原因是李定国待人诚恳，部分原因则是他们也厌恶孙可望的帝王派头和他对永历朝廷的无礼。因而，当李定国1655年秋从广西西部撤退，前往安隆时，他得到孙可望派去阻止他这一行动的某些人的暗中合作。
1656年2月，李定国到达朝廷，几天后护送永历一行离开了安隆。随后，他在云南府显示了一次力量，吓得那里的将领们承认了他的权威。3月下旬，永历皇帝被送到云南府，现在称为云南都城。为了努力显得像个政府，皇帝开始封官进爵，对象大多是李定国的部下和伙伴。
这之后，无论是孙可望还是李定国都感到在自己的领土上不够安全，都行动起来反对对方。双方都发生了倒戈、变节和阴谋反叛的事。李定国几次想与孙可望和解，但他讲和的表示都被拒绝了。1657年夏末，孙可望被人说服发动一次对李定国的惩罚性战争，却不知道劝他这样做的人是同他的对手商量好的。9月下旬，孙可望的军队越过贵州西部，10月，他的军队在云南东部与李定国军相遇，两军于是交战。孙可望的主要将领这时按事先商量好的计策，倒过来反对他，孙可望的图谋全部化为泡影。他退回贵州，军队受到很大损失，自尊心也大受伤害。
又羞又恼的孙可望前往湖广，于1657年12月向宝庆的清当局投降，以发泄他对背叛者的仇恨。他强烈要求满族人给他一个“雪耻”的机会，让他带领清军出征四川、贵州和云南。清军统帅对他不大信任，没有给他这样的任命，但他们确实待他不错。
朝廷逃入缅甸
1658年，在孙可望投降后一个月，清军分三路出兵，吴三桂从四川西北、洛託从湖广西南、卓布泰从广西东北进入贵州。1658年6月下旬，三支军队在贵阳会合。随后，他们与洪承畴共商下一步行动。
在云南，永历朝廷调集军队抵御贵州的清军，但行动缓慢。到8月，才在贵州西南部选定三个防御阵地防守各渡口。但这些防御工事顶不住清军的协力攻击。从12月底至1659年1月，清军沿三条路线推进：吴三桂经七星关向北；铎尼（他的军队刚换下洛託的军队）从北盘江上游渡河；卓布泰从北盘江下游渡河。李定国在中央阵地死命阻挡卓布泰的推进，但受到沉重打击，匆忙回云南府安排将朝廷迁移到较安全的地点。
这时可以考虑迁移到四川东部或广西南部，但朝廷除了继续向西撤退外，实际上别无选择。少数人希望考虑逃过中国的西南边界；朝廷仍希望保持对大理以西领土的控制。1659年1月7日，当清军进入云南，皇帝一行离开了云南府。护送他们的是沐天波，他在一路上遇到的土著官员中仍有影响。同时，李定国和他最好的将领们准备拖住清军的推进。
2月2日，吴三桂和卓布泰从昆明湖地区向西追击，摧毁所有的抵抗。3月10日，清军进入永昌，这时，一再遭到自己的护送军队抢劫的狼狈不堪的永历朝廷到达了中缅边界中国一侧的腾越。然后，李定国在怒江西边磨盘山中的羊肠小道上停下来，对清军进行最后一次顽强的抵抗。在那里，清军险些中了精心布置的埋伏，接着发生一场激烈的战斗，双方都伤亡惨重。李定国和他的残部设法南逃至边界地区。饱受兵变折磨的永历皇帝一行，在3月下旬通过一处边关进入缅甸领土，①从腾越出发时有4000人，这时只剩下三分之一。磨盘山伏击削弱了清军并打击了他们的士气，他们的追踪，过腾越不远即止，没有穷追。
当李定国和他的伙伴白文选分别在缅甸东北地区恢复元气时，清廷在云南府周围和其他地点派兵驻守。在总督洪承畴的指引下，清廷暂时集中注意恢复农业，学习驾驭土著领袖，并向缅甸人施加外交压力。他们希望失败、饥饿和疟疾将最终毁灭李定国剩下的军队。
永历皇帝在缅甸的困境
在边界的缅甸一边，几乎已被所有的兵士抛弃的永历一行，在继续前进之前，被迫放下武器。几天后，皇帝和646个随行人员在大金沙江（伊洛瓦底江）岸的蛮莫上船。其余的人陆行，相约与皇帝一行会于缅京阿瓦。但皇帝一行在井梗被暂时扣留。陆行者也许被误认为入侵者，于5月初在阿瓦地区被杀，只有几十人逃进了荒野。1659年6月，永历皇帝一行到达阿瓦，被安置在京城对岸一处简陋的营地。皇帝一行长时间受到缅甸政府的冷遇。虽是粗茶淡饭，但还过得去，皇帝的随行人员努力适应主人的愿望和缅甸的风俗。
