胡适说这个孔教运动震动士林，上从内阁大臣，下到举人、秀才，支持者所在多有。他们对政治、社会改革的理想促成了“百日维新”。虽然“戊戌政变”使这个运动顿挫，但儒教学者一直就没有停止用这个新的观点来诠释孔子的学说。最重要的是，中国思想界变化的速率远远超过了政治上的变化。胡适说：
戊戌以后的十五年之间，中国经历了一场巨大的思想革命。在戊戌年间，谁敢谈君主立宪，谁就会被迫害或斩首。然而，到了这个阶段的尾声，也就是1913年，没有人敢再谈君主立宪了；因为那太保守、太过时了。人们所谈的是妇女参政和＇亨利·乔治的＇土地单一税！由于篇幅所限，本文不可能分析造成这个巨变的因素。简言之，思想的革命既然已经进行了那么多年，辛亥的政治革命就是不可避免的了。1776年＇的美国革命＇以及1789年＇的法国革命＇所代表的理想彻底地战胜了东方的保守主义。传统的迷信破产了，取而代之的是以新的道德面貌出现的新迷信。这个新道德是什么呢？那就是：要自由，但不尊重其它人的自由；争平等，但不计个人的才能与贡献；说民主，但实际是暴民的统治！以爱国为名，军人可以我行我素；以自由为口实，而可以作放荡淫纵之行！暗杀已经成为常见的复仇手段！
在这样的社会情况下，胡适说忧时之士很自然地认为他们必须力挽狂澜，以免整个社会的沉沦：
上述这些情况使年龄稍长与有心之士感到忧心。他们体会到中国的“全盘”破坏（iconoclasm）之路走过了头。他们认为这个国家如果没有一个高远、稳重的道德，就会不保。就是在这种忧国忧时的心态之下，才会出现为中国找一个国教的想法。这个至重至要的问题的解决之道，有两个最为人所接受的做法：一个是孔教的复兴；另一个则是基督教的引介。但基督教有很多问题。在现阶段把基督教拿来作为国教，就意味着另外一个破坏的灾难。因此，复兴孔教的运动逐渐地获得了人民的支持。
以上是胡适对孔教运动的历史叙述。他说西方人对这个孔教运动存在太多先入为主的偏见。他特别拈出两点来作指正。首先，孔教运动不是一个反动的运动，而是一个进步的、具有正面意义的运动：
在西方，特别是在美国，很多人把这个运动看成是中国在进步当中的一个倒退的例子。这是一个带有偏见的看法。孔教运动不算退步，就好像袁世凯先生请基督教会为中国祈福不等于进步一样。后者，比诸＇袁世凯＇后来的咨文，也许可以说只是一个外交上的手腕（hypocrisy）而已。然而，目前的孔教运动是由真正进步的人士在领导着。举个例来说，《孔教公会宣言》的作者是严复，他所翻译的亚当·斯密、孟德斯鸠、穆勒与史宾塞的书都已成了中国的经典。孔教公会的创始人当中，还有梁启超。他是“戊戌政变”的流亡者之一，他用他极其有力清晰的文笔把西方的观念与理想介绍传播给中国人。我们只须要指出这两个人的名字，就可以很清楚地证明这个运动绝对不是一个退步的运动。其次，孔教运动一点都不会妨碍基督教在中国的传播。相反地，孔教的复兴将会为基督教在中国作深耕的工作，从而给予基督教一个沃壤，让基督教更适合中国的环境，从而得以在中国扎根：
另外一个误解，是把这个运动视为是对其他宗教，特别是在中国新兴的基督教的威胁。这是无稽之谈。我的信念是：如果基督教要在中国有任何的影响力，它必须要把基督的观念移植到儒家伦理思想的土壤里。因此，孔教的改造与复兴，其实是先在本土的土壤上从事耕犁、施肥的工作，以便准备培植外国的种子。而且，我认为基督教需要有一个对手，至少在中国是如此。在西方，基督教已经有了科学这个劲敌；科学已经强迫基督教修正它的教义与仪式，以适应当代的思潮。在东方，基督教还没有遇到任何有组织的对手。我认为改革之后的孔教，在不久的将来可以成为基督教的一个有用的模仿对象，可以促使基督教去修正它的一些教义与仪式，让它更适合东方的环境。
当然，在胡适的眼光里，孔教运动还有很长的一段路要走，才能作到能与基督教抗衡的地位。从胡适对基督教历史的了解，从胡适的宗教情怀以及他对宗教的兴趣来说，这意味着，孔教运动必须经过类似基督教的宗教改革运动方才有复兴的可能。胡适说：
这个运动在目前当然是有很多瑕疵的。它最大的问题是，我们与其说它是一个“改革”运动，不如说它只是孔教“复兴”的运动。那些真正能对新儒教从事诠释的人只占少数，对整个思想体系的全盘改造很难有多大的影响力。其他的人附和这个运动，只不过是因为它高举着孔教的旗帜。真正的“孔教改革”还没有发生。孔教运动者所面临的重要的、攸关其存亡的问题很多，跟那些问题相比，去获得政府承认其为国教其实只是末节。
