正帝将侍卫送到年羹尧军前效力，这些人多为满洲勋贵子弟，本来是用以监视年羹尧的耳目，不料却被后者用为“厮役”，“似奴仆听命而行”；年羹尧还接受了许多中央和外省官僚的子侄在幕中，说是在军前效力，其实也是表示依附于年羹尧的意思。官员向他馈送物品，称为“恭进”；而他给予别人物品，叫做“赐”，受者须“向北叩头谢恩”。他接见新属员叫“引见”。他吃饭称“用膳”；请客叫“排宴”。他出行，竟然也要黄土垫道，净街，擅用黄袱，官员补服跪接。同他平行的官僚，一律被视同下属。年羹尧给将军、督抚函件竟用令谕。总督、巡抚向无跪接大将军之例，但是直隶巡抚李维钧、山西巡抚范时捷却跪道迎接他。在军中蒙古诸王皆跪谒，连额驸、郡王阿宝也不例外。雍正二年，雍正帝特令礼部拟定迎接年羹尧的仪注，侍郎三泰以正常规格草拟，被降一级。年羹尧“进京陛见，沿途垫道叠桥，铺面具令关闭”，“入京日，王公大臣跪接于广安门外，年羹尧策马而过，毫不动容。王公下马问候他，他也只略点头而已”。（《清世宗实录》卷三九，雍正三年十二月甲戌）年羹尧身边的人也骄纵不法，傲视百官。年羹尧路过河南，怀庆府同知穿着官服向年羹尧的巡捕官跪着回话，巡捕官安然受之。家人魏之耀进京，知州县令道旁打躬，游击、守备跪道迎送，魏乘轿而过，全不答理。年羹尧家塾教师沈某回原籍江苏省亲，沿途“将吏迎候如贵宦，至江苏，巡抚以下皆郊迎”。年羹尧编选了陆宣公奏议，进呈后，雍正帝说要给它写一篇序言，年羹尧却自行草拟一篇，要雍正帝认可。雍正帝非但不怪罪，反而表示赞赏他这样做。年羹尧陛见，在雍正帝面前“箕坐无人臣礼”。这些都越出君臣关系的正常限度，某些方面颇有点帝王之友的味道。
年羹尧权势炳赫，明显由于雍正帝对其宠异过分所致。雍正帝为什么要这样做？是幼稚，还是帝王与友处的平等？或是欲擒故纵之计？
一些史学家认为，雍正帝“天性险诈”，早晚都要收拾年羹尧。王钟翰持此观点，他说：
世或以年（羹尧）恃功骄蹇，不缴朱谕，为致死之由，当属皮相之论。若深察世宗之为人，则年、隆（科多）之戮辱，诚为不可避免之事。盖年、隆皆反覆无常之人，非得其力，不足以成事，而对于其人，则早存戒心，用毕即杀之除之，早已预有成算。即使二人恭顺自矢，亦决难免祸。（《清世宗夺嫡考实》，见《清史杂考》）
孟森先生说：
世称康熙诸子夺嫡，为清代一大案，因将世宗之嗣位，与雍正间之戮诸弟，张皇年羹尧及隆科多罪案，皆意其并为一事，遂坠入五里雾中，莫能了其实状。……盖羹尧之为功臣平青海之功小，钳制胤禵之功大。世宗纽合年羹尧、隆科多两人为一体，可见其同效事之力，又皆以其挟功泄漏秘密遭忌，隆禁固而年杀身。（《清世宗入承大统考实》，见《明清史论著集刊》）
台湾史学家陈捷先说：
年羹尧与世宗之间，既有旧怨在先，而他又恃功骄纵在后，世宗对他的不信任，是在所难免的。羹尧以战功与残杀著称，而又聚敛财物，植党营私，定会令君上心胆震慑，内生畏惧。皇帝对他骄狂无礼，与尾大不掉的态度，当然会日久生厌。而羹尧的谋逆言动，更足以触发世宗的怒心。疑也畏也厌也怒也，有此四者，羹尧还能不凶终吗？（《年羹尧死因探微》，见《国立成功大学历史学系历史学报》1975年第二号）
