李贤被废的第二天，二十五岁的李显被立为太子，改元永隆。从草拟废太子诏来看，婉儿已经毫无疑问地成为武则天的心腹，是一个兢兢业业地忠于上司的得力秘书。
四年后，随着中宗李显第一次登基并被废，武则天开始正式走上前台，上官婉儿的武则天心腹地位更为牢固。随着武则天的权力越来越公开，婉儿的能量也越来越大。
永昌二年，武则天正式成为女皇，26岁的上官婉儿仍然稳居武则天首席秘书之职。据史书记载，尤其到万岁通天年（公元696）之后，上官婉儿“内掌诏命”“群臣奏议及天下事皆与之”——政制、诏书、祭拜祝词、官员任免令等等，皆出自她的手笔，百官上奏的表章她也都加以批阅参议。天下大事虽由武则天决断，背后却都有她的一份参与。上官婉儿的地位越来越显微妙，武则天对她的信任和倚靠程度，远非一般大臣乃至亲生儿女所能相比。
随着时间和地位的变迁，上官婉儿的野心和权力欲望肯定也日渐旺盛。只是武则天手腕利害，并没有给这位第一秘书什么实权。婉儿也从来不是什么“巾帼首相”，武则天自有她的首相群臣。武则天甚至没有为婉儿安排过终身大事，只是任由她的年华在公文政争中迅速消逝。如果一定要猜测，这也许是因为宫廷向无先例，也不排除武则天要避免熟知内幕的上官秘书“女生外向”，向丈夫泄露天机、营造家族关系网的可能。当然，冰雪聪明的婉儿也并不愿意离开宫廷。总之，她实际上只是武则天可靠的助手、顺从的亲信，一个全天候待命的贴身秘书。
然而，上官婉儿的年龄一天天增长，她每天在女皇的身边，耳闻目睹尽是武则天和诸公主广纳面首的放纵，她不可能没有男女之情。于是一个传说又应运而生。传说发生的时间大约在公元695年以后。本年二月，武则天的男宠薛怀义失宠被杀，太平公主将自己的男宠张昌宗送给母亲解闷。从此，张昌宗张易之兄弟就成为武则天最心爱的侍寝男宠，每天都跟随在女皇的身边，自然也就与女皇的秘书上官婉儿天天见面。张昌宗是个男宠，但并不是绣花枕头。他出身名门精通音律，容貌俊美也工于心计。对于现在的人来说，张六郎昌宗远远不如他的五哥张易之出名。但是在则天一朝的宫廷中，张昌宗才是最出色的美男。
武则天和所有的帝王一样都追求长生登仙之术，她很羡慕传说中的周灵王太子姬晋（即王子乔），这位王子乔传说擅吹笙作凤鸣，后随浮丘公登仙而去，成仙后还乘白鹤现于缑山，人称“升仙太子”。武则天曾经为这位升仙太子题写过碑文。——于是马屁应运而生。武三思想讨姑妈的欢心，便将她最羡慕和最心爱的人扯到一起，说：“我以为六郎之美，已非凡世所能有，他一定是王子乔转世。”武则天很欢迎这个比喻，下令造鹤麾并制木鹤，将张昌宗打扮成她心目中的王子乔模样，果然仿若神仙中人。后来宫中游宴赏莲，马屁又诵道：“六郎似莲花。”谁知高手还在后面，宰相杨再思的发言更胜一筹：“非也，正谓莲花似六郎。”虽是马屁，但也足以证明张昌宗的美色非同凡响，始能先动太平公主，再动武则天，又在传说中被选为打动上官婉儿的人物，绝非张易之可比。却不知为何如今的影视作品中张易之反倒成了美男代表。但是再怎样的美男，再怎样的才女，对于武则天来说，实质不过是玩物奴婢而已。大概就是这样的情形下，同病相怜的张昌宗和上官婉儿之间产生了爱情。——这时的上官婉儿至少也该有三十二岁了，张昌宗则可能在二十岁上下。
私情很快就被武则天发现，她不舍得处置张昌宗，于是上官婉儿就成为发泄的目标，虽然逃过一死，仍然被处以黥刑：在面上刺青。在传说中，婉儿请求行刑人以朱色刺纹，从此她的额上有了一朵朱红的梅花，反而平添几分风姿。实际上，婉儿和行刑人既不可能、也不敢在武则天的面前做这样偷天换日的勾当。刺青应该还是被不折不扣地施行了的。不过梅花妆也确实是她的发明——这是以金银箔制成梅花贴面额的妆法，倒很有可能是她成为中宗嫔妃后为遮掩刺青的发明。另一项与黥刑有关的发明则是发型。为了遮挡疤痕，上官婉儿创造了一种卷曲的发髻，号“上官髻”——事实上，史书上并没有详细记载上官婉儿被施黥刑的真正原因。野史中除了张昌宗之外，另一种说法则与武则天的第一任男宠薛怀义有关。
