南直隶东北和山东南部的战事。每镇的士兵，要靠耕种被遗弃的或瘠薄的土地来取得粮食；武器、装备和其他物资则靠每个防区在本区征收的税款来购买。此外，每镇定员30000人，每个士兵每年由中央政府发给饷银20两。史可法和他的30000人的军队集中在扬州和徐州之间，作为他们的督师。
除此之外，来归顺弘光皇帝的还有一个重要的后来者，即湖广的左良玉和他的50000多散漫杂乱的军队，他将作为第五镇的统兵将领。在安庆和镇江各部署了一支军队，它们之间有几处驻扎着江防军，以保卫长江，它们中间的南京则另有一支60000人的应急军队。此外，还加强了操江提督在南京对岸浦口的军队。九江和凤阳的两个总督以及在安庆芜湖、怀安扬州和河南东部三地的巡抚，将部分地得到中央政府配给的支援。
这样一个军事部署的总开支预计要700多万两——就是说，至少超出南京户部当年预计的收入100多万两。而预计的收入还得用于薪俸、建设和朝廷的礼仪开支。由于豁免了遭受土匪劫掠地区的赋税；地方赋税被挪用来增加军事设施；失去了福建和两广③大部分地区的赋税，南京只能指望南直隶南部和浙江的赋税收入，而这些地区到晚明时在粮食上已不能自给自足和从地区间的贸易获取财富。此外，当年严重干旱。即使军队的数量不急速增加，即使有最好的财政官员和军需官员，供应也将不足，何况弘光皇帝两者都没有。
为了获得军队的忠诚（这是它非常缺乏的），朝廷用两种办法讨好他们。一是允许军队在各自的防区内有获取食物的完全自由，甚至可以自己任命管理人员，一是对带兵的将领滥予加官进爵，不是为了赏功而是为了激励他们的军事才能。这种政策导致严重的冲突。文官看不惯武将的贪婪和自负，认为他们全是无功受禄；居民反对在他们的城镇驻扎军队，而军队则认为驻在城镇比乡下和军垦区舒服，因为这里更富足，货源更充分（而且有墙把各小队保护起来，互不干扰）。此外，各个防区在出产和收入上的不平均，加剧了将领之间的地方性对抗。
平民鄙视士兵，而一些士兵则鄙视另一些士兵，把他们看作吃皇粮的土匪。的确，许多部队原来就是叛乱的团伙。特别是在河南中部的大多数地区，那里布满了堡砦，其中一些就是由当地的叛乱者和刚得到弘光朝廷任命的人指挥的。①但这种情况并不使他们与正规军有何不同。他们都是大伙武装起来的人，靠打、砸、抢为生，有的得到军官的庇护，有的则不。
朝廷本身从一开始就由于高级文官与勋臣之间的分歧而分裂。后者控制着南京周围的大部分军队。他们企图参与政府大计并得到民政官员更多的尊重。当时的操江提督刘孔昭就企图在内阁中谋一个职位。他受到吏部尚书张慎言的反对，理由是没有先例。其他的勋臣和刘孔昭联合起来指责张慎言在任命官职上轻视武将；文臣则反驳说，武官无权过问朝廷的事。这次争吵的结果是张慎言辞去官僚机构中这个最重要的职位。
这类争吵本身已够严重了，它们还同马士英的竭力增加个人权势和朝中“清流派”与“逆党”之间的斗争始终纠缠在一起，这些斗争始于16世纪末的东林党人。尽管马士英是一个有一定才干的人，胸怀宽大的人也可以与他共事，但文官都不喜欢他，东林党和复社的不妥协的追随者尤其不喜欢他。
马士英知道这一点，所以在文职机构以外，他拉拢那些不满分子：将领、勋臣和宗室中的野心家；在文职机构以内，则拉拢那些由于清流派的反对导致仕途受到阻挠的人。“清流派”前辈、左都御史刘宗周严历的奏疏，使马士英更加感到需要这样一种策略。刘宗周常批评军人，对朝中的“小人”提出警告，强烈要求惩治某些不服从命令的将领，主张将马士英送回凤阳。②马士英决定采取一切手段加强他的地位，同朝中反对他的这班文官进行斗争。这个决定启动了他无法控制的各种势力。
“清流派”不信任马士英，是因为他同阮大铖向来过从甚密，而阮大铖是复社深恶痛绝的人。据说在17世纪20年代，阮大铖为了争夺一个他垂涎的职位，曾与臭名昭彰的太监魏忠贤勾结，陷害东林的一个盟友。后来，崇祯朝将魏忠贤及其党羽定为“逆案”，阮大铖作为次要人物被列入“阉党”，削职夺官，永不叙用。但这还不足以抵消复社名士对阮大铖的憎恨，他们中间的一些人甚至公开辱骂他，把他排斥在官场和上层社会之外。①阮大铖想当官的强烈欲望加上他的工于心计与报仇心切，使他在他们眼中成了邪恶的化身。弘光朝廷发生的事，似乎证实了这种担心，但从阮大铖受到党人过分的刺激与羞辱来看，他们的担心也可能是主观臆断的。
