蒋经国回到溪口后不久就到雪福虏伟荩裳└＇寺再往山里走，就是蒋介石盖来软禁张学良的一栋西式洋房。他和张学良发展出一段相交逾半世纪的友谊。他们俩人有许多共同的地方：两人的父亲都是著名的军头，都有威权性格。少帅也跟经国一样，为了自认崇高的理想，对蒋介石不忠。他们俩人也都是浪漫的理想主义者，毫不矫情、没有架子，又精力充沛。
两人时常相偕在树林中散步，徐道邻偶尔也陪著小蒋上山，对蒋、张两人讲授孔孟之道或中国历史。少帅和经国閒暇之余，也爱喝酒、划拳。张学良与他的红粉知己赵四小姐自此形影不离（译按：赵一荻女士于2000年6月间在夏威夷溘逝），他亦寄情于研究明史、收集中国艺术品，有时也打打麻将。
蒋介石持续写信指导经国读书，直到7月24日最后一封家书抵达。他在这封信中说：“你应该专心学习中文、练习书法……不必为日本侵略分心，我有办法对付他们”。
蒋介石极力迴避的全面对日抗战，终于在1937年7月7日于北平城郊卢沟桥爆发。日军和中国守军在夜里发生一场混战，不分胜负。两星期后，日本首相近卫文縻要求“彻底解决中、日关系”。蒋介石立刻回应：吾人当前唯一之路就是领导全国民众，万众一心，奋斗到底。日本皇军迅速佔领北平，但是中国守军奋勇坚守上海，鏖战三个月，对日军造成极大损害。
起先，蒋介石并没有采取撤退、烧燬政策，他把德国军官训练的精锐师团，以及几乎全部炮兵投入上海保卫战。这就是他在7月24日给经国信上提到的“办法”。蒋介石在上海一役，折损了六成的精锐部队。上海沦陷之后，国军向南京撤退。中国和苏联在日内瓦呼吁国际联盟采取行动。国联以及美国等国家敦促日本撤军，也表示同情中国际遇，可是除了教会团体捐助粮食、药物之外，西方国家并没有伸出援手。中国人认为苏联和中国是世界上唯独愿意挺身抵抗法西斯侵略者的国家——其情的确可悯。
1937年8月21日，中、苏签订互不侵犯条约。苏联船隻开始由黑海奥德萨港（Odessa）运载军用设备及补给品，千里迢迢，送到广州。数以百计的苏联飞行员、教官和飞机，飞越戈壁沙漠，进驻位于甘肃省的中国基地。当苏联本身面对的威胁大有升高之势时，斯大林援助蒋介石的手笔、规模之大，见证了中国抗战成功对苏联极具战略意义。此后两年，苏联提供给蒋介石大约一千架飞机、二千名飞行员，以及五百名军事顾问。由1937至1945年，中国得到的俄援总值约两亿五千万美元，其中绝大部分是在抗战的头四年提供，当时没有其他国家认为中国版图的完整是一件大事。
11月间，日本一支侵华部队佔领杭州，开始沿著海边南下扫荡。有些地区，中国军队英勇奋战，让敌人付出重大代价；有些地方，守军却闻风溃散。12月13日，日军攻进南京，展开为期七星期的大屠杀，数万名妇女遭到日军强姦，被俘的中国士兵及平民惨遭斩首或以刺刀戮杀，连婴儿、幼童也不能倖免。日军暴行的照片震惊西方世界，可是物质援助依然不来，国军残部沿长江，向武汉撤退。
中共红军遵照与中央政府的协议，正式改编为第八路军，接受国民政府节制。邓小平出任第一二九师政委，该师师长是刘伯承。长征时期流落在长江以南的红军部队整编成新四军。1938年1月，经国出席新四军成军典礼，并发表演讲，声称国、共两党应该“携手并进”，击败日寇。
国军遭受惨重损失之际，毛泽东的部队却迴避与敌军正面对抗。这么做符合毛泽东1938年的一篇论文《论持久战》的精神，他定下游击战、政治动员和建立基地地区的策略。中共也比国民党更有效率，在敌后地区建立地下行政体系。共产党借日本大肆入侵激起的爱国热潮，以及与国民党合组联合阵线得到的合法地位之利，迅速发展。中共党员人数由1937年的四十万人，膨胀到1940年的八十万人左右。
1938年春天，蒋介石接受江西省主席熊式辉的建议，派经国担任设在省会南昌的江西省保安处少将副处长。以二十七岁的青年而言，这个职位似乎蛮高，但是鉴于他在苏联挣得的职位，他在托马契夫中央军政学院的记录以及战事的需要，它并不算过分。
