：而遵义会议提到这个时期只说是军事上的错误，没有说是路线上的错误，实际上是路线上的错误。所以遵义会议决议须有些修改。关于抗日战争以来的错误倾向，毛泽东认为在统一战线初期是“左”倾；国共合作建立后有一个时期是右倾，反磨擦后又是“左”倾。他总结说：关于过去的经验教训，同意以后专门研究，但研究的大纲要谈一下。他指出：过去总的错误是不了解中国革命的长期性、不平衡性。不了解中国革命的长期性，便产生了对革命的急躁性。中国共产党是一个半殖民地国家的党，党员比较幼稚，过去犯错误是由于经验不足。他强调指出，大革命末期的右的错误和苏维埃后期的许多“左”的错误，是由于马列主义没有和实际联系起来。总结过去的经验教训，对于犯了错误和没有犯错误的人都是一种教育。⑥
会上，王明、博古、朱德、康生、张闻天、陈云等相继发言，有人不同意说苏维埃后期的错误是路线错误。这样，毛泽东在一九四○年十二月二十五日为中共中央起草的关于时局与政策的指示中，说到土地革命战争后期的许多过左的政策时，没有用路线错误的提法。
不久，皖南事变发生。毛泽东痛心地指出：事件发生的根本原因是，“有同志没有把普遍真理的马列主义与中国革命的具体实际联系起来”，“没有了解中国革命的实际，没有了解经过十年反共的蒋介石”。⑦为了引起全党重视，毛泽东要求把反对教条主义的问题提到党性的高度来认识。
为了改变党内理论脱离实际的状况，经过慎重考虑，毛泽东做了两件事。
第一件事是：一九四一年三月，毛泽东决定出版主要由他在一九三○年至一九三三年期间所作农村调查汇集成的《农村调查》一书。毛泽东为这本书写了序和跋。他申明：“出版这个参考材料的主要目的，在于指出一个如何了解下层情况的方法，而不是要同志们去记那些具体材料及其结论。”他指出：“现在我们很多同志，还保存着一种粗枝大叶、不求甚解的作风，甚至全然不了解下情，却在那里担负指导工作，这是异常危险的现象。对于中国各个社会阶级的实际情况，没有真正具体的了解，真正好的领导是不会有的。”他又指出：“实际工作者须随时去了解变化着的情况，这是任何国家的共产党也不能依靠别人预备的。所以，一切实际工作者必须向下作调查。对于只懂得理论不懂得实际情况的人，这种调查工作尤为必要，否则他们就不能将理论和实际相联系。‘没有调查就没有发言权’，这句后，虽然曾经被人讥为‘狭隘经验论’的，我却至今不悔；不但不悔，我仍然坚持没有调查是不可能有发言权的”⑧。这些话的针对性是再明显也没有了。
第二件更重要的事是：五月十九日，他在延安干部会议上作《改造我们的学习》的报告。他在报告中说，研究理论有两种互相对立的态度：一种是马克思列宁主义的态度，就是有目的地去研究马克思列宁主义的理论，为着解决中国革命的理论问题和策略问题而去从它找立场，找观点，找方法。另一种态度是主观主义的态度，就是抽象地无目的地去研究马克思列宁主义的理论，许多做研究工作的人对于研究今天的中国和昨天的中国一概没有兴趣，许多做实际工作的人往往单凭热情，把感想当政策。他们都凭主观，忽视客观实际事物的存在，夸夸其谈，自以为是。毛泽东说：“这种作风，拿了律己，则害了自己；拿了教人，则害了别人；拿了指导革命，则害了革命。”这种反马克思列宁主义的主观主义的方法，“是共产党的大敌，是工人阶级的大敌，是人民的大敌，是民族的大敌，是党性不纯的一种表现”。
毛泽东在报告中突出地强调了“实事求是”的重要性，说明只有这种态度才是马克思列宁主义的态度。实事求是的态度，要求对周围环境作系统的周密的调查研究；要求不单懂得外国还要懂得中国，不单懂得中国的今天。还要懂得中国的昨天和前天；要求有目的地研究马克思列宁主义的理论，使马克思列宁主义的理论和中国革命的实际运动结合起来。他对实事求是作了精辟的阐述：
“‘实事’就是客观存在着的一切事物，‘是’就是客观事物的内部联系，即规律性，‘求’就是我们去研究。我们要从国内外、省内外、县内外、区内外的实际情况出发，从其中引出其固有的而不是臆造的规律性，即找出周围事变的内部联系，作为我们行动的向导。而要这样做，就须不凭主观想象，不凭一时的热情，不凭死的书本，而凭客观存在的事实，详细地占有材料，在马克思列宁主义一般原理的指导下，从这些材料中引出正确的结论。这种结论，不是甲乙丙丁的现象罗列，也不是夸夸其谈的滥调文章，而是科学的结论。这种态度，有实事求是之意，无哗众取宠之心。这种态度，就是党性的表现，就是理论和实际统一的马克思列宁主义的作风。这是一个共产党员起码应该具备的态度。”
