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太祖十四年，会师于也儿的石河，以马乏刍秣，缓师期，众号六十万。侦者归报：“蒙古兵不可胜纪，饥餐羊马之乳，渴不得水，则饮其血，行不赍粮，战不反旆，万众一心，有进无退。”王亦惶惧，计无所出。有西域人贝铎哀丁，以全家受戮，逃至蒙古献策，伪为康里将与成吉思汗书云：“我等所以尽力辅王，成大业者，为土而堪哈敦故也。今王乃不孝其母，大军如来，我等当内应。”故遗其书，使王见之。王果大疑，遂不敢在军中，而为分地自守之计。太祖军至锡尔河，无御者。
秋，薄讹脱剌儿城，分军为四：察合台、窝阔台一军留攻城，术赤一军西北攻毡的城，阿剌黑、速客图、托海一军东南攻白讷克特城，皆循锡尔河，太祖自与拖雷将大军，迳渡锡尔河趋布哈尔，以断其援兵。
察合台、窝阔台之攻讹脱剌儿也，伊那儿只克部兵数万，缮守完备，王分军万人，令其将哈拉札率之，助守讹脱剌儿。大兵攻五月不下，哈拉札以力困议降。伊那儿只克自知生理，誓死守。哈拉札夜率亲军溃围遁，被获，乞降。因询得城内虚实，数其不忠之罪而诛之。遂克其外城。伊那儿只克退守内城，又一月，城始下，槛致撒马尔干，大军银液灌其口耳，以报前仇。
术赤一军先至撒格纳克，遣畏兀人哈山哈赤谕降，被杀。力攻七昼夜，城破，大俘馘，以哈山哈赤之子守其地。复下奥斯恳、八儿真、遏失那斯三城。毡的守将先遁，招降，未及复命，兵已至，树云梯以入，命阿里火者守其地，即西域商三人中之一也。西距咸海二日程，有养吉干城，亦下之。
阿剌黑三将至白讷克特，攻三日，降其城。分康里兵与民于两处，尽杀康里兵，取工匠随军，驱民间壮丁以往忽毡。城酋帖木儿玛里克守河中洲，矢石不能及，与城为犄角，造船十二艘，裹毡涂泥，以御火箭，日与蒙古军战。三将以兵力不足，请济师。师至，驱民运石于山，填河筑堤，以达于洲。帖木儿玛里克见事急，以船七十二艘载军士辎重，奔白讷克特。大军先以铁索锁河两岸，帖木儿玛里克断之，路始通。舍船登陆，且战且行，兵死伤殆尽，仅馀三人，射追者中目，乃得脱。遂至乌尔鞬赤，取其兵以往养吉干，杀术赤所置守吏，复回乌尔鞬赤。
太祖大军先至赛而奴克城，遣丹尼世们谕降之，签壮者为兵。循沙漠僻路，至努尔城，前锋将岱尔巴图招城人出降，城中无备御，即纳款。太祖令速不台收抚，令如向日赋额，输金钱千五百底那。
十五年春，师抵布哈尔，昼夜攻城。城中兵二万，突围遁，追及于阿母河，歼之，民出降。太祖入至教堂，以回教戒饮酒，命取酒囊置教堂上，以经卷藉马足，又使教士执马缰，以辱之。出城登教士讲台，谕众以背约杀使、起兵复仇之事：“上帝生我如执鞭之牧人，用以箠挞群类。非汝等得罪上帝，天何生我？”丹尼世们译其语，以令于众，籍富民，令出窖藏财物。时犹有康里兵据内堡，驱民填濠以进。十二日，堡破，取其民为奴。
