其时，曾国藩已经改派为两江总督，只是他上了一道“谢调任江督恩因病请开缺摺”，固辞两江总督。折子上说：本年三月以来，衰病日甚，目病已深，恳请另简贤能，畀以两江重任，俟天津教案之事奏结之后，再请开掉臣大学士之缺。慈禧哪里会放过他，一面给这个“中兴名臣”戴了顶高帽子，一面坚决不让他辞官。下懿旨道：
“两江事务殷繁，职任甚重，曾国藩老成宿望。以前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜。现在虽然目疾尚未痊愈，但两江若得该督坐镇其间，诸事自可就理，该督所请另简贤能之处，著毋庸再议。”
上谕说的再明白不过了，有病也必须去。接着上谕免去丁日昌江苏巡抚之职，调补张之万任江苏巡抚，张兆栋升授漕运总督。
曾国藩在十月初的时候离开京师，向江宁而去。因为身体不太好，多走水路，即便在陆路上，也不敢颠簸，所以走的慢了。曾国藩倒也不急于赶到江宁，因为他与张之万有同样的顾虑，但他却不能像张之万那样从容脱身。因此，他需要在路上好好谋划一下；也趁此机会静观江宁刺马案事态发展，再作定夺。
刑部尚书郑敦谨则恰恰相反，他比曾国藩要晚几天出京，但他在入宫向两宫皇太后请训之后，当日便装束就道，快马驰骋，以每日两百里的速度，直向江宁而去。只走了十五六天，就到了江宁城。倒比曾国藩早到多时。
郑敦谨，字小山，湖南长沙人。道光十五年进士，选庶吉士，散馆授刑部主事。此人十分有才，但官场蹭蹬，作了二三十年的四、五品官，直到同治年，才一路布政使、巡抚、河督的升上来。因他做中下级地方官的时间长，与百姓打交道的机会也多，凭着他清廉正直，勤政爱民的性子，竟得了一个郑青天的名声。在山东、河南、湖南等地，说郑敦谨三字，或者还有不知道的人，但一提郑青天的名字，却是妇孺皆知的。
同治六年，郑敦谨擢升至左都御史。这是个正三品的官，但权力很大，是都察院的首领，为天子耳目，纠劾百官，同时控制言论，表达舆情，并有权参与处理重大刑事案件。这一年，捻军渡河进入山西，巡抚赵长龄、按察使陈湜因军纪败坏，扣发军饷，疏于操练，被捻军连连挫败。捻军在山西攻城夺镇，所向披靡。慈禧大怒，诏郑敦谨前往查处。赵长龄和陈湜都被革职充军，郑敦谨代理山西巡抚之后，捻军转入河南，山西至此平静。后来他又会同驻陕北总兵张曜，在河套将另一股捻军击败，自此名声大震。其铁面无私，雷厉风行的名声，立时传于朝野。这一回郑敦谨得了旨意，也期望能像在山西一样，痛快淋漓的将案子拿下。于是带着司员急急南下。身边的谋士随员仍是跟随他去山西查案的现任刑部满郎中伊勒通阿、汉郎中颜士璋。
郑敦谨一行星夜奔驰，走到冀南的时候，正值大雪封路，坐轿难以行走，郑敦谨命令徒步涉雪而行，不得耽误路程。因一路雨雪交加，天气恶劣，途中多人冻伤，他自己的蓝布棉衫也被树枝多处挂破，到江宁时棉絮外露，不堪入目。张之万正在房中看书，听外面有城门守军快马来报：郑敦谨已到了通济门。张之万十分惊讶道：“好快。”急忙换官服带了人去接，走出不远，见郑敦谨一行人已经远远的走过来。只见这一群人大多衣衫褴褛，仪仗不整，个个面带疲惫之色，乱轰轰急匆匆的向前赶。当中一顶蓝呢大轿，挂破了几个大口子，在风中哗啦啦的来回摆动。
大轿落下，郑敦谨从轿中走出来。张之万眼睛近视，见郑敦谨穿着蓝底白点的袍子，那些白点还一晃一晃的，搞不懂是怎么回事，风一大，竟有些白点子飘了起来，更是惊讶。近了才看清，是一团团的棉絮从破衣中露出。张之万与郑敦谨见过礼道：“郑大人为何如此狼狈，一路可顺利？”
郑敦谨道：“贪赶路程，天气又不好，所以如此。不过，一路未有大事，只是辛苦了我带的这些人了。麻烦老兄叫郎中给他们找些治冻伤的药。”
张之万将郑敦谨迎到府中。稍事休息之后，魁玉、梅启照等人也闻讯赶来。郑敦谨道：“人既然来的齐，就在这里将案子商讨一下吧。”又让人将江宁的司、道、府、县长官都唤过来，一同商谈案情。
张之万道：“小山，为何如此着急，你来的匆忙，应当好好养养精神才对。”郑敦谨道：“若是晚了，恐有人泄出口风，就不好问案了。”
