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崇祯看毕，批道：“朕屡旨起废，务秉虚公，酌量议用，有何‘方隅未化’、‘正气未伸’？这所奏不当。各处书院，不许倡言创复，以滋纷扰。王守履混乱朝仪，业经薄罚，岂容荐举市私？该部知道。”
这旨意一出。御史杨维垣，原是魏党漏网。见魏、崔势败，反上本攻他，希图脱卸，心里却刻刻与东林为仇。乃又出一本，道“词臣持论甚谬”，极力辩折。倪元璐只得又上一本，“为微臣平心入告，台臣我见未除，谨再疏申明，以祈圣鉴以质公论事”。本上道：
臣世界已清一疏，原为台臣杨维垣而发也。特以意存微讽，语似含糊，致蒙皇上责臣以不当。臣方惕息省愆，措躬天地。乃接邸报，见维垣有“词臣持论甚谬”一疏，辩折臣言甚力。则臣请先明前疏之意，而后及维垣之所折臣者可乎。维垣去乘皇上之明断，继杨所修后而亦纠罪枢，又改鹾差而佐察，荷皇上之重任。乃其入告诸疏，则深讶其不能仰副圣心，其若与皇上相反然者。皇上之谕，一则曰分别门户，已非治徵；一则曰化异为同；一则曰天下为公。而维垣之言则曰，孙党，赵党，熊党，邹党。皇上之于韩，文震孟，曰清忠有执，曰已着起用。而维垣于二人，曰非贤，曰不简。是皇上于方隅无不化而维垣实有未化；皇上于正气无不伸，而维垣实有未伸。皇上事事虚公，而维坦言言我见。据维垣折臣盛称东林，盖以东林之尊李三才而护熊廷弼也。抑知东林中有首参魏忠贤二十四罪之杨涟，及提问崔呈秀欲追赃拟戍之高攀龙乎？且当时之议，其于三才也，特推其挥霍之略，而未尝不指之为贪；于廷弼也，特未即西市之诛，而未尝不坐之以辟，则犹未为失论失刑也。若以今日言之，以忠贤之穷凶极恶，积赃无算，而维垣犹且尊称之曰“厂臣公”、“厂臣不爱钱”、“厂臣为国为民”，而何况李三才？以五虎、五彪之结交近侍，律当处斩，法司奉有严词，初议止于削夺，岂不亦骄儿护之？而维垣身系言官，不闻驳正，又何尤于昔人之护廷弼者乎？维垣又折臣盛称韩。夫舍昭然抵触逆及抗疏撄祸之迹，而加以说情罔利莫须有之言。即如廷弼一事，特票免一枭，未尝欲赦而用之也。至廷弼行贿之说，自是逆借此为杨、左诸人追赃地耳。逆初拟用移宫一案，杀杨、左诸人，及狱上，而以为难于坐赃，于是再传覆审，改为封疆之案。派赃毒比，此天下所共知者，维垣奈何尚守是说乎？至不附红丸与孙慎行君子之说，臣言原非矛盾。盖慎行清望，较与王之不同，议论深刻，亦不失《春秋》书赵盾之法。夫董狐不为卖直，赵盾亦未尝贬贤，而奈何以臣言为谬也？维垣又折臣盛称文震孟。夫震孟，臣不更论。即如王纪，清正著称，臣不知其与冤死之周朝瑞、冤戍之惠世扬踪迹何如，而但知纪以参沈忤而谴斥。震孟则以荐王纪而降削，均为得罪于逆者也。至以破帽策驴，傲蟒驰驿，此说何可全非？维垣试观数年来，破帽策驴之辈，较之超阶躐级之俦，孰为荣辱？不特此也，宫保蟒玉之刘诏，何如桎梏械絷之耿如杞？自此义不明，而于是畏破帽策驴者，遂相率而为颂德生祠；而希蟒玉驰驿者，遂呼“义父”呼“九千岁”而不顾，可胜叹哉！维垣又折臣盛称邹元标。夫元标之似为两截人者，以其前峭直后宽和耳。若诋之为要钱多藏，则又是厂臣不爱钱之一转语。臣虽斩首穴胸，不敢奉命也。且逆之所以驱讲学诸人而拆毁书院者，其意正以钳学士大夫之口，而恣其无所不为之心。