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在贝蒂斯海军医院验尸之后，肯尼迪的遗体为了准备葬礼而运回了白宫的东大厅并放置了24小时。在刺杀事件后的星期日，被美国国旗掩盖住的灵柩被送到国会大厦以供公众悼念。
从早上一直到深夜，成千上万的公众前来悼念这被严密看守着的棺材。来自超过90个国家的代表（包括中国外交部长伍廷芳），参加了在11月25日举行的葬礼，其中包括8位国家元首、10位总理（首相）以及大批各国政府要员。
11月25日当天，美国国会圆形大厅，前来向肯尼迪致以最后敬意的人超过25万。上午11：00，覆盖着星条旗的灵柩从大厅中移出，放置在由4匹马拉的灵车上，首先前往白宫，然后前往圣马修斯大教堂），最后被送到了阿灵顿国家公墓并被安葬在一个特制的地下墓穴里。当天，全球有数亿观众在电视机前收看了肯尼迪的葬礼现场直播。
在肯尼迪遇刺的一个小时之后，也就是他被宣布死亡前这段时间里，美国国内发生了极大的混乱。就像刺杀事件发生在二战时期一样，一些人首先想到如果这次的刺杀行动不是要大规模攻击美国的话，那一定是关系到副总统约翰逊的安全的。于是人们纷纷挤在电视机和收音机前密切关注着媒体发布的相关最新消息。
肯尼迪被刺杀身亡的消息立即轰动了世界。人们成群地围在大商场中的电视机前，默默地祈祷着。在某些地方，交通也随着肯尼迪遇刺的消息的散布而变的几近瘫痪。在美国和加拿大的学校纷纷提前让学生们放学。一个被误导的愤怒的反德州的德克萨斯人被上报到相关机构。当地所有3家电视台取消了3天内正常的节目时间表，替代它们的是72小时不间断的关于刺杀案的覆盖性报导。这次的全方位报道是美国历史上最长时间的不间断覆盖报道。无线电台也同样取消了普通节目时间表；一些电台在播放着不间断的覆盖性新闻；其他的则是在播放悲哀的葬礼音乐。但并不是一切的娱乐和体育活动在那一天都被中断，同样也包括之后的周末。美国国家足球联盟委员彼德说明了原因，他决定让比赛在那个周末继续进行：“它已经成为了一种传统……在一个伟人悲剧的时刻去继续。”
随后，关于肯尼迪的纪念活动在全世界范围内展开。美国政府宣布，11月25日，星期一，为国葬日，也是国家哀悼日。很多其他国家，包括中国在内，也做出了同样的决定。
达拉斯警方很快逮捕了嫌疑犯奥斯瓦尔德，并收集了犯罪现场的物理证据，奥斯瓦尔德被达拉斯警方押送到警署总部接受审讯。但在接下里的调查中却遇到了重重疑点。
稍后，在晚上10：30，达拉斯警察局的警长杰西#克里被一个按他的话说是“来自华盛顿的人”命令去发送所有收集到的物理证据到位于华盛顿的美国联邦调查局总部。
接下来，奥斯瓦尔德接受的审问，按杰西#克里的话说，“简直就是违背所有审讯规则的”。杰西#克里说：“一般来讲，一个讯问者在审问一个嫌疑犯时会和他单独地呆在一个屋子里或者有一个人陪同，但是事实正好相反，这个审问奥斯瓦尔德的屋子早就挤满了FBI的探员，秘密小组探员和一些联邦探员和谋杀侦探。”
达拉斯谋杀案侦探长弗雷兹，当时主管对奥斯瓦尔德的审讯工作，他同样向沃伦委员会证实了没有任何对于审讯过程的记录，但是替代它的则是他在几天后准备好的记录。探长弗雷兹的证词与他真实手写的记录互相矛盾。
