陆，直抵西藏。
中央情报局（译者按，它是由政策协调处改组而成）台北站扩张到拥有600多名职员。它的活动其实也到了不避人耳目的地步，台北市的计程车司机都晓得中山北路上的西方公司（Western Enterprises）就是中情局台北站。第一五任站长庄士敦（Charles Johnston）警界出身，浑身干劲十足。二次大战期间，庄士敦即加入战略服务处，一度参与美方与戴笠军统局的联合作业。庄士敦的主要目标是支援蒋氏父子声称仍在中国大陆活动的160万名反共游击分子。美军顾问团及军事情报单位不久亦深深介入这类秘密活动，有时与中情局配合，有时则否。
宋美龄依然是她丈夫在涉及美国外交及政治事务的首席顾问。现在她的触角伸至就情报及秘密活动与中央情报局高阶层联络事宜，直接对蒋介石报告负责。 但是督导、掌管台湾整个情报及秘密行动，包括与美方配合行动者，其实是蒋经国。 他所掌控的特战中心负责指挥调度执行秘密任务的单位。这个中心下辖两个特种部队群，员额7000人，另有一支5500名兵力的反共军队。美国人形容他们是“非常精良的部队…团队精神很高，但不是经常遵守军纪”。另外还有一支“孤儿部队”大约600人，是在大陆作战殉职的国民党军队军官遗孤，培养来从事游击作战。美军顾问团支持另两个特战部队群，员额6000人，也隶属在蒋经国的特战中心底下。
根据若干接近蒋经国的台方军官所言，亦经当时驻台中央情报局官员证实，宋美龄和她的继子在情报及秘密活动上面，偶尔发生政策歧见。但是他们不会公开显露不合。通常，他们分别去见蒋介石，讨论他们不同意的问题。
铁幕迅速落下，中央情报局实际在中国大陆毫无可靠的情报资产，因此它急于支持蒋经国的地下情报搜集工作，包括进行通讯拦截、空中侦察，乃至派员潜入大陆从事间谍活动等等。这些情报搜集活动立即在台湾僱用了好几千人，中国人、美国人都有。
蒋经国在大陆的情报来源就是戴笠的军统局，以及国民党政权各个秘密勤务单位留下的人马。台北透过短波无线电与一些间谍联络，但是中共迅速侦破，破坏这些消息来源，许多人摇身一变，成为“双重间谍”，开始送回由中国共产党和人民解放军情报机关掌控的情报。
绝大多数美国官员很快就认定蒋经国的特务及潜伏在大陆的间谍所送回的情报价值不高。笔者访问了十多位熟悉国民党间谍提供情报的美国中情局和军方官员，除了一个人之外，全都认为它们基本上没有用处，有时是由共产党、甚至国民党本身所制造，当时的许多国务院官员对它们评价也都不高。
在中央情报局及国家安全局（National Security Agency 译者按，美国专司电子情报战的安全单位）的协助下，拦截大陆的通讯成为最可靠的讯息来源。韩战爆发不久，美国国家安全局就在台北近郊架设一处繁复的无线电侦听站，蒋经国掌握的侦听单位提供数千名人员记录、分析中国大陆的军事及政府无线电通讯。另外，国民党当局飞行员还飞越中国大陆上空，记录人民解放军雷达通讯。这类的电子资讯提供极佳的战斗序列、兵力部署情报，给予中、美最高指挥部。
1950年初，国民党军队将领胡宗南企图重整他已被击溃的第三军残部，在中、缅边境成立游击部队。不到几个月，这项行动失败，胡宗南调回台湾。可是他的数千名部属在李弥将军率领下，逃入缅甸山区。1950年秋天，这支国民党军队残部前途未卜，幸好援助即将到来。年底之前，蒋经国的特战中心规划出，运用李弥部队进攻华南的一项计划，政策协调处的美国秘密活动专家支持这个计划，可是中央情报局局长史密斯（Walter Bedell Smith）反对，认为它必败无疑。不料，杜鲁门总统推翻史密斯的决定。这时候，美国保守派要求白宫准许麦克阿瑟对中国境内军事目标发动空袭，也要求白宫不要再绑住蒋介石，应该让国民党军队打共产党，李弥部队可以击敌之所不备，成本也不高，白宫不能放弃这样一个机会。
由缅甸出兵计划的假设前提是，国民党政权声称它在华南散落了数十万游击部队，只要略受鼓励，就会揭竿而起。蒋经国心知肚明这些残部败军不可能成为一支有效的部队，但是他们父子乐于一试，反正可以激化中、美敌意，把美国与国民党政权关系拉近，又能替经国的特战机关带来更多经费、器材和工作，何乐而不为？在泰国政府秘密合作下，民航公司飞机开始运送武器、装备、训练员及美国政策协调处顾问，到达李弥的基地。
