“这足以雪枋头的耻辱了吧？”郗超说：“没有。”过了许久，郗超到桓温的住所留宿，半夜时分对桓温说：“明公在这里没有考虑什么吗？”桓温说：“你想有话对我说吗？”郗超说：“明公承担着天下的重任，如今以六十高龄，却在一次大规模的行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服、满足百姓的愿望！”桓温说：“那么该怎么办呢？”郗超说：“明公不干伊尹放逐太甲、霍光废黜昌邑王那样的事情，就无法建立大的威势与权力，镇压四海。”桓温历来怀有此心，对郗超所说的深以为然，于是就和他商定计议。考虑到海西公平素谨慎小心，没有什么过错，而利用床第之事则容易对他进行诬陷，于是就说：“皇上早就患有阳痿，宠臣相龙、计好、朱灵宝等，参与服侍起居床第之事，与田氏、孟氏两位美人生下了三个儿子，将要设立太子赐封王位，转移皇上的基业。”并将这话密秘地传播到民间，当时的人们都无法辨别真假。
十一月，癸卯，温自广陵将还姑孰，屯于白石。丁未，诣建康，讽褚太后，请废帝立丞相会稽王昱，并作令草呈之。太后方在佛屋烧香，内侍启云：“外有急奏。”太后出，倚户视奏数行，乃曰：“我本自疑此！”至半，便止，索笔益之曰：“未亡人不幸罹此百忧，感念存没，心焉如割！”
十一月，癸卯（初九），桓温准备从广陵返回姑孰，驻扎在白石。丁未（十三日），抵达建康，含蓄地劝说褚太后，请求废黜废帝司马奕，立丞相会稽王司马昱，同时还草拟了诏令进呈给褚太后。太后正在佛室烧香，内侍报告说：“外边有紧急奏章。”褚太后出来，倚着门看奏章，刚看了几行字就说：“我自己本来就怀疑是这样！”看了一半，就停下来了，向内侍要来笔加上了这样的话：“我不幸遭受了这样的种种忧患，想到死去的和活着的，心如刀绞！”
己酉，温集百官于朝堂。废立既旷代所无，莫有识其故典者，百官震栗。温亦色动，不知所为。尚书左仆射王彪之知事不可止，乃谓温曰：“公阿衡皇家，当倚傍先代。”乃命取《汉书霍光传》，礼度仪制，定于须臾。彪之朝服当阶，神彩毅然，曾无惧容，文武仪准，莫不取定，朝廷以此服之。于是宣太后令，废帝为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王昱统承皇极。百官入太极前殿，温使督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收帝玺绶。帝著白单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门，群臣拜辞，莫不欷。侍御史、殿中监将兵百人卫送东海第。温帅百官具乘舆法驾，迎会稽王于会稽邸。王于朝堂变服，著平巾帻、单衣，东向流涕，拜受玺绶，是日，即皇帝位，改元。温出次中堂，分兵屯卫。温有足疾，诏乘舆入殿。温撰辞，欲陈述废立本意，帝引见，便泣下数十行，温兢惧，竟不能一言而出。
己酉（十五日），桓温把百官召集到朝堂。废立皇帝既然是历代所没有过的事情，所以没有人知道过去的典则，百官们都震惊恐惧。桓温也神色紧张，不知该怎么办。尚书左仆射王彪之知道事情不能半途而废，就对桓温说：“您废立皇帝，应当效法前代的成规。”于是就命令取来《汉书·霍光传》，礼节仪制很快就决定了。王彪之身穿朝服面对朝廷，神情沉着，毫无惧色，文武仪规典则，全都由他决定，朝廷百官因此而服了他。于是就宣布太后的诏令，废黜废帝司马奕为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王司马昱继承皇位。百官进入太极前殿，桓温让督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收取了废帝的印玺绶带。司马奕戴着白色便帽，身穿大臣的仅次于朝服的盛装，走下西堂，乘着牛车出了神虎门，群臣叩拜辞别，没有谁不哽咽。侍御史、殿中监带领一百多名卫兵把他护送到东海王的宅第。桓温率领百官准备好皇帝的车乘，到会稽王的官邸去迎接会稽王司马昱。会稽王在朝堂更换了服装，戴着平顶的头巾，穿着单衣，面朝东方流涕，叩拜接受了印玺绶带。这天，会稽王司马昱即皇帝位，改年号为咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。桓温的脚有毛病，简文帝诏令可以让他乘车进入殿堂。桓温事先准备好辞章，想陈述他黜废司马奕的本意，简文帝引见，一见他便流下了眼泪，但桓温战战兢兢，始终没能说出一句话。
