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孟昭德看罢奏章后，和阿倍秀明商议处罚，最终决定，山下氏罪无可赦，命山下奉纯，山下奉勇，山下奉龙缴械军权和政权，罢黜为民，永世不得录用，妻族的阿部定秀和濑户长治也被牵连，罢黜都督之职，阿部定秀入兵部武备司效力，命藤堂高虎监管，濑户长治则效力民部府库司，两人其实并非孟宪杰一党，暗地支持的是孟宪勇，现在同被调职，大名党或者被称为旧党的上杉氏一派，也被打击了气焰。
最后孟昭德下旨，命孟宪杰火速还朝请罪，并天下征捕，眼见事态越闹越大，山下氏三子只好硬着头皮去见大将军孟宪文，请他出面斡旋，虽然名为主仆，但毕竟从小都认识，这三人来求，孟宪文又挂念自己的亲弟弟，自然同意，主动上书，恳请孟昭德暂缓处置孟宪杰一派，要查清证据，不得冤枉牵扯无辜，孟昭德正愁没有台阶下，而且也怕山下政文被杀之事寒了天下臣工的心，便顺水推舟，颁布旨意，孟宪杰造反一事查无实据，相关官员或死狱中，或证实无罪，现赦免孟宪杰，命孟宪杰速速回朝，且加派征夷大将军孟宪文为督政使，就在孟宪杰销声匿迹的王京一待十日，最后孟宪杰才鼓足勇气，从王京的一处寺庙内出来，向孟宪文自首，孟宪文好言安慰，却也知道了孟宪杰口中的另一个版本，只是事情干系重大，他不好自裁，连夜带孟宪杰回京，打算让孟昭德决断。
孟昭德何等聪明，天草时秀第一次上奏此事的时候，他已经发现不妥，天草时秀什么人，不过弄臣而已，根本不会带兵，他能“围剿拥有叛军的”山下政文，只能证明山下政文身边根本没有军队，实在不堪一击，这样他自然也能拿住山下政文交回京师处置，所以人死了的话，那根本不是他所说的，交战惨烈，厮杀中山下政文中流刃而亡，而是天草时秀铲除异己，打压孟宪杰一派，亲自暗害的山下政文，这一手看似为了帮助孟宪文巩固地位，实际是为自己争功，而且次相被杀，乃是国之丑闻，若孟昭德处罚天草时秀，就等于承认国之次相乃是冤杀，必被世人耻笑，史书记载，于面上无光，所以知道了还不敢怎么着，只能咬紧牙关，承认山下政文是造反了，天草时秀杀的对，这才能避免史书给他扣一个“冤杀大臣”的恶名！于是孟昭德不见孟宪杰，生怕孟宪杰说出事情的真相，自己可就不好处理了，面对孟宪文的奏折和当面请旨，孟昭德只能冷冰冰的拒绝，不能答应，三日后，中书裁决，孟宪杰因为图谋不轨，起兵造反，罪大恶极，被剥夺一切爵位和官位，罚往岐阜城居住，交由京州安抚使看管，自此开始了他长达十余年的囚禁生涯。
孟宪杰一党被彻底打击散尽，以心崇伝揭穿孟宪杰阴谋有功，从此脱离二公子一党，他旋即离开督察府，升官为卫戍巡防都提调，坐镇戍部，坂崎直盛接管左督察府，而唱重头戏的天草时秀一时间风光无限，因为平叛有功，升任中书掌印大臣，正式进入宰辅行列，且执掌右督察府不变，成为孟氏幕府唯一一位同时掌管言官的宰辅，数日后，孟昭德再次降旨，命其为孟宪文的独子孟庆桢之开蒙老师，不但是现任宰辅，更是未来王驾的师父，恩宠无以复加，一生荣华富贵就此鼎定，锋芒甚至盖过了首相阿倍秀明，这一刻开始，天草时秀达到了他人生的最顶峰，这个毫无良知，毫无廉耻，只会争权弄势的奸佞飘飘然了，变得膨胀自大起来，这一切的一切都被一个人看在眼里，等到了时机成熟的时候，他将要出手，将此人连根拔起，这个人便是一生忠于国家社稷，百姓福祉的首相，中书执笔大臣阿倍秀明。
