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刘玄到了洛阳，需要派一员亲近大将代表朝廷去河北一带，宣示朝廷旨意，要那里的郡国遵守朝廷的诏命。经过一番争议，选定了刘秀。这给刘秀提供了一个避开矛盾漩涡、自由施展的机会。刘秀在河北，每到一处，考察官吏，按其能力升降去取；平反冤狱，释放囚徒；废除王莽苛政，恢复汉朝的官吏名称。官民欢喜，争相持酒肉慰劳，刘秀一律不接受。在河北期间，刘秀还粉碎了一起假冒汉成帝之子另立朝廷的反叛事件。当假冒的王郎兵败请降、要求给予优厚待遇时，刘秀说：“现在，假如成帝再生，他的天下也不能得到了，何况诈称刘子舆的人呢！”使者要求封给王郎一个食邑万户的侯，刘秀说：“能够保全性命也就可以了。”而在清理缴获的文书档案，发现官吏与王郎勾结一起毁谤刘秀的材料有几千份。要是按这些材料提供的线索加以追究，必然会使一大批人惶恐不安。刘秀一律不看，把王郎的官吏们召集起来，当面一把火烧掉。他解释说：这样做，是“令反侧子（心怀不安的人）自安（放心）。”
更始皇帝派使节赶到河北，封刘秀为萧王，并命令刘秀停止一切军事行动，与有功的将领赶到长安去。这表明刘玄已经对刘秀不放心，要削弱他的影响，夺回他的权力。刘秀自然明了这一意图，便以“河北未平”为理由，拒绝应征去长安。刘秀与刘玄的裂痕从此开始明朗。
更始二年（公元24年）秋天，刘秀调集各郡兵力，先后在馆陶（今山东馆陶县）、蒲阳（山名，在今河北省满城县）等地击破并收编了铜马、高潮、重连等农民起义军。刘秀知道被收编的将领对他半信半疑，心怀不安，就下令投降的将领各归军营整饬自己的军队。然后，他又单人骑马巡视各军。投降的将领见到刘秀对他们没有戒心，纷纷表示说：“萧王推赤心置人腹中，安得不投死（以死相报）乎？”由于收编铜马等军，大大加强了刘秀的军事实力。
河北一带大致平定，而以樊崇、逢安、徐宣等人为首活动在今河南东部的赤眉军，正在迅猛地向长安进兵。赤眉一旦攻下长安，刘玄败逃，就出现一个夺取关中一带的良好时机。刘秀感到争夺天下的时机已经到来。他一边派将军邓禹率精兵2万向关中一带进发，相机行事；一边选定北据太行山，南临黄河，地处险要，财物富实的河内郡（治怀县，在今河南武陟县）作为进取中原的立足点，他选用文武兼备的良将寇恂任河内太守，冠以“行大将军事”的衔号。他向寇恂交代任务说：从前汉高祖与项羽争天下，把萧何留在关中，我现在把河内交给你。你的任务是，像萧何那样保证军粮供应，训练士兵和战马；阻挡外面的军队，不让他们到这块地盘上来，特别是不让黄河以南刘玄的军队过来。后来寇恂果然不负重托。刘秀又在孟津（今孟县以南）部署重兵，窥视洛阳。
安排妥当以后，刘秀带领一支军队回到冀中、冀北一带。一路上将领们纷纷给刘秀上尊号，要他称皇帝。刘秀一律拒绝，有时故作惊讶地说：“你怎么讲这种话？该杀头了！”到了南平棘（今赵县南），将领们又一再劝说，还是不答应。当人们都走开后，将军耿纯说：“人们抛开亲人和家乡，跟从大王出生入死，本来就是想攀龙附凤，实现封官拜爵的愿望。现在大王迟迟拖延，违背大家的心愿。我担心人们失望了，就会产生离去的想法。人们一散，就难以再召集了。”刘秀由此相信了将领们要他当皇帝是出于真心实意，而且是出于个人利益，并非虚让。于是表示说：“我会考虑这个问题。”到鄗县（在柏乡县北），刘秀把将军冯异从洛阳前线召来，向他询问天下四方的形势。冯异是当时刘秀最亲密的人，自从刘秀任司隶校尉，他一直在身边，陪同和照顾刘秀度过了最艰难的时刻，经常劝刘秀做争夺天下的思想准备。他不争功名，每当论功行赏，总是蹲在大树下面一声不响，军中称他为“大树将军”。他不会对刘秀说假话；他担任洛阳前线的军事首领，了解战争的形势，他的估计有更大的可靠性，故此刘秀才召他来询问。冯异对刘秀说：“更始皇帝的败局已定，考虑宗庙社稷的问题，就在大王你了。应当听从众人的主张。”
