另一个教授普里哥金（Prigozhin）提供托派文件给蒋经国等若干学生。蒋经国成为接受托洛斯基正统立论主张的学生之一。他和一些年轻的左翼中国学生认同托洛斯基的主张，认为共产国际必须以推动帝国主义国家的无产阶级革命为最高优先要务，否则欧洲、日本等强大的资本主义帝国，将会压制中国这类落后社会的马克思主义运动，从而摧毁社会主义祖国本身。
此时的中国，北洋军阀发动战争，产生新的合纵连横局势，莫斯科的中国青年学生听到冯玉祥倒戈，和张作霖、吴佩孚抗争的消息，大为振奋。然而，冯玉祥进佔天津，兵力过于分散，旋即被迫放弃北京。
1926年1月12日，一位中国共产党籍学生来到中山大学报到。当年二十一岁的邓小平直接由巴黎转来莫斯科；他在巴黎已居住五年，因为负责主编一份油印週刊《赤光》（Red Light），得到“油印博士”的绰号。邓小平由校方取了俄国名字伊凡？捨吉维奇（Lvan Sergeevich），但是不到几星期，由于他的用功，又得到“小钢炮”的诨号。邓小平由于在巴黎有过一段奋斗的岁月，在中山大学有特权，本人也十分用功，他找到一个店舖可以买到他喜爱的法式牛角麵包，也偶尔跑到俱乐部打打桥牌。
据中山大学毕业的同学的说法，邓小平和蒋经国分配在同一班，共有二十人；邓是中国共产主义青年团的小组长，因而负责评估所有团员的意识形态和表现。 可惜我们迄今还未看到他对蒋经国的评语报告；不过，邓、蒋两人显然交情不错。邓小平身高勉强才五英尺，比蒋经国还矮，但两人因体型相近，反倒备觉亲近。蒋经国经常藉著莫斯科河边散步的机会，向邓请教他在巴黎的经历。于是邓写了几篇文章，谈论他在法国的工作经验，交给蒋经国的《红墙》发表。邓小平与张锡媛热恋——张父是铁路局的一位主管，张本人则是与蒋经国一道跋涉到莫斯科的青年学生之一。
同年1月，陈果夫的弟弟立夫完成留学美国的课业，取得工程硕士学位，并于宾州某煤矿场有了一年实习经验，回到广州。陈立夫接受出任“介石三叔”机要秘书的工作。这位年轻、英俊的留美归国学生，立刻见识到了蒋介石的火暴脾气；他向蒋报告说，他愿意效忠三叔，但是如果蒋再破口大骂人，他立刻辞职走人。蒋介石保证以后不再骂脏话，果然此后二十五年都他遵守承诺。陈立夫也果然如同兄长一样，忠诚追随蒋氏，日后成为国民党内的要员。
陈立夫的一部分工作就是过滤情报报告。他说，因此“他非常瞭解共产党的勾当”。这些材料来自于陈果夫在青帮协助下布建成功的线民网，陈氏兄弟把蒋氏在广州及其他地区的敌人及潜在敌人的资讯，源源不断地提供给蒋。3月18日，中国共产党执委会一名成员向蒋密报，有人酝酿阴谋对付他。两天之后，国民革命军的炮艇“中山舰”（译按：即永丰舰改名）突然神秘地由广州开往黄埔，甲板上的炮亦卸下炮衣。蒋介石当机立断，采取行动，逮捕中山舰舰长（译按：黄埔军校毕业生李之龙）、船员以及周恩来等二十五名共产党员。此时，蒋已牢牢掌控国民党的军、政大权。他向苏联方面担保，无意破坏与苏方或中国共产党的合作关系—他只是对付犯错的个人。他要求回到莫斯科开会的鲍罗廷提早回广州，也请已经奉命回国的布鲁彻将军，再回广州复任高级军事顾问。蒋氏并发表公开信，昭告黄埔军校学生，他和孙总理一样，相信若不能容共，革命阵线就不能统一，他释放了早先扣押的周恩来等一干中共党员，并逮捕若名干右翼军官，以示平衡。
蒋介石原本认定国民党的联俄联共政策，不至于严重威胁到自身的优势。但是在中山舰事件爆发之前，他已接到陈氏兄弟提供的报告，起了疑虑，遂采取行动，掌控住他在同盟中的权势。同时蒋氏瞭解，北伐要成功，苏联的物资援助非常重要。因此何时、如何与共产党绝裂分手，要视事态发展而定。在蒋氏的盘算里，国共合作也可以无限期持续下去，只要苏联和中共不挑战他的权力就行。
事实上，蒋介石此时的世界观依然十分左倾。我们可以从他和儿子在中山舰事件爆发前的信函往来中，看到这个左倾观点。2月12日，经国向父亲问起，日前来函似乎反映出“不脱离宗法社会的语意”，他请父亲说明孙中山先生的民主主义和共产主义之间的关系，究竟如何。蒋介石答说，前一封信里的旧式思想，意在测试经国，他很欣慰儿子本身的“思想、语言”，都很“正确”。他进一步解释说，孙中山的民生主义就涵盖了共产主义。他说，中国革命“只有在成为世界革命的一部分”之时，才有意义。
