新的战争。1806年9月13日，英国唯一竭力主张同法国议和的外交大臣福克斯去世，政权重又回到托利党手里，这是小皮特上台之后的半个世纪中辉格党唯一的一次短暂的执政机会，辉格党本来已与拿破仑讲和，英国已接受拿破仑在大陆的统治，但是，托利党的上台，又推翻了与法国的协议。托利党此次执政，一直持续到1830年。而托利党的历任内阁首脑，都是小皮特的追随者。
拿破仑先没有理睬英国，他在做好充分准备之后，于1806年10月8日下令将军队开进萨克森，继而攻入普鲁士。法军长驱直入，于10月27日进入柏林。11月8日，普鲁士的最后一个重要据点投降。普鲁士被法国彻底征服，被迫割让了一半领土，而且面临亡国的危机。此后，对于出尔反尔的英国，拿破仑决心给英国人点厉害瞧瞧，拿破仑于11月21日在柏林发布了“大陆封锁令”，宣布对不列颠群岛实行封锁，禁止一切与不列颠群岛的贸易和联系。后来连邮政和其他方面与英国的联系都一律禁止。同时拿破仑还下令，逮捕大陆上的所有英国人，并没收他们的商品和财产。
拿破仑的“大陆封锁令”，其目的在于在经济上使英国陷于完全瘫痪状态，最后导致英国经济破产而不得不向法国屈服。但是，英国是当时世界的海上霸主，拥有世界上最大的舰队，拿破仑尽管是欧洲大陆的霸主，不过，只要拿破仑一天不掌握制海权，他就不可能完全封锁英国。而且，拿破仑没有充分估计到英国社会经济结构的活力。他错误地认为，英国的经济主要是建立在信贷和出口之上的，只要断绝了它的海外贸易，这种经济结构就将瓦解，并将引起破产、失业，甚至革命，最终将导致英国屈膝投降。实际上，拿破仑战争期间战事主要在欧洲大陆进行，英国并未受到严重破坏，特别是工商业活动和英国人的生活并未受到很大影响。
针对法国的“大陆封锁令”，英国于1807年1月发布了一些“内阁法令”，对法国及其盟国的所有港口实行反封锁。英国人说，“敌人宣称要断绝英国的商业，我们的回答是，除非通过英国，我们的敌人的一切商业都将断绝。”法国的大陆封锁和英国的反封锁的实施，对英国的经济固然影响不小，但对法国的经济也是沉重的打击。从1807年起，法国的经济开始萎缩，到1811年2月时，在法国的1700个纺纱厂中，只有300个继续开工。而由于大批工厂倒闭，法国的失业人数不断增加，加以农业歉收，粮价高涨，人民生活水平不断下降。
不过，拿破仑可以用不断的胜利来继续巩固和壮大他的帝国，1807年，拿破仑法军又击败了俄国军队，沙皇亚历山大一世只得与法国皇帝拿破仑一世签定《提尔西特条约》，根据和约，俄国参加拿破仑的大陆封锁体系，第四次反法联同盟又被粉碎了。
法兰西第一帝国达到极盛，疆域囊括大半个欧洲，不愧是德意志罗马帝国的继承者。此时的欧洲，只有英国还在负隅顽抗。
拿破仑建立大陆封锁体系，企图困死英国。但是，英国的工业优势明显，拿破仑的大陆封锁体系虽然对英国有些影响，但大陆各国也遭受到损失。为了堵住大陆封锁体系的漏洞，打击破坏大陆封锁体系的国家，拿破仑开始派军队进军葡萄牙。葡萄牙因和英国关系密切，所以当拿破仑宣布“大陆封锁令”后，拒绝参加，而葡萄牙的邻国西班牙却站在拿破仑的一边。于是拿破仑就通过西班牙对葡萄牙施加压力，但葡萄牙仍拒绝屈服。拿破仑即派军经由西班牙去进攻葡萄牙。
1807年，法军占领了葡萄牙，1808年，拿破仑进而派军队进攻西班牙。将西班牙王室从马德里掳掠而去，派其兄约瑟夫做了西班牙国王。拿破仑本以为西班牙人在他的武力镇压之下