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“披巾和其他印度商品”、狐皮和羊羔皮有东、西两种商路： 一是经由西边的一条迂回路线，通过喀布尔和巴尔赫到布哈拉，然后运到浩罕；①一是由夏季线和冬季线这两条东边路线通过拉达克到叶尔羌的市场，浩罕商人就在叶尔羌购买这些货物。清政府是否曾经允许商队享有通过帝国领土的特权，这还不清楚，但是政府完全了解汗国力图垄断新疆的对外贸易，所以为了防范这种企图，它正式拒绝批准浩罕商队经拉达克去印度。因此，浩罕商人只好在色勒库尔和叶尔羌购买印度货物，把它们经过浩罕运到俄国市场去出售。叶尔羌于是成了印俄贸易的一个中心。浩罕商人享受了能够将他们购买的货物经由自己的国土运到俄国的好处，但是汗国不能阻止非浩罕人在叶尔羌或色勒库尔购买印度货物，也不能阻拦这些货物运往伊犁或塔尔巴哈台再往前运到俄国领土去。
清朝的禁商政策甚至不许浩罕商品通过伊犁和塔尔巴哈台，因而在浩罕引起物价飞涨，随之而来的是两年经济困难。清政府对于浩罕高级官员的恳求书信无动于衷。但在此期间，浩罕把禁商看成是侵略六城地区和汗国加紧控制新疆贸易的一个机会。白山派在喀什噶尔的势力仍是如此强大，浩罕的贸易又是如此重要，因而浩罕实际上在六城地区处于支配的地位。只要有玛赫杜姆家族的侵略，人民中至少有些人必定会闹事。“浩罕如狼，东突厥斯坦人如羊”。况且，在被驱逐和没收财产的浩罕商人中间情绪激昂，特别是当柯勒克孜人带着他们被没收的大黄和茶叶出现在浩罕市场上时更是如此，而柯勒克孜人却夸耀说，这些东西是“大清皇帝”送给他们的礼物。②1830年秋天，浩罕汗带着一支主要由柯勒克孜人，也有一 些安集延人、流浪的刀朗人和其他喀什噶尔亡命者组成的军队，侵入六城地区。然而，在跨过清朝边境以前，在乌什地方，决定让汗留在浩罕，①张格尔的大哥穆罕默德玉素普被指定为名义上的统帅。真正的指挥官是浩罕汗国的高级官员哈克·库里明巴希，他是最高司令，第二把手是穆罕默德沙里夫阿塔利克。跨过边境后侵略者分兵三支，几乎同时包围和攻打喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌三地。清朝驻喀什噶尔的戍军本已缩减，现在又被攻其无备。玉素普进入了自己的原籍城市，指定了他自己的地方长官（阿奇木）。喀什噶尔地区的黑山派人民大批逃往阿克苏（虽然他们中约一千人在喀什噶尔的满城中避难），甚至白山派中的许多人也不愿响应侵略者要他们拿起武器的号召。但是，这次侵略并非搞复辟，其性质马上变得很明显，因为玉素普本人没有行使什么领导权，而且一千多名浩罕商人跪在满城外面向清当局申述说：侵略是由清政府不公正地处理无罪的商人引起的；他们要求恢复贸易和发还被没收的财产。