然而，毛泽东这篇观点鲜明措词尖锐的重要讲话在党的高级干部中竟没有引起多少反响，宣传部门也没有在报上报道，好像什么事情都没有发生。这使毛泽东进一步意识到问题的严重性。他决定先从统一高级干部的思想入手。
一九四一年九月十日至十月二十二日，中共中央召开政治局扩大会议（又称九月会议）。这是党在准备整风时期的一次极其重要的会议。会前，中共中央作了充分准备，成立了调查研究局，毛泽东为主任，任弼时为副主任，调查研究局下设情报部、政治研究室、党务研究室，毛泽东兼政治研究室主任。中共中央还成立了思想方法学习小组，也由毛泽东任组长。根据毛泽东的提议，中共中央先后发出王稼祥起草的《关于增强党性的决定》和毛泽东起草的《关于调查研究的决定》。中央还把毛泽东主持编辑的历史文献集《六大以来》发给大家，要大家认真阅读，结合实际进行比较和分析，看看哪些是对的，哪些是不对的。
这一系列措施，特别是对《六大以来》的阅读和研究，对开好九月会议起了决定性的作用。胡乔木回忆说：“当时没有人提出过四中全会后的中央存在着一条‘左’倾路线。现在把这些文件编出来，说那时中央一些领导人存在主观主义、教条主义就有了可靠的根据。有的人就哑口无言了。毛主席怎么同‘左’倾路线斗争，两种领导前后一对比，就清楚看到毛主席确实代表了正确路线，从而更加确定了他在党内的领导地位。”“编辑《六大以来》就是为了解决政治路线问题”，“《六大以来》成了党整风的基本武器”。⑨毛泽东在一九四三年把采取这些措施后引起的变化说得很明白：“一九四一年五月，我作《改造我们的学习》的报告，毫无影响。六月后编了党书（指《六大以来》。——引者）。党书一出许多同志解除武装，故可能开九月会议。”⑩
九月会议时断时续开了一个多月，集中讨论了五次。会议重点是检讨党在十年内战后期的领导路线问题。毛泽东在第一天的会上，作了反对主观主义和宗派主义的报告。他一开始就说：党内有这样的历史传统：不切实际，按心里想的去办，这就是主观主义。他指出：“过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线和苏维埃运动后期的‘左’倾机会主义都是主观主义。苏维埃运动后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨。”这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。他说：“遵义会议，实际上变更了一条政治路线。过去的路线在遵义会议后，在政治上、军事上、组织上都不能起作用了，但在思想上主观主义的遗毒仍然存在”。他又说：六中全会打击了主观主义，但仍没有引起一般的注意。主观主义已不占统治的地位，但还相当地存在着。毛泽东分析主观主义的来源主要是党内“左”的传统，苏联的德波林等的影响，以及中国广大小资产阶级的影响。他提出：克服主观主义要从政治局同志做起，研究马恩列斯的思想方法论，“以思想、政治、政策、军事、组织五项为政治局的根本业务”，强调“掌握思想教育是我们第一等的业务”⑾。
会上，有二十八人次发了言，谈了在中央内部开展反对主观主义和宗派主义的斗争有着极大的意义。许多人以自我批评精神认真检讨了自己历史上所犯的错误。
张闻天在发言中指出：“毛主席的报告，对党的路线的彻底转变有极大的意义。过去我们对苏维埃后期的错误没有清算，这是欠的老帐，现在必须偿还。”他还说：“对中央苏区的工作，同意毛主席的估计，当时路线是错误的。政治方面是‘左’倾机会主义，策略是盲动的。军事方面是冒险主义（打大的中心城市、单纯防御等）。组织上是宗派主义，不相信老干部，否定过去一切经验，推翻旧的领导，以意气相投者结合，这必然会发展到乱打击干部。思想上是主观主义与教条主义，不研究历史与具体现实情况。”⑿