1951年4月，麦克阿瑟公开呼吁与中国全面开战，包括接受蒋介石提议，让国民党军队开赴朝鲜半岛参战，还建议美国支持国民党军队反攻大陆，在中国开闢第二战场。很少美国人瞭解，即使有美国海、空支援，蒋介石并没有“反攻大陆”的念头。杜鲁门把麦帅这位太平洋战争的英雄解职，换上李奇微将军（Mathew Ridgway）为盟军总司令。杜鲁门在朝鲜打有限战争的政策受到猛烈抨击，遂倾向于让主张秘密作战的人士试试运用国民党的游击武力。
6月间，李弥率领2000名部属跨过中、缅边境，行军100公里，进入云南。此时，中共民兵发动猛攻，歼灭许多国民党军队以及若干美国人。李弥率众退回缅甸。另一支部队在稍南之处进击中国，也遭逢同样命运。尽管出兵失利，缅甸政府高声抗议，《纽约时报》也揭露由台湾秘密运补的消息，中央情报局依旧继续支持蒋经国增强游击武力。1951年底，李弥飞回台北，逗留3个月，与蒋经国会商下一步。李弥后来带著700名国民党军队正规部队回到缅甸，于1952年8月发动最后一次大进击。解放军再度重创入侵部队，李弥又退回缅甸，把许多伤亡人员弃置不顾。
史密斯对此败绩大为光火，撤销了政策协调处，把它併入中央情报局的特种作业处。至于国民党的官兵滞留在缅甸，只好另辟新生活。他们娶当地土著妇女为妻，偶尔进击中国大陆“搜集情报”，但是绝大部分时间从事获利丰厚的鸦片生意，扮演中间人、运货者或安全保鏢。不久，就控制了90％的贩毒生意。
1949年以前，蒋经国在许多中外人士心目中，已经享有清廉、果决、亲切、务实、不摆架子、精力旺盛的口碑，更重要的是，大家公认他是真正关切老百姓福祉的官员。他的政敌认为他太过理想化、天真、左倾，可是几乎人人（甚至共产党私底下也承认）认为他关心民瘼。可是到了台湾，也就是1950年之后，他却被视为“白色恐怖”的执行者。台湾人（譬如50年代以党外人士当选台北市长的高玉树）承认蒋经国廉洁、关心百姓，但也认为他个人必须对50年代初期的残酷镇压负责。
美国海军开进台湾海峡，蒋经国和父亲就比较不必担心共产党的渗透或是台湾人的抗拒。1950年12月，保安司令部宣佈又有500个“共产党地下工作者”自首。日后，蒋经国说，到了当年年底，中共已经不再对台湾构成威胁。
但是在1950年6月以后，安全重点转回到侦防涉嫌反国民党及支持“台独运动”的台湾人身上。中央情报局报告指出，“高压活动”明显增加，引起台湾“民心转为反对政府”。蓝钦“大使”到任之前的美国“大使馆代办”，形容这是“恐怖统治”，只不过“比其他国家、其他时期较为温柔而已”，即使对当局温和批评，也会被抓，甚至失踪。1950年在台北参与中央情报局企业的一名高级官员说他听到体育场枪决犯人的枪声。他说：“经国抓了所有的共产党，但是也株连了许多人”。
其实很少台湾人在这个阶段会从事以武力，甚至非武力反对国民党政权的活动。1949年刚大肆抓人，1947年“二二八”事件记忆犹新，台湾人似乎被深刻镇压住。1996年王昇告诉作者，台湾“独立运动”在50年代初期“是个问题，不过问题相当小……不太严重”。
根据中央情报局的资料，以及吴国楨、蒋经国和保安司令部的声明来研判，1951年和1952年因颠覆罪遭判决的个人大约500人，1954年约750人。还有更多人可能被抓，然后开释。 这个数字在1955年开始下降。50年代中期，绿岛关押的政治犯大约有14000人。 台湾在1987年取消戒严，由1949至1987年官方宣佈的抓人数字是29407人。 如果王昇估计大约15％被逮捕者遭到枪决是正确无误，这38年间，处死的总数在4500人左右。这个数字与一位台湾作家、电视纪录片制作人在1997年的估算相符。
1950年8月，蒋经国再度改组情报及秘密警察体系，抓紧控制。这次改组使他有了无人可与伦比的机会，深入瞭解台湾所有的文武官员。1954年，他以“国家安全局”为最高的中央情报协调机构。他在“国家安全局”只掛名副局长，但是实际当家作主的就是他。同时他还兼任国民党中央党部第六组副主任。中六组职司安全、情报事务，使他对情报机关又有另一条直接指挥线。
