对安全的担心也增加了招募合格反恐官员的难度。美国很少有大学开设中东语言和伊斯兰研究方面的课程。2002年在所有美国大学取得阿拉伯语学士学位的毕业生总共只有6个。许多人在美国境外漂泊了很久，其入境手续需等待很久才能得到处理。任何在外国出生的人和有许多海外亲戚的人被建议最好不要提出申请。随着冷战结束后，对美国中央情报局经费预算的减少，并不令人惊讶的是（有一些值得注意的例外），保密局新雇员的素质倾向于担任一些类似服务性的工作，也就是说，他们符合传统的招募条件或者适合利用与外国机构的联络关系，但并不要求其寻找和使用恐怖主义组织网络内部的资源。
早期的反恐怖主义努力
在20世纪70年代和80年代，恐怖主义主要是与一些地区性冲突连在一起，主要发生在中东。大部分恐怖主义集团或者是由政府支持，或者是致力于建立政府的好战分子（如巴勒斯坦解放组织）。
20世纪80年代中期，根据由副总统乔治·布什领导的特遣队作出的报告，在罗马和雅典机场恐怖袭击发生之后，中央情报局局长建立了一个反恐中心，负责统一行动理事会和情报理事会的活动。反恐中心在联邦调查局和其他情报机构中也选有代表。在正式的组织职能中，反恐中心向中央情报局局长报告工作，但是事实上，中心的大多数长官还是保密局的成员，他们经常受到行动理事会领导的指导。
反恐中心促进和协调了由中央情报局各站点作出的情报收集，并编辑情报收集的结果，然后将专门的报告传送给适当的站点、情报理事会的分析员、情报机构的其他部门或者决策者们。该中心保护自己的官僚政治地盘。中央情报局局长曾经让一个负责反恐怖主义的国家情报官员负责情报分析；该官员所在的办公室在20世纪80年代后期被撤销了，其职能被反恐中心部分接管。虽然派往该中心的分析员作出了大量的报告，但其中心任务都是支持行动。中央情报局监察长在1994年的报告中批评了该中心在提供恐怖主义袭击警告方面的能力。
后面的章节将提出这个问题，即尽管投入了大量的人才、精力和心血，情报机构是否仍不能在应对本·拉丹和“基地”的挑战中发挥充分的作用？面对这个问题，情报机构的管理官员们经常抱怨说他们工作的资源匮乏。
冷战结束后，国家安全经费的削减导致了国家海外情报计划预算从1990～1996年财政年度的削减，以及从1996～2000年财政年度的持平（除了对1999财政年度预算所谓的金里奇预算的追加，和后来两次更小量的预算追加）。这种削减预算增加了情报机构工作的难度。决策者们要求他们紧跟数字化潮流，要对付将来的计算机之间的通讯和现代通讯系统，但同时又要保持对付传统通讯系统的能力，例如，高频无线电通讯和超高频和高频（视频）系统，它像旧式的电视天线一样工作。继1991年海湾战争成功之后，塑造形象的呼声也与日俱增。这两点变化反过来又要求为计划下一代的卫星系统提供经费。这个开支对剩下的情报预算经费又产生了很大的压力。其结果，情报局只得精简人员，这样既影响了行动又影响了情报分析。
然而，至少对于中央情报局而言，处理恐怖主义问题的部分负担来自我们已经讲到的背景：这个组织能吸引干劲冲天的人员，但其体制又反对冒险，于是，其实施秘密行动的能力萎缩，制度上限制信息分配，对新型工作人员的吸收又存在难度，并且习惯于提供最近情报的描述性报道。换个说法，为了取得反恐的最大成效，中央情报局需要一次重大改革。1997年，克林顿总统任命乔治·特尼特为中央情报局局长，并且据大家说，对他而言，恐怖主义是最先考虑解决的问题。但是当调查委员会问他时，特尼特自己估计，2004年中央情报局的保密机构距离能很好地承担反恐怖主义的角色仍然还需要至少5年的时间。虽然特尼特明显是中央情报局的领导者，究竟谁应该负责整个美国情报工作，情报机构的联盟结构使这一问题未有定论。
第三章 反恐怖主义的发展国务院和国防部内的适应与不适应（1）
国务院
调查委员会在2004年问副国务卿理查德·阿米蒂奇：为什么国务院花了这么长时间作一些看来无用，结果也证明无用的努力来劝阿富汗境内的塔利班政权驱逐本·拉丹？阿米蒂奇回答说，“我们做国务院做的事情，我们不出去投炸弹，我们不做那种事情……在这些事情上我们做了我们应该做的事。”