在叶尔羌，壁昌在城内只带有清兵五、六百人，还有大约四千五百名本地民军，但是他有较多的时间做防御准备。他很快把商人和小商贩都搬入满城，把市场的摊子和建筑物烧个干净，什么也没有给侵略者留下。在和叶尔羌地区伯克们慎重计议之后，壁昌派遣他的军队出外封锁通向叶尔羌的主要战略据点。他配置一千名本地民军防守回城和满城；他从所辖地区各个据点集结军队，同时又派出四百名清军在叶尔羌东门外把守。逼近叶尔羌的侵略军大约有步、骑兵七千到一万人。②清守军用大炮轰击他们，杀死了三百多人，侵略者终于撤走。在作第二次尝试时他们 再次被击退，这时他们已经听到清援兵正从阿克苏开来的消息。柯勒克孜人和安集延人都撤退了，只留下刀朗人，他们试图以玉素普的名义召集一支叶尔羌土著的军队。然而，叶尔羌主要是黑山派的地方，大多数居民宁可逃走也不愿参与白山派的事业。因此，刀朗人抢掠城镇和乡村，在纠集起一支千人的队伍之后，对叶尔羌进行了第三次和第四次攻击，但都被壁昌的军队击退。
与此同对，在喀什噶尔的札隆阿却无法迫使和卓停止围攻。在喀什噶尔和英吉沙尔，如同在叶尔羌一样，侵略者从未能攻克满城，但是他们控制着这个地区的全部乡村和城镇。
突然传来消息说浩罕和布哈拉之间出现了风波，还说浩罕国内需要军队。安集延人因此抛弃了玉素普而转回浩罕，带走了许多俘虏和战利品。浩罕人将他们俘虏的“中国人”勒逼为奴隶，浩罕汗还将其中一些人作为礼物送给彼得堡的俄国沙皇。甚至在白山派势力最大的喀什噶尔地区，浩罕的柯勒克孜人和安集延人所组成的军队贪婪成性，所以使得许多历来和白山派联合的人感到恐惧和痛苦，转而和清朝当局合作。白山派的事业在六城地区已经大失民心，玉素普及其追随者除了跟着撤退的安集延人翻越山岭逃回浩罕之外是别无长策了。在清朝援兵从阿克苏到达以前，大约有二万名东突厥斯坦人逃往安集延和塔什干。①玉素普继续住在浩罕，直到1835年死去为止。②浩罕已经达到了它的目的。六城地区是偏僻的，难于保卫的，而且依赖国外贸易。独立的、靠近高大绵亘的山脉而又以它 为屏障的浩罕，已在六城地区取得一种特殊地位，除非清朝让步，它要无休止地进行骚扰。在1830年的侵略中清帝国失去了它讨价还价的地位，同时阿法其·玛赫杜姆家族失去了六城地区人民的忠诚。只有浩罕得到了好处。
1831年，满洲人扬言要组织一次惩罚性的远征。据说这消息吓得浩罕沿着边境建造堡垒，还派使节去俄国请求军事援助，俄国人闻讯甚至拒绝浩罕使节入境。①事实上，浩罕人建立了一些据点，但它这样做的目的是扩张主义的，是为了控制哈萨克人和柯勒克孜人并向他们征税。浩罕和俄罗斯帝国之间可能进行的任何商讨看来不会是由于害怕中国而激起的。浩罕已在六城地区暴露了清朝的虚弱，因此，熟悉新疆情况的兵部尚书松筠建议，取消对浩罕停止贸易的禁令，允许东突厥斯坦当地人象以前那样和安集延人通婚。他认为，只有当地人对他们的命运感到满足，六城地区才能够安宁。
当被任命为六城地区钦差大臣的长龄在1831年到达喀什噶尔时，署理阿奇木伯克作霍尔敦台吉②领着“二万大小不等的”喀什噶尔人对他郊迎十里，感谢皇恩浩荡，誓不追随叛乱者。长龄然后从清朝驻军那里获悉，浩罕接连派来三名使者说，“五年”的中断贸易引起了困难，他们抱怨清政府的没收和驱逐出境政策，并要求恢复贸易。长龄将此事向清帝报告，也许北京这才第一次充分感到那彦成的政策惹起了战争。
