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安西四镇从前被吐蕃占据，朝臣甚至上表请求女皇放弃收复的念头。武则天坚持一定要收回。本年十月，战事终于也传来了好消息：武威军总管王孝杰击败吐蕃军，收复了龟兹、于阗、疏勒、碎叶四镇，重置安西都护府于龟兹。
女皇虽然坚持不肯立武承嗣为太子，但对这个侄儿仍然宠爱备至。与此同时，她也开始犯所有皇帝共同的毛病：对自己的法定继承人满腹疑心。她也不再给太子李旦出头露面的机会，长寿二年的正月，明堂大典上承担亚献、终献之职的，居然不是太子李旦和皇孙李成器，而是武承嗣与武三思。尚方监裴匪躬、左卫大将军阿史那元庆、白涧府果毅薛大信、监门卫大将军范云仙私自前去拜见李旦，武则天也认为事情可疑，将几人都一古脑儿杀了。吓得朝臣再也没有谁敢私下去见那位皇嗣。
这使诸武又感到易储有望了，对李旦的攻击变得疯狂起来。武则天的侍婢团儿想勾引李旦，却被害怕上当的李旦敬谢不敏。碰了一鼻子灰的团儿恼羞成怒，在武三思的指使下诬陷李旦嫡妃刘氏、德妃窦氏私行厌胜术诅咒女皇。刘氏窦氏某天去嘉豫殿朝见女皇，就再也没有回来，而且连尸骨都再没被找回来。李旦眨眼间失去了一双妻妾，却只能忍气吞气，在母亲面前装做什么事都没发生的样子。除掉了情敌的团儿见李旦还是不理睬自己，干脆打算继续对李旦下刀。幸亏侍女中有知情者举报，女皇诛杀了团儿，李旦才逃过一劫。
但是事情还没有完。女皇知道错杀了儿媳，对儿子更有戒心。为防刘氏窦氏的儿子们，她又将李旦的几个儿子统统降封为郡王。这一系列的事情使某些人又蠢蠢欲动起来。很快就有人告发说太子意欲谋反。这案子被交到了来俊臣的手里，一通大刑之后，东宫侍者都忍受不住屈打成招了。正当李旦一家将要死于非命的时候，东宫中一个寻常的仆人安金藏却慷慨陈辞：“愿剖心证明皇嗣不反！”说完就狠狠地剖开自己的胸口，顿时五脏迸出、鲜血四溅。
由于事涉自己最后一个儿子，武则天暗中派人在审讯地附近打听消息。听说此事后为之色变，立即命人为安金藏医治。经过一夜，苏醒过来的安金藏看见女皇，立即又为李旦鸣冤。武则天也不禁为安金藏的忠心所打动，自责道：“吾有子不能自明，不如汝之忠也。”对于安金藏的救命之恩，李旦一直念念不忘。唐玄宗即位后，升安金藏为右骁卫将军、代国公。死后追赠兵部尚书，其子封庐州长史。
除此之外，武周王朝的内外政务在这段时间看起来还是颇如人愿的。公元695年，王孝杰击败吐蕃及突厥，韩思忠击败泥熟俟斤。突厥默啜在表面上也态度谦恭，主动请降后甚至求做女皇义子，又为女儿请婚，归还了从前的河西降户，并帅部讨伐叛乱的契丹松漠都督李尽忠、归诚州刺史孙万荣（两人反后，女皇将他们改名为李尽灭孙万斩才派人出征，看起来实在有点象老太太在闹脾气）。这一次，是默啜除掉了李尽忠，并因此得到了重赏。
然而顺利是短暂的。默啜绝非忠良，他不久就开始变着法儿骚扰边境，成为武周王朝的大患。由于后来王孝忠不幸身亡，很多将领又不能令女皇放心，于是朝中几无可用之将。武则天开始起用诸武领兵。而这个结果是明摆着的，诸武多数是平庸之辈，搞搞鬼花样可以，论真本事却实在见不得人，甚至连薛怀义都比他们强些。自此以后，武周王朝的边境也难就得太平了，甚至闹出了武延秀和亲被退货的事儿来。
