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可中书执笔大臣，这个国之首相，相权的直接掌管者，就没有办法那么轻松的做出决定，找到合适的人选了，自从老相爷阿倍秀明离开之后，文惠王时期因为中书执笔大臣之位，发生的争权事件此起彼伏，多少人受到波及，或死或免，可见只有孟昭德亲自任命的，确实才华天下无双的第一任国相阿倍秀明这样素质的人，不然真的难以在此位坐镇，让天下群臣不敢有非分之想，所以文惠王和大司马藤堂高虎师徒二人，陷入了痛苦的沉思中，究竟谁来做一国之相，才能让这个最难做的位置稳当一段时间，最起码善始善终，不要被人挤走，被人弹劾，甚至被王爵怒斩了（如果看看大明，换内阁首辅的速度，孟宪文就不必有这种苦恼了，这个位置本来就不是一个人能长坐的）。
在斟酌合适人选的期间，大司马藤堂高虎和次相土岐俊丰实际成为了帝国的掌权者，由其是一直互相扶持，走过多少个风风雨雨的藤堂高虎和孟宪文师徒，经过夺印事件的打击，虽然这是天草时秀一手操作，并非孟宪文的本意，可毕竟给藤堂高虎提了个醒，大司马和掌印二职看似威风，实际是毫无根基的职务，通过一个正常的合理的要求，就会立刻被罢免，现在大将军府的印信就已经回到孟庆桢的手中，虽然军事上，王京以及京师的防务还是藤堂高虎说了算，可发布命令的时候，总要往大将军府去“请印”，多了这一道手续，变化的何止是不自在的感觉，还有其他很多很多滋味。
人世间的事情就是如此，爱与恨，情与仇，往往都是被一个微小的细节，一个无意的举动所彻底转换的，藤堂高虎活了六十八岁，和孟宪文相处已经三十多年，可是直到今日，藤堂高虎才第一次清楚的认识到，友谊，感情，恩义都是虚无的，只有铁一样的权柄才是最实际的，不能把权柄牢牢的抓在自己手里，顾命大臣和征夷大将军府司马领天下军务只不过是两个光辉的头环，脆如玻璃一般，说碎就碎。
有大司马的底子，中书执笔大臣没有藤堂高虎的份了，当了中书掌印大臣，在没有决出中书执笔大臣之前，不论土岐俊丰干的多好，他也不能被提升，毕竟文惠王不能授人以柄，不能让人说他，是故意空着首相的位置，就等着给土岐俊丰去干，所以两个都认为自己的才华被埋没了，目前的职位远远没有彰显自己的层次的人走到了一起，相权和帅权的相互理解，日本帝国的最高权力层，即将面临又一次变革，也是一个割据小领主制度快速过度到中央集权制度，所要经历的最后一次动荡，这之后，日本帝国的权力架构整整持续了二百五十三年，再未变动过。
1624年（太平六年）四月二十一日，大司马藤堂高虎上书，称赞了几个月来，孟庆桢将军在政务上的优良表现，提议征夷大将军孟庆桢收回大将军府权柄，正式完成过渡，和当年兴庆王孟昭德教导将军孟宪文一般，恢复直属二元政治，由文惠王孟宪文亲自督导将军孟庆桢的政务和军务能力，作为顾命大臣和大司马，藤堂高虎的职责已经完成，当卸甲归田，若国家有其他差事，也要最起码的撤除顾命大臣这个特殊封号和大司马这个职务。
奏折上呈之后，满朝轰动，虽然说藤堂高虎此时的权力已经被削弱，在做出决策之后还需要孟庆桢才能实施，可孟庆桢自掌印以来，从未有任何一件事反驳过藤堂高虎，按说藤堂高虎不该有所不满，用以退为进的招数，向孟宪文宣战，群臣猜测纷纷之际，文惠王孟宪文也表露出了惶恐，他亲自书写诏书，安抚藤堂高虎，并加封藤堂高虎为大司马同大将军事，赐车仗入王城，位极人臣，可藤堂高虎接到王旨之后，只是谢恩封存，将车仗退回，并恳切的写下一封千字文书，再次上呈，详细的说明了大司马和顾命大臣的职责，以及此时应该完成过渡，取消所谓顾命大臣这个特殊待遇的原因。
文字中洋溢着对王室的尊重和忠诚，孟宪文虽然早知道藤堂高虎的忠诚，可读罢上奏之后，还是感激的流下了泪水，师父真君子也！于是孟宪文下诏，藤堂高虎，真田幸村，竹中重门三人完成历史使命，撤销顾命大臣的封号，各自赏赐食邑一千户，钱十万贯，车仗入王城，朝服之上可镶嵌家徽纹路，至于藤堂高虎，因为卸去大司马职务后，便无官一身轻，所以孟宪文特意下旨询问中书左府，当至藤堂高虎于何地，中书掌印大臣土岐俊丰和中书舍人上杉定胜，坂崎直盛，安东隆盛商议，若直接给予中书执笔大臣职务，三人反对，就连目标最高权柄的土岐俊丰也不愿意，所以四人回奏文惠王，可请王上自己决定。
