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跟在赣南办学校一样，他在中央干校也成立学生自治机构。学校实施军事管理，但是经国不准学生向他敬礼。校规令出必行，没有偏袒。他最重视无私、无我的奉献服务。有一群学员建议，毕业后应该获颁硕士学位。下次集会时，蒋经国表示，他很惊讶怎么大家入学不久就这么关心学位问题。
他说：“好吧，我颁给每位革命博士”。学生们笑了开来，此后大家再也不提学位问题了。
虽然自赣南撤退，头半年中央干校师生士气十分高昂。蒋委员长与蒋夫人的声望空前高涨。蒋委员长出席开罗会议，与罗斯福、丘吉尔并坐在籐椅合影的照片广为流传。同盟国终于放弃帝国主义时期遗留下来的“治外法权”特权，从此以后，西方国家居住在中国的公民得以不受中国法令管辖的这项特权不再存在。由美国训练的新一军（军长是美国弗吉尼亚军校毕业生孙立人）和新六军亦由缅甸战场传来捷讯，令人心为之振奋。史迪威不改尖酸脾气，即使讚美也还要加几分侮慢口气，称缅甸战场告捷是“中国有史以来对抗第一流的敌人，第一次展现出强劲持久的攻势”。同一时期，美国海军在珊瑚岛之役歼灭日本残留的海军舰队大部分武力，美军陆战队在伤亡惨重下，亦在太平洋诸岛稳定进展。
然而，中国战场上的发展就不是太顺利。陈纳德的飞行员和中国陆军都没有能力阻挡日本一号作战的攻势。中国高级军事指挥部不能合作，总部对不得宠的将领不肯提供补给，而且蒋委员长下令投入好几个师兵力防卫实际上已遭包围的城市，也造成巨大的伤亡损失。日军一号作战对国民政府产生重大的军事及政治危机，而使美国政策大变。史迪威要求上级罢黜陈纳德，可是罗斯福反而把史迪威解职，换上较諳外交之道的魏德迈将军（Albert C。 Wedemyer）。魏德迈这位新任中印缅战区美军司令与蒋介石处得不错，不过他呈报给华盛顿的秘电中，观点与史迪威并没有太大差异。
中国军队在上海、武汉、长沙及其他战役中，都显示出面对强敌无畏抗战的勇气，也有陈诚、白崇禧、李宗仁、孙立人等一流的军事领袖，可是领导权不统一，加上新兵（绝大多数是农民）待遇奇差，摧毁了部队的战斗精神。当日军部队的优势兵力再次击溃中方防线时，蒋经国的挫折感大增。有一天，他带父亲到重庆附近一个营区视察。蒋介石目睹士兵在被子里饥病而死，大为震怒，用手杖怒击主管军官，当场予以解职。1944年8月，重庆市政府工人由街头载走一百三十八具士兵尸体。蒋经国把这个状况报告给父亲，但是委员长这次并没有亲临现场检视。
根据长期担任蒋经国办公室执行官的一位军官所述，蒋经国从来不当面顶撞父亲，会委婉建言，让委员长相信这是他自己做的裁定。 蒋经国经常告诉父亲，中国迫切需要的一支新军，由爱国知识青年组成，并由情操高贵、献身报国的忠贞将领领导。三民主义青年团与国民党的关系既密切、又不完全隶属国民党，正是徵募这样一支精锐部队的绝佳来源。
美方在这个时候已承诺要替国民政府训练装备三十九个师的兵力。蒋介石接受儿子的建议，决定以其中九个师的编制（大约十万名兵员）组织起这样一支知识青年新军。10月10日，蒋委员长号召全国青年投身这支精锐部队（译按：“一寸山河一寸血，十万青年十万军”的口号应运而生）。虽然期待许多人志愿从军，尤其是加入军官团，蒋委员长特别组织一个全国委员会处理徵集知识青年的工作。
在中国，徵集高中、大学学生及毕业生入伍服役乃是创举。抗战已经进入第八年，国民政府除了微调医科、工科及英语专修学生（后者是担任翻译官）的大学生及毕业生之外，并没有全面徵集大、中学生服役的动作。抗战开始之际，全中国只有大约四万名大学毕业生，当时认为这些精英及其他培养不易的知识青年，宜用于维持经济建设和政府运作上。 比较难以解释的是，高中学生及毕业生也常常逃避兵役。蒋委员长一声令下，将扭转此一局势，至少若干知识青年的命运会有所变化。11月，蒋委员长替这支新军正式取名“青年远征军”，派军政部长陈诚为总司令，蒋经国出任青年军政治部主任。蒋委员长把青年军政治部归属在军事委员会训练处之下，并不隶属总政治部管辖。这个不寻常的做法使得蒋经国和青年军享有独特地位，不受军方原有的政工制度节制。蒋经国决心培训出一个真正有效率、强悍的政治作战干部队伍。到了年底，徵集及自愿入伍的青年军人员已有十四万人。蒋经国的军官得以从中组成九个师的兵力—番号为第二0一师至二0九师，以及一支三千人的女青年作战辅助大队。蒋经国委派由委员长正式挑选的资深军官，作为青年军专业的指挥官；同时政治指导员全由经国本人亲自甄选，大部分由军队之外取才。中央干校第一期学员接受了约六个月的训练，提前结业，一百多名毕业学员加入青年军政治工作干部行列。
