不要有任何特殊，要多做调查研究工作，通过实际的调查，了解中国农村和中国农民的情况，学习书本上学不到的东西。
在病休期间，毛泽东十分关心其他中央领导人的健康状况。他一再叮嘱阿洛夫等为刘少奇、朱德、任弼时等作了全面的身体检查。当他了解到任弼时血压过高、血管硬化的情况后，十分担忧，几次催促他赶紧治疗。
一九四六年一月十日，毛泽东依据国共双方达成的《关于停止国内军事冲突的协定》，以中国共产党中央委员会主席的名义，发布了停战通告：
“中国共产党各级委员会，中国解放区各部队首长，各级政府同志们：
“本党代表与国民政府代表对于停止国内军事冲突之办法、命令及声明，业已成立协议，并于本日公布在案。凡在中国共产党领导下之一切部队，包括正规军、民兵、非正规军及游击队，以及解放区各纵政府，共产党各级委员会，均需严格遵行，不得有误。”
“全中国人民在战胜日本侵略者之后，为建立国内和平局面所作之努力，今已获得重要之结果。中国和平民主新阶段，即将从此开始，望我全党同志与全国人民密切合作，继续努力，为巩固国内和平，实现民主改革，建立独立、自由和富强的新中国而奋斗。”⑧
在国共双方公布《关于停止国内军事冲突的协定》并各自发布《停战通告》的同时，由国共两党和各民主党派、社会贤达参加的政治协商会议也在重庆开幕。会议经过二十天的激烈争论。先后通过了有关军事问题、宪草问题、和平建国纲领、政府组织问题以及国民大会问题等五项重要协议，在一月三十一日闭幕。二月二十五日，由张治中、周恩来、马歇尔组成的军事三人小组，达成了《军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》。
国共停战了，政协各项决议通过了，人们无不额手相庆，期望着中国从此可以走上和平民主独立富强的康庄大道。
同全国人民一样，中国共产党真诚地希望中国从此能实现和平，在和平的环境中建设新国家。从这个良好的愿望出发，中共中央在一九四六年二月一日，也就是政协闭幕后的第一天，发出了《关于目前形势与任务》的党内指示。这份指示，虽也提醒“中国民主化的道路依然是曲折的和长期的”，要求全党“一切准备好不怕和平的万一被破坏”，但它着重强调的是“中国走上了和平民主建设的新阶段”。指示中说：“武装斗争是一般的停止了”，“中国的主要斗争形式目前已由武装斗争转变为非武装的群众的议会斗争，国内问题改由政治方式来解决。党的全部工作，必须适应这一新形势”。指示认为：目前党内的主要危险倾向是“一部分同志狭隘的关门主义”，因而要求全党必须很好地克服那种不相信内战会停止，不相信和平真能实现，以及不相信蒋介石在各方面逼迫下也能实现民主改革，并能与我党合作建国，不相信和平民主新阶段已经到来的“左”的倾向。⑨
正在病中的毛泽东，修改、审定了这份指示，还尽可能地参与了许多重要决策。
二月四日，中共在重庆的代表团致电中共中央，提出了中共方面参加宪草审议委员会和参加政府人员的名单，请求中央批复。二月六日，中共中央政治局召开会议，确定了参加宪草审议委员会、国民政府委员会和行政院的人员名单（因谈判正在进行中，这个名单暂时没有向国民党当局提出）。毛泽东根据会议的决定，复电在重庆的代表团，告诉他们：（一）同意周恩来、董必武、吴玉章、博古及何思敬五人为宪草审议委员。（二）国府委员仍照周恩来一月二十七日返延时议定的八人，即毛泽东、林伯渠、董必武、吴玉章、刘少奇、范明枢、张闻天为适宜，以便将来全党指导中心移至外边。第一次会议少奇可不出席。如范明枢不就，可提彭真。（三）同意以周恩来、林伯渠、董必武、王若飞分任行政院副院长、两个部长及不管部部长。⑩可见，毛泽东和中国共产党当时殷切地期望着这次和平谈判能够取得成功，并为和平实现后参加政府作着认真的准备。
二月九日，毛泽东接见美联社记者时，对国共合作共同建设新中国发表了十分乐观的谈话。毛泽东说：政协会议成绩圆满，令人兴奋。今后当然还有困难，但相信各种障碍都可以扫除。总的方面，中国走上民主舞台的步骤已经部署完成。各党当前任务，最主要的是在履行政治协商会议的各项决议，组织立宪政府，实行经济复兴。共产党于此准备出力拥护。对于政治的及经济的民主活动，将无保留，出而参加。
