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乾隆四十年（1775年）四月，乾隆帝鉴于福康安为西路得力之人，赴宜作战尤为出力，授为内大臣。五月，福康安克荣噶尔博山，进至第七峰，又赏嘉勇巴图鲁号，以后即以“嘉勇”二字为封爵佳号，重叠使用。福康安逐一克服多种碉垒营寨，到八月中秋夜，清军分兵自西北攻入勒乌围（今四川金川县内）土司营寨，索诺木逃走。到乾隆四十一年正月，俘获索诺木及其家人．大小金川遂平，清朝在此建懋功厅。
金川平定，清廷…行赏，封福康安为三等嘉勇男。福康安原袭之云骑尉，由其兄福隆安次子丰绅果尔敏袭。西征军返京之日，乾隆亲往京城南郊行郊劳礼，赐给福康安御用鞍辔马一匹，御紫光阁饮晏，赐给缎十二端，白银五百两，并于紫光阁绘像，列前五十名功臣中。于是由户部右侍郎转为左侍郎。同年四月，擢为镶白旗蒙古都统，七月，赏戴双眼花翎。九月，再调正白旗满洲都统，十月，赐紫禁城骑马。
总领一方
福康安由于在金川之役中，与士卒艰苦作战，克敌制胜，初步展示了他的军事才能，得到了重武功之君乾隆的赏识，于是一再提拔使用。乾隆四十二年，福康安被授予吉林将军之职，次年调任盛京将军。
乾隆四十五年（1780年），授云贵总督，成为总领一方军政的封疆大吏。在云贵期间，福康安主张铜厂立法宜详，用人尤要应实，提出在云南多开采铜矿，使铜的产量增加，受到朝廷嘉奖。
乾隆四十六年（1781年）八月，福康安又调任四川总督兼署成都将军。川陕之地向为清朝视作军事重省，十分重视其总督及巡抚的人选，一般均以满洲重臣充任，福康安任为川督后，受命严缉“咽匪”。乾隆三十八年（1773年）清政府攻打大小金川失利后，遁入深山的一些败兵加入了咽噜党，逐渐形成一股反清势力，他们迫于生计，与农民、无业游民一道常起而争斗。
乾隆四十七年（1782年）五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书，五月，又授为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣、总管健锐营事务。
乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再擢而为兵部尚书、总管内务府大臣。福康安因其军功，受到乾隆的宠信和重用，不断加官晋职，成为声名显赫的朝廷重臣。
平定民变
甘肃的回族事件继发于撒拉族民变之后，由田五等人团结固原州、通渭一带回民，在甘肃通渭北六十里的石峰堡修筑营寨，于乾隆四十九年（1784年）四月在盐茶厅小山地方起事，并向西北进军，但攻靖远、会宁不下，田五又于作战中死亡，遂折向东南，与通渭的回民一道攻通渭城。
西安副都统明善率军与回军交战，清军陷入埋伏圈，全军千余人均覆没，明善亦毙命。在紧急形势之下，清廷急忙重瓤组织兵力，命福康安带钦差大臣关防，驰驿以赴甘肃镇压民变，并授参赞大臣，会同将军阿桂共同任事，又任命福康安为陕甘总督。六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千，攻破石峰堡，生擒张文庆等。福康安因此晋封为嘉勇侯。
鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到皇帝倚重，并被授予了相当重要的权力。
转战台湾
在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了领导的汉族、高山族农民的大规模…，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。当福康安从征金川为领队大臣时，是参赞大臣海兰察的下级，这次赴台湾作战，事隔十多年，福康安竟成全军主帅，海兰察仍是参赞大臣，但福康安能谦谦自下，又善于周旋，很好地发挥了海兰察的军事才能。十一月，福康安一行渡鹿仔港（今台湾彰化西南鹿港），登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围0而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。