位于赣江旁的南昌是个工业、矿业城市，此时挤满数十万难民，一片混乱。方良刚于2月间产下女婴爱咪（Aimeek或Amy，即孝章）。经国一家迁入一栋朴实、舒适的房子，他立刻投入工作。1938年4月，国民党召开临时全国代表大会，在蒋介石提示下通过决议案，成立三民主义青年团。蒋经国说服父亲，应以三民主义青年团取代数年之前由情报头子戴笠组织的蓝衣社。这个法西斯主义色彩浓厚的蓝衣社，表面上解散，实则还是一股坚实的政治力量。经国由苏联回来刚过一年，就出任三民主义青年团中央委员，兼江西省支团主任。
经国也提议，三青团团员的地位与国民党正式党员相等；甚至，年逾二十五岁之后，三青团团员可以无限期留在团里，不必转入国民党。 三青团团员这种特殊地位，使掌控党机器的陈果夫、陈立夫兄弟非常不痛快。陈立夫认为这是委员长的“政治动作”，也是领袖搞分而治之政治策略的又一例证。他在回忆录中说：“一般人老是责备我们（陈氏兄弟）在党内成立小派系，其实我们是奉命行事”。陈氏兄弟设法要掌控这个新兴的权力中心，他们心里明白蒋介石成立三青团是要让经国以此为地盘，建立势力。
蒋介石当仁不让，把三民主义青年团最高领导人的位子，加进自己的一大堆官职、头街之中，但是他指派手下一个干练将领——陈诚，担任三青团中央干事长。身材瘦削、脾气温和的陈诚，不仅干练、忠诚，而且清廉——更重要的是，他也是浙江人。日后，史迪威将军（Joseph W。 Stilwell）对陈诚亦颇有好评。此时的蒋介石视陈诚为政治前途看好的一名将领，甚至有朝一日可以培养为接班人。国民党各路军阀，以及蒋氏嫡系最资深将领何应钦，既把陈诚视为党内同志，也视为政治对手。现在回国仅只一年的蒋经国，已成为另一个潜在的政治竞争者。
陈诚和蒋经国也有许多共同的地方，譬如，陈诚支持小蒋把三青团与国民党腐败的组织隔离开来的构想。但是陈诚在1938年中期没有太多时间投入三青团业务。他已身兼第九战区司令长官、陆军中央训练团教育长，以及湖北省政府主席等要职。他掛名担任三青团中央书记长，只是代表他政治前途看好。基本上主持三青团团务的是康泽，名义上是三青团组织处处长。康泽是已经明令解散的蓝衣社重要角色，与戴笠关系密切。康泽想把三青团纳进国民党军事情报机关的势力范围，并与一些相关的秘密会社掛鉤。因此他对陈果夫兄弟也是一大威胁。陈立夫认为康泽“野心很大”，但是他也是蒋经国非常不喜欢的法西斯型的官员。三青团成立不久，康泽就抽调十二个人（大部分是蓝衣社旧部）“协助”蒋经国筹组江西支团部。根据这批人当中一个人的说法，他们想要操纵蒋经国，架空他对青年团团务的权力，却没有成功。蒋经国有心以三青团江西支团部作为团中央，甚至国民党组织的样板模范。这使他和戴笠的蓝衣社成员，以及CC派掌控的省级、地方级国民党党部，统统不合。
蒋经国在江西省的主要职责是做好政府工作。熊式辉特别为他在省会南昌设置一个保安处副处长的位子，期待经国这个年轻人仕途有个良好的开端，不必担负太多实质工作。不料蒋经国却全心投入工作。地方党政首长相当狼狈难堪，因为经国竟然在全省各地突袭访视。熊式辉办公室不久就涌进许多抱怨声浪，指责小蒋的工作作风像共产党。
熊式辉为了把蒋经国羈绊在南昌，成立「江西省地方政治讲习院」，并且把这位年轻的少将调为新兵督练处处长。经国在这个职位上，第一次得负责下令把一位逃兵判处死刑！他也制定若干新法令协助农村徵募来的兵员，例如新兵在偿付旧债之前可以有三年的宽限期，地主必须继续把土地放租给士兵家属等。
蒋经国因为邀请苏联军事顾问到南昌反法西斯的集会上演讲，本人受邀到新四军驻南昌联络办事处演讲而招来嫌疑。连蒋介石也接到报告，指控经国过分热心、采取左派做法。戴笠奉蒋委员长指示，召见安徽省“忠义救国军”（戴笠控制的另一个安全组织）负责人文强少将。文强是黄埔军校毕业生，和蒋经国年龄相若。戴笠告诉他，蒋委员长要他定期和经国谈话，讲解中国国内政情，儿子才不至于受到共产党影响。此后一年半的时间，文强每个月和经国见面一次。
蒋经国和文强见面时很注意聆听，借此机会瞭解国民党内各个派系以及重要人物之习性、底蕴。但是马克思主义的训练依然影响他的思想，他经常以“大资产阶级”来称呼孔祥熙、宋子文这些宋家姻亲。后来他接受建议，在谈及知名人物，尤其是亲戚时，不再用这种说法。不过，据文强1995年9月26日在北京接受本书作者访谈时的说法，蒋经国从一开始就不想借用他父亲的婚姻关系带来的方便。文强也必须提醒经国，不要对苏联迭有好评。文强每次和经国谈完话，都做下笔记，呈交戴笠，戴笠再转呈给蒋介石。1949年之后，文强决定留在中国大陆，这里头意味著当年他颇有可能把报告也送交延安。
