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为了适应新的形势，毛泽东、朱德在长汀对红四军进行整编，把原来团的建制改为纵队，成立第一、第二、第三这三个纵队。根据中共六大决议的要求，将原有的红四军工农运动委员会改为政治部，由毛泽东兼任政治部主任；每个纵队设立政治部，由党代表兼主任；支队、大队两级不设政治部，只设党代表。红四军在长汀还筹到大批款项和物资。红军战士每人发了两套军服，五块大洋。军容焕然一新。
依据东固游击区秘密割据的经验，红四军帮助长汀党组织秘密发展党员，比原来扩大了两倍；组成二十个秘密农民协会，五个秘密工会，成立了总工会。并且召开各界代表会议，选举产生长汀县革命委员会，建立了闽西第一个红色政权。
红军在长汀停留了十七天，在这里获悉，从井冈山突围的红五军已经转战到达赣南；由于江西的国民党军队北调，准备投入蒋桂战争，造成赣南军力空虚。红四军前委决定，全军迅速回师赣南。
四月一日，毛泽东、朱德率领红四军进驻江西瑞金，同彭德怀率领的红五军会合。五日，毛泽东主持召开中共红四军前委会议，讨论刚刚收到的中共中央“二月来信”。会后，毛泽东为红四军前委起草了给中共中央的复信。认为中央二月来信“对客观形势及主观力量的估量，都太悲观了”。指出：“中央要我们将队伍分得很小，散向农村中，朱、毛离开队伍，隐匿大的目标，目的在于保存红军和发动群众。这是一种不切实际的想法。”并从红军不是本地人、分开则领导机关不健全、容易被敌人各个击破和愈是恶劣环境领导者愈须坚强奋斗等方面，说明红军不能分散，领导者不能轻易离开。复信批评那种把坚持无产阶级领导权同发挥农民的革命主力军作用对立起来的观点，写道：“半殖民地中国的革命，只有农民斗争得不到工人的领导而失败，没有农民斗争的发展超过工人的势力而不利于革命本身的。”复信提出：“我们建议中央，在国民党军阀长期战争期间，我们要和蒋桂两派争取江西，同时兼及闽西、浙西。在三省扩大红军的数量，造成群众的割据，以一年为期完成此计划。”
四月上旬，蒋桂战争爆发，江西国民党军队无暇顾及红军的行动。十一日，毛泽东在于都县城主持召开红四军前委扩大会议，同意彭德怀率部回井冈山，恢复湘赣边界根据地，决定红四军主力在赣南实行近距离分兵，发动群众打土豪、分田地，发展地方武装，建立红色政权，巩固并扩大赣南革命根据地。
会后，毛泽东率领第三纵队到兴国县城，分兵发动群众，并开展社会调查，指导建立兴国革命委员会。他在兴国的一项重要活动，是制定兴国县《土地法》，根据中共六大决议和实际情况，把井冈山《土地法》中“没收一切土地”，改为“没收一切公共土地及地主阶级的土地”。这是一个正确的原则性的改动。还主办一期土地革命干部训练班，亲自担任主要课程的讲授，以推动兴国《土地法》的切实执行。
月底，他率第三纵队同第一、第二纵队会合。会合后，红四军攻克宁都县城，取得歼敌五百余人、缴枪一百多支的胜利。
从四月中旬至五月中旬，赣南革命形势发展很快，在于都、兴国、宁都三县建立起县级革命政权，群众初步发动起来，赣南的工农武装割据局面初步形成。
五月中旬，蒋桂战争结束，赣南方面的国民党驻军回防，对红军压力加重。而在闽西方面，地方军阀陈国辉旅主力却因粤桂战争爆发，赴广东参战，兵力空虚。红四军前委决定，根据这一变化了的情况，避实就虚，再次入闽。
这是红四军第二次入闽。闽西的革命形势已有很大发展，当地群众对红四军的了解也比他们第一次入闽时清楚多了。在闽西党组织配合下，红四军于五月二十三日奔袭龙岩县城，将守军陈国辉部一个营全部歼灭。为了诱使陈国辉旅主力回援，红四军又主动撤出龙岩，在二十五日一举攻占永定县城，成立闽西第二个县级革命政权——永定革命委员会，由张鼎丞任主席。六月三日，再占龙岩，成立龙岩县革命委员会，由中共闽西特委书记邓子恢任主席。
转战赣南闽西的过程中，红军的环境相当艰苦。部队中，包括领导层中，对有些问题的认识出现了分歧。这时，刚从苏联回国的刘安恭，由中共中央派到红四军工作，担任临时军委书记兼军政治部主任，对毛泽东从实际出发的一些正确主张任意指责。这就促发了红四军党内关于建军原则的一场争论。