张之万料得这个郑青天是想抢在曾国藩前面争功，乐得将此案交过去。当下大家聚在堂上，魁玉将前些时候审案的大致情况说明后，便不再言声。梅启照、张之万只是补充了两句，也没有多说。只有孙衣言侃侃而谈，说指使的人倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。袁保庆也慷慨陈词，坚决要求用刑求供。浙江候补知县马新祐一再陈情，请郑敦谨还他哥哥一个清白。马新贻的儿子马毓桢则跪地放声痛哭，请求伸冤。郑敦谨将他扶起来，道：“张文祥行刺督臣一案，断非该犯一人凭着一时激忿而行凶，本官一定要彻底研鞫，严究主使，尽法惩办。只是案情重大，不便随意使用重刑，倘若在未正典刑之前而刑毙于大堂之上，谁能负得起这个责任？”
一直谈到当晚时近二更天，郑敦谨对此案已经了解得差不多了。随命第二天即提审张文祥。
次日，张文祥和他的妻嫂罗王氏、女儿张宝珍，儿子张长幅以及几个邻居一同被带上堂再审。这一回，郑敦谨亲自审问，问的十分审细。但张文祥还是愿说时便说，不愿说时便昂着头一声不吭。翻来覆去还是将前供重说一遍，又道：“马新贻这只披着人皮的畜牲，伤天害理，黑了良心。不顾人伦，杀弟占妇，我杀这样的人还需有人主使么？”
郑敦谨大怒，喝道：“看来不用重刑，难以撬开你这利嘴。来人！”
两旁衙役呼喝一声，下边孙衣言等人心中畅快，都想道：早就该用刑了！哪知郑敦谨接着却说道：“将罗王氏拶起来。”两个衙役上前，将一副拶子套在张文祥妻嫂的手上，两边一用力，罗王氏一声惨叫，立时昏了过去。张之万叫人泼醒再拶，罗王氏惨叫连连，十指都渗出血来。张文祥闭目不看，但只见他额头青筋在一根根的跳。张之万又道：“再将这两个人套上刑具。”
衙役答应一声，将跪在下面的一个十六七岁的小伙子架上来，在头上套上箍子；又将一个小姑娘拎上来，套上手拶。郑敦谨对张文祥道：“张文祥，你还不说么？难道要看着你的儿子和幼女遭此酷刑之后才畅快么？”
张文祥睁开眼睛，看了看自己的儿女，不知不觉已有两行眼泪流下来，他叹道：“为父不慈，让无辜子女遭此大难。妻嫂照顾他们多年，自己非但没有机会报恩，反让您因我而身受严刑。我实在是对不住你们哪。”回头又对郑敦谨道：“狗官，你不是要知道是谁主使我么？我来告诉你，马新贻实为回人，其父是山东菏泽回民之首，与甘肃回王素有联系。马新贻与太平军、捻军作战，军火多得回民资助，故屡屡立功，升迁也快。马对回王感恩，一直寻机报答。”
张文祥接着将一件不可思议的事情讲了出来。他说道，自己原为捻军，眼看造反事业江河日下，遂“怀反正之志”，后来投到马新贻军下。马新贻有一亲兵叫做徐成三，原与张文祥同在皖北为捻军。后来降清，成为马之亲兵，一直作到巡抚标兵营材官。张文祥因为与徐成三早就认识，后来又同在马新贻军中，所以结为好友。一日，二人在一起畅饮叙旧，酒酣，徐成三道：“真是人心不足蛇吞象，这话一点儿不假。你我兄弟，自从捻军那里投奔清廷以来，虽屡立战功，但仍被人小视，动辄以‘重治贼党’相威胁，十分的憋屈。看那马制军却是春风得意，一直做到封疆大吏，却还想要背叛中原，投降回部，尽占东南之地，真是不可想象。”
张文祥问道：“此话当真？”
徐成三道：“半个月前，西北回王颁给马氏一份密诏，说目今大兵已定新疆，不日便将‘剿灭’与之作对的左宗棠楚军，入关东下。所有江浙一带征讨事宜，俱都委托马氏办理，事成之后，封其为东南王。马氏旋即复函，称‘大兵果定中原，则东南数省悉臣一人之责’云云。”
张文祥一听，拍案大呼：“此等逆臣，我一定要亲手杀之！”遂有刺马之事。张文祥此言一出，满堂皆惊，梅启照与魁玉相互对视一眼，皆摇摇头。其他人都表情错愕，不能置一言。郑敦谨更是不知该说什么好，在一旁录供的几个书办，不是吓得手发抖不能下笔，就是心有所忌停笔不敢直书，只一个劲地看郑青天是如何发落。
案子竟然审到这个地步，实在大出郑敦谨意料，下面不知道那张文祥还要再胡说些什么，郑敦谨哪里还能再问下去，只能匆忙退堂。张文祥被压入牢中，心中得意，也暗暗赞叹哥老会的堂主程速台的主意高。原来程速台在见他的那天晚上，教他一个主意：若是被抓住后，在堂上受刑不过，便可将这条理由拿出来。那审官肯定会立时退堂不敢再问。今天一用，果然灵验。