三月六日，即《军队整编及统编中共部队为国军之基本方案》签字后的第十天，毛泽东为中共中央起草了关于“精兵简政”的党内指示，对山东、华中和晋冀鲁豫三个军队员额最多、民众负担最重的地区，提出了分两期裁减兵员的计划，要这三个地区第一期精减三分之一的兵员，三个月内外完成，第二期再精简三分之一；对于晋绥、晋察冀两个战略区的兵员裁减问题，也作了进一步的布置。
但从二月份开始，国内政局却向着同中国共产党和全国人民的愿望相反的方向发展，国民党当局指使暴徒制造了一系列反对政协决议、反对国共合作和平建国的严重事件。
二月十日，也就是政协决议通过后的第十天，重庆发生了校场口事件，国民党特务以暴力捣毁各民众团体在校场口广场举行的庆祝政协成功大会，与会的各界著名人士郭沫若、李公朴、施复亮等被打伤。庆祝政协成功的大会，竟在光天化日之下遭到如此明目张胆的破坏。这件事向人们发出一个严重的信号：国民党根本没有诚意来实行政协决议。当然，对中国共产党说来，事态会如何发展，还需要继续观察。
二月二十日，北平国民党特务又以河北难民还乡请愿为名，纠集暴徒千余人，大闹军调部中共方面的办公室，侮辱殴打工作人员。
二月二十二日，国民党在重庆制造反苏反共游行，并捣毁重庆《新华日报》营业部和民盟机关报《民主报》营业部，打伤工作人员多人。
三月一日至十七日，国民党召开六届二中全会。蒋介石为会议定下了基调，这就是抛开国家的民主化来谈“军令与政令的统一”，对政治协商会议通过的宪草修改原则“妥筹补救”。会议根据这个调子，通过了一系列推翻政协决议案的决议。国民党以中央全会的方式公然破坏政协决议，这就进一步证实：前此发生的一系列暴行并不是孤立的事件，而是国民党最高当局决策的先行步骤。中国共产党不能不对此表示严正的态度。《解放日报》发表社论《评国民党二中全会》指出：国民党二中全会的决议，推翻了“政协所决定的为全国人民所一致拥护的国会制、内阁制、省自治制的民主原则，而继续坚持‘五五宪草’中的独裁原则。”⑾中共代表团团长周恩来在三月十八日召开的中外记者招待会上也指出：国民党“二中全会的决议动摇了政治协商会议的决议”。
三月二十日，国民党六届二中全会闭幕后的第二天，蒋介石召开第四届第二次国民参政会。鉴于近期内接连发生的一系列事件，中共方面的参政员拒绝出席这次会议。四月一日，蒋介石在会上发表长篇演讲，公然宣称：“政治协商会议在本质上不是制宪会议”，“东北九省在主权的接收没有完成以前，没有什么内政可言”。前一点，是由蒋介石亲自出面，公然推翻政协决议。后一点，是表明他们要向东北的解放区大举进攻了。
这时，蒋介石已调集七个军约二十五万人进入东北，其中包括曾在缅甸作战的精锐主力新一军和新六军，开始对中共领导下的东北人民武装力量发动全面进攻；在关内，也频繁地蚕食、侵占解放区的城镇乡村。
一切事实表现，蒋介石决不甘心放弃他的独裁统治，决不会轻易改变他的反苏反共立场。中共中央，包括毛泽东在内，在一系列事实面前，进一步认清了蒋介石。三月十五日，毛泽东出席中共中央召开的政治局会议。他在发言中对国际、国内的时局作了四点分析。在谈到蒋介石时，毛泽东说：蒋介石的主张有两条：第一条，“一切革命党全部消灭之”；第二条，“如一时不能消灭，则暂时保留，以待将来消灭之”，蒋介石的这两条，“第一条很清楚，第二条是人们容易忘记的，稍为平静一点就忘了。二月一日到九日就忘了，校场口事件以后就不忘记了。”马歇尔能放长线，蒋介石也较何应钦不同。假如有一个放长线的，放半年我们就会忘了，那就危险得很。⑿刘少奇在作总结时肯定毛泽东的分析，指出中国共产党的态度是：“打起来，有了准备；不打，更好。”⒀