长龄留下浩罕使节一人，派遣作霍尔敦台吉和其他二人回浩罕。作霍尔敦原是喀什噶尔征税人，土鲁番首任扎萨克额敏和卓的后裔。当张格尔发动圣战时他离开六城地区曾前往浩罕、彼得 罗巴甫洛夫斯克和喀山旅行，经由塞米巴拉金斯克回到新疆。在固勒扎他曾晋见伊犁将军，声称曾被拐骗为俘虏，清朝于是指定他为喀什噶尔的土著帮办大臣，然后任命他为阿奇木伯克。作霍尔敦的旅行使他通晓中亚的贸易活动。在和浩罕的谈判上，长龄不可能派出比他更合适的人选了。①长龄在开始时曾直接坚持要浩罕交出1830年侵略的魁首，将全部战俘放回本国，但是北京对于艰苦的谈判没有思想准备。甚至不等到汗国回答，皇帝已允许重开新疆与浩罕的贸易，豁免关税，并且指示长龄放弃引渡要求和不再强要二万东突厥斯坦流亡者回来，“以示大方”。②在1831年底，两国之间的贸易恢复了。
确切地说，作霍尔敦在浩罕的谈判看来未曾公开发表过。浩罕和六城地区当局交换了几次书信，在1832年达成协议，清朝允许“旨在经商”的浩罕臣民“自由来往”于六城地区，并且允许“托钵僧”入境，但是与以前一样，没有北京明确的批准，不允许任何人进入中国本部，甚至对使节也是如此。政府用银子赔偿了浩罕商人被没收的财产，对浩罕商人豁免关税。作为报答，浩罕愿意将清朝的战俘遣送回国，但不包括流亡者，同时汗国将阻止玛赫杜姆家族入侵清朝的领土。长龄报告说，浩罕的统治者自愿抱经盟誓，“永远翊戴”。清朝当局作为戒备，还派了一名使者去向布哈拉艾米尔“请求帮助”，使之在浩罕汗国“侵犯时能帮忙维持中国西部边境的和平”。但是布哈拉艾米尔“婉言谢绝了要进行 任何干预”。①根据长龄的建议，清朝在1832年对所有各国在喀什噶尔和叶尔羌贸易的商人一律豁免关税，甚至包括柯勒克孜人在内。②这是为了避免造成这样的印象：曾经威吓满洲人的浩罕商人，现在是这个地方的主人；也为了禁止浩罕人利用一种关税特权去垄断贸易。
浩罕派来一名商人头目，他将八十余名喀什噶尔战俘释放回国，并带来一百余名安集延商人。新疆当局不许地方官员干涉浩罕与喀什噶尔的商业事务，并且命令喀什噶尔商人对“夷商头目”公平定价。1832年末，清朝用银两赔偿浩罕商人全部被没收的茶叶，并且叶尔羌的参赞大臣花了一万余两银子解决了浩罕人的土地要求，尽管外国人购买土地始终是不合法的。清朝根据那彦成的建议驱逐了居住在新疆不到十年的安集延人，付给赔偿的土地就是属于他们的。③六城地区的骚乱已表明，清朝在塔里木盆地西端的驻军远远不够用。因此政府把参赞大臣衙门和塔里木盆地的统帅部从喀什噶尔迁到叶尔羌，这是六城地区的主要城市：它很漂亮，多舞女和乐师，一个访问过叶尔羌和孟买两处地方的浩罕人认为，叶尔羌可以和孟买媲美。它的中心位置有利于在喀什噶尔、英吉沙尔、巴尔楚克（即玛喇巴什，它的战略重要性终于得到了承认）与和阗地区之间相互援助。在1830年入侵期间壁昌将叶尔羌商民移入满城，这一行动已被证明在阻遏侵略者方面是如此有效， 因此某些人关于在六城地区商场周围建立城堡的建议就被认为没有必要了。
政府任命壁昌为叶尔羌的首任参赞大臣。在新疆南部防区的六千名士兵之外，清朝增加了三千名从伊犁来的骑兵和四千名从陕甘绿营调来的士兵，再把阿克苏和乌什吐鲁番每处一千士兵计算在内，南部防区总兵力达一万五千人。迟至1835年这些军队中没有一个东干人，因为政府害怕一旦发生叛乱，作为穆斯林的东干人可能参加。①后来政府改变了关于这一政策的想法。为了应付增加军队后的费用和口粮，北京削减了各省绿营饷粮的百分之二，以便每年能多筹银三十余万两。
