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金宇四十五这阵子都在家里陪着妻子正美和刚出世不久的孩子，完全没有去上班的意思。作为金宇的老师，志村团藏也亲自来看过这个孩子。师徒二人按照之前的约定，团藏给孩子起名叫晶臧。
团藏希望晶臧长大一点后就去根部做忍者，但被金宇拒绝了，“我希望他能成为一个普通的孩子，在和平年代快快乐乐长大。至于今后想不想当忍者，那就看他自己的意愿和天赋了。”对于金宇的坚持，团藏虽然有些不高兴，但也表示了理解。金宇家只是平民忍者，虽然有些传承，但毕竟没有血继限界，不属于贵族序列。
卡卡西来到野原琳的墓碑前，换上新的鲜花，“对不起啊，琳。很长时间没来看你了，我誓，真的不是想忘记你。有件事情我想告诉你，虽然暂时还属于机密。水门老师的孩子就要出世了，金宇上忍也有儿子了。他们这一代将生长在和平年代，如果我们也能晚些出生……我再去告诉带土一声！我走啦，琳。”卡卡西离去了，他丝毫没注意到一个戴着面具的男子就躲在后面的树丛里，听到了他所有的话，这人就是阿飞。阿飞来到野原琳坟前，将卡卡西摆放在那里的鲜花全部扔掉了。
十月份到了，卡卡西与阿凯走在木叶街上。阿凯正在缠着卡卡西比斗，“就没有更热血的一点的较量方式吗？你这样也好意思当我的宿敌啊！”卡卡西有气无力，“明天还要早起，今天就算了吧！”阿凯滔滔不绝，“别拿任务当挡箭牌！眼下我们拥有火热充沛无处泄的能量，所以我们应该更加奋图强！只要脚踏实地地努力积累，才能在将来执行任务时赢得成功。喂，你在听我说话？你进入暗部以后怎么变得这么冷漠啊！我听说了，你的外号叫做冷血卡卡西……”
卡卡西有些不高兴了，阿凯只好道，“我明白暗部的事情不能随便透露。但不能因为这个就忘了我们之间的交情啊！青春苦短啊！”卡卡西道，“凯，你有没有觉得不对劲？空气里似乎透着一股寒意。”阿凯怒道，“之所以会这样，是因为你的态度太冷漠！青春只在当下。”
满月当空，宇智波家里，年幼的鼬抱着熟睡的弟弟佐助坐在台阶前，那时候佐助还是个婴儿。鼬觉得有些不对劲，“这感觉怎么这么不好呢！”突然佐助大声哭起来，鼬急忙哄孩子，“别哭哦，佐助！……这感觉真叫人不爽啊！怎么爸爸妈妈偏偏在这个时候出门呢！不管生什么事情，我都会保护你的哦，佐助！”
金宇家，金宇四十五正在逗弄儿子，正美是医疗忍者，刚刚给疾风检查完身体，“不要太勉强哦，我给你开的药要按时服用。”疾风答应。看到疾风好奇的样子，金宇就将儿子递给疾风抱。疾风手忙脚乱地抱住晶臧，“金宇老师的儿子，真是可爱啊！”金宇笑道，“这个臭小子哪里可爱了呢！要是个丫头就好了。”正美不满，“人家别人都喜欢儿子，就你喜欢女儿。我就最喜欢儿子啦！”金宇抬头看了看月亮，觉得有些不好的感觉。
同样，在家里看忍术资料的猿飞也察觉到了异样。阿飞悄悄出现在了木叶街角，露出了狰狞的写轮眼，“通灵之术！”强大的九尾被直接通灵而来，动了猛烈攻击，木叶猝不及防，一下子损失惨重。九尾出了怒吼，九条尾巴同时打开了，尾兽之难震惊了整个木叶。阿飞用瞳术控制了九尾，“上吧，九尾！”九尾开始肆无忌惮地冲入木叶，进行大肆破坏。闻讯赶来的木叶忍者拼命阻拦，却无济于事，反而白白牺牲。
暗部忍者马上通告了三代火影，“九尾、九尾忽然出现在村子了！”三代火影换上了戎装，“你们随我过去阻击九尾，绝不能让它冲入村子中央！”同时，木叶的忍者也都纷纷冲出来，向九尾所在方向冲去。金宇直接带着双剑冲出了家里，“我去阻止九尾！疾风，你带着晶臧快去避难所避难。记住，如果万一生了什么不幸，照顾晶臧的重任就交给你了！”疾风大惊，“老师……”正美把孩子递给疾风，“照金宇的话去做吧，我也要马上过去救援，一定有很多忍者受伤的。”
街头，卡卡西与阿凯也知道是九尾出现了。阿凯怒道，“混账九尾，现在是将火热的力量释放出来的时候了！”卡卡西道，“别急，凯！”阿凯根本不听，“放马过来吧，九尾。我跟你单挑！”一个背刀的上忍阻止了二人，这个上忍就是夕日红的父亲夕日真红，“你们现在立刻去集合处集合。”卡卡西道，“为什么？现在应该马上去阻击九尾啊！”夕日真红道，“这是三代火影的命令！”阿凯道，“日斩大人吗？”卡卡西道，“听到了吗，凯？我们走！”