就在这时，一件令女皇气恼之极的事情发生：明堂遭焚。制造这起纵火案的，正是薛怀义。
薛怀义并不仅仅是一个男宠，他同时也是武则天称帝的功臣。在武则天代唐称帝前夕，薛怀义和法朗等僧人伪造《大云经》，声称武则天乃是弥勒降世，乃是真正的世间之主，唐室当衰。随后以此经为由头，又在天下各州皆造大云寺，专为此度僧宣讲，为武周王朝大造舆论。所以在武周王朝建立后，薛怀义等人都被封为县公，算在开国功臣里头。此后武则天也大规模崇佛，甚至下令“释教开革命之阶，升于道教之上”。又废除了老子的玄元皇帝称号、罢除了贡举试中《老子》的内容。如此一来，假和尚薛怀义就更为所欲为，甚至公然强逼道观主剃度为僧。
随着时间的推移，薛怀义已经浑然忘却了自己与武则天之间的从属关系，对女皇的指令常置若罔闻，还在民间挑选强壮有力的男子剃度为僧，数量超过千人，引起了武则天的疑心，不但找了新欢沈南璆，还将所有的武僧都流放偏远地区去了。对薛怀义的恩遇也一天不如一天。嫉恨交加的薛怀义为了发泄，便在天册万岁元年（公元695）正月十六日夜晚纵火焚烧了刚刚落成才六年的明堂、天堂。于是“火照城中如昼”，等到十七日清晨的时候，两座巍峨的建筑已经化为灰烬。
对于这场火的真实起因，女皇和大臣们都很清楚，但为了面子，仍然声称是工人不慎失火，火灾后仍然任命薛怀义主持重建工作。既是重建总管，薛怀义又开始频频出入宫廷。而就在同一个时候，女皇与自己最信任的女儿太平公主商议定了除掉薛怀义的计划。据史书记载，二月初四这天，太平公主在宫中挑选了几十个身强力大的壮妇，又让小叔子武攸宁率领了一批壮士埋伏，等薛怀义应召入宫时，壮妇们在太平公主乳母张夫人的统率下一拥而上，将薛怀义捆成了个粽子。薛怀义当然是死定了，不过死法有待商榷。《旧唐书》说他是被张夫人派侍卫缢死的。上文所述则是《新唐书》的记载。关于尸体的处理也有不同解释。在以辇车送回白马寺后便被“焚之以造塔”了。应该是烧化后照规矩给造了座僧塔。
天册万岁元年（公元696）三月，明堂重建完成，更名通天宫。重建后的明堂规模比从前更大，里面还增加了以五十六万七百余斤铜铸造的九座巨鼎。这座宫宇也没能存在很久。六十六年后，明堂毁于唐代宗宝应元年（公元762）十一月，原因仍然是被焚。
除了薛怀义，女皇最著名的男宠莫过于张易之、张昌宗兄弟。张昌宗是太平公主推荐进宫的。张昌宗出身士族，是太宗高宗两朝宰相张行成的族孙，不但白晳秀美，而且精通音律。张昌宗入宫得宠后又以“器用过臣，兼工合炼（… …#）”为由向武则天推荐了自己的哥哥尚乘奉御张易之，从此兄弟俩在女皇所有的男宠中位列前茅。张易之官至麟台监、恆国公，张昌宗官至司仆卿，春官侍郎，封鄴国公，他们死去的父追封襄州刺史，母亲韦氏、臧氏为太夫人。臧氏寡居寂寞，看上了凤阁侍郎李迥秀（初唐名将凉州都督李大亮族孙），女皇也为之牵线，命李迥秀兼职做臧氏的情夫。