蒋介石3月16日发出的信函中，有支持儿子加入中国共产主义青年团的决定，并表示国民党和共产党原是“革命同志”。蒋介石晓得苏联秘密警察一定会拦截、阅读他给经国的信函；恐怕也刻意要在信中如此表态。但是它也充分反映出蒋介石在针对中山舰事件采取行动之的前四天，仍然持有激进立场。
尽管爆发了中山舰事件，共产国际同意继续与国民党结盟合作。中共领导人虽然希望与国民党分手，但是却仍再度服从共产国际的决定，继续维持国共合作。斯大林最关心的是，如何牺牲中国东北权益，讨好日本人（托洛斯基此时的态度与斯大林无异）。苏共政治局接受“今后南满仍由日本掌控”，也同意苏联应与控制东北及华北部分地区的张作霖，维持“和平、稳定的关系”。斯大林明白表示，此一阶段的国共联合阵线应该极力排斥以积极军事行动统一中国的主张，也要迴避可能把“帝国主义者推向军事干预之路”的一切行动。
1926年夏天，蒋介石出任国民革命军总司令，吴稚暉代表中央授旗。陈果夫出任国民党中央组织部部长这一要职。陈果夫在弟弟及他人的密切配合下，开始改组广东及邻近省份的国民党党部，革掉多数中共党员的领导职位及一些基层职位。陈果夫开始把他们的秘密“政治组织”渗透进入工会、农民协会及中国共产党之内。7月，蒋介石说服广州总商会，以大笔金额捐助国民革命军。蒋掌握住丰厚财源之后，开始了北伐行动，要把全中国统一在国民党旗下。蒋氏面临十倍于国民革命军兵力的各路军阀部队。
1926年，蒋介石出任国民革命军总司令
蒋经国仍以正面的角度看待中国的局势发展。他瞭解，他的父亲必须坚实掌握力量，对付广州的异议人士。中共党员认为中国的革命，以及中国国民党，终究要由他们的先锋党接管；蒋经国和他们看法不同，他相信，国民党在他父亲领导下，不仅将会击败帝国主义、统一中国，也将完成无产阶级的马克思主义革命。中国共产党在这个大局势之下，将是配角，最终将由国民党这个真正的先锋党，把它吸收、整合。
蒋经国在中山大学的中文期刊上发表一篇题为《中国国民革命与中国共产党》的文章，抨击中共阻碍革命事业，在国民党内部散播纷争的种子，集结游手好閒、流浪汉起来反抗国民党部队。他指控中国共产党进行渗透活动，扩大控制地区，并建立自己的武力。蒋经国认为，中共给中国真正的革命力量—他父亲领导的国民党，带来麻烦。 他与中国共产党的关系自此开始恶化，也是可想而知的。
10月，斯大林把托洛斯基逐出苏共政治局，谴责托洛斯基及其追随者是社会民主党偏离分子。可是中山大学绝大多数中国学生、拉狄克以及若干老师，依然赞同托洛斯基的“不断革命论”观点，同学们开始称蒋经国是托派的组织者。接著，消息传来，蒋介石不顾苏联反对，率领人数微寡的国民革命军，跨出广东，展开北伐。蒋介石正是拉狄克经常鼓吹的革命党人大无畏的表率。
大约就在这段时间，蒋经国处于早熟的16岁青春期，也有了一段罗曼史。他和冯玉祥的15岁女儿冯弗能坠入情网（冯弗能和哥哥冯洪国在5月间抵达莫斯科）。冯弗能写了许多情书给男朋友，芳心暗喜这样一位优秀学生关心她。 当时，中山大学男生人数远远多于女性，而且绝大多数男生都比经国年岁要大，他竟然能独获美女芳心，的确在同学群中成为轰动一时的大新闻。
蒋经国身材并不高大，在同学里也称不上英俊貌美，但是他具备农家子弟雄獷的面貌。虽然依然瘦削，他已练就一身强壮体魄。同学们都说他幽默风趣、活力十足、信心坚定。跟在上海唸书时期一样，他是个天生的领袖，能高瞻远瞩，看清目标，鼓励同儕努力达成目标。
中山大学少数已婚的夫妇档学生，起初被迫分开居住。男生住在中山大学校内，女生则安置在彼得洛夫卡街一个旧俄贵族的宅第。在学生的抱怨之下，校方一边开始兴建夫妻宿舍，一边设立“幽会室”，供夫妻档学生燕好之用；未婚的革命情侣也偶尔利用幽会室谈情说爱。
蒋经国和冯弗能的幽会乃是此后他一连串罗曼史的开端。然而，他只追求与他地位相当的女性，不像他父亲多年来净与一些烟花女来往。蒋经国自幼在呵护得无微不至的女性照料下长大，到了青少年时期，又碰上年纪足可当他女朋友的年轻“上海姆妈”，对于女性，他有种崇拜的浪漫憧憬。终其一生，他都在追求完美的爱，且发现追求的过程远比达致目标更留下美好记忆。