第一百七十三回出兵征九州
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1606年（庆长十年）10月，一切准备工作完成，朝内的紧张气氛也逐渐缓解，兴庆王孟昭德终于下达了旨意，出征九州讨伐加藤氏，岛津氏，毛利氏，一统整个日本，彻底结束战国割据时代！这次战争，不但是孟氏幕府完成天下大一统的收官之战，更是战国历史波及领土最广（所有六十六国全部涉入），所拥战力最强（天龙军，北宁军，五色军，萨摩军，肥前军等等），作战半径最长（自名古屋出发，穿越整个南日本海），动用人员最多（西军和幕府军陆军共计二十一万人，海军四万五千人，后勤保障人员七十万），随军武士最出名（天下所有成名武士皆入选两军阵容，幕府军各个队番和组头武士相加，计一千二百人）的一次大合战。
10月16日，幕府军编制完成，海军在浅井井赖的率领下，先期于淡路搭建物资囤积和中转基地，两万七千幕府海军全数巡弋在南日本海上，一眼望不到边际，横断大洋两端，陆军前锋兵团由近卫军一万骑兵，踏山军一万步兵，靠山军一万步兵组成，由小谷县侯浅井辉政为主将，仙台县侯领镇东都督直江兼续为副将，田中续继，吉良半平，吉良忠佐为偏将，出云州直取长门国，即今日之长门县。陆军左翼兵团由近卫军五千步兵，踏山军一万步兵，临海军一万步兵组成，由辅国公真田昌幸为主将，真田幸村为副将，矢泽赖康，井伊仁德，井伊仁礼为偏将，出平安州布防四国岛西海口。陆军右翼兵团由近卫军五千步兵，临海军五千步兵，望海军一万步兵组成，由兴国公上杉景胜为主将，前田利长为副将，本庄繁长，水原逊秀，田中上总介为偏将，出备州直取周防国，即今日之周防县。陆军中央兵团由近卫军三万步兵，定海军五千步兵组成，由兴庆王兼太政大臣孟昭德亲自挂帅，征夷大将军孟宪文，定国公阿倍秀明，安国公藤堂高虎为副将，以心崇伝，阿部定秀，濑户长治，天野正定，天野长兴，加藤嘉明，安东隆盛，竹中重门，浅井直政，关滕章，越智龙雨，坂崎直盛，坂崎直忠等人为偏将，先出王京，后越过左右两翼兵团防区，从九州中部丰前县登录。陆军后方兵团由护国公细川忠兴总为统筹，率军一万支援各地，领五十五万役夫，增补各兵团用度开销，声势浩大，举国震动。
再看九州一边，得知孟昭德誓师动员，出兵征伐九州之际，加藤清正作为北政所近亲，当年武斗派的首脑人物之一，积极联络四方，虽然强如德川家康都不是孟昭德对手，本九州一地不该抵抗，可一仗大海天堑，二仗九州兵豪勇能战，三因为惧怕孟昭德铲除异己的手段，所以各方联合，豪族多有呼应，一向趾高气昂的毛利氏也低下头来，和加藤清正商议，最后决定，推举加藤清正为左大臣领九州兵马总指挥，联合肥前军，萨摩军，毛利军共计六万余人，并联络宇久海贼众，大名鼎鼎，此时已经统制西日本海多年的宇久纯定鼎力相助（终于又出现了，太政大臣传第一章第一回出现的人物，孟昭德第一次交手的对象，今日终于又站在了历史舞台上），此时的宇久纯定已经八十七岁高龄，且多年未逢敌手，不曾上阵，早不是那个叱咤风云的大海盗了，可对于孟昭德的检地政策，还有驱散豪族都有耳闻，他也不想被幕府海军吞并，于是命长子宇久纯平，次子宇久纯安，三子宇久纯兴各自率领北九州舰队，南九州舰队，西日本海舰队，共大小船只三百二十一艘参战，总计四千三百人，加上毛利氏水军，共一万四千五百人，对外号称两万，驻守长门海峡。