清军又攻克俾长等十余村庄，起义军…撤离诸罗。清兵追至大排竹，决溪水渡兵，焚烧了农民军的营寨。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围，被封为一等嘉勇公，赏红宝石帽顶，四团龙补服，以示优异。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，起义军寡不敌众，大小首领多人被俘。福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。为防止林爽文见追急自戕，福康安密令巴图鲁侍卫十人及屯练兵数百人，改换装束，深入高山密林，终于在乾隆五十三年（1788年）正月，于老衙崎俘获林爽文。林爽文被解往京师后，慷慨就义。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港（今台湾台南县西北盐水镇）观望迁延，拥兵不救，请朝廷另派援兵。乾隆知情后遂命福康安…恒瑞，问其妄请添兵，摇惑军心之罪，但福康安并未问及此事，而且在奏疏中为恒瑞多方开脱，称他打仗奋勉，仍请将恒瑞留于军营。乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。等到福康安俘获林爽文本人之后，乾隆帝念其军功，仍亲解佩囊赐与福康安。
林爽文失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。
清廷以福康安为主帅，成功地镇压了台湾林爽文的起事，有效地维护了封建统治秩序，福康安因此再次受到乾隆帝表彰，上谕称他“用心周密，真能不负任使。“赏黄腰带、紫辔缰、金黄辫、珊瑚朝珠等物，并命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年（1789年）正月，因安南国滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和堋⒀蹭钣泛土詹巫嗪卑床焓估钐炫啵煤懔复皆四静模纱搜兜酶？蛋采有潘鞴阂皇拢⊙现剂罡？蛋沧咱溃Ｆ淙甑淖芏窖臃９菏辏镏傲羧危砩霞醇趺狻？杉瞳｜、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
驱逐廓尔喀
十八世纪中叶，清朝的邻国尼泊尔建立起廊尔喀族统治的新王朝，新国王蓄意向外扩张势力，于是乾隆五十三年（1788年），廊尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。
乾隆五十六年（1790年），廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，洗劫了札什伦布寺，掠走大批珍宝财物。而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把0和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林（福康安堂兄）率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵者。行前，乾隆帝对福康安面授方略。乾隆决心对廓尔喀大张挞伐，以求边境永远安宁。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏，海兰察因率兵众多，由河南、陕西、甘肃分别行走至青藏。十一月，福康安收到乾隆谕旨，因青海口外时值隆冬，如果由此入藏，必然险阻丛丛，命他改道而行，该路均有驿站，只是稍迟于指定日期抵藏。福康安素性勇猛，认为军情紧迫，仍从西宁一路入藏。此时一路。青草未茂，马皆瘠疲，因福康安行走疾速才未至困境。十二月一日，福康安在西宁停留四天之后即轻装简从，由当噶尔东廓尔（在今青海西宁市西面）一带启程入藏，翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
