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时内外疑阻，津逻严急，仲堪以斜绢为书，内箭中，合镝漆之，因庾楷以送恭。恭发书，绢文角戾，不复能辩仲堪手书，疑楷诈为之，且谓仲堪去年已违期不赴，今必不动，乃先期举兵。司马刘牢之谏曰：“将军，国之元舅；会稽王，天子叔父也。会稽王又当国秉政，向为将军戮其所爱王国宝、王绪，又送王书，其深伏将军已多矣。顷所授任，虽未允惬，亦非大失。割庾楷四郡以配王愉，于将军何损！晋阳之甲，岂可数兴乎！”恭不从，上表请讨王愉、司马尚之兄弟。
这时，东晋朝廷内外疑虑纷纷，交通阻塞，水陆关卡林立，形势危急而严峻。殷仲堪用斜纹的绢绸给王恭写了一封书信，藏在箭杆之中，然后装上箭头，涂上油漆，托庾楷转交给王恭，王恭打开信，因为绢的角上抽丝，不再能确切地辨出是殷仲堪的亲笔手书，怀疑此信是庾楷伪造的，况且想到去年讨伐王国宝时，殷仲堪曾经违反期约，按兵不发，这次也一定会同去年一样，因此便先行向都城大举进兵。司马刘牢之劝谏他说：“将军您是皇帝的舅父，会稽王是皇帝的叔父。会稽王现在又正在当朝，掌握着国家的大政，他过去曾经因为您而杀了他非常庞爱的王国宝和王绪，后来又把王写给他的指控您的书信送给了您。畏惧您的表象已经很多。他最近所作的人事任命，虽然不能说是公允恰当，但也不是什么太大的过失。把庾楷所辖的四个郡割让给王愉统领，对于将军又有什么损害呢？晋阳的兵甲战事，怎么可以一次又一次地不断发动呢？”王恭拒不听从，向朝廷呈上奏书，请求发兵讨伐王愉和司马尚之兄弟。
道子使人说楷曰：“昔我与卿，恩如骨肉，帐中之饮，结带之言，可谓亲矣。卿今弃旧交，结新援，忘王恭畴昔陵侮之耻乎！若欲委体而臣之，使恭得志，必以卿为反覆之人，安肯深相亲信！首身且不可保，况富贵乎！”楷怒曰：“王恭昔赴山陵，相王忧惧无计，我知事急，寻勒兵而至，恭不敢发。去年之事，我亦俟命而动。我事相王，无相负者。相王不能拒恭，反杀国宝及绪，自尔已来，谁敢复为相王尽力者！庾楷实不能以百口助人屠灭。”时楷已应恭檄，正征士马。信返，朝廷忧惧，内外戒严。
司马道子派人向庾楷游说道：“过去我和你，恩情如同骨肉，在帷帐中尽情欢饮，结带密谈，可以说是再亲近也没有的了。你今天抛弃了过去的好朋友，结交了新的援手，难道你忘记王恭过去欺凌、侮辱你的羞耻了吗？如果你 打算委屈自己甘愿做他的臣属，那么等到王恭一旦真的达到了目的，他一定会认为你是一个反复无常的小人，怎么能肯于深深地亲近、相信你！那时候，恐怕性命都还不容易保全，更何况富贵呢！”庾楷大怒说：“王恭过去到京师参加先帝的葬礼，相王忧愁恐惧，无计可施，我知道事情的紧急，才带了兵马前来，使得王恭不敢当时发作。去年的事情，我也是随时等候命令行动。我事奉相王，没有一点对不起他的地方。相王无法抗拒王恭，反而诛杀了王国宝与王绪，从那时以来，谁还敢再去为相王尽心尽力呢！我庾楷是实在不能把全家交给别人来屠杀消灭呀！”这时，庾楷已经响应了王恭发出的讨伐奸佞的檄文，正在征召兵马。庾楷的复信送给司马道子之后，朝廷上下一片忧虑恐惧，京城内外戒严。