据说薛怀义失宠后前去求见武则天，上官婉儿知其失宠而不予通报。怒火中烧的薛怀义便一把火烧掉了奢华的明堂。武则天追究根由，便给了上官婉儿黥面之罚。若照此算来，婉儿受刑时的年龄当在三十岁之前。婉儿被处黥刑的同时，武周王朝的内部就继承人的问题也风起云涌。最后，在各方势力的角逐、国内外现实的逼迫、以及重臣狄仁杰的劝说下，武则天做出决定：接回废帝李显，重新立为皇储。
公元698年的三月九日，武则天秘密派人前往房州，将李显接回了长安城。韦氏陪着丈夫在生死边缘上苦苦支撑了十四年，终于盼到了带来喜讯的密使，其惊喜可想而知。三月十八日，李显返回洛阳。这一天，武则天仿佛不经意地对她的国老狄仁杰开起了玩笑：“还汝太子。”随后，李显就象变戏法一样被召上殿来，并随即复立为太子。李显复立太子时，婉儿应该已经开始与她最重要的情人武三思暗渡陈仓了。三年前武则天着手修订《周史》，派侄儿武三思负责，上官婉儿也参与其中。这虽不是他们最早的接触，至少也是则天朝两人接触最频繁、来往机会最多的时候。
做为武则天的秘书，当狄仁杰老泪纵横、李显神情恍惚的时刻，站在不远处的婉儿又该在想些什么？是叹息她的情人家族失去了一个问鼎天下的大好机会，还是开始计划吸引李显的目光？同样的，这时的韦氏又该在想些什么？十四年的流放经历，看来既教会了她隐忍，却也使得她的权力欲望被不情愿地压抑，酝酿越久发酵得就更更强烈。
武则天虽然复立了自己的儿子为皇储，但仍然坚持要尽可能地维护武氏家族的利益。当李显一家返回长安后不久，她就做主为李武两家进行了一系列的联姻。李显的女儿永泰郡主李仙蕙嫁给了魏王武承嗣的儿子武延基，李显和韦氏的嫡幼女安乐公主李裹儿则嫁给了武三思的儿子武崇训。对于这两桩联姻，武氏兄弟和李显韦氏夫妻都毫无异议地执行了。对于他们来说，这是所能想得到的最好的化解办法。看起来两家曾经的嫌隙也确实日渐修复，联姻尤其使得年青人之间的关系变得非常要好。
然而谁也没有想到，联姻缔结不久，灾难降临了。大足元年（公元701）年，一个晴天霹雳砸得武李两家天旋地转：嫡皇孙李重润和他的妹妹永泰郡主、妹夫魏王武延基因私下非议张易之兄弟，谤及武皇，被祖母武则天杖毙。当然，武延基的父亲武承嗣比李重润的父亲李显还是好命一点，他早死了几年，没有亲身经历这场丧子惨祸。
武延基之死对武氏家族的震撼不必多说，对于李显和韦氏，打击更为深重。李显虽然有四个儿子，但唯有李重润才是韦氏亲生，他这年才十九岁，尚未成婚更没有儿女，他的死对韦氏来说简直是灭顶之灾，她从此失去了靠亲生儿子做太后的指望，对于渴望权力尊贵的韦氏，这打击是致命的。而这也成了韦氏日后渴望立爱女安乐公主为“皇太女”的重要原因、更成为日后李显放纵韦氏安乐以致死于非命的导火索。
武则天在这场惨剧中，毫不犹豫地偏向自己的男宠、打击自己的血亲武李二氏，这件事也成为武李两家的一个噩梦，他们都害怕步李重润武延基的后尘，死在二张的手里。利害面前没有永久的朋友，也没有永久的敌人。李武二氏尽快地冰释了前嫌，张氏兄弟成为他们共同的敌人。
上官婉儿的女皇秘书生涯，就在这样的血腥和色欲中一直持续到公元705年。
神龙元年（公元705），八十二岁的武则天终于病倒了。每个人都很清楚，一但武则天咽气，二张的死期也就到了。于是奇怪的事情发生了：女皇在长生院养病，却拒绝接见宰相群臣和家人，只有二张能够随侍在她的身边。一时间人心惶惶，所有的人都在传说二张有谋反之心，或说女皇将有传位二张的遗诏。
终于，大臣和李武二氏再也按捺不住了。正月十二日，宰相张柬之等五大臣强拥李显发动政变，冲入玄武门，斩杀了张易之张昌宗兄弟。随后，太平公主亲自去见母亲，请出了必须的手续：“传位敕书”。五天后，李显理直气壮地重新登上了他阔别二十一年的皇帝宝座，退位的武则天黯然离开皇宫正殿，避居上阳宫，被儿子封为“则天大顺皇帝”。二月初四，李显恢复了大唐的国号，将旗色由红改为黄，洛阳降为陪都，长安仍为京城。至此，十五年的武周王朝宣告终结。