福康安所部军队隆冬时节入藏，所遇跋涉之险难以想象，他们每日凌晨三时动身，至卜午七时才能停止行进，每天所行道路需当地…走两天尚有余，一些人迹罕至的雪山，旧雪积存至七、八寸或二、三尺不等，难于登陟。遇黄河发源处，泉水很多，冬季则处处结冰，乱石纵横，马蹄倾滑，行走更是艰难，不能速行。一旦行走至高地，又出现高山反应，“人行即喘，头目眩晕，肌肤浮肿”，加上水土不服，很多人染病身亡。参赞海兰察即生病返京，不久死去。驻藏大臣舒濂、参赞奎林等人也病死西藏。福康安虽是年富力强，也感寒犯病，略形困顿。福康安所部一路，寒冬兼程跋涉，越过世界屋脊，可谓奇迹。
福康安抵藏后，乾隆命他迅速出兵作战，不使廓尔喀军队有喘息之机，以尽快收复失地。此时西藏有军队一万六千余人，粮饷亦充足，于是福康安在各路人马到齐后，即行进剿。四月二十五日，福康安前往绒辖、聂拉木察看地势，定下进兵路线。四月二十七日，福康安由今西藏南部边境的第哩浪古进兵，五月六日行至擦木附近，然而擦木两山夹峙，中亘山梁，廓尔喀军队扎营在山高处，显然难以攻取。福康安乘夜色潜兵进攻，兵分五队，两路深入敌寨左右山梁堵截；两路绕至敌后，截断敌军退路，海兰察领一队由正路直攻敌寨。福康安则督军往来截杀，指挥作战。次日黎明，福康安督兵登山，靠近建于大河与山梁之间的两座石碉，毁两丈余高的城垣，与敌军短兵相接，终于攻克防守坚固的碉寨，夺取了擦木。
攻下擦木之后，福康安所部军队直趋济咙。廓尔喀军在济咙建有要塞，据险筑下各碉卡，相互援应，成椅角之势。五月十日，福康安分兵出击，先翦除旁边各寨，再以主力攻其中坚。
清军以木梯登寨，毁其石垒，并用大炮不断轰击，终于成功地占领济咙的廓尔喀军寨子，杀敌六百余人，活捉二日余人，收复了济咙。至此，清军廓清了自擦木至济咙边境的廓尔喀军。乾隆闻讯，自是十分欣喜，特赐福康安御制志喜书扇，加上御用佩囊，以表嘉许。
廓尔喀军已被清军赶出国境，清军即可就此罢兵议和，在谈判桌上解决双方所存矛盾和芥蒂。但是乾隆认为，必须攻入廓尔喀境内，占领都城阳布，迫使其归降，才能一劳永逸，实现边境安宁。于是五月十三日，福康安又率军由济咙出发，一路高山夹峙，路险道窄，清军进至索勒拉山攻敌石卡，追敌至济咙西南八十里外的热索桥，最后以木筏渡河，攻至密哩顶。福康安率军沿路攻打敌寨，直抵距阳布一百余里的雍雅（今尼泊尔境内）。廓尔喀国王恐国都难保，而邻国锡金、不丹可能趁势报复，遂派使者前往印度，请求孟加拉英国东印度公司，以武力支援，但孟加拉总督以西藏为中国领土，又想维持英国在广州的利益，没有出兵援助。廓尔喀见势不妙，遂遣使求和。福康安认为这是廓尔喀缓兵之计，哪肯坐失事机。七月，福康安带足军粮，继续领兵前行，进攻噶勒拉山，直取甲尔古拉、集木集两要寨。其间六战皆捷，所杀四千余人。廓尔喀举国震惊，军队人员死伤甚多，因此乞降。福康安至热索桥以后，以为抵阳布必将“势如破竹，旦夕可奏功，甚骄满，拥肩舆挥羽扇以战”，自比，于是士兵也产生懈怠思想，廓尔喀军趁机而入，因此清军也伤亡惨重。加上廓尔喀水土恶劣，霖雨不止，死者甚多。廓尔喀军此番求和，福康安遂退兵至雍雅，等待朝廷指示。
八月十日，乾隆即谕福康安，西藏气候骤冷，往年九月以后即冰雪封山，卜雪当会更早，着“冒险深入，转瞬冬令，设全进退两难，关系尤为重大。”指示他可以接受廓尔喀的乞降，撤兵回国。二十二日，当乾隆得知廓尔喀军确已“禀恳归降”，遂特颁渝旨，准许纳款班师。从战局及时令考虑，乾隆和福康安等人都希望早日结束这场在异域的艰苦战争。
清军虽是入藏远征，但在几个月的时间里，在福康安等人的直接督师指挥下，迅速将廓尔喀人逐出西藏，又翻过喜马拉雅山，一路攻克廓尔喀人的无数碉卡，破其营寨，直抵距阳布仅四十里之处。廓尔喀国王表示退回在扎什伦布寺劫掠的财物，今后再不侵犯西藏。这次入藏征讨廓尔喀的胜利，保证了清朝边境的安宁和西藏社会的稳定，成功地维护了清朝国家的领土完整。
乾隆对征廓尔喀之役的主要统帅福康安亦倍加赞赏，于是实授为武英殿大学士，加封忠锐嘉勇公，恰遇15功臣图像成，乾隆亲自御为制赞。大学士阿桂以未临行阵，奏