早在50年前，处在阿米蒂奇的位置上的人不会说国务院有如此局限的作用。直到20世纪50年代后期，国务院主导着为总统和国会提供关于美国与世界上其他国家的关系的建议程序。国家安全委员会成立于1947年，其成立主要是由于五角大楼游说应建立一个论坛，在这里，如果军队认为国务院设定的目标，美国没有必要的资金来实现时，那么他们将提出反对意见。
国务院一直保持着首要地位。直到20世纪60年代，当时肯尼迪和约翰逊政府被罗伯特·迈克纳麦拉的国防部取而代之，在国防部内建立了一个小型政府负责分析对外政策问题。而后，尼克松总统将政策的计划和政策的协调职能集中于强大的国家安全委员会中，由亨利·基辛格负责监督。
后来，国务卿成为了重要的人物，但是国务院的职能继续受到削弱。到了20世纪90年代，政府的财力被其他部门超过了，并且国会和总统的管理和预算办公室对其财政预算也几乎不予支持。
正如联邦调查局和中央情报局的行动理事会，国务院也有强调实地工作胜过华盛顿的工作的传统。但是，甚至是大使们也经常发现所在国政府不但通过它们自己在华盛顿的使馆与美国政府联系，而且通过中央情报局的站点或者一个国防随员开展工作。大使馆已经逐渐地被强大的军区司令员替代，不再向五角大楼报告工作。
反恐怖主义
20世纪60年代到70年代，国务院制定反恐政策。它通过官方渠道与推测的恐怖主义背后的政府进行沟通。而且，因为这段时期的恐怖主义事件经常以谈判的方式结束，因此，大使或者其他使馆官员成为合乎逻辑的代表美国利益的人。
保持美国打击恐怖主义的外交成果的连贯性是一个连续的挑战。1976年，在国会的指导下，国务院将负责打击恐怖主义的协调者提升到了与助理国务卿同等的职位。作为一名“全权的大使”，该官员试图增加政府内反恐事务的透明度，并且帮助在政府机构中统一美国政策的执行。1979～1981年的长期危机中，53名美国人在德黑兰的美国使馆被劫持作为人质，该危机结束了国务院在反恐事务中的领导地位。从卡特总统的武断的国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基主持工作后，协调员这一职能就在白宫被保留下来。
里根总统的第二任国务卿乔治·舒尔茨，提倡美国实施积极的打击恐怖主义政策，他经常建议动用军事力量。国防部长卡斯帕·温伯格反对舒尔茨，但后者对温伯格并没有表示反对，即使是在他自己的国务院内。虽然舒尔茨通过相继任命保罗·布莱默和罗伯特·奥克莉为协调员来提高反恐协调工作的地位和透明度，但是两个在国务院外事局中拥有高等职位的高级职业大使继续被区域局所主导，对区域局而言，恐怖主义不是第一关心的问题。
舒尔茨之后的国务卿在这个问题上表现出较少的个人兴趣。只有克林顿总统的第一个国务卿沃伦·克里斯托弗计划将恐怖主义事务合并入一个新成立的、也负责处理麻醉品和犯罪的机构，但遭到国会的阻止。马德琳·奥尔布赖特时的协调员告诉调查委员会，他的工作在国务院里被认为是微不足道的。虽然他的地位受到争议，并且国务卿奥尔布赖特强烈支持1998年8月对本·拉丹的打击，在“9·11”事件之前，国务院在反恐事务中发挥的作用经常是属于警戒性的。这现实地反映了反恐的首要任务只是美国政府更宽泛的对外政策目标中的一环。
不应该忘记的是，国务院在世界各地的领事官员们都不断地受到恐怖主义问题的挑战，因为他们负责处理去美国的旅行签证。当发现奥马尔·阿布戴尔·拉赫曼，即盲人谢克来去自由之后，国务院对其监视人员名单和签证办理程序政策进行了重大的改革。1993年，国会通过立法允许国务院保留签证手续费，用于边界安全建设；后来国务院使用这些费用来将恐怖分子的监视人员名单全部自动化。在20世纪90年代后期，国务院还建立了一个世界范围的、实时的关于签证、执法和监视表信息以及“9·11”事件之后的边界筛选系统的重心的电子数据库。但是，正如后边所见，该系统仍然有许多漏洞。
国防部
在联邦机构中，国防部规模庞大。国防部是一个帝国，它每年的预算超过俄罗斯的国内生产总值。国防部是半民用、半军事化的。国防部负责民用部分的部长在总统的领导下有最终的控制权。在统一的军用部分中，最高级别的官员是参谋长联席会议主席，他得到了联合参谋部的支持。联合参谋部又可分为——J—2（负责情报）、J—3（负责行动）等部分。
