共的好名声带到西藏各地，同时中共又避免了管理关押数千战俘的负担。昌都战役后中共停止了军事行动，一方面等待西藏高原不宜作战和行军的冬天过去，一方面看昌都战役的教训是否会说服西藏当局进行谈判，接受中共提出的“祖国统一”之要求。这期间，面对国际社会指责解放军“侵略”西藏，中共在其对外公告中表现出的态度极为轻蔑：
中华人民共和国中央人民政府愿明确宣布：西藏是中国领土不可分割的一部分，西藏问题完全是中国的内部问题。中国人民解放军必须进藏，其使命是解放西藏人民，捍卫中国的边疆。这是中央人民政府坚定不移的政策。
这种使国际社会震惊的傲慢口气；清晰地表明新中国渴望洗刷百年卑躬屈膝的耻辱。西藏所指望的国际社会干涉，对以这种口气说话的政权显然不会收到效果。何况西藏历史上的法律地位，不能给国际干涉提供足够的根据，因而美国和英国在当时都拒绝对西藏提供实质性援助；联合国不愿意讨论关于西藏遭到中国侵略的议案；与西藏唇齿相依的印度也只作口头文章；西藏只剩几千残军守卫昌都通向拉萨的要道，强大的解放军随时可能向拉萨进军，抵抗几乎全无希望。孤立和不堪一击的绝望之感笼罩着旧西藏统治者的心灵。拉萨房价猛跌，甚至以几千大洋就可以买下一栋贵族的私宅。噶厦政府决定把刚刚亲政的达赖喇嘛转移到西藏与锡金的边境，以防中国军队再次重演昌都战役的故伎，以迂回包抄的方式切断他们逃往印度的后路。亚东是喜马拉雅山南麓一处海拔较低、山清水秀的地方。达赖喇嘛一行住在亚东的东噶寺。那是一个很小的寺庙，几年前我去拜访时，里面只有几个年长僧人领着一群出家的儿童。寺庙院里有一只拴在铁链上的猴子，见人就龇牙咧嘴地翻跟头。达赖住过的房间仍然保留当年原样。里面有两张床，那时达赖晚上睡觉还需要他的老师陪同，可想不会有太多的决策能力。噶厦政府也从拉萨转移到亚东办公。亚东的地理位置适于同时进行两手准备：一方面与中共开展议和谈判，观看局势发展；另一方面随时可以跨出边境，流亡印度。现在回头看历史，西藏无论如何不能避免被中国占领，不管是国际社会还是西藏自身，都没有力量阻挡中共军队进藏。虽然如此，西藏被占领的方式却可能不同，而中国以哪一种方式占领西藏，对西藏后来的走向也会有不同影响。中共当时做好两手准备，一是“和平解放”，一是武力攻打。中共高层更希望前者，那意味着“西藏自愿回归祖国大家庭”，既有利于对外的形象，又符合共产党的意识形态，也能减轻战争负担，所以它极力向“和平解放”的方向引导。现在，事过境迁，有人却开始对当时的和平结局感到后悔。那时身为中共进藏十八军高级指挥官的李觉将军，四十年后就这样重新设想历史：
如果噶厦不死守金沙江，而是采用游击战来截断我供应线，分割、分散我兵力，拉长我战线，在运动战中集中优势兵力将我各个击破，有可能彻底拖垮入藏部队。如此一来，我们只能……采用步步为营、稳扎稳打的蚕食战术，每前进一步，公路交通跟进一步，后勤保障跟进一步，巩固一步。多路进军相配合，最后迫使它的全部力量集结于拉萨，将它一举歼灭。彻底摧毁这个统治集团之后，我们再返回来对平民、对下层僧俗官员讲民族、宗教政策，建立以藏族翻身农奴和共产党领导骨干相结合的政权。这样，虽然时间长一些，或许一年两年，或许三年五年才能真正解放全西藏受压迫的农奴，但是所成立的政权就相当稳固，也许就不存在1959年的叛乱，就不存在1987年以后的骚乱。
如果没打昌都战役，当年的西藏势态也许会向李觉将军期望的方向发展。然而昌都惨败使噶厦完全失去了继续抵抗的信心。同时，急于促成“和平解放”的中共又把话说得非常动听：
人民解放军入藏之后，保护西藏全体僧侣、人民的生命财产，保障西藏全体人民之宗教信仰自由，保护一切喇嘛寺庙，帮助西藏人民开展教育和农牧工商业，改善人民生活。对于西藏现行政治制度及军事制度，不予变更。西藏现有军队成为中华人民共和国国防武装之一部分。各级僧侣、官员、头人等照常供职。一切有关西藏各项改革之事宜，完全根据西藏人民意志由西藏人民及西藏领导人员采取协商方式解决。过去亲帝国主义与国民党之官吏，如经事实证明，与帝国主义及国民党脱离关系，不进行破坏和反抗者，仍可一律继续任职，不究既往，人民解放军纪律严明，忠诚执行中央人民政府上述各项政策。尊重西藏人民宗教信仰风俗习惯。说话和气，买卖公平，不妄取民间一针一线，借用家俱均经物主同意，如有损毁，决按市价赔偿。雇用人、畜差役，均付相当代价。不拉夫，不捉牲畜。