到了1945年2月，青年军新兵已有四万人在训练中，另十万人等候设施腾出来才能受训。根据青年军退役老兵的说法，蒋经国一本平日习惯，每天早早起床，与新兵一起做操，然后检查厨房、厕所。蒋委员长有一次对第一期军官团学员讲话，称呼他们是“革命先锋队”，要发挥“以一当十”的作战精神。青年军是蒋介石倚为股肱的力量。
蒋介石又派他儿子担任另一项工作——三青团政治部主任。陈果夫两兄弟担心的状况果然出现：团员人数达五十万之众的三青团，加上青年军，乃至一般青年工作，即将是蒋经国的势力范围；CC派成员和康泽的蓝衣社旧属，迟早会丢掉在三青团内的要职，被派到前线，届时是否战死就很难说了（译按：康泽后来被俘，并未战死）。
时常面带微笑的蒋经国，培养出在工作时不苟言笑的习惯。他的父亲非常重视仪表外貌，一再劝他严肃自持。但是蒋经国一生都维持平易近人的精神，看到有人进到办公室，他一定起身招呼。工作余暇，吃了饭、喝过酒之后，他会和部属勾肩搭背讲笑话、划拳助兴。虽然工作之余喝了不少酒，此时他的糖尿病痼疾还未发现诊治，仅只偶尔有些麻烦。经国此时体力健康可谓处于巔峰期，依然瘦削、活泼、自信、充满精力。
蒋经国肩头重负越来越多，没有太多时间与方良、子女相处。1935年以来慢慢演进的生活方式，现在逐渐定型。根据长久追随他的部属说法，经国把他的工作，家庭生活和社交生活分开来。他深爱家人，有机会也与子女玩，但是在家的时间越来越少。若干貌美、聪明的女性受到他的吸引而与他亲近，已婚、单身的都有。有一位女性友人是某空军将领的女儿，怀了身孕，前往美国。
12月，日军突然停止一号作战的攻势。太平洋战事频频失利，日本不想再多佔领中国领土。中、美双方正在规划一项军事行动计划，由中方发动攻势，美军则由海上在华南登陆。但是一号作战的危机甫解，蒋委员长比以前更重视与共产党的对决作战。他指派陈诚兼任敌后作战总司令。积极组建三青团以防止中共吸收青年学生，也成为当务之急。
许多在20世纪40年代中期接近蒋经国的人士相信，蒋介石在这个时期开始考虑，陈诚是个可能的继承人，经国则是第二人选。就经国本人而言，他晓得有些人现在开始背地里称他“太子”，而且他父亲至少已经起了念头，有朝一日儿子可能成为中国的领导人。陈诚和蒋经国也努力维持平顺关系，相处上大体也不错。陈诚是蒋经国尊重的少数几位国民党将领之一。但是两人之间也无可避免地会产生竞争的紧张态势。蒋经国曾经对一名随从透露：“如果陈诚对，我服从他；但是他错了，我又怎么能服从他呢？”
全球战局现在情势一片大好。美军陆战队攻陷硫磺岛，以冲绳为起降基地的美军B29轰炸机在日本领空如入无人之境。2月初，孙立人率领新一军重新打下腊戍，打通滇缅公路，中国从此不再受到封锁，可以与海路接通。
近1944年底时，美国新任驻华大使赫尔利（Patrick Hurley）在前来重庆途中，经过莫斯科。斯大林和莫洛托夫对他表示，苏联已经对中国共产党完全失去兴趣，苏联希望与国民政府增进关系。赫尔利抵达重庆不久，苏联驻华大使馆代办向蒋经国建议，宜安排斯大林和蒋介石会谈。然而，这件事没有下文，很可能是斯大林决定暂且按下，等到雅尔塔会谈之后再说。
这时候，美国军方相信，唯有借由地面作战才能在亚洲大陆击败日军，而中国军队没有能力完成此一任务。日军一号作战及其他事件（如蒋介石一度声称他若未多得到美援，即将退出战局），使得罗斯福对国民政府失去信心。美国外交官员、新闻记者及驻华机关其他人员一再抨击国民党，史迪威也不时批评重庆当局，又加上好消息似乎总是由延安中共阵营传来，对华盛顿的对华印象起了重大影响。基于种种原因，罗斯福总统在1945年2月的雅尔塔高峰会议里，预备瞒著蒋介石政府及中华民国，让中方付出重大政治代价，换取苏联承诺出兵中国东北，攻打日本。
