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藤堂高虎接旨赴任，因为无兵无船，所以就直接去了釜山，到那里已经是海军突破朝鲜封锁线之后，元均拒不出战之时，在听取了两位大将的讲解后，藤堂高虎对目前局势有了个初步的了解，于是他说道，“两位大人，高虎初来乍到，无兵无权，按说不敢开口，可既然大敌当前，我们又隶属水军，当一战大胜洗初战之耻，所以高虎就要冒昧进言了。”比之九鬼嘉隆的粗野气魄，加藤嘉明还是很有些涵养的，见藤堂高虎如此谦虚，加藤嘉明忙赞许道，“藤堂大人过谦了，别人不知，我和安公（九鬼嘉隆的别号）还是知晓的，孟家笔头，四位公子的授业恩师，孟家右席军师，你的见解，无论如何都要听一听的。”
藤堂高虎笑了笑，对着加藤嘉明和九鬼嘉隆鞠了一躬，方才开口道，“此番朝军惧战，只怕上面要有怪罪，一次战争之结果诸君不想再提，这便朝军一定轻视我等，那朝军水军主帅乃新任之人，我看他不战是怕了二位大人的威名，心中却也还是有一丝侥幸，若能避开二位大人，为何不战？所以我们不妨就舍他一个机会，让他以为避开了二位大人，而后诱他出战即可，届时他自己想战，又有上面的催促，我料十成他会出战的！”九鬼嘉隆一听哼了一声道，“什么我料，届时，高虎啊，你怎么和左府大人一样，满嘴的文邹邹，你痛快点好不，就说怎么打！”藤堂高虎笑道，“安公莫急，我当细细讲来，若论当下局势，最好的法子就是看准两年来朝军没有恢复元气，兵源和口粮紧缺，咱们放出话去，就说有一百万石粮草要送来釜山，两位大人见兹事体大，将由九鬼大人亲率五百艘战船去相迎，这样釜山空虚，只剩加藤大人和少量部队镇守，而后着得力人手出釜山诱敌，让他一战得胜，轻敌骄兵，我们再寻一处设伏，则大可破敌！”
九鬼嘉隆摇摇头道，“不行！咱们总共就六百艘战船，若出去这么多，那哪是诱敌，真的就空虚了！被一战拿下釜山港，你我都要切腹的！”加藤嘉明闻言觉得有理，也不解的看着藤堂高虎，藤堂高虎笑道，“绝非如此，两位大人，那朝鲜水军夺得一空港何用？他不怕我们大军返回，在港口全歼他么？所以若能诱出朝鲜水军，则他志在夺粮，但看那朝军水军统帅，必是一谨小慎微之人，若要他长驱直入，远离军港上百海里，不给他点甜头只怕不行，高虎不才，却敢断言，只要在釜山港附近，他能一战得胜，而后他必定东来，绝不会就近夺取釜山港，届时我们在茫茫大海上找一处设伏，让他有来无回！”两人听罢，这才半信半疑，决定好歹也试一试，不过最后顾虑釜山港的安危，没有带走五百艘而是带走了一半，三百艘安宅船，并放出了近几日日军将有大批军粮抵达釜山的消息。
这个消息果然传到了权粟的耳朵里，他在元均军中狠狠鞭打了元均后，就坐镇此地监督，元均皮肉吃痛，还受到了王室的斥责，认为他不配水军总使的差事，乌纱帽的紧要关头，元均也顾不得许多了，只能咬着牙真带四道水军全部主力杀出了军港，按照情报奔釜山而来。8月19日，元均主力在釜山以北十海里处遭遇了高桥统增的水军和正在赶往战场的岛津义弘坐船，两军偶然相遇大战一场，岛津义弘虽然奋勇，全身而退，可还是折损了战船十余艘，士卒三五百人，这样的战绩在李舜臣手里就和没有一样，可元均已经满意了，带着岛津氏的战旗，他便开心的返回了军港。