明代中国所称的缅甸，仅指这个地区的几个“蛮夷”国家和部落联盟之一。在洪武和永乐两朝，通过设置“宣慰使司”（指定宣慰使但不指定僚属）令其朝贡和配合军事行动，对这些政治实体建立了名义上的宗主权。缅甸各部人民之间的关系一直不好。有一个时期缅甸不复存在，到16世纪中叶才再度出现。万历时期，缅甸向北扩张的战争侵入了云南。特别是在16世纪的最后10年，缅甸和云南当局经常发生战斗，争夺边界上的小州县。17世纪初，缅甸再次承认中国的宗主权；但关系紧张，在万历朝结束后没有来往。实际上，这时上缅甸各部屈服于缅甸，并开始接受阿瓦的缅甸政府的行政管理。①现在的缅王他格利远比他具有革新精神的前辈软弱，出于人道考虑，允许永历皇帝避难，但他拿退入缅甸的中国军队没有办法。这主要是李定国和白文选的队伍，他们不仅在缅甸东北部造成很大的破坏，而且以煽动边境的部族叛乱相威胁。事实上，从1660年春开始，这些军队几次进逼阿瓦，要求迎归永历皇帝。这使缅甸人感到恼火，因为即使交出皇帝，也不能保证他及其难以驾驭的支持者愿意或者能够离开缅甸；而他格利控治下的阿瓦，没有能力将他们赶出去。遵照主人的要求，永历朝廷的一些人以皇帝的名义敕令入侵者离开，但两位中国将军干脆予以拒绝。
随着对缅京军事入侵可能性的增加，缅甸人对永历一行就不怎么客气了。到1660年中秋，朝廷处于极度匮乏的境地。所有值钱的东西都用来换了食物。1661年6月，缅王弟猛白弑兄自立，情况就变得更坏。猛白比乃兄有魄力，准备同中国入侵者开战。②不久，永历的全体官员被邀请参加向新王效忠的典礼，并安排这个朝廷的最后解散。这件事变成了一次大屠杀，所有健壮的人均被杀害，其余许多人自尽。患严重气喘病的皇帝现在只有少数亲属和随从陪伴，虽然活着，但处境极坏。所有这些不仅是新的缅王表示决心而已，而且可能是在执行清廷的要求。
1659年12月，北京命吴三桂总管云南事务。他建议采取坚决步骤立即根除永历朝廷及其支持者，因为他们一直在煽动云南人抗清。北京的朝廷纯粹出于财政上的原因，迟迟不批准这个行动。1660年的大部分时间都在考虑财政和后勤问题，直到9月才最后批准出征缅甸。
从1661年12月下旬至第二年1月，吴三桂和内大臣爱星阿经木邦入缅甸。他们击败了李定国最强的伙伴，迫使李定国向东撤退。1月20日，清军到达阿瓦东南约20英里的地方，几天后永历皇帝被交给吴三桂手下的人。不久，皇帝开始了三个月的跋涉，回到云南府。1662年5月下旬，他和他的十几岁的儿子被秘密处死，也许是因为他们的出现引起了安全问题。③李定国甚至被认为不值得追赶，大约在8月，在云南和今老挝边界附近的某个地方，他在绝望中死去。①大约就在这个时候，吴三桂被满洲人封为亲王。
郑成功的崛起
在中国和日本，郑成功是一个使历史家、剧作家和说书人着迷的传奇人物。①他的名气来自几个因素，包括政治事件、生意才于和个人魅力。
第一，郑成功仿效他的父亲，建立了一个强大的海上组织。尽管有官方的禁令与阻挠，中国沿海与东亚和东南亚各货物集散地之间的贸易额，到16世纪末一直在增长。这种增长受到西班牙、葡萄牙和荷兰具侵略性的贸易和航运的影响。中国东南沿海的许多居民，直接或间接依靠海外贸易和国内的沿海贸易为生。这些人似乎愿意服从任何种类有组织的控制，只要它能保护他们不受到太大的干扰。明朝政府留下的这个空白，就由像郑芝龙这样的人及其族人所填补了。
郑成功利用海上贸易的收益，加上他在商业上的一大部分人力、制造技术和商船的总吨数抗衡清廷。但是，一个人能在什么程度上领导松散的海事集团进行战争，是有限度的。事实上，这个时期有许多中国人逃避郑成功的勒索和军事化，而移居台湾、暹罗、吕宋甚至南美洲西海岸。
郑成功崛起的第二个因素，是他抓住了清廷在心理上和地理上的弱点。满族人以其骑战传统为最大骄傲，在陆上他们是杰出的。虽然他们很快适应了江河与湖泊上的战斗，但对于大海他们感到困惑和害怕。在陆上和内河战无不胜，使他们有能力完全征服中国（除去东南沿海一带），俘获明宗室的最后一个代表，并“剿灭”被指责毁灭了明朝的造反军。因此，满族人在一帮对海事同样无知的中国官员的劝告下，最后才选择消灭郑成功一途，是可以理解的。
