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有一天，卫灵公向孔子问起军队列阵作战的事。孔子回答说：“祭祀的事我倒曾经听说过，排兵布阵的事，我还不曾学过呢。”第二天，卫灵公与孔子谈话的时候，看见空中飞来大雁，就只顾抬头仰望，神色不在孔了身上。孔子于是就离开了卫国，再往陈国。
这年夏天，卫灵公死了，他的孙子辄立为国君，这就是卫出公。六月间，赵鞅把流亡在外的姨灵公太子蒯聩接纳到戚地。阳虎让太子蒯聩穿上孝服，又让八个人空麻带孝，装扮成是从卫国来接太子回去奔丧的样子，器着进了戚城，就在那里住了下来。冬天，蔡国迁都到州来。这一年是鲁哀公三年，孔子已六十岁了。齐国帮助卫国包围了戚城，是因为卫太子蒯聩在那儿的缘故。
还是这一年夏天，鲁桓公、釐公的庙堂起火烧了起来。南宫敬叔去救火。孔子在陈国听到了这个消息，就说：“火灾一定在桓公、釐公的庙堂吧？”不久证实，果然如他所言。
这年秋天，季桓子病重乘着辇车望见鲁城，感慨地长叹一声说：“从前这个国家几乎兴旺了，因为我得罪了孔子，所以没有兴旺起来。”回头又对他的嗣子季康子说：“我要是死了，你一定会接掌鲁国的政权佐国君；你佐国君之后，一定要召回孔子。”过了几天，季桓子死了，季康子继承了他的职位。丧事办完之后，想如回了孔子。大夫公之鱼说：“从前我们的国鲁定公曾经任用过他，没能有始有终，最后被诸侯耻笑。现在你再任用他，如果也不能善终，这会再次招来诸侯的耻笑。”季康子说：“那么召谁才好呢？”公之鱼说：“一定要召冉求。”于是就派人召回了冉求。冉求准备起身前往，孔子说：“这次鲁国召冉求回去，不会小用，该会重用他。”就在这一天，孔子说：“回去吧，回去吧！我家乡的那些弟子志向高远而行事疏阔，为文富有文采，我真不知从何下手来教育他们才好。”子贡知道孔子思念家乡想回去，在送冉求时，叮嘱过他“你要是被重用了，要想着把老师请回去”之类的话。
冉求离去之后，第二年，孔子从陈国移居蔡国。蔡昭公准备到吴国去，是吴国召他去的。从前昭公欺骗他的大臣，把国都迁到了州来，这次将要前往，大夫们提心他又要迁都，公孙翩就在路上把蔡昭公射死了。接着，楚军就来侵犯蔡国。同年秋天，齐景公死了。
第二年，孔子从蔡国前往叶地。叶公问孔子为政的道理，孔子说：“为政的道理在于招纳远方的贤能，使近处的人归服”。有一天。叶公向子路问孔子的情况，子路不回答。孔子听说这件事后就对子路说：“仲由，你为什么不对他说：‘他这个人呀，学习起道理来不知疲倦，教导人全不厌烦，发愤学习时忘记了吃饭，快乐时忘记了忧愁，以致于连衰老就将到来也不知道’。”
孔子离开楚国的叶地回到蔡国。在路上遇见长沮、桀溺两人并肩耕田，孔子以为他们是隐士，就叫子路前去打听渡口在什么地方。长沮说：“那个拉着马缰强的人是谁？”子路回答说：“是孔丘。”长沮又问：“是鲁国的孔丘吧？”子路说：“是的。”长沮说：“那他应该知道渡口在哪儿了。”桀溺又问子路：“你是谁？”子路说：“我是仲由。”桀溺说：“你是孔丘的门徒吗？”子路说：“是的。”桀溺说：“天下到处都在动荡不安，而谁能改变这种现状呢？况且你与跟着那逃避暴乱臣的人四处奔走，还不如跟着我们这些躲避乱世的人呢？”说完，就继续不停地耕田。子路把此话告诉了孔子，孔子失望地说：“我们不能居住在山林里与鸟兽同群，要是天下太平，我也用不着到处奔走想改变这个局面了”。
有一天，子路一个人行走的时候，路遇一位肩扛除草工具的老人。子路问他：“您看见过我的老师吗？”老人说：“你们这些人四肢不勤劳，五谷分辨不清，谁是你的老师我怎么会知道？”说完就拄着拐杖拔草去了。事后子路把这些经过告诉了孔子，孔子说：“这是位隐士。”叫子路再到那里看看，老人已经走了。
