已经收复的地区又让土匪蔓延，则一旦土匪的主力南窜，里应外合，所有的收复区又将变为匪区了。”对于“第二收复区”，他认为基本方针、进攻步骤虽已确定了，但具体的兵力分配，“还要针对土匪的行动计划，作最后的决定。”②
这时，国内局势确实相当复杂：一方面，国共双方正在进行谈判，还签订了协议；另一方面，蒋介石又在杀气腾腾地部署和进行更大规模的内战。对于这样充满矛盾的现象应该怎样认识呢？
毛泽东的看法是：第一，蒋介石要消灭我们，这个主意老早定了。最好是很快消灭；纵然不能做到这一点，也要使形势对我们更不利，对他更有利些。这是目前发生大规模军事冲突的根本原因。第二，由于他受到各种因素的制约，特别是中国共产党力量的存在和他要发动全面内战的准备还不足，因此目前的大规模军事斗争可能被限制在一定的范围和一定的时间内，还不是全面的内战，“不能把目前这种大规模的军事斗争，误认为内战阶段已经到来”。第三，“和平、民主、统一，这是我党既定方针，也是国民党被迫不得不走的道路”。和平是能够实现的，只要我党有明确的方针与坚决的努力。
为了应付这种复杂的局势，从重庆返回延安的毛泽东，不顾旅途疲劳，立刻连续召开会议，统一领导层的认识，并在十月二十日为中共中央起草了《关于过渡时期的形势和任务的指示》。这个指示的着重点仍在击败国民党军队的进攻，以便有利地转到和平发展的新阶段。它指出：
“目前开始的六个月左右期间，是为抗日阶段转变至和平建设阶段的过渡期间。今后六个月的斗争，是我们在将来整个和平阶段中的政治地位的决定关键。”在这一期间内，中国共产党在国民党统治区域内的任务，“是扩大民族民主的统一战线工作，与广大友好的及可能争取的中外人士合作，组织广大群众，发动要求民主、惩办汉奸、挽救经济恐慌、救济失业人民与援助还乡人民等项运动，并与政府当局继续谈判尚待解决的问题。”“在解放区的中心任务，是集中一切力量反对顽军的进攻及尽量扩大解放区。为此目的，除移动大量军队与干部去东北及热河等地，并在那里组织人民、扩大军队、阻止与粉碎顽军侵入外，在一切解放区，是组织强大的野战军，有计划地歼灭向我进攻的顽军，歼灭得愈多愈干净愈彻底愈好。这是自卫的战争，我们具有充分的理由，站在有理有利的地位。解放区的一切工作，都应为这一中心任务而服务。”在这场复杂的斗争中，“必须坚持又团结又斗争、以斗争之手段达到团结之目的这一方针，毫不动摇地争取目前斗争的胜利，以便有利地转到和平发展的新阶段。目前斗争的胜利愈伟大，和平实现的时间将愈迅速，愈对全中国人民有利。”目前国民党军队进攻的重点在华北和东北，“只要战胜与大量歼灭向华北、东北进攻的顽军，争取我党我军在华北、东北的有利地位，迫使顽方不得不承认此种地位，然后两党妥协下来，转到和平发展的新时期，这是完全必要与完全可能的。”③
紧锣密鼓地调兵遣将的蒋介石，从八月中旬到十月下旬的两个多月中，已调集一百一十三个师约八十万人的兵力到内战前线，此外又收编了伪军三十万人，共一百一十万人，沿平绥、同蒲、正太、平汉、津浦五条铁路线东进或北上。企图以此达到两个战略目的：一，打通铁路线，大举进兵平、津，再向东北推进；二，把华东、华北各解放区分割开来，尔后各个击破，或逼迫中国共产党在不利形势下订立城下之盟。
为了争取在有利条件下实现国内和平，毛泽东把自己的工作重点放回到作战指挥上来。他在给各大战略区的许多指示中，一再强调对付国民党军进攻一定要遵守两个基本原则：第一是自卫的原则，即“人不犯我，我不犯人”，“蒋反我亦反，蒋停我亦停”；第二是胜利的原则，即“不要浪打，打则必胜”。
一九四五年的十月、十一月、十二月，国民党的军事进攻达到高潮。在这段时间中，毛泽东精心指挥晋冀鲁豫部队进行了平汉路战役（又称邯郸战役）。
