即挥师南下，大踏步越过遵义仁怀大道。三十一日南渡乌江，跳出国民党军队的合围圈。前锋直逼贵阳。红军总参谋长刘伯承回忆道：
“这时候，蒋介石正亲自在贵阳督战，慌忙调云南军阀部队来‘保驾’，又令薛岳和湖南部队东往余庆、石阡等地布防，防止我军东进与二、六军团会师。在部署这次行动时，毛主席就曾说：‘只要能将滇军调出来，就是胜利。’果然，敌人完全按照毛主席的指挥行动了。于是，我军以一军团包围贵阳东南的龙里城，虚张声势，迷惑敌人。其余主力穿过湘黔公路，直插云南，与驰援贵阳的滇军背道而行。这次，毛主席又成功地运用了声东击西的灵活的战术，‘示形’于贵阳之东，造成敌人的过失，我军得以争取时机突然西去。
一过公路，甩开了敌人，部队就像插上了翅膀，放开大步，一天就走一百二十里。途中，连克定番（今惠水）、广顺、兴义等县城，并渡过了北盘江。四月下旬，我分三路进军云南：一路就是留在乌江北牵制敌人的别动支队九军团，他们打败了敌人五个团的围追，入滇时，占领宣威，后来经过会泽，渡金沙江；另两路是红军主力，攻克霑益、马龙、寻甸、嵩明等地，直逼昆明。这时，滇军主力全部东调，云南后方空虚，我军入滇，吓得龙云胆颤心惊，忙将各地民团集中昆明守城，我军却虚晃一枪，即向西北方向金沙江边挺进。”（27）
进入云南后，红军的主要任务是：抓紧“滇军主力全部东调，云南后方空虚”的机会，以最快的速度抢渡天险金沙江，把一直紧紧尾追堵截的国民党军队远远抛在后面。
在奔袭云南途中，贺子珍所在的干部休养连突然遭到国民党飞机的袭击。她因掩护伤员而被炸得遍体鳞伤，鲜血直流，昏迷过去。经检查，发现挂花十七处。她苏醒后对赶来的毛泽民夫妇说：“我负伤的事情，请你们暂时不要告诉主席。他在前线指挥作战很忙，不要再分他的心。请你们把我寄放在附近老百姓家里，将来革命胜利了，再见面。”（28）毛泽东赶到，她又说：“润之，把我留下，你们前进吧！”毛泽东对她说：“子珍，你不要那样想。我和同志们，绝不会把你一个人留在这里！”（29）
红军进入云南东部平原后，有一个很大的困难：“由于没有地图，对云南的地形道路很陌生，靠一份全省略图，地点路线都很不准确。全军都不知道金沙江渡口的位置在哪里，仅靠询问向导探索前进。用这种侦察方法，至多只能查明两三天的行程，往往要走不少弯路。”四月二十八日，先遣分队在通往昆明的公路上，截获一辆汽车，车上有龙云送给薛岳的云南省十万分之一的地图。毛泽东知道后十分高兴。他说：“我们正为没有云南详图而犯愁的时候，敌人就送上门来了，真是解了燃眉之急！”“从一定意义上说，场上缴获的武器还重要谓巧获呀！”（30）
当晚，毛泽东同中共中央、中革军委负责人立刻开会，研究抢渡金沙江的行动部署。他说：遵义会议后，我军大胆穿插，机动作战，把蒋介石的尾追部队甩在侧后，获得了北渡金沙江的有利时机。云南境内的地形条件，不像湖南、贵州有良好的山区可以利用，我军不宜在昆明东北平川地带同敌人进行大的战斗。我军应该趁沿江敌军空虚，尾追国民党军距我们还有三四天行程，迅速争取渡金沙江的先机。
中革军委一面派先锋团直逼昆明，迫使云南当局调兵固守昆明，削弱金沙江的防务，一面率主力迅速北上到金沙江南岸，准备过江。
金沙江，是长江的上游，两岸崇山峻岭，水流湍急，吼声如雷，素称天险。毛泽东和中革军委决定：在洪门渡、龙街渡、皎平渡三个渡口抢渡金沙江。毛泽东等随中央纵队从皎平渡渡江。从五月三日至九日，中央红军主力全部渡过金沙江。国民党追兵在薛岳率领下赶到金沙江边时，已在红军过江后的第七天，船只已经烧毁，只能隔江兴叹。这样，红军就摆脱了几十万国民党军队的紧追堵截，取得了战略转移中的决定性胜利。
渡过金沙江后，红军得到几天的休整时间。五月十二日，毛泽东在四川会理城郊出席中共中央政治局扩大会议。那时，林彪给中革军委写了一封信。“林信大意是：毛、朱、周随军主持大计，请彭德怀任前敌指挥，迅速北进与四方面军会合”。（31）毛泽东批评了林彪，“你是娃娃，你懂得什么？”周恩来、朱德等发言支持毛泽东，称赞他在危急的情况下，采取兜大圈子、机动作战的方针，四渡赤水，佯攻贵阳，威逼昆明，北渡金沙江，才摆脱了敌人的重兵包围。会议统一了认识，维护了团结，并决定立即北上同红四方面军会合。