此处所谓“既有旧怨在先”，是指康熙五十六年，年羹尧攀附三皇子胤祉之事，他对主子有所冷淡。胤禛寄信责问他： “六七个月无一请安启字，视本门之主已同陌路人矣。”骂他是“儇佻恶少”、狂悖、藐视主子。由此可见，雍正帝早就对年羹尧不满了。那么，先利用他，故意放纵他，之后再收拾他，就很有可能了。
台湾另一位史学家杨启樵认为，年羹尧既没有参与“夺嗣”之功，也没有钳制胤禵之功。杨启樵说：
拙见则以为允禵虽不满世宗继位，却无兵变意图，自毋庸羹尧箝制。羹尧于雍正朝所获恩宠，乃本于君主的用人政策，及其本身立功边陲的关系。至于他的身败名裂，乃骄横贪暴的结果；更重要的是破坏了世宗自负的情报网。气愤之余，年羹尧自难逃越鬼门关。
说到两者间关系的暧昧不明，乃官书芟略过多及笼统不清所致。我以为世宗曾由衷地宠信过羹尧，宫中档朱批可证。《雍正朱批谕旨》付梓时，这些资料被删除一清，因世宗对年余怒未息，岂料因此反蒙杀功臣的污名。（《雍正帝及其密折制度研究》）
所谓“官书芟略过多及笼统不清”就是《圣祖实录》的被删削，这是张廷玉所为。那么，雍正帝为什么不杀张廷玉灭口？因为张廷玉一向以谨小慎微著称，不留把柄。可见，“杀人灭口”之说就不能完全成立，但也不是完全不能成立。一般来说，只要是权力的享有者，都会自然而然地膨胀。孟德斯鸠曾说过： “有权力的人会滥用权力，这是万古不变的经验。”中国古人的修身反省是从内部自我约束，其效果好或不好，不能一概而论。就张廷玉与年羹尧二人比较而言，张廷玉是修身有效的典型。身心受益，起码可以保全首领。年羹尧不修身，要保全首领就只能得到皇帝开恩的不砍头而已。大臣的权力过大必然会成为权臣，进而危及皇权，更危害了社会。“杀人灭口”之说也就成立了。两事合而为一，都是皇帝的“维权”行动。
年羹尧开罪雍正帝是在他第二次进京之后，起初雍正帝对他非常热情，要九卿给他优叙加恩，说他“公忠体国，不矜不伐”，“内外臣工当以为法，朕实嘉重之至”。后来，雍正帝赏军，朝野传言说是接受了年羹尧的请求。又说整治阿灵阿等人，也是如此。雍正帝岂不成了年羹尧的傀儡？这可能就是雍正帝下决心收拾年羹尧的起因。雍正帝就此发上谕说，朕是小孩子吗？需要年羹尧指点？年羹尧才为大将军、总督则有余，安能具天子之聪明才智乎？他不过是记忆力好，代朕传旨，书写上谕罢了。外人造作浮言，加年羹尧以断不可受之名，一似恩威赏罚，非自朕出，深可痛恨！雍正帝又说，大臣若市恩望报、植党营私，罪不容诛。（《上谕八旗》36~42页）这就是怀疑年羹尧有侵夺君主之权的意思了。
当时有人向雍正帝建议，不要放年羹尧回陕西，以便留京控制。据说是与雍正帝关系密切的僧人文觉法师的建议。“传闻隆、年之狱，阿、塞之死，皆文觉赞成”（《永宪录》续编，第358页）。雍正帝没有接受文觉的建议，年羹尧陛见回任之后，他接到雍正帝上谕，口气大变： “据此不足以报君恩父德，必能保全始终，不令一身致于危险，方可谓忠臣孝子也。凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。为君者施恩易，当恩难；当恩易，保恩难；保恩易，全恩难。