博古诚恳地作了自我批评。他说：“一九三二年至一九三五年的错误，我是主要负责的一人。当时我们完全没有实际经验，在苏联学的是德波林主义的哲学教条，又搬运了一些苏联社会主义建设的教条和西欧党的经验到中国来。过去许多党的决议是照抄国际的。”⒀他表示：现在我有勇气公开研究自己过去的错误，希望在大家帮助下逐渐克服。
王稼祥总结了主观主义产生的根源，他说：除中国的社会原因外，“就是经验不够，学了一些理论而没有实际工作经验的人，易做教条主义者，从莫斯科共产国际回来没有实际工作经验的人，更易做教条主义者；实际工作经验多的人，不易做教条主义者，而容易成为狭隘经验主义者”。⒁
这次九月会议，特别是毛泽东在第一天所作的反对主观主义和宗派主义的报告，为以后全面开展的延安整风运动确定了基调，并且在党的领导层内取得了大体一致的认识。
只有王明在会上丝毫不作自我批评。他发了两次言，虽然表示同意毛泽东的发言，承认一九三二年至一九三五年的错误是路线错误，但却完全推卸责任，说自己对博古、张闻天在中央苏区的政策和作法是不同意的，强调博古是苏维埃运动后期错误最主要的负责者。
鉴于这种状况，毛泽东、王稼祥、任弼时一起多次找王明交谈，希望他能够转变态度认识错误。在十月七日的谈话中，王明不但避而不谈自己的问题，反而攻击中共中央自抗战以来的方针是太“左”了。他指责毛泽东的《新民主主义论》和《陕甘宁边区施政纲领》是只要民族资产阶级，不要大资产阶级，这是不好的。认为目前应当以国民党为主，我党跟从之。建议中共中央发表声明不实行新民主主义，同蒋介石设法妥协。最后表示决心同中央争论到底，到共产国际去打官司。第二天，王明在中央书记处工作会议上更系统地阐述他的观点。王明的观点受到会上许多人的批评。毛泽东严肃地指出：王明在武汉时期有许多错误，我们等待他许久，最近我和他谈过几次，但还没有谈通。他认为我们过去的方针是错误的，太“左”了。恰好相反，我们认为他的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
因为王明在争论中提出了对目前时局的严重的原则性问题，毛泽东提议停止讨论苏维埃后期的错误问题，集中讨论抗战以来中央的政治路线。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。但王明却突然称病不肯出席政治局会议，使会议未能举行。以后，他就长期称病，拒绝参加中央的整风会议。
十月十三日，毛泽东在中央书记处工作会议上宣布，因为王明生病，政治局会议停止讨论。关于王明在武汉时期工作中的错误，依照十月八日书记处工作会议提出的“在武汉时期政治上组织上都有原则的错误，但不是路线的错误”作为定论。⒂
关于苏维埃运动后期的错误，毛泽东起草了一份书面结论草案，题目是《关于四中全会以来中央领导路线结论草案》。草案概括地说明：“这条路线的性质是‘左’倾机会主义的，而在形态的完备上，在时间的长久上，在结果的严重上，则超过了陈独秀、李立三两次的错误路线。”草案分析：这条路线在思想方面犯了主观主义与形式主义的错误；在政治方面，对形势的估计，对策略任务的提出与实施，对中国革命许多根本问题都犯了过“左”的错误；在军事方面，犯了从攻打大城市中的军事冒险主义转到第五次反“围剿”中的军事保守主义（同时也包含着拼命主义），最后在长征中转到完全的逃跑主义的错误；组织方面犯了宗派主义错误。草案还指出，一九三五年一月召开的遵义会议“实际上克服了当作路线的‘左’倾机会主义，解决了当时最主要的问题——错误的军事路线、错误的领导方式和错误的干部政策，实际上完成了由一个路线到另一个路线的转变，即是说克服了错误路线，恢复了正确路线。”⒃这个结论草案的许多重要内容后来被吸收到中共六届七中全会通过的《关于若干历史问题的决议》中。为了进一步弄清党的历史上的路线是非，十月十三日中共中央书记处工作会议决定组织一个研究党的历史的委员会，由毛泽东、王稼祥、任弼时、康生、彭真组成，以毛泽东为首。
大概就在起草这份结论草案以前，毛泽东还写了题为《关于一九三一年九月至一九三五年一月期间中央路线的批判》的长篇文章，从思想上、政治上、组织上以及策略方面逐篇地系统地批判了王明“左”倾路线统治时期的九篇有代表性的重要文献，指出它们的主观主义、冒险主义、宗派主义和关门主义的特征。毛泽东当时只把这篇文章给刘少奇、任弼时看过，一直没有