红军继续北上，先要通过彝族聚居地区，才能到达大渡河畔。毛泽东嘱咐先遣队司令员刘伯承：先遣队的任务不是打仗，而是宣传党的民族政策，用政策的感召力与彝民达到友好。只要我们全军模范地执行纪律和党的民族政策，取得彝族人民的信任和同情，彝民不会打我们，还会帮助我们通过彝族区，抢渡大渡河。刘伯承坚定地执行了党的民族政策，与沽基族首领结盟修好，并对其他部族做了工作，顺利地通过彝族地区，赶到大渡河的安顺场渡口。
蒋介石立刻又命令在大渡河以北地区加紧布防，致电各路将领：“大渡河是太平天国石达开大军覆灭之地”，“希各军师长鼓励所部建立‘殊勋’”。（32）安顺场在大渡河南岸，是一个河谷地带，两侧四五十里是高山。部队在这样的深沟中没有回旋余地，兵力也无法展开，极易被敌人伏击消灭。刘伯承率先遣队到达后，找到两只小船，由十七名勇士坐着过河，占领了渡口。先遣队各部陆续过江。但此处架桥不易，全军难以在短时间内从这里过江。五月二十六日，毛泽东、周恩来、朱德抵达安顺场，听取刘伯承、聂荣臻详细汇报过河和架桥的情况后，立刻决定红军沿大渡河两岸赶向安顺场以北一百七十公里的沪定桥，限两天赶到。红军克服重重困难，按时赶到，战胜守军，占领了沪定桥和沪定县城。红军主力在六月二日全部渡过大渡河。毛泽东对指战员们说：我们的行动已经证明，中国共产党领导的红军不是太平军，我和朱德也不是“石达开第二”，蒋介石的如意算盘又打错了。
过了泸定桥，红军继续北上。六月八日，中共中央和中革军委发出《为达到一、四方面军会合的战略指示》，指出：“我军基本任务，是用一切努力，不顾一切困难，取得与四方面军直接会合。”“我军必须以迅雷之势突破芦山、宝兴之线守敌，奇取懋功，控制小金川流域于我手中，以为前进之枢纽。”
实现这个战略目标的关键，是要翻越海拔四千九百多米的夹金山。山上终年积雪，气候变化无常，空气稀薄，人迹罕至。六月十七日早晨，毛泽东喝完一碗热气腾腾的辣椒汤，身穿夹衣夹裤，手持木棍，沿着前面部队走出的又陡又滑的雪路，向山顶攀登。他把马让给伤病员和体弱的女同志使用，并且说：“多有一个同志爬过雪山，就为革命多保存了一份力量！”走到半山，气候骤变，冰雹劈头打来。他拉着战士的手前进，同时嘱咐大家：“低着头走，不要往上看，也不要往山下看，千万不要撒开手！”一会儿，冰雹停止，但越近山顶空气就越稀薄，一些体力弱的战士一坐下去就再也没有起来。毛泽东对坐在雪地里休息的戴天福说：你坐在这里非常危险的，来，我背着你走。警卫员吴吉清抢先把戴天福背起，在毛泽东帮扶下走向山顶。越过山顶后，下山就比较容易了。当天下午，他们就到达懋功县达维镇，受到三月中旬退出川陕根据地来到川西的红四方面军先头部队的夹道欢迎。十八日，他们进入懋功县城，会见在这里迎候的红四方面军先头部队第三十军政委李先念。
红一、四方面军的会师，是红军长征史上的一件大事。它大大增强了红军的力量，使集结在这个地区的红军兵力达到十多万人，为开创新局面创造了有利条件。
两军会合后红军的行动方向应当指向哪里？是就地发展，还是继续北上？这是关系到红军今后命运的头等重要的问题。不料，恰恰在这个大问题上立刻发生严重的、难以调和的分歧。
还在两军会合的前夕，中共中央收到红四方面军领导人来电请速决“今后两军行动大计”。朱德、毛泽东、周恩来、张闻天在六月十六日致电四方面军领导人张国焘、徐向前、陈昌浩，明确地指出：“今后我一、四两方面军总的方针应是占领川、陕、甘三省，建立三省苏维埃政权，并于适当时期以一部组织远征军占领新疆。”但张国焘、陈昌浩复电中共中央，不同意这个战略，提出红军北攻阿坝，组织远征军，占领青海、新疆，或暂时向南进攻。
到达懋功县城的当天，毛泽东、张闻天、周恩来、朱德就战略进攻方向问题再电张国焘、陈昌浩、徐向前，提出：“目前形势须集大力首先突破平武，以为向北转移枢纽。”“望即下决心为要”。张国焘于二十日又致电中共中央，提出向西发展，并说“目前给养困难，除此似无良策”。中央复电张国焘，指出：“从整个战略形势着想，如从胡宗南或田颂尧防线突破任何一点，均较西移作战为有利。请你再过细考虑！”这样重大的问题，在往来电报中自然是难以解决的，因此，中共中央在电报中请张国焘“立即赶来懋功，以便商决一切”。