若倚功造过，必至返恩为仇，此从来人情常有者。尔等功臣，一赖人主防微杜渐，不令至于危地；二在尔等相时见机，不肯蹈其险辙；三须大小臣工避嫌远疑，不送尔等至于绝路。三者缺一不可，而其枢要在尔等功臣自招感也……我君臣其勉之，慎之。”（《文献丛编》第六辑《年羹尧奏折·奏报抵署日期并谢蒙陛见折朱批》）这些话使年羹尧“惶汗交集”，皇帝为什么会“返恩为仇”呢？显然是年羹尧的权势太大了，这是绝对不允许的。功臣谨慎小心尚且难于自保，而年羹尧却太狂妄了。
年羹尧的倒行逆施当然会遭到一些官员的指责。都统图腊、副都统鄂三等曾说雍正帝“凌逼众阿哥，纵恣隆科多、年羹尧擅权”。陕西巡抚范时捷多次说年羹尧“狂纵”。山西按察使蒋泂向皇帝描述年羹尧擅权之状： “为川陕督臣，恣凭胸臆，横作威福，每遇文武员缺位，无论大小，必择其私人始行请补，或一疏而题补数人，甚者或至数十人，吏、兵两部几同虚设。更可骇者，巡抚、提督、镇标、布政使、按察使大吏皆皇上所特殊简选者也，而年羹尧必欲挤排异己，遍树私人，未有缺之先，外间已传闻某人为巡抚、提督、镇标、布政使、按察使矣，闻者亦疑信将半，未几而其缺位果然出现矣，未几而其人果得补其缺位矣。”（《朱批谕旨·蒋泂奏折》）雍正帝终于看到“年选”严重威胁到了皇权。然而这不是他自己造成的吗？
雍正三年三月，年羹尧表贺“日月合璧，五星联珠”时，将“朝乾夕惕”写作“夕惕朝乾”，成为“不敬”的口实，雍正帝下诏切责： “年羹尧非粗心者，是直不以朝乾夕惕许朕耳”。既然如此，“年羹尧青海之功，朕亦在许与不许之间而未定也。”（《雍正起居注》，三年三月二十三日条）过去，那么多的“大不敬”都不妨，现在写错了几个字，就不行。何况这也是鸡蛋里挑骨头，“夕惕朝乾”与“朝乾夕惕”的意思都一样。后来，雍正帝又大兴文字狱，与此如出一辙。
四月间，雍正帝又指责年羹尧妄举胡期恒为巡抚。雍正帝召见胡期恒，见此人“所奏之言皆属荒唐、悖谬。观其人甚属卑鄙”。雍正帝在年羹尧的折子上批道： “你实在昏聩了！胡期恒这样东西，岂是年羹尧在朕前保举巡抚的人，岂有此理！”又指责他妄参陕西驿道金南瑛，因为金是怡亲王允祥保荐的，皇帝最信任的人所荐举之人，是皇帝意志的体现者。年又将青海、蒙古饥馑隐匿不报，雍正帝怒斥道： “年羹尧从前不至于此，或系自恃己功，故为怠玩，或系诛戮过多，致此昏愦。如此之人，安可仍居川陕总督之任！”所谓“诛戮过多，致此昏愦”，就是说有冤魂恶鬼缠身使之糊涂了。明明是自己对年羹尧宠异过分，导致其忘乎所以，却说成是他杀戮太多，冤孽缠身所致。这仍然是不承认自己错误的表现。虽然，他后来也一再承认自己有错。皇帝即使是真心认错，也不能掩盖他拒绝认错的事实。不认错或假认错是人性之根本弱点。