会稽世子元显言于道子曰：“前不讨王恭，故有今日之难。今若复从其欲，则太宰之祸至矣。”道子不知所为，悉以事委元显，日饮醇酒而已。元显聪警，颇涉文义，志气果锐，以安危为己任。附会之者，谓元显神武，有明帝之风。
会稽王的长子司马元显向父亲司马道子进言说：“上次我们没有讨伐王恭，因此才有了今天这场灾难。今天如果还像上一次那样满足他们的要求，您太宰的杀身之祸可要到了。”司马道子此时已经慌得不知所措，把事情全部交给司马元显办理，自己每天只是痛饮美酒而已。司马元显聪颖机警，颇晓得一些文章义理，志向气度果敢敏锐，也能把天下的安危当做自己的责任。依附于他的人，都称赞司马元显英明勇武，很有明帝的风度。
殷仲堪闻恭举兵，自以去岁后期，乃勒兵趣发。仲堪素不习为将，悉以军事委南郡相杨期兄弟，使期帅舟师五千为前锋，桓玄次之，仲堪帅兵二万，相继而下。期自以其先汉太尉震至父亮，九世皆以才德著名，矜其门地，谓江左莫及。有以比王者，期犹恚恨。而时流以其晚过江，婚宦失类；期及兄广、弟思平、从弟孜敬皆粗犷，每排抑之。期常慷慨切齿，欲因事际以逞其志，故亦赞成仲堪之谋。
殷仲堪听说王恭已经向京师大举进兵，自己因为去年拖延了出兵的期约，也马上集结部队，尽快出发。殷仲堪素来对带兵打仗很不熟悉，把指挥军事行动的权利，完全委托给了南郡相杨期兄弟，派遣杨期统率五千水军做前锋，然后派桓玄做第二队，最后由殷仲堪自己统率兵士二万人，紧跟他们而顺流东下，杨期自己认为从他的祖先东汉太尉杨震一直到他的父亲杨亮，九代都以才能仁德而著名，始终以自己的门第为骄傲，以为这是东晋的所有世家都赶不上的。有的人拿他同东晋尚书左仆射王相比，杨期还异常愤恨。但是因为他们家族逃亡到江南的时间较晚，所以婚姻与仕途都不得意。杨期和他的哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬等人性格都很粗犷豪迈，经常受到别人的排挤压抑。杨期对此常常衔恨切齿，慷慨激昂，正打算找一个机会痛快施展，实现自己的抱负，因此他也非常赞成殷仲堪的计划。
八月，期、玄奄至湓口，王愉无备，惶遽奔临川，玄遣偏军追获之。
八月，杨期、桓玄突然来到湓口，王愉根本没有防备，惊慌失措，匆匆逃往临川。桓玄派遣小股部队去追赶他，并把他生擒回来。
＇21＇燕以河间公熙为侍中、车骑大将军、中领军、司隶校尉，城阳公元为卫将军。元，宝之子也。又以刘忠为左将军，张豪为后将军，并赐姓慕容氏。李旱为中常侍、辅国将军，卫双为前将军，张顺为镇西将军、昌黎尹，张真为右将军；皆封公。
＇21＇后燕任命河间公慕容熙为侍中、骠骑大将军、中领军、司录校尉，城阳公慕容元为卫将军。慕容元是慕容宝的儿子。又任命刘忠为左将军，张豪为后将军，并赐他们姓慕容。任命李旱为中常侍、辅国将军，卫双为前将军，张顺为镇西将军、昌黎尹，张真为古将军，并都封为公爵。
＇22＇乙亥，燕步兵校尉马勒等谋反，伏诛；事连骠骑将军高阳公崇、崇弟东平公澄，皆赐死。
＇22＇乙亥（十五日），后燕步兵校尉马勤等人阴谋反叛，结果被杀。这件事牵连到了骠骑将军、高阳公慕容崇，以及慕容崇的弟弟东平公慕容澄，慕容盛命他二人自杀。
＇23＇宁朔将军邓启方、南阳太守闾丘羡将兵二万击南燕，与南燕中军将军法、抚军将军和战于管城，启方等兵败，单骑走免。