因为各个部门的使命不同，需要和要求其集中精力做的工作也就不同，又因为各个部门有着自己漫长而骄傲的历史传统，陆军、海军、空军、海军陆战队经常对自己在战斗中的作用和任务、对经费预算和领导职位存在激烈的争斗。但是两方面的进展减弱了这种竞争。
第一方面的进展是1986年国会通过，其中规定晋升到高一级的军职要求有一定期限的不同部门经历或者联合指挥部任职（如复合服务）。该法案起到了立竿见影的作用，减弱了高级军官对其各自服务部门的忠诚，并促使他们对各个军事部门作为一个整体来通盘考虑。但是，这也削弱了提供给总统的军事建议和军事行动的多样性。金水——尼古法案被一些人作为在联邦机构的其他部门中，尤其是在执法机构和情报部门中作为减弱竞争、增强合作的范例而得到应用。
第二方面相关的进展是，计划和指挥责任从情报部门的长官和工作人员向华盛顿以外的联合指挥部发生重大转移，尤其是那些战略部队和在以下4个地区的部队指挥部：欧洲、太平洋、中部和南部。这些指挥部的职位成了雄心勃勃的军官们的荣誉任职，以上5个指挥部司令员的意见与那些情报部门领导的意见具有同样的影响力。
第三章 反恐怖主义的发展国务院和国防部内的适应与不适应（2）
反恐怖主义
五角大楼最初关注恐怖主义是20世纪70年代发生的人质事件的结果。在1976年6月，巴勒斯坦恐怖主义者劫持了一架法国飞机并在乌干达的南部城市恩德培着陆，劫持105位以色列人和其他犹太人作为人质。一支以色列特遣队突击了该架飞机，杀死了所有的恐怖主义者，营救了除1人以外的所有人质。1977年10月，原联邦德国的一支特遣队以相类似的方法处理了停在索马里首都摩加迪沙停机坪的一架德国汉莎航空公司的飞机：每个恐怖分子都被击毙，所有人质安全返回。白宫、国会议员以及新闻媒体质问五角大楼，是否作好了采取类似行动的准备？五角大楼的回答是：还没有做好准备。陆军立即着手创建三角洲特遣队，其中的一个任务是营救人质。
对三角洲特遣队的第一次考验结果并不理想。1980年4月，在伊朗人质危机期间，当海军直升机载着海军陆战队飞行员飞到一个命名为“沙漠一号”的地方，即离伊朗首都德黑兰东南约200英里的地方，与载着三角洲特遣队队员和新鲜燃料的空军飞机集合。并不大的沙漠风暴却摧毁了3架直升机，于是，指挥官命令取消该次任务。但是，地面的恶劣天气导致损失了8架飞机、5个飞行员及3个海军陆战队队员。该次行动的失败被人们纪念为“沙漠一号”行动，给武装部队成员留下了深刻的印象。这也促成了后来通过金水—尼古通道法案。
1983年黎巴嫩真主党在首都贝鲁特对海军陆战队进行大屠杀。里根总统下令迅速从黎巴嫩撤回美国军队——这次撤军后来被“圣战分子”常常引为美国软弱的证据。经过详细的调查制定的一系列新程序成为驻外军队的日常生活规则。这些规则包括许多防御性措施，包括不但要提防陌生汽车、卡车，而且要当心头顶的不明飞机。“武力保护”成为当时对国防部的重要呼声。
10年后，军事基地的另一次经历引起了人们对“沙漠一号”行动与贝鲁特撤军的反思。老布什总统授权动用美国军事力量保证对饱受战争摧残的索马里进行人道主义援助。种族间的派系斗争干扰了援助任务的完成。直到1993年秋季，美国指挥官推断，主要的干扰因素是一个名叫穆罕默德·法雷·埃迪德的军阀。为了抓捕穆罕默德，一支特遣队对摩加迪沙发动了突击。在长夜作战中，两架黑鹰直升机被击落，73名美军士兵受伤，18人被杀害，全世界电视屏幕上播放了欢快的索马里人在大街上拉拖着美国士兵的尸体的场面。在国会的压力下，克林顿总统下令从索马里撤军。“黑鹰坠落”和“沙漠一号”成为美国军队中的一个象征，成为一个暗号性术语，意指没有充分准备、没有压倒一切的兵力和明确的任务而滥用军队的风险。
在1995~1996年间，国防部开始研究如何处理可能发生的有关大规模杀伤性武器的国内恐怖主义事件。1997年开始讨论设立本土防卫国内指挥部，1999年联合参谋部又提出建立国内统一指挥部的新想法。但是，国会否决了这个提议。相反，国防部在弗吉尼亚诺福克建立了联合部队司令部，由其负责对国内的突发事件作出军事反应，不管是自然的还是人为的突发事件。
根据南·鲁格·多米迪奇本土预备方案，国防部1997年开始在全国最大的120个城市培训第一批突发事件反应者。作为培训的关键部分，国防部建立了国家防卫大规模杀伤性武器民间支持队