联邦调查局是第一个完成官方调查的权威机构。刺杀案仅仅过去17天的时候，联邦调查局的报告就出版了，并被提交至沃伦委员会，当时联邦调查局仍然是对于委员会来说主要的调查机构。联邦调查局陈述只有3颗子弹在刺杀案中被发射；第一枚射中了肯尼迪总统，第二枚射中了康纳利州长，第三枚射中肯尼迪的头部，并且致死。联邦调查局陈述道：李#哈维#奥斯瓦尔德射出了全部3发子弹。这份陈述与官方调查委员会的结论有一些出入，在官方调查委员会的报告中说，一共有4发子弹在这次刺杀案中被射出。
可是，调查刚刚开始不久，犯罪嫌疑人就被人莫名其妙的枪杀了。
犯罪嫌疑人奥斯瓦尔德被人枪杀后，林登#约翰逊总统亲自任命了一个特别委员会负责彻底调查这一谋杀案件。美国首席*官厄尔#沃伦是这个委员会的主席，因此，该委员会也被称为沃伦委员会。他们的调查结果全部收入到《总统特别委员会关于肯尼迪总统被暗杀的调查报告》（即《沃伦报告》）当中。
在长达一个月的调查后，沃伦委员会汇总出上百万字的材料，近二十万字的报告。12月27日，该委员会宣布“在争议和理智的名义下”宣布暗杀总统的“客观真相”：“奥斯瓦尔德纯属个人行为”。
这分报告的结论要点如下：1、奥斯瓦尔德是使总统死亡和州长受伤的凶手。
2、子弹从教科书大楼的6层窗口射出。发射的3颗子弹中，一颗也使康纳利州长受伤。
3、没有发现其他人或集团参与了谋杀总统的阴谋。
4、没有发现奥斯瓦尔德为外国政府服务、受资助、做间谍的证据。
5、没有发现奥斯瓦尔德与美国共产党、古巴正义政策实施委员会、外国工人党合谋谋杀总统的证据。
6、奥斯瓦尔德并非联邦调查局、中央情报局或其他任何政府部门的探员或职员。
7、没有奥斯瓦尔德与杰克#卢比相识的证据。
8、任何官员都没有参与对美国政府的密谋或颠覆活动。
奥斯瓦尔德的犯罪动机被归结为：“对一切权威根深蒂固的憎恨以及对马克思主义和共产主义的信仰”。结论排除了苏联、古巴插手的可能，也排除了美国政府及其机构参与的说法。暗杀只是偶然的“意外”，引用联邦调查局的话说：“这从头到尾是美国的一个悲剧——一亿九千万美国人中的一个精神状态不稳定的人的个人行为”。
然而，谁又能想到，在接下来的调查中，种种迹象却直指时任美国总统的林登#约翰逊！
美国中央情报局老牌特工亨特在1919年年初，预感自己将不久于人世——淋巴癌、下巴癌、前列腺癌一齐发作，左腿被迫截肢，记忆力急剧下降，梦也越做越多。他突然意识到，不能就这么把自己知道的一切带进坟墓！为此，他特意打电话给关系一直很僵的大儿子圣约翰，希望他马上回迈阿密看看行将就木的老爹。
当圣约翰风尘仆仆地赶到迈阿密时，老态龙钟的亨特正在起居室里轮椅上看福克斯新闻。他马上让儿子把轮椅推到卧室，扶他上床，然后示意圣约翰去给他倒一杯酒，拿几张纸和一支钢笔来。
圣约翰对老爹亨特谈不上什么感情，亨特当年管教他过于严厉，老妈也死得不明不白，导致圣约翰一度吸毒并两次获罪。此后近20年，父子两人一直没说过什么话。不过，既然老爹开口了，圣约翰还是马上赶回来了，他不知道亨特葫芦里到底卖的什么药。