大军循赛拉甫散河至撒马尔干，凡五日程。分军下河滨寨堡。西域主先驻撒马尔干，督民修城浚池，闻兵至，大惧，谓敌军锋锐，我不可以居此，即先去。城有兵四万，守具完备。太祖见不易攻，先合围以困之。术赤等三路兵亦皆傅城下。城兵塔起克人居三之一，康里人居三之二。及出战，塔起克兵先进，中伏，康里兵不救，遂大败。康里人自以与蒙古同类，事亟则降，故无斗志。太祖诱其降，俾先以妻孥出城，发不得已亦降。守将阿儿泼汗引亲军溃围遁。内外城两重，五日悉下。以康里兵三万别居一处，令发结辫，示将入军籍，夜乃尽杀之。取工匠，分于各营。民丁三万任役作，馀民五万，令出钱二十万，复其故居。
命哲别由北路，速不台由南路，各率万人追西域主。戒以：“遇彼军多，则不与战，而俟后军。彼逃，则亟追弗舍。所过城堡，降者勿杀掠，不降则攻下之，取其民为奴。不易攻，则舍去，毋顿兵坚城下。”
西域主之去撒马尔干也，大兵甫渡锡尔河。智谋之将，劝其速征货勒自弥等处之兵，同心御侮，力扼阿母河，则锡尔河外险虽失，内险犹可守。或劝往嘎自尼，如敌兵深入，则赴印度，其地暑热多山险，蒙古人不敢进；王以其计万全，从之。使人至乌尔鞬赤，告其母、妻往马三德兰避兵。王渡阿母河，行抵巴尔黑，其子屋肯哀丁自义拉克遣使至，迎父西行，王又改计从之。札拉勒丁时从父，愿假统帅之职，守阿母河。王斥其少不更事，弗之许。旋闻布哈尔陷，继闻撒马尔干亦陷，王亟往义拉克。从兵皆康里人，阴谋叛去。王有戒心，宿辄易处。一夕，已他徙，而空帐为箭所攒射几满。至你沙不儿，闻大兵已渡阿母河，伪言出猎，奔于义拉克。
时哲、速二将抵烹绰克，欲渡阿母河，而无舟。伐木编为箱箧，裹牛羊皮于外，系马尾，将士攀援以济。既渡河，分道行。哲别入呼拉商，巴而黑民纳币输款。进拔萨伯城，询王踪踪，分遣人招降各城。前锋至你沙不儿，民馈粮，请俟其主就擒后归附。哲别至城下，亦馈粮，令贵绅出见，予以太祖榜示，大意谓天已畀我西域，降者得安，不降者杀无赦。速不台军经徒思、枯母、噶部珊、伊斯法楞、塔蜜干、西模曩等地，不遇西域主，欲西赴义拉克。哲别自马三德兰逾山而南，两军遇于合而拉耳城，军复合。
西域主与屋肯哀丁率数万人，守义拉克之可斯费音城，军警至，父子分路遁。王与吉亚代丁入喀隆堡，遇追兵，射伤其马。居堡中一日，即西往报达。改道西北，入虽而哲寒山堡，驻七日，至基兰，复东至马三德兰，辎重尽失。
大军亦入马三德兰，破其会城曰阿模尔，掠阿士特拉拔特。王窜匿海滨，忧穷追无已，谋入海，舣舟以待。马三德兰旧有部酋，为王所杀，其子思复仇，白王所在。大兵奄至，王亟登舟，有三骑入水追之，溺而毙，射以矢，亦不及。舟至东南小岛，王忧愤，兼胸胁中塞，岛民供粗粝不能食，又无医药。病革，召其子札剌勒丁、鄂斯拉克沙、阿克沙，命札剌勒丁嗣位，以佩剑系其腰。越数日，卒，无以为殓，埋尸土中。
屋肯哀丁遁入起儿漫，居半载，率众至合而拉耳，蒙古将台马司台纳尔来攻，败走苏吞阿盆脱堡，攻半年，堡破，杀之。
王母土而堪哈敦，居乌尔鞬赤。太祖自撒马尔干遣使者丹尼世们往，谓：“哈敦之子，不孝于母，开罪于我，我欲得而甘心焉。哈敦所主地，我不相犯，速遣亲信人来与面议。”土而堪置不答，而遁去。以兼并诸部落故酋皆居旧都，恐为变，悉投之阿母河。凡杀忒耳迷酋、八迷俺酋、斡克石酋、巴而黑酋父子、塞而柱克王托古洛耳二子、郭耳酋马赫模特二子、雪格纳克酋二子。惟倭马尔酋未杀，使导行，仍害之中途。土而堪入马三德兰伊拉耳堡，哲、速二将追西域主经其堡，知土而堪在内，留军绝其汲道，逾月不雨，堡民渴欲死，乃出降。当夕即雨。以王母、妻送太祖军中，杀其幼孙。土而堪后随大军东返，太宗六年卒于和林。
