只帮忙，不添乱，坚决贯彻领导指示。仁宗的新政在他们操持下，得以平稳展开。
在李孟革除积弊的基础上，仁宗分别从“内”、“外”两方面进行整顿。
对内，严格抑制蒙古勋贵，尤其是皇族诸王的权力。至大四年冬，仁宗下诏罢废诸王断事官，蒙古人犯盗诈者令所隶千户鞠问，将诸侯王在自己领地上的司法权收归中央。皇庆二年（1313）四月，废除诸王份地达鲁花赤由封主自己任命达鲁花赤的旧制，而已朝廷委派流官担任，诸王只能认命自己封地的副达鲁花赤，这是将诸侯王封地的行政权也大半收归中央。
对外，仁宗则着重于严禁近侍干政，整顿选法，选用儒士充任官员。前文说过，元朝的高级官员基本上都来源于蒙古勋贵、汉人世侯或世祖藩邸旧人后裔，而中下层官员则是“以吏升官”。
以吏升官虽然使得有实际事物能力的吏员充实到官员队伍中，对于政务推行有一定好处。但吏员往往没有经过系统学习儒家经典，对于自身的道德要求很低，从而出现“吏廉无才，不若亡廉而才” 的现象。再加上选拔吏员升官没有固定的机制，选拔方法几乎成了私相授受，选出来的官员更无法保证称职。成宗朝为政宽纵，武宗朝更是行政混乱，终于导致政纪日渐废弛。
在仁宗看来，只有重开停废已久的科举，才能扭转这一局面——“朕所愿者，安百姓以图至治，然匪用儒士，何以致此。设科取士，庶几得真儒之用，而治道可兴也。”
不过，要复科举，却也并不是那么容易。自从蒙古帝国窝阔台汗五年（1234年）金朝灭亡至今，科举在中原汉地停废近乎一个世纪。而淮河以南地区，自南宋灭亡以后废除科举也有三十余年了。元朝建立，世祖从一开始就认为科举“虚妄”，成宗、武宗对这一看法也奉行不悖；蒙古、色目大臣怕科举会让汉人和南人迅速占据自己位置而反对科举；甚至很多儒臣也因科举实行六百年来弊端丛生而不主张再行科举。
这么多年过去了，除了世祖朝宰相和礼霍孙曾提出恢复科举之外，朝廷中几乎无人言科举。
政策是有惯性的，也是会造成惰性的。仁宗在朝会上提出恢复科举时，得到的回应是“大臣且笑且怒，下而素以士名，耻不出此，亦复腾鼓谤议。赞其成者数人耳” 。
大臣们大都不赞成，而时任的中书右、左丞相秃忽鲁、合散虽然从来勤勤恳恳的帮皇帝做事，但要他们支持皇帝力排众议，却是没有这样气魄。
仁宗是文人气质，不如哥哥武宗果断。决定大事，必须身边要有信任的人来支持和谋划。而这样的人，除了师父李孟，不会有第二个。
皇庆二年（1313年）十一月，仁宗以行科举诏颁布天下。每三年开试一次，分乡试、会试、殿试三道。延祐元年（1314）十二月，仁宗重新任命李孟为中书平章政事，一力主持重开科举事宜。
李孟本就是重开科举的支持者，常对仁宗言：“自古人才所出固非一途，而科目得人为盛。今欲取天下人才而用之，舍科目何以哉。然必先德行经术，而后文辞，乃可得其真才以为用。”现在被任命总理此事，自然不再顾虑于自身，竭尽全力办差，将所有的阻挠都视为浮云。
延祐二年春，在李孟的主持下，元朝开国以来第一次科举考试终于开始，李孟担任廷试监试官。
科举重开，这消息对于久久压抑于无进取之路的士人，尤其是江南士人来说，有着拨云见日，枯木逢春的欣喜。一时间天下风动，士人奔走相告，纷纷投身于科举，“如阳春布获阴崖冰谷，荄粒无不翘达” 。甚至一些南宋遗老，如赵仪可、陈大有等人，都是年过古稀的老人了，也抱着“重期将相公侯选，肯信倡优卜祝同”的心意，出而赴考。
延祐科考，按右、左两榜分别取录“国族暨诸部”也就是蒙古、色目士子和汉、南人士子。考试科目分经义疑、古赋诏诰章表、时务策论三门——“经疑经义以观其学之底蕴；古赋诏诰章表以著其文章之华藻；复策以经史时务以考其用世之才” 。
经过乡试、会试、殿试，大元朝第一科的考试顺利结束，取士五十六人，蒙古、色目子弟十六人，其余均为汉人和南人。
开国以来第一次科举圆满结束，李孟得偿所愿之余也有着成大事青史留名的得意，专门赋《初科知贡举》诗一首抒怀：
百年场屋事初行，一夕文星聚帝京。
豹管敢窥天下士，鳌头谁占日边名。
宽容极口论时事，衣被终身荷圣情。
愿得真儒佐明主，白头应不负平生。