自元标以伪学见驱，而逆遂以真儒自命，学宫之席，俨然揖宣圣为平交。使讲学诸公而在，岂遂至此哉？维垣又极力洗发臣“矫激假借”四字。夫臣之为此言，正为人之诋真狂狷为假名义者发也。当魏、崔之世，人皆任真率性为颂德生祠，使有一人矫激假借而不颂不祠，岂不犹赖此人哉？而非谓臣之有取于假，及东林贤者之于名义尽假也。东林已故衣被难诸贤，自邹元标、王纪、高攀龙、杨涟之外，又如顾宪成、冯从吾、陈大绶、周顺昌、魏大中、周起元、周宗建等之为真理学、真气节、真清标、真吏治，戍遣如赵南星之真骨力、真担当。其余被废诸臣，臣不敢疏名以冒荐举之迹，而其间之为真名贤、真豪杰者，多有其人。凡兹存没不同，并以真著，岂有所矫激假借而然哉？乃若维垣之持论，臣心所未安者，更有之。维垣以为，真小人待其贯满，可攻而去之。必待小人之贯满而已，不知坏天下多少世界，杀天下多少正人，虽攻而去之，不亦晚呼？即如魏、崔之满贯久矣，使不遇圣明御极，亦谁有能攻而去之者乎？维垣到底以无可奈何之时，为颂德生祠解嘲，而臣以为大不然也。假令崔呈秀一人舞蹈称臣于逆，其余诸臣便亦以为不可异同，而尽舞蹈称臣呼？又令逆以兵劫诸臣使从叛逆，而诸臣便亦畏而从之，以为适值无可奈何之时乎？维垣又言，今日之忠直，不当以崔、魏为对案。而臣谓，正当以崔、魏为对案也。夫人意见不同，议论偶异，总不足以定贞邪。如宋臣苏轼之与程颐交诋为邪，而两人并自千古。我朝大礼之争论者，亦两贤之。而惟品节，大闲一失，遂分霄壤。夫品节，至崔、魏而定矣。故有东林之人，为崔、魏所恨其抵触，畏其才望，而必欲杀之逐之者，此正人也；有攻东林之人，虽为崔、魏之所借，而劲节不阿，或逐或远者，此亦正人也。以崔、魏定邪正，譬之以镜别妍媸。维垣不取案于此，将安不东不西、半补半下之间，又即维垣所称乡愿之属乎？总之，东林之取憎于逆独深，受祸独酷。在今日当曲原其高明之概，不当毛举其纤寸之瑕，而揭揭焉，徒予逆以首功，反代逆而分谤。斯亦不善立论者矣。
这本一上，崇祯明明晓得杨维垣是逆党漏网，倪元璐是东林正人，本上且未明白揭出，但批道：“朕总揽人才，一秉虚公，诸臣亦宜消融意见，不得互相诋詈。至于宣众郁、集群议，惟在起废一节。已下所司，着铨臣皆仍访确具奏。”从此朝里公论大明翻尽积案。正人君子一连几本，其中备说杨涟之死，只为上本劾魏忠贤二十四大罪；缪昌期之死，只为代杨涟删润本稿；万为劾魏忠贤；李应升为申救万及阻忠贤陵工叙功；魏大中是不肯与他通宗作侄；周顺昌是为魏大中寄子；左光斗、袁化中、周朝瑞都为不肯附逆反行抵触；高攀龙为劾崔呈秀，要问他充军；夏之令是为奸细傅孟春事，与忠贤相忤；苏继欧因曾送饭与杨涟，又与崔呈秀有隙；周起元为与织造太监争论同知杨姜，因而波及黄尊素。这受害各官，俱系锄奸报国，无辜屈死，并无赃罪，委实可怜。崇祯皇帝不觉恻然动心。暗想移宫一事，也是臣子防微苦心。况二十四罪，款款切中逆，竟被惨刑炙死，家业破尽。高攀龙死以执法，尚念念不忘朝廷。其余都以触珰被害，今等伏罪，诸臣不加赠谥，何以激劝将来？传谕吏部道：