正当此时，有个名叫强华的儒生，捧着赤符从关中来见刘秀，说：“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”“四七”是28，从公元前206年刘邦称帝至公元22年刘秀起兵是228年；火，指汉朝，按阴阳五行说汉朝属火德。这表明，刘秀乃“受命天子”，要再不为天当子，那不仅违背群望，也要违背天意了。于是刘秀在鄗城南的千秋亭五成陌筑起坛台，于六月己未日登台祭告天地群神，当了皇帝，改这年为建武元年（公元25年）。
三、坐胜赤眉力平割据
刘秀在鄗城即位，却未定国都。定都何地呢？当时人们心目中的重心当然是长安，但长安不可能在短期内拿到手，刘秀在河内郡徘徊一月有余，最后确定了洛阳。他首先派兵占据了五社津（在今河南巩县北）等要塞，以防荥阳以东的割据势力前来争夺，然后下令包围洛阳。当初刘玄去长安时留李轶、朱鲔守洛阳，这两个人都曾劝刘玄杀掉刘纟寅，是刘秀的仇人。李轶愿归降，刘秀把李轶的信交给太守、郡尉一级官吏传阅，还说他为人诡诈，反复无常，对这种人要引起警惕。消息很快被朱鲔知道了，他觉得李轶的行为无疑是要出卖他，于是就派人刺杀了李轶。朱鲔刺杀李轶，引起洛阳军中的混乱，将领互相猜疑，有的出城投降。刘秀一箭双雕，既分化瓦解了敌军，又借刀除掉了仇人。当洛阳被包围以后，刘秀派廷尉岑彭劝朱鲔投降，岑彭原是朱鲔的部下。朱鲔在城上回答说：“我知道自己的罪过太深，不敢投降。”刘秀说：“干大事的人不计较小的怨恨。朱鲔要是现在投降，可以保住官爵，怎么会杀他的头呢？我对着面前的黄河发誓，绝不食言！”岑彭又去转达刘秀的话，朱鲔不相信，从城上放下一条绳索，对岑彭说：“你的话当真，就顺着绳索上来。”岑彭抓过绳子就上去了。朱鲔见无欺诈，就答应了投降。朱鲔把自己捆起来，要岑彭陪他去向刘秀请罪，刘秀亲手给他解了绳子，要岑彭连夜把他送回洛阳。第二天一早，洛阳的守军就大开城门全部投降了刘秀。刘秀任命朱鲔为平狄将军，并封他为扶沟侯。
刘秀严禁军队进城后暴横抢掠，将军萧广违犯军纪，纵兵横暴，处了死刑。洛阳很快安定下来。
刘秀成事，或多或少，或明或暗地利用了赤眉起义军，刘秀是通过赤眉军打垮刘玄的。故当赤眉军进驻长安，刘秀即位后，二者从合作者变成敌人。赤眉军毕竟没有战略眼光，因而抢了一城，吃了一地，即放弃他徙，在流动过程中一路受到追击阻截，损失惨重。建武三年（公元27年）正月赤眉军行至宜阳，业已疲惫不堪，突然发现刘秀亲率大军早已等在那里，一时不知所措，便投降了刘秀，把在长安得到的传国玉玺也交给了刘秀。这时的赤眉军尚有10余万人，兵甲器械堆放在宜阳城西，高与山齐。刘秀下令给饥饿的投降士兵发放食物；第二天又把他们集合起来，排列在洛水岸边，让其首领观看，并对樊崇等人说：“是不是对投降后悔呀？现在放你们各回军营，指挥你们的军队，和我决个胜负。我不想强迫你们服气。”徐宣等人叩头说：“我们出了长安，君臣就商量归降听命，只是老百姓愚昧无知，不能事先告诉他们。现在能够投降，就像走出虎口，回到慈母的怀抱，诚心诚意地欢喜，一点也不后悔。”刘秀不无快意又不无蔑视地说：“你算是钝刀中的快刀，庸人中的能人了。”刘秀把樊崇等赤眉军将领及其妻子安排在洛阳居住，给了他们田宅。赤眉军所拥立的小皇帝刘盆子是皇族中的人，刘秀让他在叔父刘良的赵王府中当了个郎中（管理车马门户并内充侍卫的小官）。
赤眉平定了，刘秀仍然面临着一个群雄割据、山头林立的局面：农民起义此伏彼起；经过两百多年的繁衍，刘邦的后代布满天下，在新莽乱世、“天下咸思汉德”的潮流中，凡是有些实力的，哪个不想继承他们祖宗的“大业”？力图争夺皇帝宝座或打算割据一方称王称霸的大有人在。刘秀用了十几年的时间才基本除掉了这些对手，取得了当时所谓“天下”的大致统一。
四、好儒任文以柔治国
在总结前朝失政的基础上，刘秀确立了一套新的治国方略，其核心是好儒任文、以柔治国。
早在征战的时候，刘秀就认识到儒学的重要。所谓“未及下车，先访儒雅”。他想方设法把一些著名儒学人物拉到自己的身边，或任以官职，或冠以衔号。这样他身边很快就集中了如范升、陈元、郑兴、杜林、卫宏、刘昆、桓荣等一大批当时的著名学者。刘秀对他们以礼相待，或听取他们的策谋，或利用他们的名望和学识从心理上威服僚属，抑制他们居功自傲、自觉无所不能的情绪。