太宰武陵王，好习武事，为温所忌，欲废之，以事示王彪之。彪之曰：“武陵亲尊，未有显罪，不可以猜嫌之间便相废徙。公建立圣明，当崇奖王室，与伊、周同美；此大事，宜更深详！”温曰：“此已成事，卿勿复言！”乙卯，温表“聚纳轻剽，息综矜忍；袁真叛逆，事相连染。顷日猜惧，将成乱阶。请免官，以王归藩。”从之，并免其世子综、梁王等官。温使魏郡太守毛安之帅所领宿卫殿中。安之，虎生之弟也。
太宰武陵王司马，喜好习武练兵，被桓温所忌恨，想废黜他，就把此事告诉了王彪之。王彪之说：“武陵王是皇室的亲族尊者，没有明显的罪过，不能因为猜忌随便废黜他。您要建立贤明的君主，应当尊崇辅佐王室，与伊尹、周公具有同样的美德。这件大事，应该再仔细考虑！”桓温说：“这已经是我决定了的事情，你不要再说了！”乙卯（二十一日），桓温进上表章：“司马收罗招纳轻浮之士，儿子司马综自负残忍。袁真叛逆，事情与他有牵连。近来他猜疑恐惧，将会成为祸乱的缘由。请求免除司马的官职，让他以王的身份返回藩地。”简文帝同意了。同时还免除了司马的世子司马综、梁王司马等人的官职。桓温让魏郡太守毛安之率领所统领的军队宿卫皇宫。毛安之是毛虎生的弟弟。
庚戌，尊褚太后曰崇德太后。
庚戌（十六日），尊奉褚太后为崇德太后。
初，殷浩卒，大司马温使人赍书吊之。浩子涓不答，亦不诣温，而与武陵王游。广州刺史庾蕴，希之弟也，素与温有隙。温恶殷、庾宗强，欲去之。辛亥，使其弟秘逼新蔡王晃诣西堂叩头自列，称与及子综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庚庚庾等谋反；帝对之流涕，温皆收付廷尉。倩、柔，皆蕴之弟也。癸丑，温杀东海王三子及其母。甲寅，御史中丞谯王恬承温旨，请依律诛武陵王。诏曰：“悲惋惶怛，非所忍闻，况言之哉！其更详议！”恬，之孙也。乙卯，温重表固请诛，词甚酷切。帝乃赐温手诏曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，乃奏废及其三子，家属皆徙新安郡。丙辰，免新蔡王晃为庶人，徙衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔皆族诛，庾蕴饮鸩死。蕴兄东阳太守友子妇，桓豁之女也，故温特赦之。庾希闻难，与弟会稽参军邈及子攸之逃于海陵陂泽中。
当初，殷浩去世的时候，大司马桓温派人送信吊唁他。殷浩的儿子殷涓没有答复，也没有到桓温那里去，而是与武陵王司马游玩。广州刺史庚庾蕴，是庾希的弟弟，一直和桓温有隔阂。桓温厌恨殷涓、庾蕴宗族的强大，想要灭掉他们。辛亥（十七日），桓温派他的弟弟桓秘逼迫新蔡王司马晃到西堂去叩头自述，称与司马及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等阴谋反叛。简文帝面对他流下了眼泪，桓温把他们全都抓起来送交廷尉。庾倩、庾柔，都是庾蕴的弟弟。癸丑（十九日），桓温杀掉了东海王司马奕的三个儿子和他们的母亲。甲寅（二十日），御史中丞谯王司马恬禀承桓温的旨意，请求依据法律。简文帝下达诏令说：“悲痛惋惜，惊恐不安，不忍心耳闻，何况是诉说呢！再仔细商议吧！”司马恬是司马的孙子。乙卯（二十一日），桓温再次进上表章，坚持请求杀掉司马，言词非常激烈恳切。简文帝于是就亲手写下诏令赐予桓温说：“如果晋王朝的神灵悠长，你就不必请示，尊奉执行以前的诏令；如果晋王朝的大运已去，我就请求避让贤人晋升之路。”桓温看了以后，惊慌失色，汗流满面，于是就奏请黜废司马及他的三个儿子，将其家人全都迁徙到新安郡。丙辰（二十二日），黜免新蔡王司马晃为庶人，将他迁徙到衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全都被满门诛杀，庾蕴服毒而死。庾蕴的哥哥东阳太守庾友的儿媳，是桓豁的女儿，所以桓温特别地赦免了她。庾希听说了这桩灾难，与弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之逃到了海陵的湖泽中。
温既诛殷、庾，威势翕赫，侍中谢安见温遥拜。温惊曰：“安石，卿何乃尔？”安曰：“未有君拜于前，臣揖于后。”
桓温诛杀了殷、庾等人以后，威势显赫至极，侍中谢安看见桓温，在很远的地方就开始叩拜。桓温吃惊地说：“谢安，你为什么要这样呢？”谢安说：“没有君主叩拜于前，臣下拱手还礼于后的。”
戊午，大赦，增文武位二等。
戊午（二十四日），东晋实行大赦，为文武官员增加品位二等。