视察了班师而回的水军舰队后，权粟突然动起雷霆怒火，原来将近七成的水军舰船，官兵衣甲不湿，枪炮硝烟不浓，火药丝毫未动，等于大部分部队连参战的机会都没有就胜了，日军既然这般好打，元均还如此仓促的就撤出战斗，实在是太损朝军的面子，也放弃了一个夺取釜山港的大好机会。权粟在军前再忍不住了，要求元均滚回船上，立刻出击，不然当时就撤了他四道总使的职务，并且如藤堂高虎所料，权粟出于对国力的考虑和军粮的需求，要求元均放弃釜山港，去伏击日军运粮队，元均无奈，只能硬着头皮三日内两次出战！
8月23日，朝军舰队离开闲山岛，直奔东南海域，到了傍晚时分，朝军舰队开到离釜山港不远的绝影岛，累了一天的朝军将士正准备休息，忽然海平线上出现了密密麻麻的日军舰队，约三百余艘，元均大惊失色，顾不得部下远来疲惫，下令全军迎击，日军迟不出现早不出现，就在朝军最疲弱的时候出现，不能不说朝军的动向其实一直都在九鬼嘉隆等人的掌握之中，面对正前方的九鬼嘉隆，元均的水军先头连打了三个冲锋都铩羽而归，正此时，朝鲜水军的侧翼又出现了藤堂高虎和胁坂安治各自率领的五十艘战船，彻底堵住了朝鲜水军的退路。此刻正值西北风急，朝军逆风作战，弓箭不能射出，火矢不能点燃，在日军优势兵力面前，近三十艘朝军大型战舰被很快击沉，元均吓得魂飞魄散，躲在船舱里下令全军急撤，如此用兵，一会全军攻击一会全军撤退，毫无章法可言，朝军上下将士不明所以，多有船头船尾相撞堵塞，陷入一片混乱，藤堂高虎等人见状大喜，虽只有五十艘战舰，可还是催兵猛攻。
生死关头，元均急令敢死猛士纵火焚烧船体挡住九鬼嘉隆，自己和剩下的部队一路突破两翼后撤，败军终于侥幸退往加德岛，此时已经损失水军三千余人，舰船上百艘。退到加德岛之后，朝军上下又累又渴，纷纷跑到岸上找水喝，不料此时日军早在岸上布好埋伏，正等着朝鲜人往口袋里钻，朝军士兵刚上岸就听到一声炮响，猛将岛津义弘为报无缘无故遭海上截击之仇，率三千勇士杀入朝军阵中，如猛虎扑羊一般，一个冲锋过后，朝军就见识了九州之鬼萨摩兵的英勇，四百名朝军士兵丢了脑袋，剩下的也都丢盔弃甲逃回船上！
元均无奈，只好领兵再退，一路溃退到巨济岛北岸的漆川梁才敢停下来歇口气，可能是老天爷真的看不上这位糊涂将军，竟然连他最后一丝智慧也全数收走了，按说打架也好，打仗也罢，一连输了几阵，那傻子都该清楚，此时最安全的就是家了，可元均竟好像忘了回家的方向一样，就把全军停在了漆川梁，不进也不退！也没发布任何一道命令！
漆川梁是位于巨济岛和漆川之间的一道狭窄水域，多有浅滩，非常不适合船身高大的朝鲜战船行驶或停泊，部将们为此数次进言，要求水军转停其他海域，可根本连元均大人的面也见不到，就连三军总指挥权粟听闻海上大败之后，出动陆军沿海岸寻找搜救，也竟然得不到一丝消息，不知道元均在哪。就这样，权粟和九鬼嘉隆两边都在找，一时间还真的都找不到朝鲜水军和元均，让元均带着数千残兵在漆川梁一待就是七天！