即使清廷迅速克服了它对沿海地区的厌恶，财政上也受到阻碍。浙江东南部、福建和广东最东部的难以进入和有限的农业资源，使得运送军队到那里去和维持大量驻军费用太大。如果采取驻防的办法，那么就需要极大数目的兵士驻守海岸线上的每一座城市中心以对付“海盗”的进攻。实际上，与海上的造反者打交道，将需要一大笔投资——亦即建立一支水师。所以并不奇怪，清廷最初企图跟郑成功谈判，并且选择了依靠陆地（把居民迁往内地）的战略，②直到17世纪60年代他们才终于能够把注意力集中到海上的战场上来。在这样做时，清廷的目标不仅要夺取郑成功军队的一切陆上基地；更重要的是，他们想釜底抽薪，断绝一切日常供应：从居民得到产品和服务——粮食、食品、木材和造船技术。③郑成功崛起的第三个因素，是他的自觉。从1646年他拒绝跟随他的父亲降清起，他就开始训练他自己的小队战士。他对个人命运有一种不寻常的意识。此外，与这种意识相结合的，是相当的管理技巧、商人的精明和竞争性。他在军事上的战略战术才能以及他的超凡魅力，使他能用铁腕约束部下。他在招纳从前的对手上取得明显的成功，用这种方法得到几个最有价值的将领。但是，他对部下所犯的即使是比较小的错误进行过分严厉的惩罚，不论他们职位的高低与关系的亲疏，导致部下的变节，从而削弱了他的运动，损害了他的利益。
第四，也是最后一个因素，是郑成功聪明地打出明朝正统的旗号，尽管他离朝廷很远。他与隆武皇帝的亲密关系、他的接受国姓和他的殊荣，前面已经谈到了。同朝廷的这种直接联系对郑成功决定献身明朝的事业起了决定性的作用。当他领导下的机构逐渐壮大，他采用明朝的各种制度形式，只略作修改以适合他的情况。①他以完美无缺的礼节和谦卑处理他同遥远的永历朝廷的关系；但他也学会只在符合他在东南战场的企图时服从命令。对他来说，献身于明朝的事业更多地出自抵抗异族征服的本性，而不是为了维护一种政治制度。这样，他从一个适合于他的个性的象征中得到力量，而又不受制于皇帝的官僚机构或一个真正的君主。最主要的是，他能够把他的集团的利益与朝廷的利益等同起来。
郑成功的崛起有三个阶段。在1647—1651年间，他以一个无可争论的海上领袖出现在中国东南沿海；从1652至1655年，他建立了一个强固的基地，并增加了人力；从1655至1659年，他试图把他所控制的范围从沿海扩大到中国腹地。
第一个阶段包括一系列家族内部的权力斗争。起初，当郑成功直接指挥下的兵士逐渐增加时，他和他的族人在漳州和泉州协力作战。清廷为了报复，于1647年春袭击了郑氏的老家安平，在这次行动中，郑成功的母亲自尽。随后，在1648和1649年，郑成功在广东潮州独立作战，在后勤、战略和补充新兵方面取得宝贵经验。当他于1650年9月从这次出征回来时，他已经强大到能从他的族叔郑联和郑彩手中夺过控制权。①两个月后，郑成功接到永历朝廷的请求，要他支援长期被围困的广州。1651年3月，他为这个目的开始西征，但在海上为暴风雨所阻。4月下旬，他听说清军趁他不在时对厦门进行了一次破坏性袭击。郑成功半途终止了西征广州，立即赶回。5月底，他将负责厦门防务的旅叔斩首，迫使另一个族叔隐退。
这样，到1651年夏，郑成功已经排除或完全制服了他在郑氏家族中所有的对手。此外，在这年年底，他合并了绍兴的鲁王朝廷失败后幸存的水师。这标志郑成功崛起的第一阶段的结束。他这时是27岁。
经过这些年，郑成功已经成为一个更加成熟的领袖。到1654年，他控制了整个漳州，轻易地击退清军的反扑；1655年初，他北移至毗连的泉州。在这个时期，郑成功没有忽视训练和正规化问题。他照明朝的体制分军为五，自为中军，到1655年，共有军队33镇，②大约165000人。在此时期他接到李定国求援的要求，当时李定国正企图夺取广州。但郑成功懂得，在他的基地周围有一条坚固的防护带之前，他不能离开。所以他只派去一个代表，而继续巩固漳州和泉州周围地区的防务。
1655年以后，郑成功集中全部注意力于准备到目前为止的他的最富雄心的事业：“北伐”浙江和南直隶。他最后集合了250000多人（50多镇）和至少2300只船。1655年，他照明朝的样子建立他的行政机构，尽管大多数文职人员主要地管理军事事务。③而且，他从永历朝廷接受了他此后最为人知的封号延平王，把他在厦门的主要基地中左所更名为思明州。①为了争取更广泛的支持，他开始教育他的军队洗去海盗的名声，以赢得外省人民的心。
同清廷谈判
从1652年起，郑成功对清廷来说有如芒刺在背，那年秋，顺治皇帝开始了一个历时两年的交涉，目的是软化他。在这