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1805年8月2日，拿破仑离开巴黎前往布伦。在这里，拿破仑再一次向维尔纳夫发出命令：“启航！不要浪费一分钟，率领我集中的兵力进入海峡，英国就是我们的了，我们的一切都已准备就绪。你只要出现24小时，则一切都可结束！”可就在第二天，拿破仑接到两个至关重要的情报，一是维尔纳夫舰队并未抵达布勒斯特，而是驶向了西班牙的加的斯；二是东方的俄国军队已经出发，准备与奥军会师。拿破仑立即意识到情况的危险性——法国将面临着强大的大陆敌人的进攻。拿破仑决定抓紧时间，在对付大陆敌人之前先给英国以致命的打击，因为他实在不忍心这个经过长期酝酿、周密运筹的出征英国的伟大计划就此烟消云散。他又一次催促维尔纳夫率领舰队起航北上。但是，被纳尔逊吓破了胆的维尔纳夫却抗命率领舰队驶向西班牙的加的斯，远离了英吉利海峡。庞大的法国陆军，永远失去了登陆英伦的机会。
事后，拿破仑对此不胜遗憾：“维尔纳夫所丧失的机会实在太大了！” 8月20日，维尔纳夫的舰队进入了西班牙的加的斯港。当时，封锁加的斯的英军柯林伍德，一共只有3艘军舰。不久，比克尔顿和考尔德的舰队先后赶来增援，英国军舰增加到25艘，把加的斯港严密地封锁起来，形成瓮中捉鳖之势，维尔纳夫的法西联合舰队再也无法出海了。就这样，拿破仑入侵英国的所有机会随之化为乌有。8月22日，拿破仑写信给海军部长德克雷说：“我认为维尔纳夫连指挥一艘快速炮帆船的资格都没有。他是一个既无决断能力又无魄力胆量的人。”9月2日，拿破仑率领庞大的法国军队，离开了布伦，于是法国的“英格兰军团”变成了法国的“大军团”，调头东进，不渡海而开始准备渡过莱茵河了。英国得救了，本来准备给它的打击，落到了维也纳的哈布斯堡朝身上。
再说纳尔逊，他追击维尔纳夫，返归伦敦后，进行了短暂的休整。1805年9月2日拂晓，纳尔逊正在伦敦一小溪边散步，他的部将，巡洋舰“欧亚拉斯”号的舰长黑木大佐布莱克伍德给他带来了一个消息，说维尔纳夫已经进入加的斯港，于是纳尔逊立即赶往朴茨茅斯。9月15日，纳尔逊乘他的旗舰“胜利”号扬帆出海。9月28日，纳尔逊赶到了西班牙加的斯港的外海，与柯林伍德的舰队会合在一起，并接管了全部舰队的指挥权。9月29日，正好是纳尔逊的47岁生日，他在“胜利号”豪华的军官室宴请了他的舰长们，向他们解释他深思熟虑已久的作战计划。
纳尔逊的计划是：把全部舰队分为三个支队，包括两个进攻支队和一个预备队。一队由他亲自率领突击敌舰队中央，切断其前后联系，打乱敌人队形，使其首尾不能相顾；另外一支由柯林伍德率领攻击敌人后卫；预备队则在发现敌人的旗舰后，再发起进攻，一举打乱其指挥机关，迫使敌舰队陷入混乱状态，最后将被分割的敌军军舰各个歼灭。
纳尔逊给予舰长们在攻击方式上极大的自主权，只要求他们充分发挥勇猛顽强，积极主动，敢于近战的精神。这个新战术非常冒险，因为穿插支队中的每一艘军舰切入敌阵时都会受到被包围歼灭的威胁，所以，成功的关键在于，充分发扬皇家海军勇猛攻击的传统精神，打敌人一个措手不及，坚决迅猛地歼灭敌人。