9月5日，日军海上哨探终于发现了元均的踪影，并开始集结准备消灭朝鲜水军，五百艘日军战舰在九鬼嘉隆，加藤嘉明，藤堂高虎，胁坂安治和岛津忠恒的率领下悄悄从安骨浦出发，一路逼近漆川梁，同时岛津义弘率陆军三千从加德岛移至巨济岛西北角，要从陆路会同水军夹击朝军，第二日凌晨，还在睡梦中的朝鲜水军忽听三声炮响，四周顿时火光冲天，喊杀声不绝，朝鲜军知道这是日军到了，人人抱头鼠窜，心中只有一个念头，就是赶紧跑，哪里人少去哪里，整支朝鲜水军还没接仗便已溃败！
五百艘日舰没遭到任何抵抗，就顺利冲入漆川梁，日军跳上朝军舰船见人便杀，然后焚毁船只，混乱中的朝军毫无还手之力只能任人宰割，部分朝鲜外沿哨探部队退至巨济岛，可被日军外围舰队堵截，数百人纷纷跳船，希望游上岸逃生，却不幸受到早已等候多时的岛津义弘热情款待，全军覆没，看着整个海平面此起彼伏的熊熊烈火，锅岛直茂之子锅岛胜茂竟然还诗兴大发，作了一首诗来抒发感情！
待到天明红日，战事终于结束，朝鲜四道水军全部覆没，无一人生存，元均的坐船本来一度冲出了包围，可终于被眼尖的加藤嘉明发现，一炮轰在了桅杆上，战船搁浅，船上的士卒抢先逃命，都被包围杀死，元均则落入加藤嘉明之手，被推到岛上当即问斩（也有说直接让小卒砍死了，符合日军作战的传统，枭首立功），而除此之外最让朝鲜人民痛哭流涕，数日无法忘怀的，便是四道水军副总使，朝鲜水军第二名将，李舜臣的左膀右臂，四道水军中唯一没有被罢黜的李舜臣嫡系，另兼全罗道水军使的李亿祺将军战死，李亿祺将军自文禄之役开始，被李舜臣赏识检拔，就一直追随其左右，文武双全能征善战，立下赫赫战功（有一个韩国电影天军，说一帮现代军人护送核弹头然后突然被时空漩涡拉到了文禄的前十年，他们在那里发现了李舜臣，不过那时候李将军只是个倒卖人参的走私贩，他们一边帮助训练李舜臣，一边鼓励他振作，最后在女真人入侵一处村庄的时候，李舜臣终于觉醒，焕发了军人血性，一举击败女真人，最后女主角带着核弹返回了现代，一帮军人中活下来的两位从此追随李将军，参加了对日大海战，其中一个原型就是李亿祺），是朝鲜水军中不可多得的人才，他的战死代表着日后海上战局的责任将都落在李舜臣一个人头上！
朝鲜水军全军覆没后，只有庆尚道右水使襄楔率领的十二艘战船因为对于元均早已心灰意冷所以没参加大战和撤退而得以保全，这十二艘船就成为了日后李舜臣重新振兴朝鲜水军的本钱，可惜的是，李舜臣即便如此还是深恨襄楔的临阵脱逃行为，在他人生落幕的大戏露梁海战之前，他得知襄楔又打算逃跑，出军前，李舜臣便斩了襄楔祭旗，包括将领在内，朝鲜水军至此真的是全军覆没了（露梁海战除了新招募的水勇外，都是李舜臣的老王牌龟甲船）。
元均和三道水军总使全数战死，有资历的老水手只剩下不到200人（12船），在这个危急关头，李氏王朝还不算特别糊涂，一道恩旨传入天牢，朝鲜水军战神李舜臣再次出山，继任朝鲜水军四道总使！而同一时间，日军的陆军部队开始向北进攻，一个月间王京以南大片土地沦陷，南四道又落入日军之手，战火瞬间蔓延至鸭绿江畔，李氏王朝上书求援，大明再次发兵入朝！