蒋经国和冯弗能旋即决定成婚。当时在莫斯科，结婚是很简单的程序，甚至根本不必办理婚姻登记，男女双方情投意合，同居一起，就算成婚。当年（1926年）中山大学的学生名册上指出，妮芝达诺娃（Nezhdanova，冯弗能的苏联名字）是“伊利札洛夫”（蒋经国）之妻。我们猜想他们也分配到一间夫妻档的新宿舍。由于冯弗能并不是积极参与政治活动的学生，蒋经国的一些社会主义派友人，并不赞同他们俩的结合。
蒋经国和冯弗能小两口经常前往莫斯科的中国工人俱乐部，那里有全市搜藏最完备的中文报纸；他们边喝茶或开水，边留心中国的局势发展。蒋经国好几次被请上台，就国内局势发表演讲。有一次，他对三千名莫斯科市民，以“中国（国民党）北伐的目标及其最后成功”为题发表演讲。后来，又对三千五百名铁路工人以同一题目演说。
苏联原本担心中国在国民党领导之下统一，将会刺激日本与英国的干预，现在疑虑已消。蒋介石在苏联武器援助和布鲁彻将军的协助下，用兵神速，向北进伐。战役往往进行得十分激烈，伤亡人数很多，长沙首先被攻克，武汉三镇旋即落入国民革命军手中。蒋介石部队打到长江时，已有三十四个各地军阀见风使舵，加入国民党。这批杂牌军日后对国民党的发展，福祸难以一概而论。
1926年8月，莫斯科报纸报道，蒋介石部队攻佔华中重镇长沙之后宣称：“革命要成功，就必须联俄以推翻帝国主义……中国革命是世界革命的一环……”蒋介石此时很可能还相信，苏联仍将继续支持类似中国境内的反帝斗争，不会从中浑水摸鱼。莫斯科方面绝大多数人非常看重蒋介石这番革命言论。蒋经国尤其认为它们证实了他心目中的父亲，是真正的列宁信徒，甚至是托派的信徒。
然而，国民党的军事指挥官在战场上的表现，可不像左派人士。中共的活动家在国民革命军部队之前，先到地方上组织农民及工人团体。可是国民党将领一旦佔领某地区，立刻推翻原先没收土地的决定，并取缔解放区内由中共组织起来的各式团体和工会。周恩来培训出来的政治干部在国民革命军部队中佔有团级以上的职位。理论上，他们的权位高于这些第一线指挥官。可是前敌指挥官一再不理会政工人员的命令，3月20日之后，又自己派人换掉周恩来培训的干部。中国共产党决定，命令在国民党地区任职的中共党员，辞去政府公职，不愿对各地情势发展承担责任。然而，共产国际推翻了这项决定。
蒋介石可以信赖国民革命军中绝大多数的高级将领，可是共产党员和左翼人士在国民党中央里势力较大。蒋介石8月12日离开广州之后，这些人的影响力迅速增长。国民党内自由派人士（包括孙中山的遗孀宋庆龄在内）越来越担心，蒋介石意图建立军事独裁。政治顾问鲍罗廷留在广州，在左派人士之中扮演重要角色。10月间，宋庆龄等人组成的中央执行委员在广州开会，通过决议暗批蒋介石紧抓政治大权。11月，中执会表决把党中央和国民政府移到比较左倾的工业重镇——武汉，不接受蒋介石属意的南昌（蒋的军事总部此时设在南昌）。
武汉开始出现传单，拿蒋介石和墨索里尼相比拟。但是莫斯科的报纸和纽约等地的马克思主义刊物，继续讚扬蒋的战果。斯大林在11月间举行的共产国际第七届大会上，引用北伐成功，作为他政策得当的证明。斯大林相信，国民党会听命行事，在国民党领导下统一的中国，将会回应他的政策和利益。并且，他相信国民党的领导权，将“无可避免”的落到劳工阶级手中，中国的资产阶级将会出走，或被清扫出国民党阵营。地缘政治考量亦激励斯大林必须支持越来越强大的国民党。斯大林依然认为（他的看法正确），中国统一之后将刺激日本坚定掌握整个东北地区的霸权。正当蒋介石向北挺进之际，斯大林开始认为，在中国积弱、分裂之下，日本的扩张主义野心恐怕会更强大。因此南方若出现国民党一再担保的友好强邻，乃是符合苏联利益的发展。国民党事实上亦派员以“副会员”身份出席11月间在莫斯科举行的苏共党代表大会。代表蒋介石向俄国“同志”提出报告的代表，不是别人，正是蒋介石的首席秘书邵力子。
1927年1月，邓小平离开莫斯科，加入“基督将军”冯玉祥的部队，担任顾问。他回国的时机正是中国局势大动盪的紧要关头。桂系将领白崇禧、李宗仁率领的一支国民革命军部队刚刚解放了蒋介石的故乡——浙江省，通往上海之路已经敞开。起先，武汉的国民党中央