新战术用纵列穿插打破了双方排成横列，互相用一侧的舷炮射击的旧传统，充分发挥了单舰使用两舷火炮向两个方向同时射击的优越性，火力等于增加一倍。所以，此作战方案一经纳尔逊提出来，就使得大家极为振奋，齐声称赞！他们把这种战术称为“纳尔逊秘诀”。1805年10月9日，纳尔逊正式下达了作战命令。
相对于士气高涨的皇家海军，此时龟缩在加的斯港里的维尔纳夫，则面临着成堆的困难：违抗皇帝命令擅自脱逃的后果是，金库空空如洗，粮食、火药和其它补给品样样缺乏，长期航海后，水手因病减员严重。此外，法西两国的官兵还经常起内讧，擦枪走火事件不断发生。此时，拿破仑对贻误了进攻英国战机的维尔纳夫已极为不满，准备让海军上将罗西里来替换他。拿破仑对法国舰队的作用已不抱什么希望，只要求法国舰队从加的斯出发，在那不勒斯一带完成牵制性运动，然后回到土伦检修、休整。
这位胆小如鼠的法国海军主将维尔纳夫是一位法国贵族出身的海军军官，比纳尔逊小5岁，他受过良好教育，倒是一个饱学之士，他在法国大革命中升迁很快。拿破仑看中他能在残酷的阿布基尔之夜杀出重围，因而对他委以大任，不想这次拿破仑却看走了眼。维尔纳夫虽然饱读兵书，也很“勇敢”，但是，实际上他是一个高级参谋之类的人物，并不善于实地指挥庞大的舰队，虽然他并不缺乏个人的勇气，但本质上却是一个失败主义者。他不相信拿破仑的侵英计划，他对于部下和盟友都缺乏信心，更糟糕的是他对自己也缺乏信心，对自己的对手纳尔逊畏之如虎，使他在以后的作战中作出了一个又一个的错误决定。在最后一次军事会议上，维尔纳夫预计到了英军会采用切入战术来打击法军后卫，这是他高级参谋才能的体现，但是，接下来，就显露出他统帅才能的缺乏了。法国舰长们士气低落，大家都不知道如何对付英国舰队的这种战术。而维尔纳夫对这种局面也没有信心，而且也没有办法，他拿不出可行性对策，无计可施，于是下了一道不着边际的命令：“假如法西联合舰队占上风，则应迫近敌人，然后一对一地作战。”
10月15日，维尔纳夫得知新任舰队司令已上路来替换他。这时候，维尔纳夫的虚荣心却不合时宜地发作了，他愤愤不平，不甘受辱，他决定不等罗西里到来接替他，自己率舰队冲出加的斯，通过直布罗陀海峡，前往地中海，去配合拿破仑在意大利的军事行动。10月19日上午，维尔纳夫愤然率法西联合舰队冲出加的斯港。两个半小时后，纳尔逊就发现了法西联合舰队已经出港。纳尔逊发出了“敌舰已在海上”、“全力追击”等信号。10月20日早上，纳尔逊发现了法西联合舰队的踪迹，立即命他的军舰死死咬住。英国舰队如同狼群一般，迅速集结而来，跟在法国舰队身后，一直跟踪了一夜，双方渐渐接近直布罗陀海峡。
10月21日清晨，法西联合舰队驶抵特拉法尔加海角，英国舰队追到距联合舰队只有十二海里的距离，英法海军一决雌雄的时刻终于来到了。纳尔逊如同猎手对猎物发起最后猎杀那样，发出“成两个纵队前进”、“奋战”的信号，维尔纳夫看到风力微弱，知道逃不掉了，于是下令舰队调头，和英军拼死一战。19世纪规模最大的一场海战——特拉法尔加海战开始了。