蒋介石北上平、津的基本部署是兵分三路：左路以第一战区胡宗南部九个军东出潼关，并以其中的三个军北渡黄河进入晋南，然后经同蒲铁路到太原和第二战区阎锡山部会合，再经正太铁路东进石家庄，转而北上平、津。中路以第十一战区孙连仲部三个军八个师进占郑州，然后北渡黄河，沿平汉铁路北进，攻占晋冀鲁豫解放区首府邯郸，同胡宗南部会师石家庄，再继续北进，同由美国帮助空运到北平的第九十二军和九十四军会合，完全控制平汉铁路。右路以第十战区李品仙部三个军七个师由第十一战区副司令长官李延年指挥，先到徐州地区，然后沿津浦铁路北上，占领济南，伺机进击平、津。在这三路国民党军队中，中路的孙连仲部三个军八万多人已在九月中旬占领了新乡等八城，作北上石家庄的准备。左路胡宗南部两个军约五万人，也由太原附近沿正太铁路向石家庄东进。
面对着国民党军队气势汹汹地向解放区推进，如何阻碍和迟滞国民党军队沿铁路线北上，便成为解放区军民的严重战略任务。这是一个十分艰巨的任务。北进的国民党军队在兵力上多于解放军，装备更优于解放军，这是他们的优势所在；但官兵中很多人不愿意打内战，士气不高，部队新到，对地理、民情不熟悉，系统不一，补给困难，又有轻视人民解放军的心理，却是他们的短处。
根据这些情况，毛泽东决心以刚刚胜利结束上党战役不久的晋冀鲁豫军区主力迅速东移平汉线，迎击孙连仲部由新乡北上的三个军。从十月十二日起，毛泽东连续签发或为中央军委起草了给晋冀鲁豫军区司令员刘伯承、政治委员邓小平的一系列作战指示，提出打胜这一仗的重要指导原则：
一，这个战役的胜负，关系全局极大，因此必须精心筹划，精心组织，准备以一个半月以上的时间，在连续多次的战斗中争取歼灭北上的八万敌军中的一半左右。
二，鉴于安阳以南临近敌之出发地域，不易求得歼敌机会，且易打成阵地持久消耗战，因此必须审慎忍耐，采取以逸待劳方针，诱敌深入到安阳、沙河间地区寻求机会各个歼灭之。
三，在安阳、淇县间应当先以小部兵力采取宽正面的运动防御，轮番抗击，达到迟滞、消耗、疲惫敌人并摸清敌情之目的；但在敌深入安阳再行北进时，则应避开正面抗击，让敌放胆前进。
四，具体打法上，应待敌进至于我有利之地区时，一面在正面坚决阻击扼制，迫敌展开，我主力再从敌暴露的侧翼或后方进行坚决的、猛烈的突击，加以围歼。
在新乡地区进行了二十多天准备的国民党军孙连仲部第三十、第四十军和新编第八军，在第十一战区副司令长官马法五、高树勋及参谋长宋肯堂的指挥下，从十月十四日开始北进。他们经过汤阴、安阳，先头部队在二十二日北渡漳河，同晋冀鲁豫军区的阻击部队接战。二十四日，这三个军全部渡过漳河分两路猛烈北攻，遇到解放军节节抗击。此时，星夜兼程东进的晋冀鲁豫军区主力已在预定地区完成集结，二十四日晚开始按预定部署出击。经过合围、逐步削弱敌人、总攻、诱敌残部突围加以围歼等几个作战阶段，于十一月二日胜利结束平汉路战役，歼灭第四十、第三十军两个军的主力两万多人。在战役过程中，刘伯承、邓小平派参谋长李达在夜间到高树勋司令部，劝他率部起义。十月二十八日，高树勋毅然率新八军等部一万人起义，对这次战役的胜利起了重要的作用。
平汉路战役，是继上党战役后由晋冀鲁豫部队进行的又一个规模较大和比较彻底的歼灭战，对当时国内形势的演变起了至关重要的作用。一九五九年，国民党在台湾的“国防部”编了一部《戡乱战史》，对这个战役作了如下评述：“是役（按：指平汉路战役，国民党方面称之为漳河战斗）之后，我军对平汉路既未打通，匪更奄有晋冀、冀鲁边之有利态势，对华中形成极大威胁；对华北更肆意窜扰，南北隔离，使我对接收华北工作发生极大的困难，尔后惟依空运部队接收平津，究以兵力有限，形成孤立，使政略、战略陷于被动，影响尔后之作战实至深钜。”
对平汉路大捷，毛泽东十分高兴。他致电正在重庆进行谈判的周恩来等，告诉他们：“高树勋率两个师起义，影响极大。”“此战胜利后，将给‘剿匪’军以大震动，我们拟公开发表”。“现今刘邓清查缴获文件，为数必多，拟公开发表，击破国民党之诬蔑宣传。”④十一月五日，他为新华社撰写了《豫北冀南战场胜利捷报》的新闻报道。同一天，他以中共发言人的名义，发表谈话，用平汉路战役的实例，驳斥国民党中央宣传部长吴国桢所谓“政府在此次战争中全居守势”的谈话，指出：“由彰德北进一路，攻至邯郸地区之八个师，两个师反对内战，主张和平，六个师（其中有三个美械师）在我解放区军民举行自卫的反击之后，始被迫放下武器。这一路国民党军的许多军官，其中有副长官、军长、副军长多人，现在都在解放区，他们都可以证明他们是从何处开来、如何奉命进攻的全部真情。这难道也是取守势吗？”⑤