二十五日，毛泽东和中央其他领导人到懋功县城以北的两河口，欢迎从茂县前来的四方面军主要领导人张国焘，并举行两大主力红军会师大会。朱德致欢迎词，说明两大主力红军会师的重大意义和北上的方针。张国焘在讲话中却公然提出同中央相悖的西进方针。（33）毛泽东和张国焘都是中共一大的代表，已经多年不见了，但一见面谈话却并不投机。
第二天，在两河口举行中共中央政治局扩大会议。周恩来在会上作了目前战略方针的报告，从地域是否便于机动、群众条件和经济条件三个方面，阐明红军应该去“川陕甘”，“我们如陷在懋、松、理，就没有前途”。提出以运动战迅速北上攻打驻松潘的胡宗南部，创造川陕甘根据地。张国焘在发言中勉强表示同意中央的北进方针，又同时提出也可“向南”，“向成都打”的问题。毛泽东发言同意周恩来的报告，提出：一、中国红军要用全力到新的地区发展根据地，在川陕甘建立新根据地，这是向前的方针，要对四方面军同志作解释，因为他们是要打成都的，而一、四方面军会合后有可能实现向北发展。二、战争性质不是决战防御，不是跑，而是进攻，因为根据地是依靠进攻发展起来的，我们应当过山战胜胡宗南，占取甘南，迅速向北发展。三、我须高度机动，这就有个走路的问题，要选好向北发展的路线，先机夺人。四、集中兵力于主攻方面，如攻松潘，胡宗南如与我打野战，我有二十个团以上，是够的。今天决定，明天即须行动。五、责成常委、军委解决统一指挥问题。（34）
会议经过三天讨论，通过北进建立“川陕甘”根据地的战略方针。二十八日，政治局根据会议精神作出《关于一、四方面军会合后的战略方针》的决定。指出：“我们的战略方针是集中主力向北进攻，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地。”“为了实现这一战略方针，在战役上必须首先集中主力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利地向甘南前进。”（35）
六月二十九日，毛泽东又出席中共中央政治局常委会议。会议除决定张国焘为中革军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员外，主要听取博古关于华北事变的情况报告。毛泽东发言时指出：日本帝国主义想把蒋介石完全控制在自己手下。“党对时局应有表示，发表文件，在部队中宣传，反对日本”，这是“最能动员群众”的。（36）会议决定，以中共中央名义发表宣言或通电。
张国焘回去后，自恃他所领导的军队人数多，又策动一些人给中央写信伸手要权。他还以“统一指挥”、“组织问题”没有解决为借口，故意拖延执行中革军委在两河口会议后制定的《松潘战役计划》。
中央红军为了执行《松潘战役计划》继续北进，在七月初翻过第二座大雪山，抵达卓克基，十日到达芦花（今黑水县）。朱德、毛泽东、周恩来致电张国焘，催促他立刻率部北上，并要张国焘、徐向前、陈昌浩迅速到芦花集中指挥。
张国焘到芦花后，中共中央在十八日举行政治局常委会议，讨论组织问题。张国焘提出要提拔新干部，主张增补一批人“可到军委”。毛泽东说：提拔干部是需要的，但不需要这么多人集中到军委，下面需要人。会议为了团结张国焘共同北上，同意将原由周恩来担任的红军总政委改由张国焘担任，周恩来调中央常委工作。中革军委当天发出通知：“仍以中革军委主席朱德同志兼总司令，并任张国焘同志任总政治委员。”二十一日，组织前敌总指挥部，以徐向前兼总指挥、陈昌浩兼政治委员，叶剑英兼参谋长。
张国焘一朝权在手，便以集中统一指挥为名收缴各军团的密电本。彭德怀回忆说：
“我完成任务后，回到芦花军团部时，军委参谋部将各军团互通情报的密电本收缴了，连一、三军团和军委、毛主席通报密电本也收缴了。从此以后，只能与前敌指挥部通报了。与中央隔绝了，与一军团也隔绝了。”（37）
由于张国焘一再拖延，战机已被贻误，使胡宗南部得以集中兵力扼守松潘，红军已难经松潘沿大道进入甘南。中共中央只得撤销原定的《松潘战役计划》，改从自然条件极端恶劣的大草地北上，这给红军北上带来极大的困难。八月三日，红军总部制订《夏洮战役计划》，将红军分左、右两路北上：右路军由红一方面军的第一、第三军