雍正帝没有给年羹尧痛改前非的机会，只是一味地予以严谴。四月，命年羹尧交出抚远大将军印，念年羹尧尚能操练兵丁，著调补杭州将军，拔离其老巢。年具折谢恩，雍正帝批道： “朕闻得早有谣言云，帝出三江口，嘉湖作战场之语。朕今用你此任，况你亦奏过浙省观象之论，朕想你若自称帝号，乃天定数也，朕亦难挽救；若你自不肯为，有你统朕此数千兵，你断不容三江口令人称帝也。此二语不知你曾闻得否？再你明白回奏二本，朕览之实实心寒之极，看此光景，你并不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭，你若负朕，不知上苍如何发落你也。”（《文献丛编》第八辑《年羹尧奏折·奏谢调补杭州将军折朱批》）这话的意思是，把你从西安调到杭州，是成全你谋反的大计，只看天意如何了。雍正帝怕权臣要夺帝位，这就说明君臣关系完全变成你死我活的性质了。年羹尧是非死不可了。
年羹尧虽将行李发往杭州，仍不赴任，雍正帝认为他是欲加皇帝“遗弃功臣”之名。当时有人怕因皇帝屡次降旨严责年羹尧，他会在陕西称兵作乱，劝雍正帝不可过急。雍正帝却早已“洞察远近之情形，深悉年羹尧之伎俩，而知其无能为也”。看来雍正帝也清楚，年羹尧根本就没有谋反之心，不过是强加他这个罪名。
以前有人揭发年羹尧，雍正帝斥之为无知之论。现在则欢迎揭发年羹尧。有人揭发年羹尧保题各官，莫不营私受贿，赃私巨万。如被年奏参过的葛继孔，两次向年羹尧打点，送去铜器、瓷器、玉器、字画等物，年羹尧因而答应对其“留心照看”。被年羹尧密奏罢官的赵之垣，向年羹尧赠送价值10万两银子的珠宝，年羹尧转而保举赵可以起用。年羹尧冒销军需、开例捐纳、侵用税款、私自行盐、贩卖经商。他利用对准噶尔、罗卜藏丹津的战事，冒销四川军费白银160余万两，又加派56万两，冒销西宁军需47万两；运米4万石至军前，冒销脚价40余万两；抄没塔尔寺，私自变价14000余两，抄没青海喇嘛寺金佛、貂皮、珠宝等物40余车。勒索捐纳人员额外银24万两，侵用康熙六十年起至雍正三年俸工银149000余两，侵用河东盐政盈余捐修银56000余两。隐匿夔关历年税银88000两，加派军需粮规5万余两；将拿获私茶商罚赎银40000余两入己，将其子年富、年斌伪编商人富斌名色，私占山西潞安、泽州等17处盐窝；自出本银行盐，别以心腹伪编商名，私占陕西咸宁等18处盐窝，代己买盐，获利17万余两；私行印票12000张，每票抵作十引，共增盐引12万张，上报10万，以2万张课银尽入私囊。又以保举题补各官之手段，营私受贿。此外，还委派家人贩卖马匹、木材，经营房地业、典当业，牟取暴利。其庞大的私财分别寄匿于直隶的保定、易州，陕西的西安，江南的镇江等地。保定、易州藏寄资财箱匣厨柜捆包等达431号，玩器86号，细缎65箱，房1020余间，地297顷。
年羹尧凭借雍正帝给予的特权，聚敛了太多的财富。此时，雍正帝正开始整顿官场的贪污腐败，当然不能容忍他。不过，在一般情况下，权臣的贪污敛财都不算太严重的罪过。前面康熙朝的明珠、徐乾学、高士奇都是大贪官，无论皇帝整肃与否，都不至于被杀。后面乾隆朝的和募也疲强涨熬螅裁皇够实鄹械讲豢扇萑獭Ｈǔ贾圆荒芄槐蝗萑蹋辉谟谏萌ㄌ翘拔凼芑咛唷�
雍正帝最怕大臣结党，特意要求官员们疏远年羹尧。在表彰河道总督齐苏勒“一尘不染，独立不倚，从未闻夤缘结交”时说： “近日隆科多、年羹尧大露作威福揽权势光景，朕若不防微杜渐，此二臣将来必至不能保全，尔等皆当疏远之。”从此可以看出，雍正帝整肃年羹尧