对于高树勋的率部起义，毛泽东更是备加赞扬。十二月十五日，他在《一九四六年解放区工作的方针》这份党内指示中，决定把“开展高树勋运动”，作为解放区十大工作任务的第二项，指出：“为着粉碎国民党的进攻，我党必须对一切准备进攻和正在进攻的国民党军队进行分化的工作。一方面，由我军对国民党军队进行公开的广大的政治宣传和政治攻势，以瓦解国民党内战军的战斗意志。另一方面，须从国民党军队内部去准备和组织起义，开展高树勋运动，使大量国民党军队在战争紧急关头，仿照高树勋榜样，站到人民方面来，反对内战，主张和平。”⑥
在平汉路战役前后，毛泽东还组织指挥了平绥路作战、津浦路作战以及其他一些重要战役，取得了重大胜利。
中国共产党在一九四五年最后三个月内在军事上取得的一连串胜利，产生了明显的效果，再加上美国政府对华政策的某些调整，广大人民反对内战、要求实现国内和平，终于迫使蒋介石不得不同意中共代表团提出的无条件停战的建议，在一九四六年一月十日同中国共产党签订了停止国内冲突的协定。中国的土地上（除东北外）出现了暂时和平的局面。
过分紧张的工作，终于使毛泽东在十一月中旬病倒了。
他得的是神经系统的疾病。用他自己的话来说，是“神经疲劳”。当时任中央书记处办公室主任的师哲回忆：“十一月，毛主席的身体状况越来越令人担忧。我每天都要看他几次。他有时躺在床上，全身发抖，手脚痉挛，冷汗不止，不能成眠。他要求用冷湿毛巾敷头，照做了，却无济于事。”⑦经过书记处几位领导人研究并一再劝说，毛泽东终于同意暂时集中一段时间治病养病，历来党内的重要文电，一般都由毛泽东自己起草。但在十一月十四日他起草了给东北局及晋绥、晋察冀军区等九份电报后，一直到一九四六年三月五日出席欢迎美国总统特使马歇尔的宴会，长达近四个月的时间内，他起草的电报只有九份，其中有三份电报是比较长的，就是已收入《毛泽东选集》的《一九四六年解放区工作的方针》科《建立巩固的东北根据地》以及十一月十五日致东北局关于作战部署的电报，其余六份都只有数十字至百余字。
毛泽东养病期间，仍然密切关注着全党的大事。他养病的地方，最初是在柳树店附近的联防司令部干部疗养所。由于这里离中央和总部比较远，不能及时了解有关情况，后来又搬到王家坪的桃林。为毛泽东治病的，除原有的医务人员外，还有两位苏联医生：阿洛夫和米尔尼科夫。他们是斯大林应中共中央的要求选派来的，还带来一些新的医疗器械和新研制的特效药。阿洛夫过去曾长期在延安为中共中央领导人看病，一九四五年十月才离开延安回苏联，十二月间又返回延安，他对毛泽东的身体状况比较熟悉。由于他们的精心治疗，又由于在一段时间内减少了繁重的工作，一九四六年开春毛泽东的病已逐步好转了，工作也逐渐恢复。
毛泽东病情好转得比较快还有一个因素，就是阔别二十年的长子毛岸英又回到他的身边。一九二七年大革命失败后，毛泽东领导秋收起义时，杨开慧带着三个孩子返回湖南长沙故里。一九三○年杨开慧被国民党当局杀害，毛岸英等三兄弟由中共湖南党组织秘密送到上海。一九三一年，毛岸龙患病死了。一九三六年，毛岸英、毛岸青又被送到苏联学习。一九四五年十二月初，已在莫斯科大学毕业的毛岸英，随阿洛夫医生等到达延安。毛泽东十分高兴，抱病到机场去迎接，父子的久别重逢，给了毛泽东极大的安慰和温馨，也使他的病体能较快好转。
毛岸英在苏联生活了近十年，对中国的情况所知极少，甚至连中国话也几乎忘却了。毛泽东为了让毛岸英多了解些中国的社会情况，尤其是中国的农村情况，当他自己病情稍有好转后，就在一九四六年二月间春耕快要到来的时候，把毛岸英送到陕北农村，接受劳动锻炼，学习农业生产知识，熟悉农村情况。毛岸英走的时候，毛泽东嘱咐他：你在苏联大学毕业了，但学到的只是书本上的知织，只是知识的一半，这是不完全的。你还需要上另一个大学，去学另一半知识。这个大学中国过去没有，外国也没有，它就叫“劳动大学”。毛泽东还告诉毛岸英：你要老老实实地锻炼，要和群众打成一片，生活上不要有任何特殊，要多做调查研究工作，通过实际的调查，了解中国农村和中国农民的情况，学习书本上学不到的