札剌勒丁与二弟既藁葬其父，由芒格世拉克之地至乌尔鞬赤。城兵六万多康里人，闻札剌勒丁嗣位，皆不服，谋杀之。事觉，札剌勒丁与帖木儿玛里克以三百骑出奔，南逾沙漠，入呼拉商。遇游兵七百人于讷萨城，败之。将至你沙不儿，大兵追及，令其将拒战，自从间道逸去。迨败退，札剌勒丁已去久，追者乃止。札剌勒丁出奔后三日，大兵至乌尔鞬赤，鄂斯拉克沙、阿克沙不能守，亦出奔。至讷萨，遇游兵，避入喀仑特耳堡。堡人出战，令乘间遁去。行抵勿世特之地，又有游兵自他道至，杀之。惟札剌勒丁得脱，由海拉脱东南，遁人嘎自尼。
太祖既定撒马尔干，夏，避暑于渴石。秋，命术赤、察合台、窝阔台攻乌尔鞬赤，自将大军至忒耳迷，呼城人开门纳降，不应。攻十日，破之，大杀掠。一老妇有大珠，不肯献，而吞于口，剖其腹取之。于是，死者多遭剖腹。至赛蛮，分军入巴达克山，命拖雷将兵往呼拉商，为哲别、速不台后援，平其未定之地。阿母河北悉定，遂渡河。巴而黑城迎降，太祖以将南行，恐留为后路患，令民悉出城，焚其庐舍。遂由塔里堪山中，攻诺司雷脱柯寨，守兵溃遁，屠而隳之。
十六年夏，术赤、察合台、窝阔台攻乌尔鞬赤，城民举库马尔为首领。前锋至，守兵出战，中伏，大败。术赤下令军中禁焚掠，言：“我父将以此地封我。”遣使招降。初，西域主谕城民：力不能御蒙古，任民降敌纾祸，而守将不愿降蒙古，遂坚守。近城无石，伐大木为冲车，填城濠而进。城跨阿母河，为桥以通往来，遣兵断其桥。三千人往，皆战殁，守者益胆壮。术赤、察合台素有违言，师不和，阅六月不克，使人告太祖于塔里堪。太祖廉得其实，改命窝阔台总诸军，乃调和两兄，并力攻城。城破后，巷战七昼夜，民始降。既而，悉戮之，惟工匠、妇女、幼稚得免。决河水浸其城。察合台、窝阔台赴塔里堪会师，术赤仍驻咸海、里海间。
拖雷一军，以脱忽察儿为前锋，渡阿母河至讷萨，攻半月克之，恣行屠戮。驻三日，往喀仑特耳堡，以险峻不易下，令献衣裘万袭以免。至你沙不儿城，城兵射死脱忽察儿，别将代统其众。以兵少，不攻城。分二军：一军攻克萨伯自洼，一军至徒思，降其属堡。
马鲁者，塞而柱克之故都也。哲、速军至，马鲁守将巴哈夷倭儿先遁，马鲁民约降。其守将木直而倭儿从西域主西奔，王卒，回至马鲁，议守御。民之不欲降者，奉为城主，士卒亦归之。其欲降者，惧祸及，告于昔剌思大军：“巴哈夷倭儿已降，请往收其地。”助以兵而行，至则尽为所杀。
十六年春正月，拖雷下安狄枯城，遂讨马鲁，先逐城外突厥人，奋力攻城。木直而倭儿知不支，乃乞降。大军入城，并其亲族杀之，城民惟工匠、妇女，童稚得免，发塞而柱克王散者耳之墓。西讨你沙不儿城，有炮军三千，炮五百，拖雷亦以炮军三千人运石至，辅以云梯、火箭，百计环攻。乞降，不允。三月，城破，脱忽察儿之妇率万人入城，遇人畜悉杀，以报夫仇。拖雷闻人伏积尸中，令悉断其首，分男女髑髅堆二阜，惟工匠四百人未死。分军毁徒思城外哈里发墓。自苦亦斯单至海拉脱，力攻八日，两军死伤甚众，守将亦战殁。民乃请降，惟诛守兵万二千人。旋奉太祖命，东往塔里堪会师。