蒋经国回到中国时，发现国民党布建相当广泛的情治特务网。当时最大的两个情治单位，一个是戴笠主持的军事委员会统计调查局（军统），一个是陈氏兄弟主持的中央统计调查局（中统）。此外，各军种、中央警察、省政府、中央银行及其他官僚机构，也全都备有特务，互相查伺，也侦查日本及中共活动。国军政工人员和共军政工人员一样，不但监视军人，也针对特定民间人士侦防。蒋经国瞭解国民党的情治特务系统之后，感到困惑不安的不是情治机关的任务，而是它们和黑社会—中国传统的秘密帮会—关系深厚。其实，国民党这么做，并不是独一无二。整体而言，蒋经国在国民党主要安全机构中，并没有居于全国级的领导地位，但是他在自己辖区内，则清除与黑社会的关联。不过，经国依然相信非常需要维持一支秘密警察。
1938年4月，与蒋介石时合时分的桂系将领李宗仁，率部在山东第一次让日军吃了败仗（译按：即台儿庄大捷）。然而，这并不能阻止日军推进，蒋下令破坏黄河河堤。黄河决堤之后，大水阻滞日军好几个月，但是也冲走四千个村庄，使黄河改道，出海口本来在山东半岛北方，变成在山东半岛南方。夏末，日军沿长江流域深入，进袭武汉。苏联军机猛轰武汉周围日军阵地，火力薄弱的国军亦英勇展开保卫战。7月，日本要求苏联部队撤出中、苏、朝鲜边区，声称这块地区属于满洲国领土。日本皇军开进这片争议地区，不料苏联远东地区红军部队告捷，击败日军，这也算是日、俄交战中俄国备尝败绩的一个历史转折。
10月25日，日军终于佔领断垣残壁的武汉，蒋委员长已在长江三峡上游的重庆，建立抗日陪都。同样在10月间，日军佔领广州，切断国民政府的海上通路。蒋介石继续对散佈在各地的部队实施统帅权，可是派系斗争已经使得国民政府旗下三百多个实力不足的师级部队，不能有任何重大整合。战争进行了一年，日本已屠杀两百万中国军民；北起东北、南迄中、越边境、佔领一百五十万平方公里土地，破坏许多城市，也摧毁中国的工业和基础建设。
1939年3月中旬，日军第一0一师已推进到距南昌数英里的城郊。难民及政府公务员眷属开始往南疏散。熊式辉下令保安司令部的新兵督练处迁到南边的赣州。南昌在3月27日弃守，几天前，经国一家人坐上军车南撤，一路上尽是流离逃难的长龙。方良紧紧抱住襁褓中的孝章以及三岁的孝文。
江西南部山区的章水、贡水合流，成为赣江，就在两河汇合处有一块平原，赣州城在此矗立。经国一家抵达时，赣县人口大约十万人，城里一条大马路南市街，两旁是经年累月炊烟牎诹说淖┓俊；瓢翟谑勇飞系唪ぃ稚匣褂幸蛔挪惚λ�
蒋家住到俯瞰赣州城一座小山上的西式洋房。蒋经国的新职是第四区行政专员兼保安司令；这块统称赣南的第四区，涵盖整个江西南部十一个县，人口约两百万。这块地区长久以来受到桂系军阀和地方土匪的控制，非常贫困落后。
蒋经国邀请几位过去在莫斯科中山大学的同学，到赣南专员公署帮忙。其中之一是黄中美，中大同学认为他曾经替苏联特务机关当内线。黄中美出任经国的主任秘书，兼负成立情报网的任务。周百皆和俞季虞两个中大同学，出任科长，另一位同学徐季元则担任缉烟科科长。 自称曾被下放到西伯利亚劳改营的旧托派分子屈武，也到赣州任职。 同时蒋介石命令他在黄埔军校的得意门生胡轨，也到赣州辅佐经国。蒋经国指派胡轨担任三民主义青年团江西支团干事长，日后胡成为小蒋亲信股肱。
蒋经国任江工西省第四区行政督察专员时留影蒋经国在赣南与部属合影蒋经国奉派行政专员新职之后，立刻有系统地遍访辖区各个角落。他每天走八十公里，不久就走遍一千五百公里，到处与农民、商人、公务员、文艺人士和难民交谈。可是所到之处并不是人人都欢迎他。傲慢的地方士绅难掩轻蔑之意，对他疑心十足。奸商不理他，照样经营赌场、鸦片馆，深信已经打点好的贪官污吏会保护他们。乡间强盗拦路行抢，各姓宗族不时互相械斗，老百姓久经欺凌，已经心如死水、漠不关心。
蒋经国认为恢复地方治安是第一要务，定下为期一年的「扫荡行动」。熊式辉应他之请，把赣南已有三千兵力的保安队再扩编；经国另外又成立一个有六百名兵勇的自卫队。不过，他对付土匪是剿抚并用。有一天，他率领几个随从，