＇23＇东晋宁朔将军对启方、南阳太守闾丘羡，带领部队二万人进攻南燕，同南燕中军将军慕容法、抚军将军慕容和在管城交战，邓启方等人的部队失败，他单人匹马逃走，免于一死。
＇24＇魏王命有司正封畿，标道里，平权衡，审度量；遣使循行郡国，举奏守宰不法者，亲考察黜陟之。
＇24＇魏王拓跋命令有关部门确定京师的区划，标明道路的名称和里程，统一重量衡器的标准，审定长度的计量，派遣特使到各个郡国去巡回视察、监督，检举弹劾违法乱纪的地方官吏，以便拓跋亲自考察定罪处理。
＇25＇九月，辛卯，加会稽王道子黄钺，以世子元显为征讨都督；遣卫将军王、右将军谢琰将兵讨王恭，谯王尚之将兵讨庾楷。
＇25＇九月，辛卯（初二），东晋朝廷授予会稽王司马道子黄钺，任命会稽王长子司马元显为征讨都督，又派遣卫将军王、右将军谢琰带兵讨伐王恭，派遣谯王司马尚之带兵讨伐庾楷。
＇26＇乙未，燕以东阳公根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射；慕容豪为幽州刺史，镇肥如。
＇26＇乙未（初六），后燕任命东阳公慕容根为尚书令，张通为左仆射，卫伦为右仆射。任命慕容豪为幽州刺史，镇守肥如。
＇27＇己亥，谯王尚之大破庾楷于牛渚，楷单骑奔桓玄。会稽王道子以尚之为豫州刺史，弟恢之为骠骑司马、丹杨尹，允之为吴国内史，休之为襄城太守，各拥兵马以为己援。乙巳，桓玄大破官军于白石。玄与杨期进至横江；尚之退走，恢之所领水军皆没。丙午，道子屯中堂，元显守石头；己酉，王守北郊，谢琰屯宣阳门以备之。
＇27＇己亥（初十），东晋谯王司马尚之在牛渚将庚楷打得大败，庾楷单人匹马投奔桓玄。会稽王司马道子任命司马尚之为豫州刺史，司马尚之的弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，并让他们各自拥有部队，来作为自己的援手。乙巳（十六日），桓玄在白石将朝廷的部队打得大败。桓玄与杨期开进到了横江。司马尚之退兵逃走，司马恢之所统领的水军全军覆没。丙午（十七日），司马道子搬到中堂去住，司马元显驻守石头。己酉（二十日），王开到京师北郊，谢琰则在宣阳门屯下重兵以防意外。
王恭素以才地陵物，既杀王国宝，自谓威无不行；仗刘牢之为爪牙而但以部曲将遇之，牢之负其才，深怀耻恨。元显知之，遣庐江太守高素说牢之，使叛恭，许事成即以恭位号授之；又以道子书遗牢之，为陈祸福。牢之谓其子敬宣曰：“王恭昔受先帝大恩，今为帝舅，不能翼戴王室，数举兵向京师，吾不能审恭之志，事捷之日，必能为天子相王之下乎？吾欲奉国威灵，以顺讨逆，何如？”敬宣曰：“朝廷虽无成、康之美，亦无幽、厉之恶；而恭恃其兵威，暴蔑王室。大人亲非骨肉，义非君臣，虽共事少时，意好不协，今日讨之，于情义何有！”恭参军何澹之知其谋，以告恭。