如此答复让文惠王哭笑不得，收回大司马职务简单，再给个同等重要的职务又没有，自己又不敢像父亲那样设立职务，一时间也头痛不已，最后只能召藤堂高虎入东书房，担当东书房研磨，暂时辅佐政务，日后再定职位。这般行事才有半个月时间，突然九州告急，真田幸村上书文惠王，岛津氏和加藤氏余孽已经铲除干净，只剩下琉球国当年因为和九州通好，所以互换人质留下的岛津氏岛津家久一脉男丁，及其后人，真田幸村作为虎神军统帅，自然先期向琉球出使要人，没想到的是，琉球国国主竟然斩使沉船，和日本决裂，真田幸村此时若要攻打琉球，就需要调动海军辅佐，可浅井井赖为海军总帅，官阶相当于八省正官，真田幸村虽然实实在在的掌握军权，却所有头衔都是副省级，比之浅井井赖，其实还是下属的关系，所以调动不了，于是向朝廷上书。
另外东北方面，孟宪平代表东北北方边防各县的官员上书，虾夷一带目前局势混乱，首先，本来已经被孟昭德征服的虾夷骚动，和睦相处的二十四个部落，此时不知道因为什么，再起纷争，本来虾夷全境土人，就是官称阿伊努人，只有十一万五千上下，而且阿伊努人老龄人，小孩，女性很多，其中青壮只有四万不到，现在纷争一起，互相攻伐，必将造成人口锐减，生产力下降，若是因为生存受到威胁，谁也不敢保证，阿伊努人会否再次袭扰内地，其中最最主要，也是当务之急必须解决的第一件事，是势力最小，靠近东北边防最近的一个部落，共一千九百多人，希望马上搬迁，归顺日本国，可据了解，他们和其他部族之间，还有血债没有清还，万一同意搬迁，会否遭致敌对部族尾随而来，若不同意搬迁，是否就因此断送了日后虾夷向幕府投诚的一切道路！东北地方虽然有都东北全州查办，可当年孟昭德设立职务，都查办所管辖，只有民政民生，还有负责监督各县征缴税务等皮毛小事，不似中华之封疆大吏一般，这些大事都没有自主裁决权，只能上奏朝廷定夺。
两件大事摆在孟宪文面前，孟宪文只好召集群臣商议，这一吵，就直接吵了五个昼夜，最后还是没有一个统一的意见，高高在上，坐的端端正正的文惠王低头俯瞰群臣，他似乎从中悟到了什么，又一时间想不通，究竟是什么，百思不得其解的他把疑问说给了师父，藤堂高虎微笑着听完了徒弟的苦恼，心里一块大石头终于落地了，二十天的时间，该发生的都发生了，该醒悟的都醒悟了，他放弃大司马，不催促孟宪文选取一个合适的中书执笔大臣，为了的都是今天，拉着徒弟的手，藤堂高虎说出了引发高层政治结构变革的那段话。
“国之大事，不外乎内外二字也，外侮不抵，内中必乱，内中不宁，外侮必至，治世太平，八省各司其职，看似有条不紊，然一旦内忧外患齐至，谁可当断则断？今东西生事，西面外敌辱我，斩杀使者，陈兵国门，若用兵，七军都督谁人出征谁人留守，七军同级，谁人凌驾谁人，渡海作战需海军辅助，总将乃三位之官，七都督谁人可以调度，难道大小战事皆须王驾统兵乎？东面友邻有难，遣使欲投效而来，强敌尾随，似谋似兵，治部当决之？兵部当决之？军政分离分权，遇外事，中书可替将军决之？将军可替中书决之？”
文惠王听罢如醍醐灌顶，起身大声道，“各司其责看似稳妥，实际难有决策之人，今日之事，面临两难，若收编土人，引来敌军报复，治部的麻烦就要兵部解决，自然心中气愤难平，所以数日来朝堂上，治部以为当可行，兵部便说不可行，陆军以为该进，海军便说不该进，孤王坐视臣工中只有师父和次相一样不发，也是不想相权干预帅权，帅权干预相权，如此相互谦让，相互顾忌，实则耽误了国之大事！拖拖踏踏，数日不能决，孤王明白缘由了，请师父如实相告，当如何面对此间之局，难道先王苦心制定平衡之策，却终不能阻止相权和帅权合二为一？”
藤堂高虎笑道，“王上不必多虑，若相权和帅权合一，则天下必乱，位高权重，只靠德行约束，一任两任后总不免其中许之与错人，一旦如此，万劫不复，依老臣之见，可效仿旧日之大名家，除了有在内为政的文官，在外领兵的将帅之外，还当有一路人马，陪伴在主君身边，提供意见，担任军师，协调文武之间的关系，从全局出发，搭建八省互助的桥梁，则治部省处理之事引发兵部之责任，兵部只需处理即可，功过都由军师承担，好似先王在时，老相爷便是如此，身为军师，可直接指挥文官调度军需，又可直接安排军队上阵杀敌，但实际没有官位，不是家老，不是部将，若先王一朝罢免，即可不复存在。”