西军和幕府军都布置停当后，担当先锋官的浅井辉政先发制人，他一面听从直江兼续的建议，秘密联络锅岛直茂起兵攻打加藤清正后方，一面率骑兵直出周防，石见两县，务求在陆地上击破毛利氏军队，断绝其海军补给，给浅井井赖的海军进攻九州岛提供便利。大军出发之后，行进了五日左右，石见县收复，毛利氏军队且战且退，丢弃军械无数，到了10月底，浅井辉政一路走一路拆，已经把石见县收拾的干干净净，虽然攻城的时候吉良半平不慎中了流矢受伤，可并无性命之忧，浅井辉政询问伤情后，便带兵直取周防国，到了安县城一带，他才停住脚步，一是等候右翼兵团，二是催促粮草。
就在此时，九州岛上发生变故，锅岛直茂不愿舍弃大名身份，所以将浅井辉政的信件送呈加藤清正，并请命要带本部一万人马支援九州军，一同抵抗孟昭德，可惜加藤清正和他多年揶揄，心中隔阂甚大，早就无法弥补，接到锅岛直茂的口信后，加藤清正和岛津忠恒暗自商议，竟然决定吞并锅岛直茂的领土，乘机除掉此人，虽然深知锅岛直茂乃此时九州第一等的大将，若由他统兵，肯定够孟昭德喝一壶的，但公义和私仇面前，气量狭小者往往偏向私仇，而且九州军在加藤清正手中，他如何可能因为才能问题就把军权拱手让人，所以岛津忠恒一旦同意，加藤清正就定计要除掉这个足以和自己争夺军权的将才。
11月2日，一无所知的锅岛直茂接到加藤清正的回信，同意他加盟九州军，并许诺，一旦孟昭德退兵，筑前，肥前，对马，伊岐四国就归他所有，从此相安无事，两家再不交兵，兴高采烈的锅岛直茂谢过使者，并约定第二日在肥后九州联军大帐内相聚议事，临行前，锅岛直茂还准备了大批物资，算作见面礼，拉着族子三人，旗本十五人，另家臣三十余人一同前往归顺，结果一入军帐，就被加藤清正大军扣下，卸掉甲胄兵器，推出帐外，此时锅岛直茂才知道被人算计，一边强挣扎抵抗，一边冲着冷眼旁观的岛津忠恒吼叫道，“战前先杀大将，不叫军中心寒么！如此自毁长城，嫉贤妒能，你萨摩军勇名，他早晚也所惧之！我之今日，便是你之明日！”可怜一代名将，九州擎天之柱，被杀于军前，同族和旗本无一生还，九州军营外血流成河。
杀掉锅岛直茂一族后，加藤清正将浅井辉政写给锅岛直茂的信件送往锅岛氏领土内，游说当地豪族，证明孟昭德和锅岛直茂早有勾结，如不杀他，只恐腹背受敌，将来九州沦陷，各大豪族也要内迁，丧失权力和土地，如此反复洗脑，各地豪族才安静下来，毕竟锅岛直茂只是个人而已，哪有眼前的黄金和土地吸引人，于是各地豪族纷纷劝说锅岛氏兵马，投靠加藤清正，因为这支人马多为当地子弟组成，族长发话还是听的，一万锅岛军倒有六七千加入阵营，只有少数回归乡里，不再为战争出力。
