儿子福临继承皇位，以此来平衡协调多尔衮与豪格双方的争夺，从而制止一场自相残杀的悲剧。当时她施展巧妙的政治手腕，笼络各方力量，特别是将多尔衮叫进宫来，施加压力，立其子福临。在崇政殿诸王商讨立嗣会议上，有人提出要立豪格，可是他对形势估计不足，却虚假的表示谦让，“固辞退去”，而立于殿外的两黄旗大臣举行武荐，要求“立帝之子”。大贝勒代善表示赞成，除了豪格以外，显然包括福临。多尔衮见此情景，虽然有人“劝睿亲王即帝位’，但是他看到面对的形势不利，而庄妃会前要求立福临，正是摆脱眼前困境的唯一办法，于是对自己“即帝位”，“犹豫未允’，采纳了庄妃的意见，表示同意“立帝之子”，既然豪格“固辞退去”，便提出要立年方六岁的福临为帝，所谓“八高山（即固山）军兵，吾与右真王（即济尔哈朗）分掌其半，左右辅政，年长之后，当即归政”。
这个折衷方案，即尊重“立帝之子”的要求，又便于日后对幼帝的控制，因此为双方贝勒大臣所接受。庄妃在这场继统斗争中取得了胜利，不仅阻止了满族贵族的内讧，而且使其子福临继承了皇位，成为清朝人关后的第一个皇帝，自己则被尊为皇太后。
因顺治元年（1644年）清人关后，摄政王多尔衰的权势不断扩大，企图做皇帝的欲望也日益增加，为此他植党营私、打击异己、独专朝政，竟为自己建碑纪绩，命史官按帝王礼制记摄政王起居注，停止御前跪拜礼、私制御用服饰等等，根本不把顺治帝放在眼里，以皇帝自居，因此“大权在握，关内关外咸知有睿王一人”。皇太后见多尔衮所作所为，深知他随时都可能发动政变，夺取福临皇位，这必导致满族贵族内部混乱和斗争，不利于清初的统一，也不利于她们母子的命运，于是她为了对付这种危急的形势，粉粹多尔衮夺位阴谋，保住儿子福临的皇位，采取以下策略：一是韬晦之计。皇太后表面上对多尔衮准备夺位称帝的种种行径，皆无动于衷，置之不理。而幼帝福临在母后的授意下，“遨嬉胶桧，渔猎鄙事，无不为之”，因此多尔衮“安意无猜，得以善全”。这就起到了麻痹和延缓多尔衮政变的作用。
二是密切感情。关于太后下嫁之说，众说纷纭，不过蒙古族和满族有兄死则妻其嫂的传统习俗，后来虽经禁止，但影响仍存在。明遗臣张煌言在《建夷宫词》一诗中云：“上寿筋为合晋尊，慈宁宫里烂盈门，春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚”。似指太后下嫁，正史无记载，王佩环先生在《清宫后妃》一书中有叙述，也认为有此事。与多尔衮加强感情联系，以确保福临的地位和政局的稳定却是事实。（“下嫁”之谜详情见下）
三是宣称皇父。顺治五年（1648年）十一月，顺治帝“加皇叔父摄政王为皇父摄政王，凡进呈本章旨意，俱书皇父摄政王”，同时宣示中外，在给朝鲜国“咨文中有皇父摄政王之语”。从形式上密切多尔衮与福临的关系，在表面上提高多尔衮的政治地位，以达到稳定、约束、限制多尔衮的作用。
以上策略收到了好的效果，多尔衮的皇帝梦始终未能实现，当他犯病时，曾无可奈何感叹地说：“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症”。
顺治七年（1650年）十一月十三日，时值寒冬，多尔衮心情不好，不顾身体有病，带领王公大臣往边外围猎，不慎从马上摔下受伤，经过简单治疗，又上马继续追猎，此时“度不自支”，顿回到喀喇城。他见病情日益加重感到不久于人世，但对夺位称帝未成，在弥留之际，秘召其兄“英王（阿济格）语后事，外莫得闻”。但是从阿济事后种种诡秘行动分析，是对摄政王权力的交接有所安排，因此他积极“计图摄政”。十二月九日，多尔衮病死，阿济格“即遣三百骑入京”企图逼宫夺权，制造动乱。但被随猎的大学士刚林发现，“知其意，立策马行日夜驰七百里，先人京”，将此情急报皇太后和顺治帝。皇太后得知多尔衮已死，阿济格派兵人京逼宫，她沉着应战，“闭九门，遍告宗王、固山等为备，俄三百骑至，皆铠甲，尽收诛之，英王未知也。’，然后“派兵役监英王至京”，逮捕问罪，就这样粉碎了阿济格的逼宫夺权的政变阴谋。