太祖以札剌勒丁居嘎自尼未下，议率三子新征。秋，自塔里堪南行，经凯而徒俺城，下之。逾印度固斯大山，至八米俺，以其城当冲要，留攻之。命失吉忽都虎东南往喀不尔山，阻札剌勒丁旁抄之兵。
当札剌勒丁之奔嘎自尼也，其地数有内乱，守将迭被杀。札剌勒丁至，众情推戴，复有西域主母弟阿敏玛里克、库拉起人赛甫曷丁阿格拉克率众助之，喀不尔土人亦起兵相应，有众六七万。闻大军南来，御之巴鲁安。遇蒙古兵攻堡者，败之，杀千人。越八日，失吉忽都虎至，战竟日，互有胜负。次日，再战。札剌勒丁先使兵下马以待，战酣，齐令上马冲突，失吉忽都虎大败而退。
阵获一骏马，二将争欲之，阿敏以马策挝阿格拉克之面，札剌勒丁以其为王母弟，不能禁抑。阿格拉克怒，率库拉起人去之，喀不尔众亦散。札剌勒丁无如之何，乃还至嘎自尼，复退至印度河。
太祖攻八米俺，皇孙谟阿图堪死之，太祖怒屠其城。失吉忽都虎既败，太祖卷甲南行，军中不及炊，皆啖生米。至嘎自尼，则札剌勒丁已去。仍疾追之，及于印度河。札剌勒丁屡招阿格拉克等来助，犹未至，而太祖追及。闻其欲渡河，即夕列阵围之。晓而战，先败其右翼，获阿敏玛里克，杀之。未几左翼亦败，中军仅七百人，犹死战。太祖欲生禽札剌勒丁，命诸将环攻，勿发矢。札剌勒丁策其马，自数丈高崖投入印度河，泅水而逸。获札剌勒丁妻、子，尽杀之。时十六年冬也。
寻遣巴剌、土尔台渡印度河追之，破壁耶堡，躏轹木而滩、拉火耳、费耳沙波儿、蔑里克波儿等地，不知札剌勒丁所在，攻木而滩城未下，大暑，遂班师。
十七年春，以札剌勒丁未获，军退后，嘎自尼民必复叛，命窝阔台往，伪为查阅户口，令民出城，尽戮之，取工匠从军。巴鲁安之败，海拉脱城亦叛，命按只吉歹往攻之，六月城始下，屠之。师旋，恐有遗孽，复遣兵突往，再杀二千人，惟十六人以乡居得免。
太祖自循印度河西岸北行，捕札剌勒丁馀党。时阿格拉克与他族相仇杀，先死。诸部悉平。窝阔台既定嘎自尼，请进兵昔义斯单，太祖以天暑止之。是夏，太祖避暑于巴鲁安，巴拉等自印度来会。六月，以西域大定，设达鲁花赤监治其地。
秋，旋师。窝阔台来会于古南柯而干。自此渡阿母河，历布哈尔，召天方教士曷世哀甫等二人来见，详述教规。太祖谓：“所言亦是，惟赴麦哈礼拜，我不谓然，上帝降鉴，无在不周，何为拘拘一地？”令此后祈祷文用己名，免教士赋役。渡锡尔河，令西域主母妻及其亲族辞故土，向国而哭。
哲别、速不台既迫西域主入海岛，复获王之母妻，由马三德兰南至义拉克，所向无前。降合而拉耳，掠枯姆，定哈马丹，下赞章。破可斯费音，以民坚守，多伤士卒，杀四万人。北入西域之邻部，曰阿特耳佩占。部酋鄂思贝克年老，不敢御，迎馈衣马，二将纳其降。以部内莫干之地饶水草，遂驻冬。角儿只闻大敌近境，亟谋设备，不知阿特耳佩占已降，无斗志，遣使约鄂思贝克，明春合力夹攻蒙古。而是冬，二将即往角而只。鄂思贝克之将阿库世反为前锋，突厥人、库而忒人皆从征，钞掠其境。未及帖费利司，角儿只人来御，阿库世战