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很快，中原、关中等地出现“大治”景象，人口增长，赋税增多。原本苦不堪言的汉族百姓，对这位与其他人大不相同的蒙古王爷顿时充满了感激之情，虽然未必会如姚枢所说“如赤子求母” ，但民心向背与否已然是必然的了，时人称忽必烈为“贤王”，认为他“能用士而能行中国之道”，算得上“中国之主” 。
在获得民心的基础之上，忽必烈又大力笼络汉人世侯，对他们极尽礼遇恩赏，使之对自己感恩戴德。
所谓“世侯”，是指汉人地方实力派。在蒙古不停的打击金朝之时，因为金军的节节败退，尤其是迁都汴梁之后，中央朝廷逐渐失去了对各地的控制。一些地方上的豪门大户或者地方官员，便以“保卫桑梓”为名组织私军，割据一方。成吉思汗时代，命智将木华黎为太师国王专门经略中原，木华黎看出了这些人物的作用，对之采用招降手段，规定凡是纳土归降者，便任命为原地的地方长官，授予行省、领省、都元帅、副元帅之类的高官，后又授予万户长、千户长、百户长之类的蒙古官职，并且可以世袭。各地土豪大多都是识时务的“俊杰”，除了少部分有着忠义之心外，基本上都接受了这种招降。于是，西京刘黑马、真定史天泽、顺天张柔、东平严实、济南张荣、宜都李璮、大名王珍、中山邸顺、河东李守贤、太原郝和尚、巩昌汪世显等人都成了蒙古帝国的新贵，无不是统兵数万，辖地千里，专制一方的“土皇帝”，因为其爵位可以“父死子继，兄终弟及”，这些人便被称为“世侯”。
按照法律，这些世侯都要效忠于蒙古大汗，在封地收取的税款也要有相当部分上缴汗廷，军队也要随时听从大汗调遣。而忽必烈向蒙哥汗要了便宜治理中原的敕旨后，也就有了便宜和世侯们交往，将之纳入自己麾下的机会。这些世侯谁然没什么民族大义，而且几代在蒙古人治下享受荣华，但毕竟还是汉人，忽必烈这个对汉法、儒生极为感兴趣的蒙古王爷对他们来说无疑会亲近很多。何况，县官不如现管，忽必烈是直接和他们打交道的皇亲，并且是掌管漠南汉地的最高长官，是不能怠慢的。于是，世侯们对于忽必烈的关系逐渐紧密，他们是忠于汗廷还是忠于忽必烈，界限已经越来越模糊了。
同时，忽必烈还开始建设自己的“小金库”。榷课所长官马亨是忽必烈金莲川幕府的心腹，掌管榷课所之后，财政大有改观，可说日进斗银。可流水般的银钱却是一分一厘也没有交给汗廷，而是都进入了忽必烈的“藩库”。
用儒者理民政是获取了民心，笼络汉人世侯是获取了军心，现在又聚集了大量的金钱。忽必烈要干什么？当然，他这么做是有充足理由对汗廷和自己的大哥蒙哥汗交代的：这是为了攻略南宋所做的准备。但在漠北的蒙古宗王们，尤其是蒙哥汗可却不会轻易接受这个理由。原因很简单：这样的做自然可以说是攻宋，但若说你是要准备造反，也未尝不可。
对于蒙哥汗来说，这个弟弟的种种作为已经不能姑息了，私自接交世侯，不缴纳充足的税款还在其次，最重要的是他已经明目张胆的开始抛弃传统，对于从祖先那里传下里的种种制度越来越不重视。无论作为君主还是大哥，他认为自己有必要敲打敲打忽必烈了。
“正巧”，许多大臣和宗王都在弹劾忽必烈，各种罪名归纳起来主要有两端：其一，“中土诸侯民庶翕然归心”，其二，“王府诸臣多擅权为奸利事” 。有人告发，自然要调查，但这两条罪名都是可以上升到“谋反”重罪的。以这样的罪名调查，就要做好诛杀弟弟的准备。蒙哥汗虽然“刚明雄毅”，却并非冷酷无情，他还不想彻底割舍骨肉亲情，于是，他以经济问题入手，对忽必烈治理的地区进行整顿，于是在1257年，开始了著名的“阿兰答儿钩考”。
钩考，又称作理算，意思是财务审计，是中央政府对地方财政进行清理、核算的一种方式。这是避免地方截留钱谷，私设“小金库”。阿兰答儿是当时蒙古帝国都城和林的副守，是蒙哥汗的心腹重臣。阿兰答儿对忽必烈治理的汉地进行财物审计，便是“阿兰答儿钩考”。