五月底，毛泽东在福建永定县湖雷主持召开中共红四军前委会议。会上，就党对军队领导的问题发生争论。争论的焦点是红四军内是否仍要设立军委。一种意见认为，“既名四军，就要有军委”，指责前委“管的太多”，“权力太集中”，是“书记专政”，有“家长制”。一种意见认为，当前前委的领导工作重心仍在军队，“军队指挥需要集中而敏捷”，由于战斗频繁和部队经常转移，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必设立重叠的机构，并批评在前委之下、纵委之上硬要成立军委实际上是“分权主义”。争论中意见未能统一，前委书记难以继续工作。六月八日，毛泽东在上杭县白砂召开的红四军前委扩大会议上一度以书面提出辞职。会议以压倒多数票通过取消临时军委的决定，刘安恭的临时军委书记自然免除。但争论的根本问题仍未解决，少数人还把党内分歧意见散布到一般指战员中去，情况日趋严重。会后，第一纵队司令员林彪给毛泽东写信，请江华转交。江华后来回忆说：“当天夜里，林彪给毛泽东同志送来一封急信，主要是表示不赞成毛泽东同志离开前委，希望他有决心纠正党内的错误思想。”
毛泽东根据前委“各作一篇文章，表明他们自己的意见”的要求，于六月十四日给林彪写了回信，并送交前委。复信从历史和环境两方面考察红四军党内存在的问题和争论的原因，归纳为“个人领导与党的领导”、“军事观点与政治观点”、“流寇思想与反流寇思想”、“形式主义与需要主义”、“分权主义与集权”等十四个问题。指出红四军还没有能建立起党的绝对领导的原因是：第一，红四军的大部分是从旧式军队脱胎出来的，便带来了一切旧思想、旧习惯、旧制度；第二，这支部队是从失败环境中拖出来结集的，原来党的组织很薄弱，因此造成了个人庞大的领导权；第三，一种形式主义的理论从远方到来。复信批评了不要建立巩固的根据地的流寇思想，指出：流寇思想历来在红军中是很厉害的。流寇思想产生于四军中的游民成分，党与这种思想曾经作过许多的斗争，但它的尾巴至今还存在，这种思想影响到城市政策与红军军纪。复信还指出：红四军中向来有些同志偏于军事观点，同站在政治观点即群众观点上的人的意见不合。复信指出：“四军党内显然有一种建立于农民、游民、小资产阶级之上的不正确的思想，这种思想是不利于党的团结和革命的前途的，是有离开无产阶级革命立场的危险”，必须“克服这种思想，以求红军彻底改造”。这封信，是总结中国共产党领导的人民军队建设经验的重要文献，系统地提出了党对红军的绝对领导和红军建设的一系列根本原则，为半年后起草古田会议决议打下了初步基础。
六月二十二日，中共红四军第七次代表大会在龙岩城内召开。毛泽东在会前曾向前委提出建议：通过总结过去斗争经验的办法达到统一认识，解决红军建设中存在的主要问题，以提高红军的政治素质和战斗力。这个建议没有被采纳。
红四军七大由陈毅主持，号召“大家努力来争论”。代表们围绕从井冈山斗争以来的各方面问题进行讨论。会议所作的决议对许多具体问题的结论是正确的或比较正确的，但错误地否定了毛泽东提出的党对红军领导必须实行集权制（当时对民主集中制的称谓）和必须反对不要根据地的流寇思想的正确意见。通过的决议说：“流寇思想与反流寇思想的斗争，也不是事实”，还把“集权制领导原则”视为“形成家长制度的倾向”。会议认为，毛泽东是前委书记，对争论应多负些责任，给予党内“严重警告”处分。大会改选了红四军党的前敌委员会，在选举前委书记时，由中共中央指定的前委书记毛泽东没有当选，陈毅被选为前委书记。毛泽东在会上最后发言说：现在还是要根据我们历来的实际斗争中间的经验，加强这个政治领导，加强党对红军的领导，军队要做群众工作，要打仗，要筹款；至于会议对我个人有许多批评，我现在不辩，如果对我有好处，我会考虑，不正确的，将来自然会证明他这个不正确。⑨会后，毛泽东被迫离开红四军的主要领导岗位，到闽西特委指导地方工作。