孔子迁居到蔡国三年，吴国攻打陈国。楚国救援陈国，军队驻扎在城父。听说孔子住在陈国和蔡国的边境上，楚国便派人去聘请孔子。孔子正要前往拜见接受聘礼，陈国、蔡国的大夫商议说：“孔子是位有才德的贤人，他所指责讽刺的都切中诸侯的弊病。如今长久地停留在我们陈国和蔡国之间，大夫们的施政施、所做所为都不合仲尼的意思。如今的楚国，是个大国，却来聘请孔子。如果孔子在楚国被重用，那么我们陈蔡两国掌权的大夫们就危险了。”于是他们双方就派了一些服劳役的人把孔子围困在野外。孔子和他的弟子无法行动，粮食也断绝了。跟从的弟子饿病了，站都站不起来。孔子却还在不停地给大家讲学，朗诵诗歌、歌唱、弹琴。子路很生气地来见孔子：“君子也有困究的时候吗？”孔子说：“君子在困窘面前能坚节操不动摇，人小遇到困窘就会不加节制，什么过火的事情都做得出来。”
这时子贡的脸色也变了。孔子说：“赐啊，你认为我是博学强记的人吗？”子贡回答说：“是的。难道不对吗？”孔子说：“不是的。我是用一种基本原则贯穿于全部知识之中的。”
孔子知道弟子们心中不高兴。便叫来子路问道：“《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却排徊在旷野上’，难道是我们学说有什么不对吗？我们为什么会落到这种地步呢？”子路说：“大概是我们的德还不够吧？所以人家不信任我们；想必是我们的智谋还不够吧？所以人家不放我们通行。”孔子说：“有这样的话吗？仲由啊，假使有仁德的人必定能使人信任，哪里还会有伯夷、叔齐饿死在首阳山呢？假使有智谋的人就能早行无阻，哪里会有王子比干被剖心呢？”
子路退出，子贡进来见孔子。孔子对子贡说：“赐啊，《诗经》上说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的学说有有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？“子贡说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。老师何不稍微降低一些您的要求呢？”孔子说：“赐啊，好的农夫虽然善于耕种，但他却不一定有好的收获；好的工匠虽然不精巧的手艺，但他的所作却未必能使人们都称心如意。有修养的人能研修自己的学说，就像网一样，先构出基本的大纳统绪，然后再依疏理扎，但不一定被世人所接受。现在你不去研修自己的学说，反而想降格来敬合取容。赐啊，你的志向太不远大了。”
子贡出去之后，颜回进来见孔子。孔子说：“回啊，《诗经》说‘不是犀牛也不是老虎，然而它却徘徊在旷野上’。难道是我们的说学有什么不对吗？我们为什么落到这种地步呢？”颜回说：“老师的学说博大到极点了，所以天下没有一个国家能容纳老师。虽然是这样，老师还是要推行自己的学说，不被天下接受又有什么关系呢？不被接受，这样才能出君子的色！一个人不研修自己的学说，那才是自己的耻辱。至于已下大力研修的学说不被人所用，那是当权者的耻辱了。不被天下接又有什么关系呢？不被接受，这样才能显出君子的本色！”孔子听了欣慰地笑着说：“是这样的啊，姓颜的小伙子！假使你有很多钱财，我愿意给你做管家。”
于是派子贡到楚国去。楚昭王调动军队来迎接孔子，这才除了这场灾祸。
楚昭王想把有户籍登记的七百里地方封给孔子。楚国的令尹子西阻止说：“大王派往各侯国的使臣，有像子贡这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的左右辅佐大臣，有像颜回这样的吗？”昭王说：“没有。”子西又问：“大王的将帅，有像子路这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西还问：“大王的各部主事官员，有像宰予这样的吗？”昭王回答说：“没有。”子西接着说：“况且我们楚国的祖先在受周天子分封时，封号是子爵，土地跟男爵相等，方圆五十里。现在孔丘讲述三皇五帝的治国方法，申明周公旦、召公姡Цㄗ糁芴熳拥氖乱担笸跞绻斡昧怂敲闯鼓苁朗来Ｓ蟹皆布盖Ю锏耐恋芈穑肯氲蹦晡耐踉诜嵋亍⑽渫踉诟渚魑挥邪倮镏氐闹鳎钪漳芡持翁煜隆Ｏ衷谌缛每浊鹩涤心瞧甙俪峭恋兀偌由夏切┯胁拍艿牡茏痈ㄗ簦獠皇浅母Ｒ舭 ！罢淹跆司痛蛳嗽吹南敕āＵ饽昵锾欤阉涝诔歉浮�
楚国的狂人接舆有一天唱着歌走过孔子的车子，说：“凤凰呀，凤凰呀，你的美德为什么这么不景气？过去的不能再挽回，未来的还可以再赶得上，算了吧，算了吧！现在从政的人都是很危险的啊！”孔子下了车，想和他谈谈，但他却快步走开了，没能跟他说上话。