“清流派”的反对激怒了马士英，他决定替阮大铖复官，明知这会引起一场风波。不仅因前朝对阮大铖有永不叙用的定案，更糟的是，这次任命出自中旨，不是按照惯例先行推荐，然后再经过朝廷大臣的审议。这种走捷径的办法，始于成化年间，此后常被滥用，在天启、崇祯两朝曾引起很大的争论并导致恶果。②阮大铖终于在1644年9月30日成了兵部右侍郎，这加速了高弘图、姜曰广和刘宗周的去职。第二年他升为兵部尚书兼右副都御史巡阅江防，他的高升给那些既想升官又想报仇的人指出一条途径，即依附马士英。
为了肃清政府中的反对派，马士英和一些过去受到排斥的人如通政使杨维垣等诡称，应当受到惩治的“邪党”不是那些与天启朝的太监有所谓联系的人，而是那些与北方的造反者有勾结的人。他们还企图为列入逆案的人翻案，甚至要求重新出版《三朝要典》，一本由阉党编辑的诬陷东林官员的书。①某些“清流派”官员在为南京朝廷定策时不赞成拥立福王，也作为一个重大问题被提了出来。政治迫害愈演愈烈，甚至超过马士英的初衷。最为世诟病的是，阮大铖诬陷他的仇人周镳通敌，因为周镳的一个远亲曾在北京的李自成政权中为官。周镳不像许多复社名士那样在阮大铖得势时被逮捕，但他也没有逃走，1645年5月初他奉命自杀。
这种清洗可能加强了马阮集团，但大大削弱了政府。它转移了政府对更重要的问题的注意，把好人赶出朝廷，并对制定一项对于那些被怀疑对李自成抵抗不力或甚至予以帮助的人的明确政策增加了困难。这些人有的受到欢迎，有的受到恐吓。有的复官，有的被处死，基本上根据党派关系决定。因此毫不奇怪，许多人宁愿留在弘光朝廷的势力范围之外，即在造反者或满族人一边。
马士英为了巩固他的权力，还从政治目的出发任命将领。此外，他也怂恿某些明宗室干预朝廷事务，只要能利用他们攻击他的政敌。在谴责马士英的政敌的将领中，刘孔昭和刘泽清叫嚷得最响，在宗室中，朱统■依附马阮集团迫害反对派，以期获得官职（宗室一般不得担任官职）。由此引起了宗室钻营官职之风，但这比起防御指挥的政治化来，还是个次要问题。史可法在驾驭江北四镇骄横的将领方面，一开始就遇到很大的困难，加之他们与南京兵部（受马、阮控制）有直接联系，史可法就更加为难。这个情况引起的严重后果是，刺激了左良玉，他早先曾受到一个东林人物的很深的影响，憎恨马、阮。马士英为了防范他，故意克扣军饷，并企图在他和在九江的总督之间制造不和，尽管马士英也担心左良玉的纪律极坏的军队可能叛变。御史黄澍利用这种情况竭力鼓动，首先检举马士英“十大罪状”，随后说服左良玉起兵反对马士英。
对马士英的成功和弘光朝廷的命运最重要的是他和皇帝的关系。朱由崧本来不愿继承帝位。他像所有的藩王一样，习于享乐，被禁止参加政治活动。他从来不曾显示出坚强的性格、决断，或对政府事务和统治权的知识，而这些都是他现在所需要的。不过，在他即位后的最初几个月，他确实作出很大的努力履行皇帝的职责，直率地承认他需要一个有能力的首辅的指导和帮助。虽然他起初选择了高弘图，但不久马士英就设法取代他成了首辅。
他利用皇帝的自卑感与不安全感，迎合他想把一团糟的朝廷事务委托给某个人的愿望，达到了这个目的。各种检举、清洗和政治花招所强调的，是“清流派”想拥立鲁王，是东林集团冤枉了朱由崧的父亲和祖母，是某些人竟然胆敢议论皇帝的亲族（突出的宗室）以及其他的人阻止太监想把部分税银解入内库的企图。虽然皇帝既未发动也未鼓励这种制造分裂的指责，但也缺乏加以制止的决心。他依靠伴随他从河南来的少数太监，而疏远先前驻在南京的政治上更机敏的太监。
皇帝逐渐缩入深宫，引起种种谣言，如关于他的好色、放荡、不理朝政，以及马士英和阮大铖助长这种荒淫的卑鄙手段。不论这些传说真实与否，马士英之获得有限制的权力主要不是靠赢得皇帝的信任，而是靠架空他。为了支付内廷的糜费，特别是选择皇后和举行结婚大礼，导致政府的财政支绌。
财政上的危急情况引出了各种对策，其中大多数是老一套办法，即增加赋税。除派出官员和太监催促赋税和食盐专卖收入的运送外，相当大的注意力是放在苛捐杂税上。有人提出开矿和取消海上贸易限制以取得更多的关税，同时政府在江南对酒和房地产征收新税，并铸造弘光钱币。政府标出价钱，卖官鬻爵，罪犯可以花钱减刑。