李迥秀这人做丈夫很差劲，他老婆崔氏管教妾婢，原本是很正常的事情，但是李迥秀那个多心的老娘却听不得，因为她就是个婢女出身。（奇了怪了，难道要崔氏把奴婢们当成长辈来供养么？别说那年头，就是现在也没几个人有这样的思想觉悟）。李迥秀为讨老娘欢心，立马就跟老婆离婚。别人都看不过眼劝他不要这样，他也不管。赶走了儿媳的老太太现在该高兴了吧！在兄弟中，张易之排行第五，张昌宗排行第六。兄弟俩得宠后，马屁声四起。有人说“莲花似六郎”，而宰相杨再思更高杆，道：“乃是莲花似六郎。”
女皇著名的书法作品，当属《升仙太子碑》。升仙太子王子晋，即周灵王太子姬晋，十七岁就去世了。但世人都认为他并非早逝，而是登了天界，传说在他死后三十年，还有人在缑氏山见到他乘鹤仙去。——于是，马屁精们声称张昌宗就是王子晋的后身，专为报女皇知己之情而来。于是女皇就为张氏兄弟设置了控鹤府，以张易之为三品控鹤监，让张昌宗穿羽衣、吹箫、乘木鹤于庭中奏乐，果然也颇似升仙之状。
张氏兄弟虽然几得专宠，但女皇和世上其它的皇帝都一样，不会止满足于此，而且哪怕只是一次床第之欢，她也要将对方挑剔个遍。在这方面最著名的笑谈莫过于宋之问。这位著名诗人长得一表人材，才华出众，认为自己理所应当得到女皇的青睐。可是女皇却一直没有对他表达过这方面的意思。宋之问不甘被冷落，主动写了一首艳诗献给女皇，女皇读后付之一笑，对身边人说：“宋卿哪方面都不错，就是不知道自己有口臭。”宋之问打听明白后后悔不迭，从此经常口含香料，亡羊补牢。男宠数目众多，想当男宠的也数不胜数。很多认为自己有条件的朝臣和世家子弟都竞相自荐。以至于言官担心女皇也和男皇帝一样迷于花丛，疏忽正业。
久视元年（公元700）四月，武则天下令将控鹤府改为奉宸府，诏选美少年居于其中。右补阙原敬则闻声而动，进谏，对这样的进谏，女皇当然不会照办，不过仍然好言相慰原敬则道：“如非爱卿直言，朕不知此。”
然而，随着张氏兄弟宠爱日盛，言官们所不愿看到的“祸水”情形还是发生了。张家在朝中横行一时，路人侧目，就连李武二氏皇族，都不得不对他们陪小心，甚至于亲自牵马执鞭。别说张氏兄弟的要求女皇不会违拗，就连他们的家人都不例外。两人的弟弟张昌仪为洛阳令，收了一个薛姓候选官员的五十两金子，答应为他授个官儿，并将此人的履历交给天官侍郎张锡。张锡把履历给遗失了，便向张昌仪询问此人姓名。张昌仪骂道：“你小子真不懂事，我哪里记得那么多？你忘了他的姓名打什么紧，只消看见是姓薛的就封官好了！”张锡不敢做声，只得照办，回去一翻档案，发现候选的薛姓竟有六十多人，也顾不得了，统统提拔了事。
眼看女皇年纪越来越老，武承嗣武三思易储的念头也越来越急切。然而此后的一系列事情，却使他们最后的计划也泡了汤。首先是狄仁杰。狄仁杰自高宗时开始，就以敢言闻名天下，得到高宗和武皇后的信任。武则天称帝后，他在任豫州刺史时，曾因为民请命得罪了当时的宰相张光辅，被贬为洛州司马。后来女皇发现自己判断有误，又将他调入朝中。对于狄仁杰，女皇非常重用，虽然几度贬谪，最后又都重新起用，皆为宰相之职，成为中国历史上君臣间的一段佳话。