阿兰答儿其人在《元史》中记载性格苛刻横暴，擅作威福。这当然是因为忽必烈吃过他的亏，官方记载绝对不会有什么好评价。从整个钩考过程来说，阿兰答儿确实是残暴专横，对忽必烈的势力极力打击。不过，从当时蒙古帝国和蒙哥汗利益来说，阿兰答儿又可说是“铁面无私”，他不但严格执行了蒙哥汗的命令还有所发挥，设置了专门的“钩考局”，列出一百四十二条条例，对于所有征商事宜不分巨细一律严查。一时间，关中、中原一带与忽必烈关系密切的官员都被整肃。
经姚枢、赵秉忠等人劝谏而成立的宣抚司、经略司、从宜府、行部等衙署全被被取消。赵璧、马亨等官员称为重点钩考对象，赵璧被多方罗织罪名，虽因其想来善待下属，无人告讦而作罢，但仍被处于罚款。赵璧两袖清风，拿不出钱来，所幸忽必烈代他偿还才得以免罪。
而掌管税收却从不上交汗廷的马亨就没那么幸运，被逮捕押解南下燕京关押。临行前，忽必烈为马亨送行，难过的说：“你走了，我怎么帮你脱罪呢？”可阿兰答儿有汗命在手，忽必烈只能眼睁睁看着自己的忠臣被抓走。马亨在狱中饱受摧残，但坚不招供。阿兰答儿碍于忽必烈的面子最后也不得不将之释放。
至于世侯中与忽必烈走得近的史天泽、刘黑马也都被褫夺了行政官职，只因为是“勋旧”而没有被过分追究。史天泽主动提出：“经略使司我实主治，是非功罪，皆当问我。” 希望能保护一些下属官员，可惜却起不了什么作用。在阿兰答儿严厉的钩考之下，中下级官员被折磨致死者有二十余人，免职、罚款者不计其数。
面对着如此局面，忽必烈的愤恨和委屈可想而知，但从钩考一开始，他的军政一切权力便被剥夺，他没有任何力量作出反抗，只能在开平城里生闷气。姚枢见状，连忙进谏：“大汗既是王爷的君主，又是兄长。千万不要计较置气，不然会有更大祸患。还是主动去觐见大汗，解释一切，消除大汗对您的疑心，才能长久安全。”忽必烈认为有道理，于是忍下怒气，主动前去觐见蒙哥汗。
是年12月，经过多次请求，蒙哥汗终于同意召见忽必烈，兄弟二人在可迭烈孙之地相见。俗话说人怕见面，树怕扒皮，没有见到弟弟时，蒙哥汗自然可以下手狠一些，待到一见面，同母所生的亲情便不能不顾了。没等忽必烈作出解释，蒙哥汗便主动下令停止了钩考，对一些被关押的官员，只是杖责一顿完事，安抚了一肚子牢骚的弟弟。
汉地众多官员们的噩梦终于结束，忽必烈也获得了安全保障，可汉法治汉地的改革夭折了，自己失去一切权力，成为了闲住王府的“富家翁”，什么抱负、理想似乎都成了泡影。
兄弟君臣之间第二次暗斗，忽必烈大败亏输。
【正文】
除了父亲暴死之时，被钩考之后的忽必烈是最低落的时期，他只能在众多谋臣的劝解下，隐忍蛰伏等待时机。
时机似乎很快就来了。
兄弟相见之后的第二年，1258年2月，蒙哥汗开始了对南宋的总攻击，宗王塔察儿（成吉思汗幼弟帖木格之子）统率东路军攻打荆襄、两淮，蒙哥汗自己率西路军军攻打四川，汉地世侯们的军队分别归于东西二路。两路大军十万余人，声势浩大。
从蒙哥汗即位以来，虽进行过多次对外战争，但他从来没有御驾亲征过。对于西亚的远征，他把指挥权交给了三弟旭烈兀，南征大理总指挥是二弟忽必烈。这一次，蒙哥汗的亲自上阵，除了鼓舞士气之外，还有着难以言说的苦衷。
蒙古在还是小部落时，便是用战功来衡量一个统治者是否称职。成吉思汗时代，近乎所有的大型战役，可汗本人都要亲临阵前。成吉思汗缔造了一个无往不胜的“战神传说”。窝阔台汗时，虽然自己身体不好，仍然亲自指挥灭金之战。到了蒙哥汗时代，虽然他本人“刚明雄毅”，使得帝国上下纲纪肃然，可自己却没有值得夸耀的战绩。两个弟弟一个灭了大理国，一个远征西亚灭了亦思马因宗教国和阿拉伯阿拔斯王朝，显得自己这个大哥在在战功上相形见绌。而忽必烈在平定大理之后种种的“不臣”之举，更让他感到自己必须打一场大仗巩固自己权威的紧迫感。
正如蒙哥汗自己所说：“我们的父兄们，过去的君主们，每一个都建立了功业，攻占过某个地区，在人们中间提高了自己的名声。我也要亲自出征，去攻打南家思（南宋）！”
在蒙哥汗出征前，忽必烈和其他宗王赶到玉龙栈为兄长送行，除了说些预祝胜利的吉利话，忽必烈也希望大哥能够让自己参与这次南征。可是，蒙哥汗却下旨：“忽必烈合罕腿有病，他以前已率师远征，平定作乱地区，今可让他留在家中养病” ，宴会之后，忽必烈悻悻然返回。