树林集合处，未满2o岁的少年忍者都被集中在这里，并且有忍者布置了结界。夕日真红道，“听着，你们年轻一代不许接近九尾。金宇上忍已经成功地挡住九尾的去路，两位火影也会赶去支援。”夕日红道，“这是什么意思？”夕日真红道，“这不是与外村的战争，而是内部问题。你们不需要以身犯险！”红怒道，“你别擅自做主啊，爸爸！”阿斯玛道，“冷静点，红！”夕日真红道，“你也是忍者，红，命不会太长的。但是女儿啊，我希望你将火之意志托付给我未来的外孙。答应爸爸吧！我相信你！”
阿凯生气，“金宇上忍那边都不知道打成什么样子了，你们父女两个还有心情拌嘴啊！这种时候什么都做不了，真是不甘心啊！”卡卡西等人抬头看见满天的霞光，光与水组成了上万剑影遮蔽了月亮……继而，猛烈持续的轰鸣巨响过后，霞光与剑影都消失了。夕日真红露出惊色，“不好，金宇上忍的查克拉……”之后就生了三代火影大战九尾，四代火影波风水门赶来，与妻子玖辛奈一起封印九尾的艰险战斗。
三代火影等人赶到村外，等到结界消失后，他们看到了惊人的惨状。四代火影夫妇满身是血倒在地上，刚出生的漩涡鸣人就躺在旁边，不住地啼哭。猿飞抱起鸣人，让两个随同前来的上忍，马上送波风夫妇前往木叶医院。此时，波风水门已经阵亡。漩涡玖辛奈还剩下最后一口气，“三代目，那孩子就拜托你照顾了！”猿飞哽咽，“你不用担心。”玖辛奈生命力非常强劲，“孩子叫……鸣人……是水门和我……根据自来也老师的起的名字。”
猿飞道，“鸣人吗？我知道了。我一定负责照顾好他，所以为了这孩子，你就别说话了……”玖辛奈无法再说话了，她已经闭上眼睛，失去了气息。猿飞泪流满面，“玖辛奈啊，我保证……”惨烈的九尾之难给木叶带来了剧烈的重创，木叶不仅仅失去了大量中上忍（其中包括伊鲁卡的父母海野夫妇）和许多无辜的村民，更重要是四代火影夫妇与金宇夫妇均在此役中阵亡。
不详的寒意在傍晚弥漫开来，为了保护村子，水门和玖辛奈不幸牺牲。之后，三代火影等人给这些死去的忍者们举行了隆重的葬礼。猿飞、门炎、小春、团藏等人全部出席，上一代的猪鹿蝶、日向、宇智波、油女、犬冢、鞍马这些幸存的各家族成员都有出席。少年时代的卡卡西、阿凯、夕日红、阿斯玛、不知火玄间、并足雷同等人也都在场。悲伤的气息笼罩了整个木叶，木叶的金水组合就此陨落。猿飞道，“玖辛奈、水门，你们用生命保护了整个木叶，还有木叶村的未来。”卡卡西泪流满面，“水门老师、金宇上忍……”
葬礼之后，木叶高层召开了上忍会议。门炎道，“尽管成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大了。”小春道，“我们没时间沉浸在悲伤中，目前燃眉之急是选出合适的继任者，填补火影的空缺。”奈良鹿久道，“不如就托付给水门后一代的忍者吧！”小春道，“虽然他们当中也有优秀的上忍，但不可否认，他们的实力不够影级，经验也不足以领导众人。”鹿久叹气，“那么还能有谁呢？三忍之中，自来也、纲手姬都不在木叶，而大蛇丸又……”
村子生了如此动荡，身为三忍之一的大蛇丸居然连面也没有露，这让村子的忍者都非常不满。团藏想要替大蛇丸辩驳几句，猿飞先站起来，“迫不得已，这是非常时期，我猿飞日斩愿意再次担当重任。”门炎松了口气，“你愿意出马啊！”小春道，“既然你肯答应，那就好办了。”团藏忍无可忍了，“你曾经一度让出了火影之位，真的有能力胜任吗？事实上，你尽管赶到了九尾作乱的现场，却没能救出金宇和四代目！是我的弟子金宇用生命拖住了九尾……”
门炎道，“团藏，你这么说就太过分了！”小春冷笑，“那时候团藏你又在哪里呢？金宇是你的得意门生，你为什么不去救援？而且你的根部忍者也没有一个出现在现场。”这句话一下子把团藏给堵住了。团藏本来是想让三代目、四代目与九尾拼个你死我活，他好趁机上位的，没想到阵亡的是四代目与金宇，而三代火影却安然无恙。
猿飞哈哈大笑，“是我这个老头自不量力了，到下一代火影成长起来为止。只当是个过渡了！这样总可以了吧，团藏？”团藏咬牙切齿，却不得不接受了这个苦果，火影之位再次与他擦肩而过。