然而，政府认为各省的分摊只是权宜之计，它继续努力从当地收入中寻求维持六城地区驻军的办法。为此目的，按照长龄的建议，北京中止了满人的隔离亚洲腹地的长期实行的政策，迟至1831年已许可汉族平民由中国本部迁到六城地区。允许移民接受抛荒地和被没收的土地，开垦死地，甚至也可当东突厥斯坦人农庄的佃户。1832年出现了第一次移民浪潮，在喀什噶尔地区的喀拉科依和巴尔楚克附近建立了汉人居民点。北京一度仍为六城地区土著居民的态度感到忧虑，在1834年甚至撤销原议，命令汉人居民点解散。但于明年在汉人移民尚未迁徙之前，政府又一次取消它的决定，恢复移民。
从1834年起，北京鼓励穷人从中国本部向新疆迁移，特别是移到六城地区。汉族移民的核心开始形成。在十九世纪三十年代中期，仅叶尔羌就有二百名定居的汉族商人，还有许多其他时来时去的人。那里有一个东干商人团体和一些汉人工匠。汉语现 在和突厥语同样“通行无阻”。①中国的第一个“不平等条约”（1835年）
浩罕努力要继续控制新疆的对外贸易，这仍然是一个严重的问题。汗国已经基本控制了从塔什干和突厥斯坦城市进入新疆北部的草原商队的贸易，以及所有通过它自己领土的商务活动。仍在浩罕控制之外的有准噶尔人同俄罗斯帝国的交易，有从巴达赫尚到色勒库尔的商队贸易以及从拉达克到叶尔羌的商队贸易。“由于中国政府的猜忌”，浩罕“不能”通过清朝领土与印度“直接来往”。对于浩罕商人们来说，“通过西藏（拉达克）”去印度的道路是“被禁止的。”②1833年，浩罕派了一名使节（额尔沁）“照料”贸易，并要求它有权在叶尔羌和其他城市任命自己的政治和商务代办，授权他们向所有来到六城地区从事贸易的外国商人征收关税。这等于要求垄断贸易，所以北京不愿意答应。清帝以只恢复成例这一不成理由的理由同意在叶尔羌和其他地方设立浩罕的商务代办（商头），但不准浩罕向其他国家的商人征税。
在清朝的记载中，甚至使节本人也承认这个要求是愚蠢的。③但是浩罕的军事扩张立刻促使北京采取一种较为和缓的方针。一支五百余名柯勒克孜人的浩罕军队侵入色勒库尔地区；一名浩罕使节谒见伊犁将军要求清朝把所有哈萨克人赶出卡伦，以便浩罕能向他们征税；浩罕同时明确声明它正在向帕米尔柯勒克 孜人征税。①这些柯勒克孜人的地位从来没有明确规定过，但是他们和哈萨克人——其中某些人同时承认浩罕、俄国和清朝的权威——一起至少是被当作藩属的。
浩罕要求驱逐哈萨克人一事，是对王朝在新疆统治他们的权力的公开挑战。伊犁将军拒绝将他们赶出卡伦之外以免使之落入浩罕税收官之手。诚然，在清朝看来卡伦全然不是国境线，只不过是一条深入新疆边境之内一百余英里的军事防线。由于浩罕未能就范，北京就援引它不干涉尼泊尔内政的先例（1814—1816年），完全否认它对卡伦之外浩罕哈萨克关系负有责任，并且警告说，它将不为那些逃避浩罕赋税而进入卡伦之内的哈萨克人提供保护。对于那些在1832年和外国商人同样得以豁免进口税的柯勒克孜人，清政府也同样对待。政府不打算保护柯勒克孜人使之不被帕米尔的浩罕所吞并，而1835年的中国浩罕协定将立即给予浩罕向清朝国土上