这些重要的、攸关其存亡的问题是什么问题呢？就是他在1914年1月23日的《留学日记》里摘录下来的，他写给许怡荪的信里所设定的问题。唯一的不同，而且也是关键性的不同，在于他这时对国教的问题有了定论。换句话说，孔教的“宗教改革”才是正题，成为国教与否只是末节。所以，他原先在日记里所问的立国是否须要宗教的问题，也就自然地被他剔除了。因此，在《中国的孔教运动：其历史与批判》这篇文章里，胡适所关切的问题，只剩下孔教的性质、定义、内容、复兴之道及其传播的方法：
一、“孔教”指的是什么呢？它只包括儒家的经典吗？还是它也应该包括那在孔子之前就已存在，而经常被大家与儒家思想里的宗教成分笼统地混在一起看的中国古代的国教？或者它是否也应该包括宋明的理学？
二、哪些才可以算是孔教真正的经籍呢？我们是接受现有的经典，还是先用现代历史研究与批判所发展出来的科学方法去整理它们，以便确定哪些是可信的？
三、这新的孔教究竟应该是中国传统意义之下的宗教——这也就是说，“教”，亦即最宽广的教育——还是西方意义的宗教？换句话说，我们是止于重新诠释儒家的伦理政治思想，还是去改造孔子对“天”以及生死的看法，以便使儒家既是一个超自然、超越现世的灵粮，又是一个在日常生活与人伦关系里的向导？
四、我们应该用什么样的方法、透过什么样的管道去传播儒家的思想呢？我们应该如何把儒家的思想教育给民众呢？我们如何使儒家的思想适应当代的需要与变迁呢？
胡适说这些问题，每一个都是难题。解决之道也各自不同，有的须要集合学者从事筚路蓝缕、皓首穷经的工作，有的则须要有宗教革命的领袖，绝对不是一蹴可几的，而且也绝对没有近路可走的：
这些问题，例如，用历史研究和批判的方法来研究儒家的经典，就须要好几十年，甚至是几个世纪的工夫。其他的问题则需要像马丁·路德或乔治·福克斯（Gee Fox，16241691）＇注：匮克派的创始人＇那种具有宗教的信念与感应（inspiration）的人。但这些都是真实、关键性的问题，是值得每一个中国学生，不管他相信不相信孔教，都必须去仔细严肃地探讨的。否则，不管是用政府的力量去制定祭祀之法也好，或是用宪法或法规的制定也好，或者是在学校里重新读经的方法也好，孔教都永远不可能复兴。因此，我认为我们没有必要浪费精力去争论孔教是否应该成为国教。大家难道不觉得我们好好地坐下来研究，仔细地去推敲我以上所提出来的问题，要远比去征引理雅各、毕海澜以及《中国评论》里的“饱学的作者”赞成或反对孔教的文章要更有裨益吗？＇27＇
胡适的这段结论有四个值得注意的地方。第一，就是他后来一再强调的“历史的眼光”。所以他才会说要“用历史研究和批判的方法来研究儒家的经典”。从这个角度来看，胡适这篇《中国的孔教运动：其历史与批判》仿佛就是他一生的历史研究的计划书。第二，孔教的问题不在复兴，而是在改革。除了必须要用历史的眼光去作研究以外，孔教须要有像马丁·路德或乔治·福克斯那种具有宗教的信念与感应的领袖来作孔教的“宗教革命”。胡适曾否私心以马丁·路德或乔治·福克斯自任，“以期作圣”？虽然没有答案，但这是一个耐人寻味的问题。第三，胡适对孔教运动的看法于焉底定。孔教运动如果要有前途，根本之道就是用科学的、历史的、批判的方法去作研究整理的工作。不只如此，孔教如果要成就为一个真正的宗教，它就必须要经过它自己的“宗教革命”。所有其他的做法都是末节。孔教运动想用宪法定孔教为国教，固然是舍本逐末。哈佛大学的留学生张福运在《儒家与国教》里主张在学校里读经的方法，胡适同样认为是末节。当然，胡适抨击得最为严厉的还是袁世凯。他说“用政府的力量去制定祭祀之法”指的就是他在1914年2月4日的日记里所说的：“报载‘政治会议’通过大总统郊天祀孔法案。此种政策，可谓舍本逐末，天下本无事，庸人自扰之耳。”＇28＇