孟昭德大军11月7日抵达四国岛西陲，在海军的护卫下，开始进行渡海前哨战，左右两翼兵团也各自抵达驻地，前锋兵团在上杉景胜的帮助下更是取得了周防国三分之二的领土，可以用肉眼眺望长门县城防了，这时候迫于压力，毛利氏已经移居九州岛上筑前国，将名护屋城作为居城暂住，大军全数开赴岛上布防，在岛北和东方布置，留守长门县的只有毛利秀元的三千人，孟昭德得知后，打出为锅岛直茂报仇的旗号，命浅井辉政和上杉景胜不许喘息，务必在十日内将所有敌军逼入大海，或者赶到九州岛上去。
11月12日，两大兵团逐步收复周防和长门两县时，孟昭德命令真田昌幸的左翼兵团开始登陆九州岛。危机面前，加藤清正作为九州军总指挥，做出了英明的决定，唤醒了其心中的武士热血，投降而来的锅岛氏“三生人”之石井生札和下村生运带兵五千镇守府内城，加藤氏猛将庄林隼人和加藤清兵卫率军一万镇守府内町和一田鸟桥，水军众在府内城两翼海上警戒，九鬼四郎兵卫，天野助左卫门，木村又藏，森本义太夫，斋藤主水，赤星太郎兵卫和饭田觉兵卫各带兵一千在丰后国其他城池驻守，一旦幕府军登岸，立刻出击。
面对这般严丝合缝的防守，虽然幕府海军装备精良，真田昌幸能征善战，但两次冲锋还是无功而返，且损兵折将，真田昌幸本人都被流矢击中，差点退出战斗，第三次渡海冲锋之前，真田幸村接替父亲指挥作战，他卸掉铠甲，手握战刀，赤裸上身立于船头，对着船中众将大呼道，“九州一役，乃平定天下最后之战，吾等能在此参与，实在武士无上荣光是也！九州萨摩尚在，恶战还未开始，岂能海滩之上就沉船浮戈，幸村不才，愿为一卒子，领头进攻海滩大寨，建功立业只在今朝！丈夫事，死则死矣！绝不可无功而返！”一席话说得人人振奋，各自手持利刃，只等与敌厮杀。
负责运输陆军的浅井井赖也很振奋，想想兄长所向披靡，将毛利氏杀的丢盔弃甲，自己岂能落后，而且幕府海军装备精良，两次却战败，已经书写历史之上，所谓事不过三，若真的被孟昭德临阵换帅，堂堂名门浅井氏的脸可就丢光了！于是浅井井赖命大船齐备重盾，掩护船内陆军，将铁炮和大炮都承载在快船之上，由他抽调精锐三千亲自指挥，冲锋在前，不顾一切，用火炮轰开一条去路！
这样三军上下用命，虽然快船被海岸线上九州水军摧毁十之三四，浅井井赖之子也战死海上，可终于让幕府军突破了海防线，大船直奔岸边冲击，冲到了沙滩上，船舱内真田幸村带着陆军鱼贯而出，冒着漫天弓弩攻克海滩大寨，斩杀了毛利氏国司元相，井上元兼和饭田元亲三员大将，并缴获军粮一万石，俘虏兵勇一千多。拿下海滩大寨后，陆军开始向一田鸟桥进发，幕府海军则调头攻击九州海军，九州海军虽然不如幕府海军势大能战，可熟悉附近海域，左躲右闪，竟然避开了追击，全身而退，浅井井赖见状，不好追赶，立刻返回四国岛，接应孟昭德大军渡海。
听闻海防失守后，加藤清正一边命府内城和其他七城陆军出击，务必夺回海岸线，一边联络镇守南九州的萨摩军北上，只能依靠这支王牌来歼灭幕府陆军。同一时间，长门和周防丢失，毛利秀元自杀，浅井辉政和上杉景胜的大军抵达海滩，在长门海峡和名护屋城隔海相望，因为幕府海军一时间无法北上，所以暂缓渡海。
接到收复海岸线的命令后，石井生札将守城重任交付下村生运，自己联络庄林隼人和加藤清兵卫，