蒋经国把他在青年军、三青团的旧部，安插进各个主要情报机关，以及台湾省警备总司令部（由保安司令部改组成立）。警备总部功能极多，新闻检查即是其中之一（通常是书刊出版后检查）。蒋经国还推出许多新措施，其中之一是每个大企业都得聘一个退役军官或安全人员担任人事部门高阶位置。 蒋经国改组情报单位，倒是有一项立竿见影的成绩，他把情报单位和各种帮派、秘密结社历史悠久、牵扯不清的关系切断。不少个别的情报人员、军官仍与这些团体保持私人关系，不过此后30年这种不光彩的关系在官方层级上并不存在。
蒋经国其实并不是残暴的人，他还颇具同情心。然而，他和友人认为为了保存政权完整，进而确保中国统一，有必要实施“白色恐怖”。从他们的政治观点思考，他们面临严重的颠覆可能性的威胁——不仅威胁到他们的统治，也威胁了中国的民族主义。采取极端措施以确保其政权存活，以及中国统一此一政治原则的存活，当然也吻合蒋经国等人的个人利益及权力利益。到了90年代，还活在人世的蒋经国当年旧属依然声称，如果他们没有把潜伏的抗拒镇压下去，一定会出现煽动台湾人起来抓权的声浪，而且还会声势高涨，在随之而来的动乱中，国民党政权里的外省籍军人以及国民党内强硬的右派就会接管，发动更惨烈的“恐怖统治”。
不论用什么合理化藉词来解释，历史并不乏其他例子，有大权威、本质上善良的人却滥用权力，还要找借口替自己的行为合理化。有一个故事反映出蒋经国虽然主持残暴镇压，也不是没有人性，他并没有睚保乇ǖ男愿瘛Ｓ幸晃蛔源�1942年就认识蒋经国的52军军官，向蒋经国报告说，妻儿都沦陷在大陆，他希望回大陆和妻儿团聚。经国提议替这位军官物色个太太，但是此君答说，他深爱家人，只想回老家。经国建议换个话题，不要再说下去。可是几天之后，这位军官突然奉命调到香港国民党的外围单位。此君由香港潜回大陆，经历一连串可怕的斗争清算，熬了过来，在1996年他和家人依然健在人间。
1951年，蒋经国在台北近郊北投，设立政工干校（后来改名政治作战学校），王昇出任教育长、政治教官，并晋陞为校长。王昇后来成为国民党的意识形态掌旗人。反共斗争是三分军事、七分政治，它成为政工干校教学课程的基础。政工干校基本课程要上四年，毕业生可获颁相等于大学或军事院校的学位。课程包括军事科学以及历史、外国语文等。在意识形态课目上强调国民党矢志追求现代化、重视民生福祉，更要保存中国传统文化。 这个哲学替威权统治找到正当解释，不过它跟法西斯主义毫无关系，跟极权主义、种族主义或邪恶的民族主义也都没有关系。国民党式的警察统治虽然紧密监视社会、文化、经济生活等等层面，并没有要消除这些部门的自治。它声称信仰人本主义、民主政治，可是根本不尊重政治权利。它对未来世代的价值观念产生极大影响。
政工干校毕业生分发到部队担任政治指导员（译者按，基层连队政工后改称辅导长、政战干事）。他们对战斗任务不得置喙，但是负责侦察官兵是否不忠或涉及颠覆活动，也有责任纠举贪瀆、滥权行为。他们负责对单位里每位军官建立一份政治考核报告。国民党军队更设立心理作战的特别部门，争取敌军投诚，譬如空飘装有传单的汽球到大陆，或是用飞机空投传单，都是他们的职掌。1953年，总政战部宣佈它空投了3亿份传单到中国大陆。一旦风向转变，大陆同样也对台湾及金门马祖空飘汽球！
政工人员也负责部队福利——如粮、餉、眷捨及眷属照顾等。几年之内，总政战部就大幅改善了国民党军队及眷属的居住条件，纷纷兴建眷村、军医院和军人子弟小学。它对殉职官兵的眷属发放抚恤金，对伤残官兵提供复健及就业辅导。这是国民党军队普通士兵待遇上的一大改革。总政战部还有一项业务颇受欢迎——它经营37家“军中乐园”，聘有约1000名军妓。金门、马祖都有军中乐园，女服务生由台湾运来，服务期限6个月。
到了1957年，三军共有17139名政工人员，换算起来，国民党军队每35人就有一人是政工人员。经国和每一位政工人员都握过手，他们的晋阶也都由他亲自批示。其中约86％曾到过政工干校受训，因而培养出一批年轻、热忱，受过教育的政治干部，他们忠于“党国”，对蒋介石父子忠心耿耿，他们与校长王昇的关系也十分深厚。
，倒不愧蒋经国不但在国民党军队中重新布建政工人员，还在连队以上复设国民党小组，恢复党对军的控制。到了1954年， 60万国民党军队官兵当中有21万人是国民党党员。事实上，每个常备军官都是党员，全都参加单位里的国民党党团会议。党的控制使得政工人员恢复大权，他们可以在党团会议里提出对带兵官不同的意见，若有不能解决的问