墓区，卡卡西将鲜花分别放在波风水门与金宇四十五的坟前。刚好，来这里悼念金宇的团藏看到了这一幕，就走过去跟卡卡西说话，“你是旗木卡卡西吧？”卡卡西道，“团藏大人……”团藏道，“怎样，要不要到我的手下做事呢？”卡卡西道，“我是水门老师的……”团藏道，“将你送入暗部的四代火影已经过世了，照这样下去，你会变成三代火影的直属暗部。作为和平主义者的三代目，拖延了战争，是害死带土和琳的始作俑者。”
第4章 柱间的细胞（）
团藏这番鬼话，卡卡西当然不信，“可是……”团藏道，“况且九尾来袭那晚上，因为三代目的命令，你们没能加入对抗九尾的战斗。四代目不是因为这个丢了性命吗？我不希望这是他为自己重登火影之位设的计谋。木叶村的未来不能交给他这种人！”说完这些话，团藏就离去了。找上卡卡西的团藏却把一切都归罪于三代。
火影办公室，三代火影把暗部忍者都叫来了，“我要从暗部当中挑选些精英担任护卫，前往火之国的大名府。”暗部忍者们一起哈依，猿飞指了指旁边的卷轴，“这就是计划书。”
当天夜里，卡卡西潜入了根部的地下基地。根部忍者甲发动了木遁忍术，木头缠向飞跃下来的卡卡西。卡卡西吃了一惊，瞬身避开了木遁袭击。根部忍者甲就是日后的大和队长，此时他还是个少年，代号为甲。大和结印，“木遁，大树林之术！”大和伸出手臂，钻出无数的树木袭向卡卡西。卡卡西结印，“千鸟！”雷切闪烁，反击向大和。团藏及时出现，喝止了二人，“住手！”
大和急忙解除了木遁忍术，卡卡西也散去手中的千鸟。团藏道，“这个人是我叫来的，甲。”大和哈依道歉。团藏对卡卡西的弃明投暗非常高兴，“很高兴你能来。”卡卡西把猿飞那里拿来的计划书交给了团藏过目。卡卡西为团藏带去了保护大名任务的计划书，团藏看完后，欣喜若狂，“这一天终于来了，干得好，卡卡西！”卡卡西的面具下，红色的写轮眼闪烁着光芒。
凌晨，卡卡西再次从误杀琳的恶梦中惊醒，对三代火影的行为也产生了怀疑，卡卡西还没有意识到这是受到了团藏的误导。团藏对三代的诽谤让卡卡西陷入了疑虑，而现在的他还没有从琳的死中恢复过来。
洗漱完后，卡卡西来到街上。刚巧，阿凯在旁边的团子店吃丸子。跟以前一样，卡卡西目中无人地从旁边走过去，让本来想跟他打招呼的阿凯大为丧气，“又变得不理人了！”想起那晚深入根部遇到的奇怪少年，卡卡西非常好奇，“他竟然能使用木遁……从火影那里应该能找到线索。”
晚上，卡卡西潜入了火影居旁边的图书室，找到了《初代柱间全集》系列书籍。卡卡西的行动并没有瞒过还在工作的三代火影猿飞。卡卡西嘴里叼着手电筒，开始翻阅那些书籍。书中记载，初代火影柱间是森之千手一族的族长，自尸山血海中平定乱世的男人。当年唯一能有资格成为他对手的人，就是精通火遁忍术的宇智波斑。后来两人化敌为友一起创立了木叶。而柱间则是唯一能自由操纵木遁的人。
卡卡西有些疑惑，他不明白为何根部的那个少年忍者也能使用木遁。卡卡西继续进行翻越，在下面发现了一份机密文件。但是文件袋里的东西是空的，卡卡西有些纳闷。三代火影走进来，把文件扔给卡卡西，“你想找的是这个吗？”卡卡西吃惊，“教授！”卡卡西急忙俯身行礼，猿飞道，“没关系，我允许你看。”卡卡西哈依，翻看文件。猿飞进行了解说，曾经的初代火影柱间，在与宇智波斑的激战中使用木遁忍术，并制服了九尾。
猿飞道，“但是在他之后，就没有人继承木遁之术。想制服尾兽，写轮眼与木遁必不可少。即便在木叶村，也曾经倾尽全村之力，为复活初代木遁之术做研究。然而，自愿成为实验体的成年人身上，进行柱间细胞移植的实验，却悉数失败，徒增了不少牺牲。因为柱间的细胞排斥反应特别厉害，失败的人身体里直接长出了树木……于是非常遗憾，这番尝试被作为禁术，封印起来。不过近几年，村中的中下忍甚至暗部，陆续有人下落不明。更严重的是，木叶周边的村落，还接连发生数起绑架婴儿的案件。”
其实猿飞说的这些事件，都是臭名昭著的团藏与大蛇丸两人的杰作。能够确认的失踪者数量多达60名。卡卡西问起原因，猿飞道，“虽然说只是传言，听说有人仍然在继续已被封禁的柱间细胞移植的实验。”卡卡西道，“为什么要这么做呢？”猿飞叹气，“或许有人想要收集各种忍术吧！即