孟宪文深以为然，点点头道，“那孤王立刻颁旨，建设军师一职，却不知谁人可以出任，师父是否有意？”藤堂高虎自然乐意，可是此番引出权力架构的改革，是他和土岐俊丰形成的默契，他不敢落下此人，其实西面和东面发生的事情，远不是藤堂高虎解释的那么离奇，根本上就一个毛病，没有明确设立帅权的对应官位，幕府第一次改革，征夷大将军被从幕府掌权者的位置上搬下来，变成了王储的标志，名义上是王储兼天下各军指挥，可有孟昭德本人在，谁敢大喇喇的绕过孟昭德去指挥军队呢？而孟昭德去世后，第二任幕府的帅权，又让孟昭德以顾命大臣的名义，匆忙设立一个将军府司马兼掌印拿去，自半月前还是藤堂高虎在署理，藤堂高虎卸任后，根本问题这才爆发出来，到底谁是幕府第一帅权掌握者，当年新设各级官职，究竟哪一个是对应帅权的，七军平起平坐，海军总帅还高出七军半级，互不服气，互相不能指挥对方，就全乱套了！而造成今日之局面，根源就在于孟昭德期待幕府日后不要有大的战事，至于地方暴乱，七军各有管辖，出事了去征讨就是了，没想到这个美好的愿望持续六年就破灭了，东西两面同时需要军事最高决策人出来说话，可惜幕府就没有这样一个官位，慌乱之中，藤堂高虎用他天生的口才，把简单的一个设立最高军事长官就能解决的问题，换成了一个更加复杂却能为更多人跻身最高殿堂提供机会的办法。
所以藤堂高虎耐心的和文惠王解释道，“王上，唯今之计可以如此，军师既然在国遇大事的时候可以临机决断，统领文武两厢，则绝不能是一个人，必须保证平衡，当选择三五人为好，这三五人的选拔标准，需要曾经至少署理过两省，能够明白至少两省运作的机制，若是单单提拔兵部省正官和治部省正官担当军师，那不过是两省换了个地方吵架而已，另外，虽然国遇大事的时候才可召集军师，控制在少人数范围内提供决策，但平时也不能解散，不然临机有变，先用十余日甚至个把月决定谁担任军师的职务，那一切要紧事都耽误了。所以老臣以为，必须当成一个部门设立，但不必立于八省之内，可以在王城左右选择一处，类似内廷学一样，有直接递交文书给王驾的权力，对朝臣的上奏，先行代为批示，对王上的诏令，给出对应的意见，互通有无，两方意见统一后，立刻发下执行，不给八省推诿的时间！”
文惠王听罢抚掌大笑道，“如此甚好，拔擢能臣为参谋，协助处理政务，分担公务的同时，还提高了每日可处理奏折的数量，但是孤王同意之前，参谋又没有直接指使群臣的权力，就算将军政皆交参谋决议，孤王亦可高枕无忧！甚好，甚好，请师父详细拟个章程。”藤堂高虎一听，赶紧谦虚道，“老臣年事已高，思虑事情恐不周全，部门什么规格，名唤如何，人选如何，都请他人提议为好，比如王上看重的土岐大人，便是合适人选。”这明显就是把立功机会留给土岐俊丰，示好于他，文惠王便同意下来，传旨命土岐俊丰上书言事。
土岐俊丰就等这道旨意，立刻花费一夜时间，上书二十条建议，文惠王看罢，龙颜大悦，直夸土岐俊丰才思敏捷，落笔成文且深合圣意，于是传旨八省等部门共议，虽然八省意见不一，又开始七嘴八舌的吵架，但此番不过是个过场，文惠王主意已定，不待八省吵完，就已经正式下旨，传令设立特别部门，地址坐落于王城原军务参赞处，政务参赞处，将两排平房打通，和王爵的习字室相连，臣下和王上沟通政务，不论是近处的习字室，还是远处的东书房，来往花费最多一炷香时间。特别部门定名为幕府军事机密要务参赞府机关，办事人员简称军机参赞，其具体职权如下，第一，代替王爵预览各地紧急事务，并先行批示，完成后请示王上，由王上书写不同意见或者表示同意后发还，两方意见统一之后，即可成诏书实行，第二，对于王爵下达的特别指示，直接成文，或者写出不同意见返还，待两方意见统一后，立刻成文，第三，盛放军机府文书的木盒上特别雕刻“特事特办”封印，除军机参赞和王爵，外人不得拆阅，木盒所到之处，皆由军机直属驿马呈送，见专人当即打开，天下无论文臣，武将，奉旨立即照办，征夷大将军府和中书左府虽为文武之首