美方同意把旅顺港和中东铁路交还给苏联控制。至于中国另一块领土—外蒙古，罗斯福同意外蒙地位问题由苏联操控的公民投票来决定。他还同意，在德国战败、苏联能把二十五个师兵力部署到远东之前，不通知重庆的美国盟友这些影响到中国领土权益的条款。
斯大林向身染重疾的罗斯福保证，派兵进入东北之前，他会与国民政府签订一项友好同盟条约，恢复对重庆提供军事援助。实质上，斯大林此时相信中国共产党在中国得胜的话，可以在远东地区带来苏联红军在东欧、中欧所导致的相同之地缘政治大转变。 毛泽东的武力已稳定成长。重庆的美国大使馆已经在拍发给美国国内的电文中预测，抗战结束之后，中国已无可避免要爆发内战。由于国民党部队的腐化和无能，绝大多数美国的外交官和新闻记者相信，中共极可能赢得国共内战。苏联驻华大使馆的分析，以及斯大林驻延安代表的报告，毫无疑问也与美方见解相同。俄国人晓得，一旦苏联佔领东北，中国共产党在战后的前途更将情势大好。
盟国在雅尔塔会谈及稍后的德黑兰会谈中，议定战后世界地图，同意朝鲜及德国分治。从斯大林的观点看，中国分治（一半共产党、一半国民党）将有许多利益。但是若是整个中国都落到中共控制更好。蒋介石直到6月份才被告知雅尔塔会谈有关远东的协议，斯大林可能早就通知了毛泽东。莫斯科与延安早已做好军事规划，中共部队将在苏联红军打进东北之后，紧随著抢进。然而情势发展却比任何人的预期发生得更快。
国共双方在美国人力劝之下，自从1944年底即就组织联合政府一事，不时谈判。周恩来代表中共在重庆谈判，迭次坚持先成立联合政府，中共才肯解散其军事组织。国民党政府则坚持，中共先解散军事组织输诚，再成立联合政府。3月份，蒋介石提议召开国民大会，结束一党专政、起草新宪法。中共4月间召开全国代表大会，在党纲中取消言必称苏联及推动世界共产革命的文字。中共新党纲通过以“毛泽东思想”作为党的指针。
国民党也在4月间于重庆召开第六次全国代表大会。国民党“六大”会场却爆发对领导体制的公开批评。这股批评浪潮肇始自三青团团员，虽然没有指向兼团长的蒋介石，却对党、政、军普遍的腐化、无能现象炮声隆隆。毫无疑问，已具党中央委员身份的蒋经国，在取得父亲首肯下，批准三青团成员对国民党领导体制发动口头攻击。蒋介石可能认为，藉著这类批评可以驳斥外界指控国民党不民主的说法，或许也可以迫使党进行肃清、改造。国民党“六大”反映著蒋经国的意愿。批准三青团结束与国民党的鬆散关系，把它转型为一个专司青年组训工作的政府组织。
1945年5月8日，纳粹德国无条件投降。5月底，斯大林告诉杜鲁门总统的特使霍普金斯（Harry Hopkins），俄国可以在8月8日开始对东北用兵，苏联愿在发动对日作战前，与蒋介石交涉中苏条约。斯大林重申他在1927和1937年的说法，强调蒋介石是唯一能领导全中国的领袖。他保证允许蒋氏的国民政府在苏军进佔的东北地区组织地方政府。6月间，美国照会蒋委员长有关雅尔塔会谈的协议，也告诉他苏联有进攻东北日军的计划。
蒋介石陷入必须奋力突围的困局。他若想在战后的国共斗争中取胜，必须有美国的援助，以及莫斯科不插手，至少也得节制的条件。蒋介石晓得苏联必将佔领东北，更亟须争取一切可能，与斯大林获致新协议。
新疆是国民政府必须赢得苏联节制的另一个重要地区。蒋介石父子相信，如果他们让步，同意外蒙古独立，斯大林可能会在东北及新疆问题方面与国民党合作。苏联自1943年退出西北以来，依然插手该地区事务。同时盛世才的政策使得本地区居于多数的非汉人疏离。1944年底，蒋介石迫使盛世才离职之后，乌茲别克族领袖法哈德（Farkhad）在距乌鲁木齐一百二十公里处宣告独立，成立东土耳其斯坦共和国。
国民政府派到新疆的新任省主席和新疆军事指挥官不和，使得局势更加恶化。蒋介石派经国前往新疆化解。他在1945年4月13日抵达乌鲁木齐，与新疆的官员开会，也见了前往重庆履新，路经乌鲁木齐的苏联新任驻华大使彼得罗夫（A。A。 Petrov）。根据美国驻乌鲁木齐领事华德（Robert S。 Ward）拍发回华盛顿的电报，经国出现在新疆似乎代表“中国方面首次真心寻求苏联善意表现”。甚至在乌鲁木齐方面还激发一种揣测，希望蒋经国会出任新疆省主席。6月间，重庆方面有位“特别代表”邀请华德，让美国政府出面向蒋委员长提议，派经国为新疆省主