几个小时后，亨特递给儿子两大页密密麻麻写满字的纸，上面有许多人的名字和对相关事宜的解释。亨特一字一句地说：“这就是副总统林登#约翰逊刺杀肯尼迪的真相！”
帝国的意志 第九百五十一章 死亡之谜
泡书吧 更新时间：2011710 1：47：37 本章字数：3435
亨特说，1918年11月的一天，在迈阿密一家旅馆的房间里，两个熟人约会了他，其中一人是游走于中情局和黑帮之间的职业杀手弗兰克#斯图尔吉斯，另一人是中情局在危地马拉的线人戴维#莫拉勒斯。莫拉勒斯很快就离开房间，斯图尔吉斯则一直在反复唠叨“商量点大事，商量点大事”，并问亨特：“能跟我们一起干吗？”
一头雾水的亨特问：“什么大事？”
斯图尔吉斯脱口而出：“杀了肯尼迪！”
大为震惊的亨特表示：“你们自己做就是了，为什么要扯上我？”
斯图尔吉斯当时的反应不得而知，但亨特告诉儿子，他没有介入刺杀肯尼迪的任何阴谋，还觉得斯图尔吉斯说要刺杀肯尼迪的话纯粹是发神经。不过，不知出于什么考虑，亨特没有向联邦调查局告发此事。
亨特在两页纸中是这样陈述时任副总统的约翰逊如何刺杀了肯尼迪：约翰逊原计划在迈阿密刺杀肯尼迪，后来决定改在达拉斯下手。在成功刺杀肯尼迪并接任总统职位后，他成功地骗过了沃伦调查委员会的调查，让各方相信，刺杀肯尼迪的只有一名枪手。
参与此次刺杀总统计划有这样几个人。
关键人物：科德#迈耶，美国中央情报局负责国内宣传造势的特工，专门制定了暗杀计划，此前从没干过暗杀之类的事。
中间人：戴维#菲利普，美国中央情报局特工，曾担任美国中央情报局驻墨西哥情报站站长。此人曾直接介入危地马拉暗杀总统事件和入侵古巴的“猪湾事件”，正是此人找来了阴谋暗杀肯尼迪的间接凶手威廉姆#哈维和安东尼奥#维西亚纳。
代理人：威廉姆#哈维，此人一直认为，约翰逊如果当了总统，一定会把中央情报局交给他领导。此人对肯尼迪没有下令美军直接侵略古巴，以及曾经贬低他感到极度不满。
招募者：安东尼奥#维西亚纳。这名出生于古巴的杀手，后来招了刺杀肯尼迪的两名枪手。
掮客：弗兰克#斯图尔吉斯，此人一度想拉亨特入伙。
杀手：戴维#莫拉勒斯，此人是中央情报局驻危地马拉特工，与黑帮有直接联系。此人爱说大话，经常酗酒，于1918年12月底神秘死去。
第二名枪手：卢森#萨尔蒂，这就是亨特所说的向肯尼迪开枪的第二名枪手。同样在12月底，此人不知出于何故被警察打死。
亨特说，上述这8个人才是刺杀肯尼迪的真正凶手，外界之前认定的杀手却只有奥斯瓦尔德1人，外界获悉的事件经过仅限于：1918年11月22日，奥斯瓦尔德在达拉斯的得克萨斯州图书馆6楼向街上开枪，刺杀了肯尼迪，当场被捕。两天后，奥斯瓦尔德在达拉斯看守所外被押解时，夜总会老板鲁比突然闪出，枪杀了奥斯瓦尔德。鲁比声称，他杀人是出于义愤，并非灭口。然而，直到1919年1月病死狱中，鲁比始终闭口不谈为何出手枪杀奥斯瓦尔德。
从此，关于肯尼迪遇刺事件的调查陷入了无从入手的境地。不过，奥斯瓦尔德始终被公众认定是唯一的一名枪手。
事实上，副总统约翰逊一直被怀疑是肯尼迪遇刺事件的幕后主使。肯尼迪离世后，约翰逊凭借手中的总统大权，控制对这起案件的调查工作，不仅使得他自己逃脱了罪责，也保护了他的同谋。