七月上旬，毛泽东以红四军前委特派员身分到闽西指导地方工作。那时，闽西特委正准备在上杭县蛟洋召开中共闽西第一次代表大会。毛泽东到蛟洋后，发现党代会的准备工作还不够充分，提议会议推迟一周召开，由代表先在本地区进行调查。他自己也参加调查，并为大会制定切合实际情况的方针政策作准备。二十日至二十九日，代表大会举行。毛泽东在会上作政治报告，指出闽西党的任务是巩固和发展革命根据地，同赣南红色区域连成一片，建立中心工作区域。并且论述了实现这个任务的三项基本方针：深入土地革命；彻底消灭民团土匪，发展工农武装，有阵地波浪式地向外发展；发展党的组织，建立政权，肃清反革命。
在毛泽东指导下，大会总结闽西土地斗争经验，通过《土地问题决议案》。这个决议比井冈山和兴国《土地法》又有新的发展：对大小地主加以区别对待，对地主也“酌量分与土地”；对富农土地只没收“自食以外的多余部分”，“不过分打击”；对中农“不要予以任何的损失”；“对大小商店采取一般的保护政策”；在土地分配上，以乡为单位，在原耕基础上“抽多补少”，“按人口平均分配”。会后，闽西在六百多个乡进行土地改革，约八十多万贫苦农民分得了土地。会议后期，毛泽东因疟疾病倒了，由上杭蛟洋转移到苏家坡。以后，又到永定县金丰山区养病。在这期间，红四军打破了闽粤赣三省国民党军队对闽西根据地的第一次“会剿”。
红四军攻克上杭县城后，在九月下旬召开中共红四军第八次代表大会，并致信毛泽东要他出席大会。据陈毅回忆，毛泽东回信说：我平生精密考察事情，严正督促工作，这是陈毅主义的眼中之钉，陈毅要我作“八边美人四方面讨好”，我办不到；红四军党内是非不解决，我不能够随便回来；再者身体不好，就不参加会了。⑩回信送到上杭，前委给了毛泽东党内“警告”处分，并要他马上赶来。毛泽东只得坐担架到上杭。但他赶到时，会议已经结束。大家见毛泽东确实病得很重，让他继续养病。红四军八大开得很不成功。第二年，红四军军委代理书记熊寿祺给中央的报告中说：由于“实行所谓‘由下而上的民主制’，开会就得争论半天。”大大小小的问题，事前没有准备意见，就拿到会场上来争，往往争论到最后还得不到一个结论。甚至“为了一个红军法规中的党代表权力问题，讨论了两天仍旧没法解决，结果还是决定请示中央。”中共红四军“八次大会时，无组织状态的开了三天，毫无结果”。“这就是九次大会前各级指导机关的极端民主化倾向的现象。”⑾
这以后，毛泽东留在上杭临江楼继续治病。经过一位名医吴修山十多天的治疗，病情明显好转。正逢重阳节，看到院中黄菊盛开，填了一首《采桑子·重阳》：
人生易老天难老，岁岁重阳。今又重阳，战地黄花分外香。一年一度秋风劲，不似春光。胜似春光，寥廓江天万里霜。
十月下旬，毛泽东随闽西特委机关撤出上杭县城，转往苏家坡，又休养了一个多月。
毛泽东这次病得很重。在转往苏家坡的途中，他对曾志说过：看起来我这个人命大，总算过了这道“鬼门关”。国民党却造谣说，他已死于肺结核病。共产国际在莫斯科也听到毛泽东病故的误传，第二年初在《国际新闻通讯》上发了一千多字的讣告，对毛泽东作出很高的评价：
“据中国消息：中国共产党的奠基者，中国游击队的创立者和中国红军的缔造者之一的毛泽东同志，因长期患肺结核而在福建前线逝世。”“这是中国共产党、中国红军和中国革命事业的重大损失。”“毛泽东同志是被称之为朱毛红军的政治领袖。他在其领导的范围内完全执行了共产国际六大和中共六大的决议。”
“作为国际社会的一名布尔什维克，作为中国共产党的坚强战士，毛泽东同志完成了他的历史使命。”
这个“讣告”，虽因传闻失实而来，但它透露出一个不容忽视的事实：那就是毛泽东在中国革命和中国共产党中的重要地位不仅为国内而且也已为共产国际所承认。以后，毛泽东虽又多次遭受“左”倾领导者的错误打击，但他们仍不敢完全抹煞毛泽东的地位，同这个事实多少也有关系。
中共红四军七大决议案和毛泽东、刘安恭等的信件，通过中共福建省委的秘密交通送到中共中央。八月十三日，中共中央召开政治局会议进行讨论，认为这个决议案“有些是正确的，有些是不正确的”；刘安恭的信将毛泽东、朱德分成两派，许多是不符合事实的，在故意造成派别。会议决定：由周恩来起草一封致红四军前委的信，要他们努