根据政治局会议的精神，中共中央在三月十五日和十八日先后发出了两份关于目前时局和对策的党内指示。前一个指示指出，苏军已从沈阳及其附近撤退，国共两军在东北的冲突罪将展开。在国民党二中全会中，CC系和何应钦等军人派，正企图破坏停战整军，借口东北问题，实行各地军事接收，想在马歇尔离华期间造成新的内战局面。“而这种阴谋，是蒋介石知道的，因此十分值得警惕”。为了对付国民党内反动派的阴谋挑衅，“除开审慎应付东北问题外，华北、华中各地应即提起警觉，密切注意顽方动态，并在军事上作必要准备，加强整训，加强侦察，严防反动派突然袭击。如果反动派发动进攻时，必须能够在运动中坚决、彻底、干净、全部消灭之。”除东北、热河外，各地第一期复员整军，不论时局变化如何，都应力争完成，以利于作长期打算。“减租、生产两件大事，一切地方须抓紧推动”，“务必在今年内获得空前巨大成绩，造成解放区不可动摇的群众基础与物质基础，不怕任何反动派的破坏。”⒁后一个指示指出：我们必须坚持和强调政协决议每一条每一句均须实现，反对修改。“在坚持实现政协决议、宪草原则，反对修改的斗争中，我们不要害怕破裂。事实上我们愈坚持不许修改，国方就愈不敢破坏。我们在精神上必须准备不怕分裂，不怕打内战，然后才能压倒反对派的破坏，并可能免于分裂。”指示再一次强调：“我们反对分裂，反对内战，但我们不怕分裂，不怕内战，我们在精神上必须有这种准备，才能使我们在一切问题上立于主动地位。”⒂
三月十六日，毛泽东在中共中央关于反对国民党修改政协决议和宪法草案原则致周恩来的电报上，加写了一段话：“最近时期一切事实证明，蒋介石反苏反共反民主的反动方针一时不会改变。只有经过严重斗争，使其知难而退，才有作某些较有利于民主的妥协之可能。”第二天他又致电周恩来，指出：国民党“二中全会决议很坏，我们应展开批评攻势，针锋相对，寸土必争”，“我党国府名单及国大代表名单暂勿提出”。
基于这些认识，从三月中旬开始，中共中央和毛泽东逐步加强对蒋介石集团的批评和揭露，加强各项应变准备。
怎样看待这一段历史呢？这年十一月二十一日的一次中央会议上，刘少奇说过一段话：在一、二月份，是糊涂了一下。现在证明和平是不可能的了。但和虽不可能，谈判仍是必要的，因为人民要和平。⒃毛泽东也说：在七大时，我们估计在日本投降后如果不克服蒋介石和中国的斯科比事件，中国的内战就不可避免。今年一、二月间似乎变了。后来还是证明七大估计是正确的。谈判是有成绩的，教育了人民，党内也是一个教育的过程。毛泽东还举例说：“复员就吃了亏，部队不充实，减少了民兵。”⒄
总的说来，中国共产党也好，毛泽东也好，虽曾一度对时局和平发展的估计偏于乐观，但并没有完全陷入对和平的幻想中，更没有因此而放弃人民手里的武装力量。到这年三月以后，随着蒋介石破坏政协决议的行动暴露得越来越明显，中共中央很快就总结了经验教训，而把自己的主要注意力的重点转到准备应付国民党发动全面内战上来，对复杂的事物有这样一个认识过程，是不奇怪的。
随着蒋介石全面内战步伐的加紧，一九四六年三月以后，国内的军事形势出现了“关内小打，关外大打”的局面。
关外，就是指东北地区。这个地区东、北、西三面同朝鲜、苏联、蒙古接壤；南面，陆上同华北地区衔接，海上隔渤海同山东半岛相望，人口三千余万，资源丰富，重工业比较发达，战略地位十分重要。九一八事变后，国民党军队在蒋介石不抵抗的命令下撤入关内，东北人民从此陷入了日本军国主义的血腥统治之下。东北军一批爱国将领，在民众支持下，自发地组织东北义勇军奋起抗击。中共满洲省委一面派人到各地义勇军中参加抗日，一面组织东北人民武装起来开展游击战争。一九三六年，东北各地抗日武装在中国共产党领导下组成东北抗日联军。后来，在日军重兵“讨伐”，“清剿”下，抗日联军一部分部认撤退到中苏边境地区活动，小部分仍在日本占领区内进行隐蔽斗争。一九四五年八月苏联对日宣战后，抗日联军配合苏联红军作战，八路军在冀热辽边和山东的武装也迅速深入辽南。
毛泽东一向十分重视东北。一九四五年中共七大期间，他曾指出：从我们党，从中国革命最近将来的前途看，东北是特别重要的。如果我们现有的一切根据地都丢了，只要我们有了东北，那么中国革命就有了巩固的基础。但由于当时条件的限制，中共中央并没有更多地派遣部队进入东北。苏联红军进入东北后，根据延安总部的命令，冀热辽军区司令李运昌就近组织部队挺进辽宁，配合苏联红军作战。中共中央还决定以晋绥军区政治委员林枫率千余干部先行进入东北，抓紧时机开展工作；命令原属东北军的山东军区万毅支队等向热河急进，待查明情况后准备进入东北。在一九四五年八月二十三、二十六日的两次中央政治