王恭历来仗恃自己的才能和地位傲视凌辱同僚，逼杀王国宝之后，他更自以为他的声威没人敢违逆。他既依仗刘牢之作为自己的爪牙，又只把他当做自己私人的部将那样对待，刘牢之对自己的才能很自负，感到深深的羞辱和气愤。司马元显知道这种情况，便派遣庐江太守高素去游说，唆使刘牢之背叛王恭，并且答应他事成之后便把王恭的职位、封号全部转授给他。高素又把司马道子的书信交给了刘牢之，向他陈说了祸福利害。刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭过去蒙受先帝的大恩大德，今天又是皇上的舅舅，但是他不能作为羽翼拥戴王室，反而多次向京师发兵，我真不能想象王恭的野心有多大，他的计划一旦实现，他还能继续处在皇上和相王的手下吗？我打算遵奉朝廷的威仪与旨意，用顺乎民心的举动来讨伐叛逆，你看如何？”刘敬宣说：“现在的朝廷虽然没有周成王、周康王当政时那么完美，但是也没有周幽王、周厉王那样的昏庸残暴。而王恭却依仗军队的威势，粗暴地蔑视、凌辱王室。父亲您与他在感情上既不是骨肉关系，在道义上也不是君臣关系，虽然一起共事一段时间，脾气秉性爱好也并不很合谐、投机。你今天去讨伐他，于情义没有什么干系。”王恭的参军何澹之知道了他的打算和计划，把这些告诉了王恭。
恭以澹之素与牢之有隙，不信。乃置酒请牢之，于众中拜之为兄，精兵坚甲，悉以配之，使帅帐下督颜延为前锋。牢之至竹里，斩延以降；遣敬宣及其婿东莞太守高雅之还袭恭。恭方出城曜兵，敬宣纵骑横击之，恭兵皆溃。恭将入城，雅之已闭城门。恭单骑奔曲阿，素不习马，髀中生疮。曲阿人殷确，恭故吏也，以船载恭，将奔桓玄，至长塘湖，为人所告，获之，送京师，斩于倪塘。恭临刑，犹理须鬓，神色自若，谓监刑者曰：“我暗于信人，所以至此；原其本心，岂不忠于社稷邪！但令百世之下知有王恭耳。”并其子弟党与皆死。以刘牢之为都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事以代恭。
王恭因为知道何澹之历来与刘牢之有矛盾，所以没有相信何澹之的话。于是他备办下酒席，宴请刘牢之，当着众人的面，拜刘牢之为义兄，又把自己的精锐部队和一切好的装备，全部配备给刘牢之，让他率领帐下督颜延作为前锋。刘牢之来到竹里，便斩了颜延宣布投降朝廷。他派他的儿子刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之回击王恭。王恭此时正在城外阅兵示威，刘敬宣驱使骑兵拦腰进攻他的队伍，王恭的军队全部溃败。王恭想要回城，高雅之已关闭了城门。王恭单人匹马逃奔曲阿。他平时不怎么习惯骑马，以致把大腿内侧磨破了。曲阿人殷确是王恭过去的下属，他用船载着王恭，打算前去投奔桓玄，刚到长塘湖，却被人告密，把他抓住，押送京师，在倪塘斩首。王恭临死时，还在从容不迫的梳理着自己的胡须，神色像平时那样自然。他对监督施刑的人说：“我自己的昏庸就在于我轻率地相信别人，才到了今天这个地步。不过追究我的本意，我哪里是不忠于朝廷呵！但愿百代以后的人们能知道有过我王恭这个人。”他和他的儿子兄弟、同伙全部被处死。东晋朝廷任命刘牢之为都督兖州、青州、冀州、幽州、并州、徐州、扬州晋陵诸军事，替代了王恭。
俄而杨期、桓玄至石头，殷仲堪至芜湖。元显自竹里驰还京师，遣丹杨尹王恺等发京邑士民数万人据石头以拒之。期、玄等上表理王恭，求诛刘牢之。牢之帅北府之众驰赴京师，军于新亭，期、玄见之失色，回军蔡洲。朝廷未知西军虚实，仲堪等拥众数万，充斥郊畿，内外忧逼。
不久，杨期、桓玄来到石头，殷仲堪也来