而早年因谏言武宗不成自行隐退的张养浩，早已被仁宗召回，任命为翰林直学士，改秘书少监。这次延祐复科举，也以礼部侍郎的身份参与其事，在考试后提出为了日后更好的收罗人才，可以适当放宽录取分数线，使得很多落榜的考生也获得了官职。这看起来有徇私之嫌，但当考生们向他致谢时，张养浩却一律不见，只是遣人告知：“诸君子但思报效，奚劳谢为！” ——这是效仿千金买马骨的典故，只是为了让朝廷更多获得士人之心，自己毫无私念，一时被传为佳话。
元朝的科举从这时开始，共举办十六次，取士一千二百余人，这和宋、金以及后来的明、清相比，确实少得可怜，用儒士补充官员队伍也是杯水车薪，没能够最终达成目的。但因为科举考试以程朱理学对儒学经典阐释为判卷标准，从而推动了理学在全国范围内的传播普及，开了今后六百年“经义取士”的滥觞，对后世影响巨大。而从开科举开始，大元朝廷的向心力也水涨船高，日后到了元末，很多士人自招兵马与红巾军作战，为元朝死节者也比比皆是。
元朝科举和元末士人的故事，在后面的章节中，笔者会详细解说，这里不赘。
【正文】
复开科举，终于在仁宗的乾纲独断以及老师李孟的极力赞襄之下，圆满完成了。从抑制滥赏、滥爵，淘汰怯薛冗员，限制宗王权势，到复开科举，仁宗的作为不能说不多，但要继续去做的事情更多，如整顿吏治和财政等等，都是千头万绪，需要下大精力去做的。
然而，让仁宗恼火的是，一到需要做事的时候，身边的宰辅班子便要出问题。延祐元年（1314），中书右丞相秃忽鲁以灾变乞求罢去自己的相位，按照天人感应的说法，闹灾变是上天警告朝廷失政，宰相为政府首脑，自然要负责。但元朝时期灾变不断，若都按这个做法，恐怕没一个宰相能当够一个月。仁宗开始不准，但秃忽鲁屡屡相求，无奈之下，只得在二月任命左丞相合散继相位。
可合散竟也却坚决不愿担任首相，理由是“非世勋族姓”。这其实也是胡说，从世祖开始，宰相非蒙古勋贵的很多，谁说色目人就不能当呢？
宰相的高位多少人求之不得，秃忽鲁、合散竟然避之唯恐不及，只能说明，这个位子已经有人盯上了，而且势在必得，谁要抢谁就会倒霉。
不用猜就会知道，已经赋闲一年多的铁木迭儿已经等不及要出山了，而他身后的答己太后自然也不愿意他总在朝廷中枢之外。纵有千般不愿意，仁宗终究还是拗不过母亲，是年夏四月，复拜铁木迭儿为开府仪同三司、监修国史、录军国重事。到了九月，铁木迭儿终于又被任命为中书右丞相。
铁木迭儿的再次入相，让母亲的阴影重新笼罩在仁宗头上，他身边的臣子们更感到压抑。李孟虽还在中书省，但从铁木迭儿回来开始，便借口“衰病不任事”，再次退居幕后。至于新提拔的中书平章政事刘正、中书参知政事左丞高昉等人，更是无所适从。
但铁木迭儿这次复相，倒是很表现出为主分忧的热情，看到仁宗急需采取措施增加国家的赋税，便和朝中老臣一起商议了办法，向仁宗奏陈。铁木迭儿认为，以往的理财手段，不外乎增加赋税、课额，或者就是动用钞本，可“动钞本，则钞法愈虚；加赋税，则毒流黎庶；增课额，则比国初己倍五十矣”，所以都不能再用，于是他提出“江南田粮，往岁虽尝经理，多未核实。可始自江浙，以及江东、西，宜先事严限格、信罪赏，令田主手实顷亩状入官，诸王、驸马、学校、寺观亦令如之；仍禁私匿民田，贵戚势家，毋得沮挠。请敕台臣协力以成，则国用足矣。” ——也就是说，对江南的土地重新进行统计汇总，严查藏匿，田多了，收的税自然多，不增加赋税也可以保证国库充盈了。
仁宗不喜欢铁木迭儿，但也认为他说的很有道理，于是下诏实行“江南经理”——对江南核实田土占有状况进行甄别隐占，考较田粮。十月，铁木迭儿遣张驴、昵匝马丁、陈士英分道经理江浙、江西、河南三省田粮，“制江南东西道及浙西道民先自实土田” 。
对于田地的隐瞒不报和非法占有，历朝历代都是痼疾，重新统计土地占有量，也是历朝历代对付这估计的方法。可这种和钱粮打交道的事情，能否推行好首在用人。王安石的“方田均税”因为用人不当，导致失败，而张居正的“一条鞭”却因为用人得当，得以成功。
好心尚且会办坏事，何况铁木迭儿本就用心不正。仁宗用铁木迭儿来经理江南，自然难逃失败的命运