朕承祖宗鸿基，嗣位大宝。早夜思维，沉精合理。稔知巨恶魏忠贤等，窃先帝之宠灵，擅朝廷之威福，密结群奸，矫诬善类，稍有触忌，肆行惨杀。年来，诬蔑不知几许，削夺不知几许，幽圄蔽日，沉累弥天。冤抑无伸，上下玄象，以致星陨地裂，岁兵连，不可谓非逆辈所致也。今魏忠贤、崔呈秀天刑已殛，臣民之愤稍舒。而诏狱游魂犹郁，岂所以昭朕维新之治乎！着该部院并九卿科道，将已前斥害诸臣，从公酌议，采择官评，有非法禁死情最可悯者，应褒赠即与褒赠，应荫恤即与荫恤；其削夺牵连者，应复官即与复官，应起用即与起用；有身故捏赃难结，家属波累犹羁者，应开释即与开释，勿致久淹，副朕好生之意。呜呼！天网恢恢，无奸不破；王道荡荡，有侧宜平。朕兹宽结解郁，咸与昭苏，偕之正直。以后诸臣大家以国事为重，毋寻玄黄之角，体朕平明之治。钦此。
圣谕一下，众官会议具奏，随将原任都察院左都御史高攀龙，赠太子少保、兵部尚书，谥忠宪；原任都察院左副都御史杨涟，赠太子少保、兵部尚书，谥忠烈；原任都察院左佥都御史左光斗，赠右副都御史；原任应天巡抚右佥都御史周起元，赠兵部左侍郎；原任工部屯田司郎中万，赠光禄寺卿；原任翰林院右谕德缪昌期，赠詹事府正詹事；原任吏科都给事魏大中、原任吏部文选司员外郎周顺昌、原任吏部考功司郎中苏继欧，并赠太常寺卿；原任福建道御史周宗建、原任福建道御史李应升、原任山东道御黄尊素、原任太仆寺少卿周朝瑞、原任河南道御史袁化中、原任陕西按察司副使顾大章、原任山西道御史吴裕中、原任四川道御史夏之令、原任扬州府知府刘铎，并赠太仆寺卿；原任翰林院简讨丁乾学，赠侍读学士；原任后军都督府经历张汶，赠刑部员外郎。以上各官具荫一子入监读书。圣旨批准发下。不一日，奉旨又将杨涟已追在官赃银三百两，给杨涟母赡养。忠魂一一得雪，海内人人瞻仰。有诗为证：
死忠自了为臣事，岂恋褒封纸一张。
遭遇圣明颂异数，展然含笑在泉壤。
此是崇祯元年事。二年四月，倪元璐已蒙圣旨，升翰林院侍讲。为《三朝要典》，又上一本，“公议自存，私书当毁，敬陈肤见，以襄荡平之治事”。本上道：
臣观梃击、红丸、移宫之三议，哄于清流，而《三朝要典》之一书，成于逆竖。其议不可不兼行，而其书不可不速退。盖主梃击者，力护东宫，争梃击者，计安神祖；主红丸者，仗义之言，争红丸者，原心之语；主移宫之者，弭变于几先，争移宫者，持平于事后：六者各有其是，未可偏非。总在逆未用之先，群小未升之日，虽甚水火，不害埙篪。此一局也。既而杨涟二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆杀人则借三案，群小求富贵则又借三案，经此二借，而三案之面目全非。故凡推慈归孝于先皇，犹夫颂德称功于义父。又一局也。网已密而犹疑有遗鳞，势极重而或忧其翻局，于是崔、魏两奸，乃始创立私编，标题“要典”。以之批根，今日则众正之党碑；以之免死，他年即上公之铁券。又一局也。由此而观，三案者，天下之公议；《要典》者，魏氏之私书。三案自三案，《要典》自《要典》。翻即纷嚣，改亦多事。如臣所见，惟有毁之而已。夫以阉竖之权，而屈役史臣之笔，亘古未闻，当毁一。未易代而有编年，不直书而加论断，若云彷佛明伦规模大典，则是魏忠贤欲与肃皇帝争圣，崔呈秀可与张孚敬比贤。悖逆非伦，当毁二。矫诬先帝，伪撰宸篇，既不可比司马光《资治通鉴》之书，亦不得援宋神宗手制序文为例。假窃诬妄，当毁三。又况史局将开，馆抄具备。七载非难稽之世，实录有本等之书。何事留比骈枝，供人唾骂？当毁四。逆之遗迹一日不湮，则公正之愤心千年不释也。伏乞敕下该部，立将《三朝要典》锓存书板，尽行焚毁。仍命阁臣择期开馆纂修天启七年