于是孔子从楚国返回了卫国。这一年，孔子六十三岁，是鲁哀公六年（前489）。
第二年，吴国和鲁国在一个叫缯的地方会盟，吴国要求鲁国提供百牢的祭品。吴国的太宰嚭（ｐǐ；匹）召见季康子。季康子就派子贡前往交涉，然后鲁国才纳百牢祭品。
孔子说：“鲁国、卫国的政治情况，如同兄弟一般相似。”这个时候，卫出公辄的父亲蒯聩没有继位做国君，流亡在外，诸侯对此事屡加指责。而孔子的弟子很多在卫国做官，卫出公辄也想请孔子出来执政。子路问孔子说：“卫国国想请您出来执政，您打算首先做什么呢？”孔子回答说：“那我一定首先正名分！”子路说：“有这样的事吗，老师您太迂阔了！为什么要首先正名份呢？”孔子说：“鲁莽啊，仲田！要知道，名分不正，说出的话来就不顺当；说话不顺当，那么事情就办不成；辐情办不成，那么礼乐教化就不能兴盛；乐教化不兴盛，那么刑罚不准确适度，那么老百姓就年足无措，不知怎么办才好。所以君子办事必须符合名分，说出来的话，一定要切实可行。君子对于他所说出来的话，应该毫不苟且随便才行啊。”
第二年（前484），冉有为季氏统率军队，在郎地同齐国作战，打败了齐国的军队。季康子对冉求说：“您的军事才能，是学来的呢？还是天生的呢？”冉有回答说：“我是从孔子那里学来的。”季康子又问：“孔子是怎样的一个人呢？”冉有回答说：“任用他要符合名分，他的学说不论是传布到百姓中，还是对质于鬼神前，都是没有遗憾的。我对于军事，虽然有功而累计封到二千五百户人家，而孔子却会毫不动心的。”康子说：“我想召请他回来，可以吗？”冉有说：“你想召请他回来，只要不让小人从中阻碍他，就可以了。”当时，卫国大夫孔文子准备攻打太叔，向孔子问计策。孔子推辞说不知道，他回到住处便立即吩咐备车离开了卫国，说道：“鸟能选择树木栖息，树木怎能选择鸟呢？”孔文子坚决拘留他。恰好季康子派来公华、公宾、公林，带着礼物迎接迎孔子，孔子就回鲁国去了。
孔子离开鲁国一共经过十四年又回到鲁国。
鲁哀公向孔子问为政的道理，孔子回答说：“为政最重要的是选择好大臣。”季康子也向孔子问为政的道理，孔子说：“要举用正直的人，抛弃邪曲的人，那样就使邪曲的人变为正直的人了。”季康子忧虚盗窃，孔子说：“如果你自己没有欲的话，就是给奖赏，人们也是不会去偷窃的。”但是鲁国最终也不能重用孔子，孔子也不要求出来做官。
孔子的时代，周王衰微，礼崩乐坏，《诗》、《书》也殊缺不全了。孔子探究夏、商、西周三代的礼仪制度，编定了《书传》的篇次，上起唐尧、虞舜之时，下至秦穆公，依照事情的先后，加以整理编排。孔子说：“夏代的礼仪制度我还能讲出来，只是夏的后代杞国没有留下足够证明这些的文献了。殷商的礼仪制度我也能讲出来，只是殷商的后宋国没有留下足够证明这些制度的文献了。如果杞、宋两国有足够的文献，我就能证明这些制度了。”孔子考察了殷代继承夏代对礼仪制度所作的增减之后说：“将来即使经过一百，那增减的也是可以预知的，因为一种是重视文采，另一种是重视朴实。周代的礼仪制度是在参照了夏代和殷代的基础上制定的，多么丰富多采呀，我主张用周代的礼仪”所以《书传》、《礼记》都是孔子编定的。
孔子曾对鲁国的乐官太师说：“音乐是可以通晓的。刚开始演奏的时候要互相配合一致，继续下去是节奏和谐，声音清晰，连续不断，这样直到整首乐曲演奏完成。”孔子又说：“我从卫国返回鲁国之后，就开始订正诗乐，使《雅》、《颂》都恢复了原来的曲调。”
古代留传下来的《诗》有三千多篇，到孔子时，他把重复的删掉了，选 取中合于义的用于礼义教化，最早的是追述殷始祖契、周始祖后稷，其次是叙述殷、周两代的兴盛，直到周幽王、周厉王的政治缺失，而开头的则是叙述男女夫妇关系和感情的诗篇，所以说：“《关睢》这一乐章作为《国风》的第一篇，《鹿鸣》作为《小雅》的第一篇；《文王》作为《大雅》的第一篇；《清庙》作为《颂》的第一篇”。三百零五篇诗孔子都能将演奏歌唱，以求合于《韶》、《武》、《雅》《颂》这些乐曲的音调。先王的乐制度从此才恢复旧观而得以称述，王道 完备了，孔子也完成了被称为“六艺”的《诗》、