比起1904年时面对荣赫鹏使团的状况，西藏统治者总算聪明了一些，虽然照例有多次变卦反复，最终还是同意与中共进行谈判。当时阿沛·阿旺晋美作为昌都战役的战俘，已经在共产党控制的昌都住了将近半年，被噶厦任命为与中共当局谈判的首席代表，从昌都直接去北京进行谈判。这个任命似乎有点奇怪，阿沛人在昌都期间，每天受共产党的影响。去北京一路走了近一个月，各处皆予最高规格接待。当时在中共西南局任书记的邓小平亲自到重庆机场迎接；到北京时，周恩来和朱德到火车站迎接。共产党那时的“统战”很能笼络人心，比起国民党统治的腐朽，共产党也确实给当时的中国社会带来一番新气象，使人受到吸引和鼓舞。让阿沛去谈判，在感情上难免自觉不自觉地受中共影响。后来达赖喇嘛称谈判最终达成的《十七条协议》（全称为《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》）是在逼迫下签署的：
协议是作为最后通牒方式提出的，不让我们的代表提出任何修改意见或建议。对他们进行了侮辱、谩骂，并威胁要对他们使用暴力，对西藏人民采取进一步的军事行动。也不让他们向我和我的政府进一步请示。
这看起来不是中共的做事方式，中共也也没有必要那样。谈判从1949年4月29日开始，到5月23日正式签署协议，简单粗暴的最后通牒用不了25天的时间，肯定经过了多次反复和讨价还价。无疑，谈判肯定是由中共方面主导的，这丝毫不奇怪，胜者在谈判中占有优势，对谁都是这样。为了一目了然，这里把《十七条协议》中的每一条用一句话概括如下：
一、西藏属于中国；二、西藏同意解放军进藏；三、西藏自治；四、西藏现行制度、达赖和各级官员的地位不变；五、六、恢复班禅地位；七、维护西藏宗教；八、藏军改编为解放军；九、发展西藏教育；十、改善西藏人民生活；十一、中国不强迫西藏改革；十二、对西藏官员不究既往；十三、进藏解放军遵守军纪；十四、中国掌管西藏外交；十五、中国在西藏设立军政委员会和军区司令部；十六、中国担负其在西藏所需的经费；十七、协议于签字盖章后立即生效。
中共代表在谈判过程中，坚持由于过去受到帝国主义控制，所以西藏才对祖国有了“非爱国主义的态度”。西藏代表最初否认西藏存在任何帝国主义势力的活动，但是中共代表提醒说那是因为西藏人还没有识破他们。最后西藏代表不得不说“如果他们在那里，那你们就把他们赶走。”对条款的具体内容，虽然西藏代表不喜欢中国在西藏驻军和由中国掌管西藏外交的条款，但是他们理智地认识到没有别的选择，对此必须同意。他们曾拒绝在谈判中加进有关班禅的条款，那是历史遗留的问题，与这个谈判没有必然联系，但是中共方面认定西藏解放与班禅回归是不可分割的，必须一揽子解决。中共方面把班禅作为牵制达赖的一张牌，从一开始就处心积虑地予以安排。这与历史上清朝政府和民国政府采取的政策一脉相承。双方冲突最大的是有关中国在西藏设立军政委员会的条款。梅·戈德斯坦在他书里这样描写：
当西藏代表问军政委员会的目的是什么时，中共代表答复说，这要视在履行《协议》时西藏的需要而定。西藏代表不赞成中共代表所作的解释，他们说这与《协议》中所规定的中央人民政府不会改变现存的制度的内容相矛盾。这种分析激怒了中共代表，他们气愤地回答说：“你们是在说你们打算同中央人民政府作对吧？如果是这样的话，那你们就回去好了，没有必要再呆在这里。我们将派人民解放军进藏。”于是西藏代表力图让中共代表平静下来，便建议休会。在这段时间，西藏代表进行了内部交谈并决定必须老老实实地接受。尽管在《协议》的其他各点都曾产生过份歧，但是这是唯一的一次中共代表表示，如果西藏代表不同意这一点，将派军队进藏进行武力威慑。在中共代表看来，这一点至关重要，因为这就允许他们建立自己永久性行政管理机构。