胡适在1914年11月16日的日记里批判《袁氏尊孔令》。邵建批评胡适，说他打蛇无方，不知直击其“七寸”之所在。他批评胡适“视而不见”《袁氏尊孔令》的“七寸”就在于袁世凯想借用宗教的力量来扩张他的权力。邵建认为胡适的“不察”，证明了他“当时的眼力”不够。＇29＇其实，所谓的袁世凯的这个“七寸”，何止是“舆薪”！根本就是“司马昭之心，路人皆知”。用胡适在另外一则日记里的话来形容，是：“不打自招之供状，不须驳也。”如果明察秋毫如胡适者，会看不出这个“七寸”，也未免枉费邵建花费心思用胡适的日记来作尼采式的“瞧，这人”了！邵建自己不察。袁世凯的帝制梦，胡适有专文批判（见第六章），他在这则日记里的批判完全是从学理、从历史的眼光着眼。所以他才会不惮其烦地指出它的七大谬误：
此令有大误之处七事。如言吾国政俗“无一非先圣学说发皇流衍”，不知孔子之前之文教、孔子之后之学说（老、佛、杨、墨），皆有关于吾国政俗者也。其谬一。今日之“纲常沦斁，人欲横流”，非一朝一夕之故，岂可尽以归咎于国体变更以后二三年中之自由平等之流祸乎？其谬二。“政体虽取革新，礼俗要当保守”。礼俗独不当革新耶？（此言大足代表今日之守旧派）其谬三。一面说立国精神，忽作结语曰“故尊崇至圣”云云，不合论理。其谬四。明是提倡宗教，而必为之辞曰绝非提倡宗教。其谬五。“孔子之道，亘古常新，与天无极。”满口大言，毫无历史观念。“与天无极”尤不通。其谬六。“位天地，育万物。为往圣继绝学，为万世开太平，苟有心知血气之伦，胥在范围曲成之内。”一片空言，全无意义。口头谰言，可笑可叹。其谬七。嗟夫！此国家法令也，执笔一叹！＇30＇
用胡适1919年所写的《新思潮的意义》的话来说，所谓孔教的问题其实就是一个用评判的态度来重新为孔教估价的问题：“我以为现在所谓‘新思潮’，无论怎样不一致，根本上同有这公共的一点：评判的态度。孔教的讨论只是要重新估定孔教的价值。”从事孔教运动的人不懂得胡适所说的根本之道，无怪乎孔教运动终究只成为一个迷梦：
例如孔教的问题，向来不成什么问题；后来东方文化与西方文化接近，孔教的势力渐渐衰微，于是有一班信仰孔教的人妄想要用政府法令的势力来恢复孔教的尊严；却不知道这种高压的手段恰好挑起一种怀疑的反动。因此，民国四五年的时候，孔教会的活动最大，反对孔教的人也最多。孔教成为问题就在这个时候。现在大多数明白事理的人，已打破了孔教的迷梦，这个问题又渐渐的不成问题，故安福部的议员通过孔教为修身大本的议案时，国内竟没有人睬他们了！＇31＇
胡适这篇《中国的孔教运动：其历史与批判》的结论第四个值得注意的地方，就在于他奉劝中国留学生自己坐下来作研究、推敲，而不是动辄征引西方的“饱学的作者”。这就是胡适日后叫大家不要被东西圣人、权威牵着鼻子走的那句名言的先声。我们记得胡适在《介绍我自己的思想》里说：
少年的朋友们，用这个方法来做学问，可以无大差失；用这种态度来做人处事，可以不至于被人蒙着眼睛牵着鼻子走。从前禅宗和尚曾说：“菩提达摩东来，只要寻一个不受人惑的人。”我这里千言万语，也只要教人一个不受人惑的方法。被孔丘、朱熹牵着鼻子走，固然不算高明；被马克思、列宁、斯大林牵着鼻子走，也算不得好汉。我自己决不想牵着谁的鼻子走。我只希望尽我的微薄的能力，教我的少年朋友们学一点防身的本领，努力做一个不受人惑的人。＇32＇
胡适这篇《中国的孔教运动》，是他对儒家作为一个宗教运动最后的沉思。他在离开美国以前所写的一篇书评，就充分地显示出他对儒家作为宗教已经完全不再措意。这篇书评评的是道森（Miles Dawson）所著的《孔子的伦理：孔子及其弟子论“君子”》（The Ethics of Confucius：The Sayings of the Master and His Disciples upon the Conduct of the“Superior Man”），发表在1917年1月号的《一元论者》（The Monist）杂志上。胡适称赞道森的这本书是自理雅各翻译四书以来，第一本用客观的态度诠释儒家思想的著作。他认为道森这本书最成功的地方是第一和第二章：前者讨论君子，后者分析修身。胡适说在古典儒家的定义里，君子“迥异于希腊的智者；他也不希冀佛教的涅槃；他更不像基督教的理想一样，企盼与上帝结合”。他说：“孔子的理想仅止于如何使人生更善、更美（richer）。而其入手之道是透过个人的弘毅（reticence），以及身体力行社会上的道德规范，也就是‘礼’——或用