圣历元年（公元698），狄仁杰对女皇说：“姑侄与母子哪个更亲近？陛下立亲生子，则身后能与天皇同入太庙得享祭祀，子孙延绵无穷；立侄子，则世上还从没听说过侄儿做天子为姑父姑母立庙的事情。”武则天已经被这事给弄烦了，答道：“这是朕的家事，爱卿不必参与。”狄仁杰说：“为王者以四海为家，四海之内，皆为帝业臣民，什么都是陛下的家事！君为元首，臣为股肱，况且我身为宰相，怎么可以不过问这样的大事。”武则天听了颇为动心。何况叛乱者屡屡打着匡复皇嗣的牌号造反，也使她疲于应付。不久后她向狄仁杰说：“朕梦见一只大鹦鹉折断了双翅，无法飞翔，当做何解？”狄仁杰回答道：“鹦鹉，代表陛下的武姓，双翅则是陛下的两个儿子。陛下重新起用自己的两个亲生儿子，翅膀即痊愈能飞了。”这个答案正合女皇的心意。张易之兄弟在这方面也起到了相当大的作用。二张知道自己全凭女皇才得出人头地，唯恐女皇先死，自己下场凄凉，便向酷吏吉顼讨主意。吉项便劝说道：“天下士庶未忘唐德，咸复思庐陵王。主上春秋高，大业须有所付；武氏诸王非所属意。公何不从容劝主上立庐陵王以系苍生之望！如此，岂徒免祸，亦可以长保富贵矣。”两人深以为然，立即向女皇进言，吉顼也面见女皇陈词。
公元698年的三月九日，武则天秘密派人去房州接回庐陵王李显一家。三月十八日，李显回到了阔别十四年的洛阳城。李显重新出现，使武承嗣彻底绝望了。八月，他抑郁病死。
武承嗣死后不久，李显被复立为太子，原来的皇嗣李旦改封相王。
（关于吉顼进言之事，外人一直都不知道，即使是李显和李旦也一直被蒙在鼓里。吉顼为人阴毒执法严酷，虽与来俊臣等人不同，却一直也被名列酷吏群中。他曾与武懿宗争执，本来各说各理也没什么，偏偏吉某人身长七尺相貌威武，武懿宗则矮小猥琐，争吵时呈俯视状，场面着实不给女皇长脸，于是被认为藐视武家，贬官外放郁郁而终。他死后很久李旦即位，才偶然知道当年吉顼进言，感激之余下诏道：“故吏部侍郎、同中书门下平章事吉顼，体识宏远，风规久大。尝以经纬之才，允膺匡佐之委。时王命中否，人谋未辑，首陈返政之议，克副祈天之基。永怀遗烈，宁忘厥效。可赠左御史台大夫。”）
重为皇储的李显立即被女皇任命为河北道元帅讨伐突厥。在此之前，由于将士不肯效命，武周王朝对突厥的作战一直没有起色，征兵一个月也往往招不满千人。如今听说高宗的儿子领兵，四方应者如云，不消几天就超过了五万人。双方对阵胜负也随即发生根本转变。从根本上来说，女皇虽然热衷权力，残忍嗜杀，却并不愿意毁掉高宗开拓的帝国疆域。面对诸武领兵无功，李显挂帅即能保土安民的情形，她要做的是天朝大国的皇后、女皇，并将这个大国交给继承者，而不是给后来人一个四分五裂的国家，更不愿做一个被叛乱者劫掠的亡国之君。既然武氏没有人能够接这个担子，她终于只能默认自己费尽心机开创的武周王朝一传而绝了。
做出了决定的女皇接下来最担心的，就是自己死后李氏皇族跟武家秋后算帐。然而对于身后事，她也无能为力，最后只能想出一条多少有些鸵鸟的办法，圣历二年（699年）四月十八日，女皇命太子李显、相王李旦、太平公主及诸武共作誓文，于明堂内向天地宣读并刻成铁卷藏入史馆。除此之外，联姻也成了她的一种选择。在这样的情形下