刘秀自己就是一个爱好儒学的人。当朝廷议事结束以后，经常与文武大臣一起讲论儒学经典里的道理，直到半夜才睡觉。太子刘庄劝他重视健康，保养精神，他说：“我喜欢这样，不觉得疲劳。”刘秀有时亲自主持和裁决当时今文经学和古文经学的争论。自从平息隗嚣、公孙述以后，除非紧急时刻，刘秀从不讲军旅问题。皇太子曾向他问起有关攻战的事，他说：“这个问题不是你所应该涉足的。”有一次，有人上书建议趁匈奴内部分裂而又遭到严重灾荒的机会，用几年的时间一举消灭匈奴，他坚决地否定了这个建议。
刘秀如此倡导儒学，不言兵事，为的是筹划着改造他的官吏队伍，以适应由取天下向守天下转变的这一根本需要。他本来的官吏队伍，多是在战争中凭军功提拔起来的。这批人善于斩将屠城，但也喜功放纵，不适用于治理地方、安集百姓。而且他们即使有些不顺手、不听使唤，甚或在某种程度上违背法纪，刘秀也不便对他们有过于严格的要求。随着战火的平息和儒学的活跃，刘秀逐渐改变了官吏队伍的素质和结构，用文吏职代功臣，功臣们交出手中的权力，离开官位，各自回到家中养尊处优。
刘秀少时生性温柔，缺少凌厉之气。即帝位以后，仍是如此。有一次刘秀回到家乡，同族的婶子大娘们见了他这个当了皇帝的侄子，接受着他的赏赐，吃喝着他设的酒宴，异常喜悦。叫着他的名字相互议论说，他小时候谨慎诚实，对人厚道，不计较小事，什么都好，只是太温柔了些。刘秀听了哈哈大笑，说：“吾治天下亦欲以柔道行之。”刘秀并非说笑，他的确是要以“柔”作为治国之道。
刘秀的“柔道”，首先表现在征伐占领之后，注重安抚，不事屠戮。凡是投降的，只把他们的首领送到京城来，对小民百姓，遣散回家，让他们种地；拆掉他们的营垒，不让他们重新聚集。他主张征伐战争不一定攻地屠城，要点是安定秩序，召集流散的人口。
刘秀柔道的第二个内容是，颁布了一些有利于奴婢的政令。建武十一年下诏书宣布：“天地之性人为贵。其杀奴婢，不得减罪”；敢于用火烧烫奴婢的，按法律论罪；对被烧被烫的奴婢，恢复其平民身份；废除奴婢射伤人判死刑的法律。建武二年诏书宣布：被卖的妻、子愿回到父母身边去的，听其自便；敢拘留者，按法律论罪。建武十二年、十三年、十四年一再下诏宣布：自建武八年以来被迫当了奴婢的，一律恢复平民身份；自卖的，不再交还赎金；敢拘留者，按《略人法》（针对当时青州、徐州一带豪强势力抢逼弱民为自己当奴婢的法律）从事。
刘秀柔道的第三个内容是，减刑轻税，并官省职。建武七年，下令京都地区及各郡、国释放囚犯，除犯死罪的一律不再追究，现有徒刑犯一律免罪恢复平民身份；应判两年徒刑而在逃的罪犯，由地方吏发布文告公布姓名，免治其罪，使其放心回家。建武六年诏书宣布：因军队屯田，储粮状况好转，停止征收十分之一的田税制度，恢复汉景帝二年（前155）实行的征收三十分之一的田税制度。
汉朝的官府及吏员设置在汉武帝时曾大为膨胀，庞大的官僚机构是造成汉武帝时期及以后民用匮乏的重要原因。刘秀即位后大量合并官府，减少吏员。在这个问题上，刘秀也表现得很有气魄，仅建武六年对县及相当于县的封国进行调整，就“并省四百余县，吏职减损，十置其一”。这些措施使费用大为节省，减轻了人民的负担。
颁行图谶，神化皇权，也是刘秀“柔道”治国的内容。本来刘秀是不相信这些东西的，后来发现它实在是支持、维护自己政令、统治的“法宝”，于是便大肆推行。他晚年干脆“宣布图谶于天下”，作为法定的思想统治工具。有一次他与太中大夫郑兴议论要不要举行郊祀典礼的事，他说打算靠谶书来决定，郑兴说自己不研究谶书。他就勃然大怒，说：“你不研究谶书，是不赞成谶书吗？”郑兴只好说自己学识浅陋，有些书没学过，不是不赞成，才免了一次大祸。著名唯物哲学家桓谭曾上书说谶书“群小之曲说”，与《五经》不同，应当摒弃，刘秀读后大为不满。有一次议论建灵台的事，刘秀说他打算靠谶书决定，问桓谭，桓谭沉默了好久说：“我不读谶书。”刘秀问他为什么不读，桓谭又讲了一通他对谶书的看法。刘秀立即怒喝道：“桓谭非圣无法，将下斩之！”桓谭跪在地上磕头，直到流血，才免了杀头，被贬为六安郡（治今安徽六安县北）丞，途中忧恐而死。
五、效法明君律己责