开战前，双方的海军实力相差不大。法西联合舰队有战列舰33艘，包括当时最大的四层火炮甲板战列舰“三叉戟”号，其它的战列舰包括：3艘三层甲板战列舰；6艘80门炮战列舰；22艘74门炮战列舰；1艘64门炮战列舰。此外，法西舰队中还编有13艘各类巡洋舰。法西舰队中的战列舰，共有侧舷火炮2626门，共载官兵21580名。而英国舰队，原来共有战列舰33艘。由于派路易少将组织马尔他护航队，调走了6艘。留在纳尔逊编内的27艘战列舰中；7艘是三层火炮甲板战舰，其余20艘为双层火炮甲板战列舰。合计火炮2148门，官兵16820人，外加4艘巡洋舰和几艘辅助船。
法西联合舰队，在舰船、火炮和兵员数量上略多些。但是，英军无论从士气、官兵素质和战术上都遥遥领先，英国军舰上的大炮大部分是加农炮，它因毁船效果大而有“粉碎者”的外号。加农炮有一个后座力滑板，炮口能升高，也可以大弧度调转，很灵活。由于英国炮手成年累月地操练发射技术，技艺精湛，他们操纵的火炮射速比法国人快一倍，命中率也较高，而法西联合舰队长年被封在窄小的港湾里，演习有名无实，尤其没有在大洋上实战的机会，各方面均远逊于英国水兵。
纳尔逊在数量和武器上处于劣势，以27艘战列舰对抗联合舰队的33艘战列舰。但是，在舰队的航海术和短距重炮这两个关键因素上，皇家海军的舰队处于优势地位。因此，纳尔逊决定突破联合舰队的防线并近距接战，从而发挥自己舰队的长处。如前所述，他摒弃了传统的线列式战术，把他数量上处于劣势的舰队分为两队，并垂直地穿插到敌舰队形中去，不过这样做，最危险的就是得承受敌舰铺天盖地的火力。纳尔逊清楚地知道，如果他采取传统的线列式战术，与在数量上占优势的联军舰队比拼单舷火力，则他取胜的机会简直就是微乎其微，因此，他宁愿暂时暴露在联军舰队的火力下，也要集中力量来突破其队列，从而使交战从比拼单舷火力转变比拼航海技术和双向近距射击，而这正是英国舰队所擅长的。他计划用他那非正统的但却非凡的近战，把联合舰队的前队9艘军舰从大队中分割开来，并且用他的舰队猛攻后队的西班牙和法国军舰，而那里正是联军最薄弱的地方。
面对英国军舰的追击，法国维尔纳夫下令联合舰队掉头返航，这使得舰队打乱了已经列好的队形。舰队中不少地方出现缺口，影响了士气。联合舰队后方是刚离开的加的斯港，有些官兵不愿恋战，准备打不赢就逃回去。而纳尔逊也担心敌人舰队再缩回港内，于是指挥英国舰队切入法西舰队和加的斯之间，令敌人无处可退。纳尔逊用旗语，向所有英国军舰下达了著名的命令： “英格兰要求每人恪守职守！（England expects that every man will do his duty）”英国舰队分成两支，分别由柯林伍德和纳尔逊指挥，乘风破浪，逼近敌人。柯林伍德和任务是歼灭敌军后卫，而纳尔逊则率队直插法国舰队的中间。（后世的日本，与英国颇多相似之处，日本海军也颇以英国海军为榜样，在日本海大海战中，联合舰队司令东乡海军大将升起Z字旗，发出著名的指令：“皇国兴废，在此一举”，亦颇有英国海军之风。）
纳尔逊以“胜利”（HMS Victory）号为旗舰，而在纳尔逊的南面，卡斯伯特&；#8226；柯林伍德（Cuthbert Collingwood）将军以“皇家王权”号（Royal Soverign）为旗舰，他们各率一个支队，冲向联合舰队。纳尔逊的战舰完全暴露在联合舰队侧翼的火力中，而且自己的舷炮并不能向前攻击。纳尔逊必须冒着风险，集中他有限的舰队，凭着自己船员高超的航海技术和射击技术，迅速插进联合舰队的中间，好在英国舰队已抢占了上风头，两个英舰支队都是顺风而行，因此航速很快，迅速冲向法舰。