李显重登皇位，对于韦氏来说是一个莫大的好消息。果然，就在恢复国号的当月，韦氏被册为皇后，她的父亲韦玄贞当年欲为宰相不可得，如今却一跃被追封为上洛郡王。重登后位的韦氏所做的第一件事，就是为冤死的儿子报仇。她向李显控诉庶出的次子李重福，说不知是他妒嫉嫡兄的地位蓄意陷害，还是年幼无知口无遮掩，总之，向张易之兄弟泄露家中私议内容的人就是李重福。韦氏封后的第三天，眼看就要被立为太子的李重福被贬出京城，外放为濮州员外刺史，不久又转为均州刺史，而且还规定不得过问地方实事。第二年四月，庶出的皇三子重俊被立为太子。由于韦氏后来谋逆，因此关于李重福被贬的原由，正史上都说是“韦庶人所谮”，好象韦氏这时就已经计划立安乐公主为“皇太女”图谋天下似的。事实上，李重福如此迅速地被处理，朝廷内外、李武二氏上下都没有任何异议，足以说明此事绝非空穴来风。
李重福在此后的所作所为，也证明他不是什么清白无辜之人。景龙三年，当中宗再一次拒绝李重福进京的要求之后，他就开始暗中和一些被贬放有怨气的官员互相结纳；听说叔父李旦继承帝位之后，他更正式开始了谋夺帝位的行动。结果事败自杀，年三十一岁。睿宗李旦在赐葬李重福的诏书中，仍然念念不忘地提起他当年谗杀兄长的往事，说他“幼则凶顽”。虽有自家的政治目的在内，但也足证李重福勾结张易之兄弟谋杀嫡兄，已经是举朝公认的事实。贬放李重福之后，中宗和韦皇后追谥死去的儿子李重润为“懿德皇太子”，陪葬乾陵。由于李重润生前未曾正式婚配，韦氏还四处访察，选聘国子监丞裴粹夭折的女儿为“太子妃”，举行冥婚仪式，将二人尸骨合葬在一起。现代的考古发掘也证明了这段冥世姻缘确有其事。
神龙元年十一月，一代女皇武则天去世。大约就在这个时候，上官婉儿正式进入了中宗李显的后宫，成为李显的婕妤，官秩三品。不久又进拜为九嫔之一的昭容，代中宗掌诏命——在此之前，婉儿虽然也有批阅百官奏章和掌诏命的权力，名份上却仍然只能算是女皇的近侍，直到此时，她才真正进入后宫主人的行列。婉儿与李显的缘份是什么时候开始的？一般都认为，性情温顺的李显早已仰慕婉儿的才名，复立为储君之后，李显又在女儿安乐公主与武崇训的婚宴上再次领略了婉儿的聪慧与高贵气质，就更是心驰神往，婉儿心领神会眉目传情，从此种下缘份。这当然也是很说得过去的。但是往深里想，李显并不光是因为容貌才华或可能有过的露水姻缘就对婉儿如此倾倒的。
婉儿侍奉武则天多年，对朝堂上下的幕了如指掌，对于撰写各种官样文书极其熟练，缺乏政治经验的李显也离不开她，极有必要让婉儿继续充当高级秘书。还有一个令人关注的焦点，就是太平公主当日从长生院武则天处“请”得的那封女皇退位予太子李显的诏书。太平公主和上官婉儿多年以来几乎是武则天身边的左右手，私交深厚，利益也紧密联系；何况武则天的诏书一向都出自婉儿的手笔。因此，那封女皇退位诏极有可能也是由上官婉儿草拟的。李显为感激妹妹“请诏”之功，加封太平为镇国公主、封邑共五千户；那么，论功行赏之下，婉儿也足当宠妃之封。
以婉儿的聪慧，她立即就明白了韦皇后对中宗的影响力到底有多大，于是在笼络李显的同时，她不遗余力地奉迎韦氏。最著名的事例，就是她将自己的情人武三思也引荐给了韦氏。在婉儿的努力下，武氏家族又焕然一新。婉儿身为李显宠妃却偏帮武氏韦后，这样的情形使她的表弟王昱非常焦急，他对婉儿的母亲郑氏进言，认为长此以往必将给上官氏带来灭族之祸。婉儿却根本听不进去。
有人说，婉儿所做的这一切，都是因为她与武三思有情。实际上，以婉儿的才智，很难想象她会单纯因为某个男人就做出所有的这些事情、冒如此政治风险。即以男女关系而言，前提也须得两人之间有可吸引处。从这个角度来解释，就顺利得多了：婉儿多年随从武则天，对女皇死心塌地，女皇的许多政见举措都有她的一份参与；而武三思做为武氏利益的一个代表人物，与婉儿肯定有相通的观念和共同的利益。因此他们才可能发展得了关系。正是为了利益，婉儿才会乐于将情夫转送别人。
至于韦氏，肯与武三思私通并协助他的理由也很简单，除了武三思的“魅力”和婉儿的影响力，还因为她最心爱的女儿李裹儿——嫁给了武三思的儿子。当然最直接的理由就是韦氏自己的欲望使然。她希望自己也能够象当年的武则天那样操纵皇帝和朝政，乃至于登上为所欲为的女皇宝座。为了这个远大的目标，韦氏不但不愿意打压武则天的家族，甚至还要继续大力褒扬武氏压制李氏。盖因今日的武家即明日的韦家。何况在打击李家这一点上，韦武是目标一致的战友。既