既然中共去西藏是为了确立中国对西藏的主权，而主权是由政权直接体现的，它就不可能不打算建立自己的政权体系。中共不愿意明确解释的军政委员会，实际上的目的是一旦形势需要，它就随时可以把西藏政府置于一旁，自行接管西藏政权。协议的最后一条也很重要，因为它意味着不需要西藏噶厦政府和达赖喇嘛批准，这项协议就已经可以开始实行。尽管在谈判开始时阿沛表示他不具有签署一项协议的权力，后来他又矛盾地同意在协议上写上他是“全权代表” 。而且不知什么理由，西藏谈判代表没有要求先把谈判结果通报西藏政府，待获得批准后再对外公布。结果，达赖喇嘛本人以及西藏地方政府是通过北京的广播得知协议内容的，他们立即致电西藏代表表示反对，阿沛等也因为签署了这样一个协议而被许多藏人视为是对西藏的叛卖。中共充分利用了协议最后一条赋予的合法性，在达赖和噶厦政府对协议表示正式同意以前就开始向西藏进军。1951年5月23日《十七条协议》签字；7月1日，中共进藏大部队就从四川甘孜向西进发；7月25日，十八军进藏先遣支队从昌都出发；8月28日，进藏主力部队向西藏挺进；9月9日，先遣支队达到拉萨。在此期间，噶厦政府束手无策，唯一的办法就是拖延。一直拖了5个月，直到解放军主力部队也已达到，在拉萨城外安营扎寨，才在1951年10月24日以达赖喇嘛的名义向北京发出了正式批准协议的电报。电报文字用的是典型的中共式语言，与其说是承认协议，不如将其看作是对兵临城下无可奈何的回应：
中央人民政府毛主席：今年西藏地方政府、特派全权代表噶伦阿沛等五人，于1951年4月底抵达北京，与中央人民政府指定的全权代表进行和谈。双方代表在友好的基础上，已于1951年5月23日签定了关于和平解放西藏办法的协议。西藏地方政府及藏族僧俗人民一致拥护，并在毛主席及中央人民政府领导下，积极协助人民解放军进藏部队，巩固国防，驱逐帝国主义势力出西藏，保护祖国领土主权的统一，谨电奉闻。西藏地方政府达赖喇嘛公历1951年10月24日藏历铁兔年 8月24日
毛泽东在两天之后（1951年10月26日）给达赖复电表示祝贺。同日中共军队即开进拉萨，并举行了耀武扬威的入城式。不久西北方向进藏的中共军队也到达拉萨，并与在其之前到达的中共十八军比赛威风。全体官兵被命令用羊血代替鞋油擦亮棕色马靴。部队长范明乘坐的吉普车是用牦牛驮进西藏的零部件，进城前才装配起来。女兵一律骑马或骆驼。士兵队列行进皆齐步跺脚，高喊行进口号，数里之外都能听到 。同时，中共军队陆续开赴日喀则、江孜、亚东等一系列西藏重镇，自此西藏全面落入中国的军事控制。达赖喇嘛是在1959年流亡印度之后才公开宣称《十七条协议》非法，理由是那是一个在武力威胁下被迫签定的协议，是不平等的。然而合法与非法与否，不能以批准协议时心里愿意还是不愿意衡量。藏人后来提出的那些对谈判的指控即使都是真的，在达赖喇嘛正式批准协议时也都已存在。如果当时放弃了对那些指控的追究，后来也就难以把它们重新当作理由。何况人类历史上多少条约都是在强权下签订的。在国际关系史上，作为战争产物的和约，如经典的《威斯特伐利亚条约》（1684年）、《维也纳条约》（1815年）、《凡尔赛和约》（1919年）等，战败一方都可以说那是在武力威胁下签署的，也都可以被它们认为是不平等的。
退而言之，如果武力威胁下面签署的条约非法，那么在同样的标准下，不但《十七条协议》是非法的，而且一八五六年《西藏与尼泊尔条约》以及一九○四年的《英藏条约》也都是非法的。但是西藏一贯独立论者在描述西藏的历史和法律地位时往往使用双重标准：一方面他们毫不犹豫地指责武力威胁下的《十七条协议》为非法，另一方面却认可同样在武力威胁下的《西藏和尼泊尔条约》和《英藏条约》的合法性，并且堂堂正正地用这两个条约作为西藏有权签署国际条约，从而具有独立的国际人格的重要证据。如果摈弃双重标准，那么结论应该是也只能是：上述三个条约要么都非法要么都合法。但是这对他们也是个两难选择，因为如果它们都非法，那么西藏在历史上就缺少或减少了其独立的重要证据；如果都合法，那么《十七条协议》毫无疑问地意味著这种独立的终结。
冷静和理性地看，《十七条协议》应该是当时西藏所能争取的最好结果。阿沛·阿旺晋美以现实的态度较好地完成了谈判。收到噶厦表示反对的电报时，阿沛向噶厦表示，如果不同意他谈下来的协议，就请派另外一个代表团来接替他。西藏上层内部当时形成了两种意见，一种是反对与中国妥协，主张达赖喇嘛流