和上次援朝不同的是，一代名将李如松此时已经牺牲，就在丰臣秀吉决定发动庆长之役的当月，大明北方鞑靼部落南下入侵，李如松一面调集西北军和蓟辽军两面合围，一面自己率轻骑迎击，数万鞑靼骑兵败退，李如松率军深入，不幸中伏，李如松率所部三千余人浴血奋战，面对十倍于己的敌军坚持了两个时辰，最后阵亡于抚顺的浑河一带，卒年五十岁。其二弟李如柏，三弟李如梅，此时一人得病赋闲，一人已经被言官弹劾，说他拒敌不前（诬陷神箭小李广，天理何在），被罢免一切官职，可怜李成梁座下李门三虎，从此人才凋零（二十余年后萨尔浒大战李如柏再次出征，出师不利后恨言官口舌无情，在自宅中自杀身亡），大明失却万里长城！
没了李氏三虎，明神宗便派山东右参政杨镐（名人啊）为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎邢玠为尚书，总督蓟辽和保定军务，经略御倭，至于打仗方面则以麻贵为备倭总兵官，统率南北诸军，共马步骑八万人，分批入朝。大明军队入朝后，马上扼守住王京南面的几处咽喉要塞，此时小西行长和加藤清正两支人马一东一西，正向虎望山而来，而麻贵仅仅有七千五百人驻守于此，情况十分危急。麻贵审时度事，立即派遣副将解生与朝鲜的都体察使李元翼一起在稷山设伏，竟然击败日军，迫使小西行长退守井邑，加藤清正退守蔚山，陆上局势才暂时缓解。
王京守住之后，李舜臣便放了一半的心，他知道，此番日军重来，已经没有了之前的气势，若要战就要立刻战，绝不能等到日军久驻生恶之时，那样朝鲜人民的日子就更不好过了，于是李舜臣把船厂中仅存的六艘龟甲船取出，连接仓促改造的十二艘战船，共龟甲船十八艘，和自己的旧部近千人，闪电出航，偷袭日本海军，而战场就设在鸣梁一带。
熟悉朝鲜水域的李舜臣知道，在鸣梁和珍岛碧波亭之间，有一水流湍急的海峡，这里是最适合以少胜多的地方，李舜臣和十八艘战船先期抵达此地，乘退潮时派人设置了铁索与木桩，静候日本人。反观日本海军在打败元均舰队后，企图在朝鲜水师重建之前将其彻底摧毁，所以犯了和元均一样的错误，连续作战疲于奔命，在九鬼嘉隆的布置下，藤堂高虎率领三百三十三艘战船和两万陆军从兰浦出发，准备趁涨潮时进入鸣梁海峡，向朝鲜水军发起攻击。
大战当前，李舜臣将许多民船伪装成战船，列于水营战船之后以迷惑敌人，自己则亲率十三艘龟甲船引诱敌人驶入鸣梁海峡。藤堂高虎虽见鸣梁一带水流湍急，可也不得不前往，不然拒敌不前之罪，他就要切腹的，但刚刚追击上去，果然就被伏兵把船队拦腰截断，一场恶战之后，李舜臣率领船队击沉日军指挥船和其他战船两艘，日军共三名水军将领被击毙，阵形大乱！这时鸣梁已开始退潮，海水湍湍东流，朝鲜战船趁势猛攻，藤堂高虎招架不住（毕竟没打过水上实战），只好顺流东撤，但又被铁索和木桩挡住去路，朝鲜战船抓住有利战机，奋力冲杀，击沉日军舰船三十六艘，毙敌四千余人，藤堂高虎命令摧毁已经无法行驶的战船，压沉了铁锁，才堪堪逃命，此一战至此结束，李舜臣重创了日本舰队。
听闻李舜臣复出，九鬼嘉隆和加藤嘉明也一阵挠头，又见李舜臣只用十几艘龟甲船就打败了藤堂高虎，知道此人斗志尚在，所以也没怪罪高虎，可从此海军龟缩釜山一带不敢出，导致水陆并进无法实现，日军攻势顿减，加藤清正等人也只好在南四道一带或进或退，和明朝联军展开了拉锯战。
三军如此你来我往，互有胜负直到1598年（庆长三年）3月间，明朝财