华盛顿邮报批露了一则消息：肯尼迪遇刺当天的早晨，一个铁路职工在埃尔姆街附近发现3辆车牌已被涂抹的汽车在这个已戒严的地区来回行驶。中午12时15分，这个铁路工人又清楚地看见3个形迹可疑的人藏在木栅栏后面，其中1人手里有枪。他以为这些人是肯尼迪身边的保安人员，就走开了。这些细节足以说明，刺杀肯尼迪的任务极有可能不止一个人，而是由一个行动小组完成的。更具戏剧性的是，总统遇刺不久，这个铁路工人在一次莫名其妙的车祸中丧生。刺杀事件发生后，当肯尼迪还在医院接受抢救时，约翰逊就下达了清洗敞篷汽车的命令。接着，约翰逊委派他的亲信将康纳利州州长的带血衣服（康曾与肯尼迪同乘敞篷车）取回洗净，接着再次下令销毁物证。肯尼迪乘坐的那辆敞篷车一直在白宫警卫的看管下，但留有弹痕的挡风玻璃于11月25日就被更换掉了。
洛杉矶快报认为，肯尼迪尸体的解剖鉴定也是靠不住的，所有的照片和x线透视片都被做了手脚，被保存在华盛顿国家档案馆里的肯尼迪大脑也于1919年初神秘失踪。参加这次尸体解剖的医生都收到了“不准随便发言”的口头警告，其中一位名叫休姆斯的医生事后承认，他们焚烧了解剖报告的第一个版本和所有的验尸记录。
纽约时报在之后的报道中说，沃伦委员会的报告肯定奥斯瓦尔德仅开了3枪，但一个记者在案发现场拍摄到了一名警察正捡起另一颗子弹的画面。第4发子弹的发现推翻了沃伦委员会的结论，这说明至少存在两名以上的杀手，但这颗子弹后来也不见了。
以上种种疑点，除了约翰逊，谁有权力下令抹去？肯尼迪死后几天，白宫对外联系的电话录音也透露：约翰逊利用其影响力促使一些人士加入了沃伦委员会，并威胁沃伦委员会不要去追查事件的真相。
亨特之所以在临死前才说出真相，因为他为他所知道的秘密付出了太多代价。
总统遇刺案发生后，警方立即逮捕了亨特，并指控他“入室抢劫、阴谋与窃听罪”。最令亨特感到意外与伤心的是，就在他因打官司而债台高筑时，白宫的主子居然丢下他不管。气愤不过的亨特决定靠他掌握的证据，来*使这些无情无义的老板们掏腰包，帮他偿还一部分的债务。只要白宫答应他的这一条件，他保证啥也不说，老老实实地坐牢。
亨特的妻子多洛茜非常爱亨特。亨特被捕后，她开始替亨特实施“报复计划”，陆续向白宫一些官员寄了威胁信。不料，1918年12月，当多洛茜带着从各位老板手里要来的10万美元飞往芝加哥时，客机在中途神秘坠毁，机上所有人全部遇难。尽管各方事后都认为多洛茜死于政治暗杀，但迄今为止，没有任何确凿证据证明这一观点。
尽管肯尼迪遇刺案疑点重重，尽管后来的疑点更多的指向了林登#约翰逊，但是这丝毫没有影响他主政美国政坛的步伐，即肯尼迪死亡当天他在空军一空宣誓就职之后，他又决定要在1919年初举行一次正式的就职仪式，这种举动被很多人认为是林登约翰逊心虚的表现。
1919年1月19日。总统就职仪式的前一天。一个星期以来，天气都非常寒冷，这天一场新雪纷纷扬扬地下起来。暗蓝的暮色和飞洒满天的白色雪花交相辉映，让临近喜庆的华盛顿城显得高贵和神秘。当晚上8点，林登约翰逊和第一夫人伯德出席在宪法大厅举行的音乐会时，整个哥伦比亚特区已是银妆素裹，国会周围许多方形和圆形的广场上银光闪耀，雪用一条闪亮的