郑敦谨回到自己的行辕，立刻让人去查徐成三的下落，又忿忿道：“张文祥简直是痴人说梦，照他这样说来，他不仅谋刺国家重臣无罪，倒成了为国除害、报效朝廷的英雄啦。”
刑部满郎中伊勒通阿道：“大人，下官倒觉得这话不像是张文祥这种人能说的出来的。此计必是有高人替他编好的，这更说明案中有案，背景复杂啊。”郑敦谨道：“我便是拼着不要这条老命也要揪出幕后之人，查明此案，给主子一个交待。”
伊勒通阿道：“大人，我有句话不知当讲不当讲。”
“你说罢。”
“此案难审啊。难就难在事涉多方，有人立时就要张文祥的命，有人要借此案整治对方，有人想把事情弄大搞臭马新贻的名声。这私通西北回王的事，就是一例。等等事务皆牵在张文祥一人身上，如同蛛网，您若不提早想好退身之策，一旦陷入其中，再想拔足就难了。”
虽然初到江宁，伊勒通阿已经看出了一些门道来。不过，郑敦谨雄心勃勃，非要把这天下第一疑案弄得水落石出不可，也不枉他那个“铁面无私”的称号，弄个千古留芳的名声，哪里听得进去伊勒通阿的话。隔了一天，派去查徐成三的人报说：徐成三就是那日拦住马新贻大轿要军火的湘军营官，却不是马新贻的亲兵，目前正在通缉当中。次日，郑敦谨又提审张文祥。但连讯一十四天，张文祥口供不变，根本无法笔录，更不敢随便用刑。郑敦谨一筹莫展，而张之万在郑敦谨来江宁的第三天就急急交接完毕，直奔苏州接任江苏巡抚去了。魁玉听了两回堂，就称病在家，梅启照只是听堂，十多天一句话都没有问过张文祥，一个字都没有提到过此案。京中又不断下旨催办，上谕尖锐指出：
“马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大。张文祥供词挟恨各节，必有不实不尽之处。前张之万、魁玉等所拟，不足以成信谳。知郑敦谨已审十数次，着其将详情速呈上来。”
郑敦谨这才感觉到独木难支，压力巨大。下一步该如何走？郑敦谨同满郎中伊勒通阿、汉郎中颜士璋商量。伊勒通阿出的是卸责的办法，此时看看闲书，养养精神，待曾国藩来了，由他主审，到时再看形势定夺。这个主意郑敦谨是不愿意的。这时他已经不存争功之意，但他也不愿意让别人说自己是无能之辈或胆小之人。颜士璋则道：“既然堂上审不出什么来，何如出去走走。微服私访，也可能会得到些有用的东西。”
郑敦谨并不认为微服私访真能访出些什么来，但案子再审下去，也不会有进展。他也想歇上几天，静一静心，说不定又会想出办法来。郑敦谨带了伊勒通阿和颜士璋在南京城里走了几天，倒真打听出不少事来。光是张文祥报仇刺马的事，就有好几个版本。又听说丁日昌的儿子丁蕙蘅也可能事涉其中，又有湘军派张文祥刺马的几种传说。这些纷头乱绪、复杂情节让郑敦谨感到真如步入蛛网一般。他这才明白，原来此案是不能深究的。要是一直查下去，可能将来真像伊勒通阿说的那样，再想从此案中脱身就难了。郑敦谨开始不自觉的想后路了，不过，依着他的性子，他是绝不会像张之万那样将事情一推了之的。但不这样，又怎样了结此事呢？慈禧与同治帝对此案十分关注，正眼巴巴地等着呢。如何能不露声色的全身而退，不要陷进去呢？郑敦谨一时理不出头绪。
这天下午，三人正在江宁细柳巷行走，抬头看见一座官宅。郑敦谨问道：“这是哪个官员的宅第？”
颜士璋道：“这是营务处总办袁保庆的宅子。”
“噢，袁保庆前些天去镇江协查案子，不知道现在回来了没有。我们进去看看。”
袁保庆恰好是前一天夜里刚刚回来，这天又出去查营去了，并不在家。家人听说是钦差大人府上的两位正六品郎中来拜，急忙通禀。不一会儿，一个少年急匆匆的跑出来，向三人行礼，然后将他们让进正院客厅。
这个少年名叫袁世凯，是袁保庆的长子。字慰庭，号容庵，就是后来在中国近代史上赫赫有名的北洋军阀创始人、中华民国第一任大总统。袁世凯风云一时，叱咤中国政坛是后话，此时他只有十五岁，其貌不扬，长的又黑又胖，有些罗圈腿，但说话办事却极周到。郑敦谨并未表露自己的身份，随便找了一处座位坐下。伊勒通阿只好坐到上位，问袁世凯道：“令尊什么时候回来？”
“家父现在城郊，临走时交待，若有急事，可驰马飞报，不消一个时辰就可回来。大人可是又要提审张文祥？”
“这倒不是，令尊已经好多天不问此案了，难道也想保得自家清白不成？”“大人，这话要是放在别人身上尚可，但家父身受