经理一开始，各地百姓就陷入了悲惨境地，“有司绳以峻法，民多虚报以塞命，其后差税无所于征，民多逃窜流移者”。铁木迭儿派往各地的使臣几乎都和当地墨吏携手，将“自实土田”曲解为强制括田，“名曰自实田粮，实是强行科敛” ，为了增加上报田土，可说无所不用其极，甚至拆毁民房，平毁坟地来增加所谓的田土数量。尤其是派往江西的昵匝马丁，更是将括田演变为彻头彻尾的虐民暴政。仅信丰一个县，他就下令拆毁民房一千九百多间，平毁的坟墓更是不计其数，其余各县情况也是大同小异。
老百姓总是逆来顺受的，但压迫也要有限度，让百姓流离失所，无从过活，这就是压迫过分了。
逆来顺受要死，奋起反抗也不过就是死，那为什么不反抗来拼个活路呢？
延祐二年四月，饱受荼毒的江西人民终于爆发了，数万人在赣州人蔡五九的领导下造起反来，围攻宁都县城。七月，官军救援宁都，蔡五九的义军撤围，但转而攻入福建，攻陷宁化，自立为王。
本是富国裕民的举措，却弄成了这个样子，仁宗的懊恼真是无可言说。虽不是你的本意，但官员们作恶是借助你的旨意干的，你作为皇帝自然要负责。仁宗一面调集兵马围剿蔡五九，一面下诏停止了经理，并命凡在三省经理中查出的漏隐田土，免征租税三年。
蔡五九虽然率领百姓反抗暴政，但毕竟只是一省之事，并无其他省份的应和，再加上他刚打下一个县城便自称王，也不是个成大事的人，在江浙、江西两省官兵的围剿下很快陷入绝境。延祐二年九月，官军合围义军于石城（今江西石城），起义终于失败，蔡五九被杀。
起义镇压了，恶政停了，补救的措施也颁布了，但仁宗的江南经理也彻底失败了。尽管这次经理所确定的土田亩积，在很多地方还是被登入籍册，但“经理考核多失其实” ，对于增补国用毫无助益。
【正文】
“延祐经理”的失败，对于仁宗是一次沉重的打击，大部分史家都将此次经理失败和蔡五九起义看作是仁宗锐意改革的终结点，说以后再没有引人瞩目的新政出台，似乎仁宗被这打击弄得心灰意冷了。
其实，要说仁宗在这之后改革劲头不那么足了，是事实，因为从这之后他被另一件大事牵扯了精力，身体也不太好了。但要说他把改革终结了，却是夸大之说。
在经理失败后，仁宗的主要精力是编纂有关国家政制法程的各部类单行法，以规范行政立法行为。
元朝行政立法属于“判例法”，根据因时立制、临事制宜的原则，用条格、断例等形式个别颁布。各级政府机构均置“格例簿”，“遇事有难决，则搜寻旧例；或中无所载，则比拟施行”，这样的立法在短期内问题不大，但日积月累，为具体问题而颁布的格例越来越多，因为没有成文，先后颁布的格例经常相互抵牾，不法官吏便有充足的机会钻法律空子，凭借格例的乱象贪赃枉法。
仁宗要做的就是将判例法变为成文法，他组织大臣对现行格例进行对照整理，加以分类编辑，重新修订。延祐三年夏，编撰工作完成，所有格例被分为三纲一目。三纲是“诏制”、“条格”和“断例”，一目是“别类”。
按说作为国家根本大法，既然编撰完成，就该立即颁布，依法治国。可是，在格例汇集完成后，在仁宗在位时没有颁行，最后在英宗朝才成为颁行天下的《大元通制》。
法典编好了却不颁行，确乎是行政的疲软之态。不是在蔡五九起义的延祐二年，而是从延祐三年开始，仁宗的精力便不在政务上了。
这时的仁宗只有三十二岁，正是干事情的时候，何以如老师李孟一般急流勇退？
他是皇帝，不应该有如李孟一般的担心，母亲虽然擅权，铁幕跌虽然跋扈，但他们还威胁不了他的安全和地位。但他也是人，人就会有私心，而私心就会成为别人制约他的把柄。
何况，仁宗的私心于公是动摇国本，于私则是有愧亲情。
这私心，就是更换储位。
当年武宗即位，册封仁宗为“皇太子”。武宗自己也有儿子，让弟弟做储君是为酬劳他定难的功劳，但儿子也不能委屈。于是，兄弟二人约定“兄终弟及，叔侄相传”——武宗的储君是仁宗，而仁宗的储君只能是武宗的儿子。
现在，武宗的长子和世剌已经十五岁，算是成年人了，次子图帖睦尔也有十一岁，他们都已经可以被立为太子了。而和世剌更是首选。
可是仁宗不愿意，在享受了皇权的至高无上后，他希望将这权力移交给自己的儿子。长子硕德八剌已经十二岁，一直由自己亲自教养，不但“幼承父师之准绳，壮缉文献之渊懿” ，而且极为孝顺，作为父亲怎么能忍心将他排除在皇位之外呢？
但当年的约定朝野皆知，要传给自己的儿子，是有很大压力的，宗室们不会同意，身边的儒臣们恪于君臣之义也不会赞同。
当然，易储的事情可以