蒙哥汗当然不会愿意忽必烈跟随南征再建立功勋，他希望自己能够独立完成灭亡南宋的使命。可是，当蒙哥汗一路上攻克诸多要塞逼近南宋四川的大本营重庆时，东路军的塔察儿却在攻打樊城失利后便顿兵不前，恣意享乐，放纵抢掠，数月之中没有攻下一个城池。蒙哥汗大发雷霆，派使者申斥，表示要“下令狠狠惩罚你们！”但东路军不能前进，自己西路军即使能够一帆风顺也难以达成一举灭亡南宋的目的，他必须选择换帅。
同时，忽必烈和他的参谋们也随时在关注着前线的战事，听闻塔察儿失利的消息，近侍、康里人燕真进言道：“主上素有疑志，今乘舆远涉危难之地，殿下以皇弟独处安全，可乎？” 忽必烈于是立即上书蒙哥汗请求统兵。蒙哥汗虽然并没有解除对忽必烈的疑虑，但第一正是用人之际，第二毕竟血浓于水，于是下令：“今可让他率领塔察儿诺颜的军队向南家思边境推进。” 同时，命留镇云南的兀良哈台率军自南而北包抄南宋。
忽必烈终于再次获得了兵权，兄弟二人第三次暗斗，自己算是小赢一局。
当然，无论是蒙哥汗还是忽必烈都不会想到，这一次也是他们最后一次暗斗。接下来，蒙哥汗将退出竞技场，换上忽必烈与自己最小的弟弟阿里不哥明刀明枪的大打出手了。
兄弟阋于墙（下）——忽必烈与阿里不哥争位之战
站在高处的人最容易迷失自己，尤其是站在高处又作出了成绩的人，就更容易失去对自己的把握。古代的帝王们鲜有能认清自己只是一个凡人，充其量只是个优秀的凡人而已，在一片赞颂和阿谀之中，总认为自己天赋异禀，无所不能。很多杰出的帝王会犯一些低级的错误，其根源，往往就在于此、
这样的通例，蒙哥汗自然不能例外。他是一个杰出的草原帝国的政治家，他可以将诺大的帝国治理得井井有条，他可以选拔最得力的人去做他们最擅长的事，他可以让祖上的功业继续发扬光大，但是，他绝不是一个优秀的军事统帅。虽然他身上流着军事家成吉思汗和拖雷的血，可他并没有遗传他们神鬼莫测的军事谋略和机变百出的战场指挥能力。
这一点，从他亲自指挥的第一次也是最后一次远征中，表现得淋漓尽致。
远征一开始，蒙哥汗把自己的主攻方向放在川蜀，就已经犯了兵家大忌。蒙古军擅长平原野战，山地作战经验不足，对于四川的气候也很不适应。而四川则是南宋“吴家将”吴玠、吴璘、吴挺兄弟子侄两代苦心经营的战略防御重地，名将余玠又依靠山地构建了固若金汤的山城防御体系。虽然自古北方政权南征都要先夺取四川然后顺江而下，形成“王睿楼船下益州，金陵王气黯然收”的局面，可首先要确定当时的四川属于软柿子才能成功。如三国时曹魏灭蜀汉，是因为蜀汉弱于东吴，好下嘴。宋太祖统一江南，先灭掉后蜀，也是因为当时的后蜀后主孟昶暗弱无能。而南宋时的四川可以说是整个防线中最硬的一块骨头，直到日后南宋灭亡，四川也是在最后被拿下的地区。蒙哥汗出兵时，忽必烈的谋臣商挺便说过：“蜀地险远；瘴疫时作；难必有功；万乘岂宜轻动？”可说是预言了蒙哥汗日后的失败。
一路之上，虽然剑门苦竹隘、长宁山城（今四川广元西南）、蓬州运山城、阆州大获城（今阆中县东北）、李居山（今四川南充市）、大良山（今仁寿县境内）、隆州（今四川仁寿）、雅州（今四川雅安）在兵锋扫荡之下先后被攻陷，但有很多都是守将不战而降，真正的恶战并未发生。待到1259年初，西路军主力抵达重庆合州钓鱼城下，这才算是遇到了劲敌。
钓鱼城坐落在今重庆合川县城东5公里的钓鱼山上，其山突兀耸立，相对高度约三百米。山下嘉陵江、渠江、涪江三江汇流，南、北、西三面环水，地势极为险要。城分内、外两城，外城筑在悬崖峭壁之上，城墙都系条石垒成，坚固无比。外城之外还修建有一字墙，守军可以用之阻碍城外敌军运动，而自己却可通过外城墙运动至一字城墙拒敌，与外城墙形成夹角交叉攻击点。城内有大片田地和四季不绝的丰富水源，周围山麓也有许多可耕田地。可谓外有天险可抵御大军强攻，内有粮秣可供长期坚持。
当然，坚城如果是庸将把守也不难攻破，可这时守卫钓鱼城的是勇将王坚，其人忠义双全、有勇有谋，斩杀了蒙哥汗的劝降使者，督率所部殊死抵抗。蒙哥汗率军从二月开始围攻直到七月，钓鱼城都巍然不动。蒙古军不但损失无数士兵，还折损了大将汪德臣、董文蔚。到了六月，天气