但对政府的名声影响最坏的，是任命一切官职都需要行贿。马、阮及其同伙公开这样做，表明这是他们筹措政府经费的一种公然手段。但这种意图从未正式说明过，它看起来更像是个人的腐败行为。在人民的眼里，则是“长官多如羊，小吏贱似狗……可叹江南钱，尽入马家手。”
敌人和战略
当时迫切需要的，是增进文武官员之间的团结，但谁是主要敌人，在弘光时期从未弄清楚或取得一致。是造反者还是满族人：应该在什么地方抵抗谁？如果主要威胁是造反者，那么是陕西的李自成还是四川的张献忠最有可能首先下江南？如果主要威胁是满族人，那么他们是在对付了造反者之前还是之后向江南进军并走哪条路线？在山东和北直隶的清军是仅仅想肃清造反者以准备对付西边的李自成呢，还是想伺机南下进一步侵犯和占领中国领土？他们是否可能同造反者联合起来进攻南方？
由于这种复杂性，这个财政上陷入困境的政权必须同时在四条战线上保卫自己：湖广中部，河南中部和东南部，河南东北部，南直隶北部。此外，从长江上游、长江以北的大运河和浙江来的叛军的接近，使南京经常处于惶惶不安之中。在弘光朝的头五个月，朝廷担心的是农民起义军；到冬天，它比较清楚地看到满族人的危险性；结果问题变成了是打清军还是打明朝内部的敌人。总的来说，朝廷以及所有的南明机构始终低估了满族“蛮子”的意图和能力。
起初，史可法和整个朝廷都希望满族人真像他们宣称的那样，帮助明朝主持正义——就是说，若不被激怒，他们愿意同南明朝廷合作，满足于某种报偿、让步和特殊利益。为了探索这种可能性和鼓励满族人的谈判态度，弘光朝廷在1644年7月开始计划派使节去北京。使节的目的规定为：（1）适当地安葬崇祯皇帝；（2）赠与吴三桂爵位和贺礼，②对他的效忠满清，暗中加以破坏，吴三桂原是明朝北方的将领，曾有效地反对农民起义军；（3）向满洲人赠送谢礼（补偿），感谢他们把农民起义军赶出北京；（4）劝诱满族人撤军，条件是让与山海关以外的全部领土，每年纳10万两岁币，默许其统治者除“皇帝”之外的任何称号。他们不知道摄政王多尔衮为了取得“天下”的战略利益，这时正把年轻的顺治皇帝从沈阳接到北京。
1644年8月初，正式任命三个人担任这一使命，以新提升的兵部右侍郎兼右佥都御史左懋第为首，左都督陈弘范和太仆少卿马绍愉随行。这不是最好的一组人选。三个都是次要人物，选择他们的主要原因是，只有他们似乎愿意去。左懋第决心在蛮子面前维护明朝的荣誉，不欲进行谈判。此外，他公开反对委派马绍愉，因为马在崇祯朝同满族人谈判时有讨好对手之嫌。③陈弘范则是清廷这时所要找的一个中间人，希图通过他说服南方的将领归顺。
使节走走停停，由于供应和运输问题以及遇上土匪，沿大运河北上的进程很慢。他们进入济宁以北的满族人占领区后，受到很冷淡的接待，不提供住处，并加以许多限制，在10月的最后几天当他们接近北京时，这些限制越多。人家对待他们不像平等国家的使节，而像从一个属国来的进贡者，最后，他们由于企图同吴三桂联系而被拘留在鸿胪寺。在这里，满族大学士刚林见了他们两次，责骂他们和南方的政府，没收了他们带来的礼物，不许祭奠或重葬崇祯皇帝及其后妃，认为没什么可谈判的，因为清军已经发动了对南方的战役。最后，他们被允许在11月25日在严密监视下离开北京，但不久就有一支清军赶来，将左懋第和马绍愉俘虏。陈弘范这时已与清廷合作，继续前进去向弘光朝廷报告即将来临的对南京的猛攻。
关于清廷的狂妄与好战的报告并不使史可法感到意外。8月下旬，多尔衮曾给史可法送来一封信，信中对比了清廷的自我牺牲精神取得的成功和南方朝廷的自私自利导致的失败，敦促史可法投降。史可法在10月15日发出了他的著名的回信，①雄辩地驳斥了多尔衮，坚决地拒绝了背叛，从那时起他就采取步骤增强防御，预备对付清兵可能的猛攻。早先，史可法纯正的人品和爱国心曾深深感动了土匪出身的高杰，在江北四镇的将领中他最强也最难驾驭。现在，史可法重新部署军队，就派高杰驻守咽喉之地徐州。11月和12月，清军在南直隶东北边境被击退，于是人们希望明朝军队至少可以守住长江防线。
“三大疑案”
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