上午11点30分，柯林伍德已经接近法西联合舰队的后段，法舰队司令维尔纳夫发出了“开火！”的命令。11时45分，法国战列舰“弗高克斯”号射出了第一炮，射向柯林伍德的旗舰“皇家王权”号，此时，交战双方都升起他们的国旗。在英、法、西三国的船上，鼓乐齐鸣，士兵举枪敬礼。
在接近敌方舰队的最后时刻，冲在最前头的英国军舰被击中，开始燃起熊熊大火。不过，他们还是插进了联合舰队的队列，并且给予敌人以迎头痛击。纳尔逊支队在战斗中将联合舰队的前队（前9艘军舰）与中军分割开来，柯林伍德支队则以楔形插入了联合舰队后队与中军之间的空隙，并猛攻西班牙和法国战舰的后队。
会战开始。特拉法尔加大海战分为三个阶段：柯林伍德的攻击，纳尔逊的攻击和法将杜马罗尔反攻失败。
当法国战列舰“弗高克斯”号向英国战列舰“王权”号开炮时，英舰“王权”号仍继续保持航向不变，插入了法国战列舰“弗高克斯”号和西班牙战列舰“圣安拉”号之间。英舰“王权”号以一敌二，先用左舷炮轰击敌舰“圣安拉”号的船尾，使之遭受重创，接着，又用右舷炮猛轰敌舰“弗高克斯”号，然后，又驶近西班牙舰“圣安拉”号的身后，向它猛烈射击，直到吧“圣安拉”号揍得完全丧失了战斗力，降旗投降。勇猛的英舰“王权”号以一敌三，也身负重伤，英巡洋舰“欧亚拉斯”号赶来营救旗舰。而对于已经投降的西班牙舰“圣安拉”号，英舰“欧亚拉斯”号舰长黑木大佐布莱克伍德上校跃过船去，把重伤垂危的阿尔发海军少校运到“欧亚拉斯”号。
在英国战列舰“王权”号出战8分钟后，英国战列舰“贝里岛”号也从法国战列舰“弗高克斯”号的后面切入敌舰队之间，随即，英国战列舰“火星”号也投入了战斗。此后，其它每一艘英国军舰都是以这种方式陆续切入敌舰之间，向两端的敌舰用两侧的舷炮猛击，使每艘敌舰都受到了连续的集中火力打击。下午3时，柯林伍德的最后一艘战列舰“亲王”号也投入了攻击。
英舰以两面炮火攻击敌舰，相当于火力增加了一倍。法西舰队被英舰的切入搅得阵势大乱，面对英舰队的猛烈炮火，抵挡不住，到战斗结束时，与柯林伍德交战的15艘法西两国军舰，其中10艘被俘，1艘被击沉。逃走的只有4艘，其中有1艘为西班牙旗舰“奥国王子”号，而此旗舰上的西班牙海军将领格拉维拉已经身负重伤，奄奄一息。
就在柯林伍德支队开始作战25分钟后，纳尔逊支队也投入战斗，它始终保持着不规则的鱼贯形队形。纳尔逊亲乘旗舰“胜利”号，率“提米莱尔”号、“海王星”号等3艘三层甲板大型战列舰向联合舰队的前队与中军之间插入。下午12点24分，“胜利”号的左舷炮开始射击。纳尔逊一直在寻找维尔纳夫的旗舰。虽然“胜利”号上的一切望远镜都在拼命寻找，想发现维尔纳夫的司令旗，但是一无所获。于是，纳尔逊遂假定维尔纳夫可能是在法国最大的军舰，四层甲板的巨型战列舰“三叉戟”号上，于是指挥“胜利”号向“三叉戟”号发动猛攻。
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