己未，温如白石，上书求归姑孰。庚申，诏进温丞相，大司马如故，留京师辅政；温固辞，乃请还镇。辛酉，温自白石还姑孰。
己未（二十五日），桓温到白石，上书请求返归姑孰。庚申（二十六日），简文帝下达诏令，进升桓温为丞相，大司马职位则仍旧，留在京师辅佐朝政。桓温固执地辞让，还请求回到镇所。辛酉（二十七日），桓温从白石返回姑孰。
秦王坚闻温废立，谓群臣曰：“温前败灞上，后败枋头，不能思愆自贬以谢百姓，方更废君以自说，六十之叟，举动如此，将何以自容于四海乎！谚曰：‘怒其室而作色于父’，其桓温之谓矣。”
前秦王苻坚听说了桓温废立皇帝的事情，对群臣们说：“桓温先在灞上失败，后又在枋头失败，不能反思过错自我贬责以向百姓谢罪，反而还废黜君主以自我解说，六十岁的老叟，举动如此，将怎样自容于天下呢！民谚曰：‘对妻子愤怒就向父亲耍脸色’，大概说得就是桓温吧。”
＇19＇秦车骑大将军王猛，以六州任重，言于秦王坚，请改授亲贤；及府选便宜，辄已停寝，别乞一州自效。坚报曰：“朕之于卿，义则君臣，亲逾骨肉，虽复桓、昭之有管、乐，玄德之有孔明，自谓逾之。夫人主劳于求才，逸于得士。既以六州相委，则朕无东顾之忧，非所以为优崇，乃朕自求安逸也。夫取之不易，守之亦难，苟任非其人，患生虑表，岂独朕之忧，亦卿之责也，故虚位台鼎而以分陕为先。卿未照朕心，殊乖素望。新政俟才，宜速铨补；俟东方化洽，当兖衣西归。”仍遣侍中梁谠诣邺谕旨，猛乃视事如故。
＇19＇前秦车骑大将军王猛，考虑到都督六州的责任重大，向前秦王苻坚进言，请求将此重任改授给亲近而又贤明的人。还有受命相机选拔六州郡县官吏的工作，也已经停止了，王猛请求自己去镇守一州以效力。苻坚回复王猛说：“朕和你的关系，从道义上讲是君臣，从亲情上讲则胜过骨肉，虽然这又像齐桓公、燕昭王拥有管仲、乐毅，刘备拥有孔明，但我认为要超过他们。人主寻求有才能的人时辛劳费力，得到人才就省力放心了。既然把六州委托给你，那么朕就解除了东顾之忧，不是以此来对你表示优待尊崇，而是朕自己寻求消闲安逸。打江山不易，坐江山也难，假如任非其人，祸患出现于我们预料之外，岂止仅是朕的忧患，也是你的责任，所以宁肯让三公的职位空虚也要首先分职陕东。你不了解朕的心愿，有违朕本来的期望。刚刚建立的政权急需人才，应该尽快选拔充实官吏，等到东方教化融洽以后，理当让你身着上公礼服西返。”苻坚于是派侍中梁谠到邺城去传达诏令，王猛也就像从前一样地处理政事。
＇20＇十二月，大司马温奏：“废放之人，屏之以远，不可以临黎元。东海王宜依昌邑故事，筑第吴郡。”太后诏曰：“使为庶人，情有不忍，可特封王。”温又奏：“可封海西县侯。”庚寅，封海西县公。
＇20＇十二月，大司马桓温上奏章说：“废黜放逐之人，应该把他屏弃到遥远的地方，不能让他接近黎民百姓。对东海王司马奕，应该按照过去废黜昌邑王的办法，让他到吴郡居住。”太后下达诏令说：“让东海王成为庶人，于心不忍，可以特别地封他为王。”桓温又上奏章说：“可以封他为海西县侯。”庚寅（二十六日），封司马奕为海西县公。
温威振内外，帝虽处尊位，拱默而已，常惧废黜。先是，荧惑守太微端门，逾月而海西废。辛卯，荧惑逆行入太微，帝甚恶之。中书侍郎超在直，帝谓超曰：“命之修短，本所不计，故当无复近日事邪？”超曰：“大司马臣温，方内固社稷，外恢经略，非常之事，臣以百口保之。”乃超请急省其父，帝曰：“致意尊公，家国之事，遂至于此，由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能谕！”因咏庾阐诗云：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”遂泣下沾襟。帝美风仪，善容止，留心典籍，凝尘满席，湛如也。虽神识恬畅，然无济世大略，谢安以为惠帝之流，但清淡差胜耳。
桓温威振朝廷内外，简文帝虽然身处至尊地位，实际上也仅仅是拱手沉默而已，常常害怕被废黜。此前，火星居于太微、南蕃之间，过了一个月，司马奕就被废黜。辛卯（二十七日），火星逆行进入太微星坦，简文帝对此很讨厌。中书侍郎郗超在宫中当班，简文帝对郗超说：“命运长短，本来就并不计较，所以应该不再出现前不久废黜皇帝那样的事情了吧？”郗超说：“大司马臣桓温，正在对内稳定国家，对外开拓江山，我愿用百余家口来保他，不会发生那种不正常的事变。”等到郗超急于要请假回去看望他父亲时，简文帝说：“告诉尊父，宗族国家之事，最终到了这种地步，是因为我不能用道德去匡正守卫的缘故，惭愧慨叹之深，怎么