当摄政王多尔衮死讯传到京城，满朝震惊，各有所思，人心浮动，谣言四起。皇太后为了稳住政局，特别要防止多尔衮的死党反上作乱，授意顺治帝下诏“臣民易服举丧”，亲率诸王、贝勒、文武百官出东直门迎接灵枢，以“帝礼”厚葬，追尊“义皇帝，庙号成宗”。至此，多尔衮获得了最高的荣誉和地位，生前未能称君，死后却被尊为帝，这当然是个绝顶高明的策略，使多尔衮的死党放心，不会因为他专权欺君，而罪及己身，所以没有闹事。
顺治八年（1651年）二月，议政大臣苏克萨哈上疏告发多尔衮生前“阴谋篡逆’心等罪行。于是皇太后认为时机已到，彻底清算多尔衮的罪行，借此清除敌对势力。因此，顺治帝诏示中外，公布多尔衰的罪状，指出多尔衮“逆谋果真，神人共愤，谨告天地、太庙、社樱，将其母子并妻所得封典，悉行追夺”。并把多尔衮扶植的心腹党羽一网打尽，有的处死，有的监禁，有的贬革，从而进一步巩固了福临的帝位。
多尔衮死后，解除了夺位的威胁，皇太后精心辅助其子福临主政。首先要求顺治帝努力学习汉族文化，精通治国安邦之术，同时下令把许多汉籍译成满文，供满族贵族阅读，从中吸取汉族统治经验；其次为了加速清初统一全国的进程，积极团结汉族的文官武将，使他们成为清王朝效力工具。顺治十年（1653年），她把在桂林战死的平南王孔有德的女儿孔四贞，“育之宫中，赐白金万两，岁棒视郡主”。同年，又把皇太极的第十四女和硕格纯长公主嫁给平西王吴三桂之子吴应熊为妻。再者，明末清初长期战争，社会生产遭到严重破坏，所以她提倡节俭，曾多次把宫中节省银两赈济受灾民众，等等。这些都表现出她的深远谋略和政治才能，确实难能可贵。
顺治十六年（1659年），南明永历朝延平王郑成功率领十多万大军北伐，势如破竹，由舟山进人长江，攻占镇江，包围南京，占领江苏、安徽四府三州二十四县，江西、浙江等省州县也有举旗响应的，一时震动了清廷。顺治帝对江南地区突然骤变的形势惊惶失措，束手无策，一会儿要逃往关外，一会儿又要率军亲征，皆遭到母后的反对和斥责，据史书记载：“当这个噩耗传至北京，皇帝完全失去了他镇静的态度，而常常有逃回满洲之思想，可是皇太后向他加以叱责。她说：他怎样可以把他的祖先们以他们的勇敢所得来的江山，竟这么卑怯地放弃了呢？他一听皇太后底这话，这时反而竟发起了狂暴的急怒。他拔出他的宝剑，并且宣言为他决不变更的意志，要亲自去出征，或胜或死。为坚固他的言词，他竟然用剑把一座皇帝御座劈成碎块。他要是用同样的办法对待一切对于这御驾亲征的计划说出一个不字来人，皇太后就枉然地尝试着用言词来平复皇帝的暴躁。不过，顺治帝最终放弃亲征，遵照母后旨意，派兵南下，传旨驻守南京的江南总督郎廷佐坚守南京，最后清军取得南京之战的胜利，收复江南失地，时逼金、厦。所以顺治帝曾这样说：“联自弱龄，即遇皇考太宗皇帝上宾，教训抚养，惟圣母皇太后慈育是依”。皇太后的精心辅佐，在很大程度上帮助其子顺治帝在清初复杂激烈的斗争中取得了重大胜利。
“下嫁”之谜与“立后”
第一部分 “下嫁”之谜与“立后”（1） 作者 ： 章恺 这样一对相依为命的母子，按理说应当母慈子孝、关系融洽。但事实似乎并非如此。关于顺治皇帝和母后的关系，《清史稿·后妃传》仅有四句话的记载：第一句是“世祖即位，尊为皇太后”，这是例行公事；第二句是“赠太后父寨桑和硕忠亲王，母贤妃”，这也只是例行公事而已；第三句记载：“太后万寿，上制诗三十首以献”，这仍是例行公事；第四句记载：“上承太后训，撰《内则衍义》，并为序以进。”仅仅以上四句话、总共60个字而已。而同一篇传记，记载康熙同他祖母关系的则有715个字。从中透露出顺治同他母亲的关系并不太协调。
“下嫁”之谜与“立后”
第一部分 “下嫁”之谜与“立后”（2） 作者 ： 章恺 立后之争顺治小时候贪玩，母后管教过严，这是家庭中的常理。这一点不构成母子不和的原因。我认为导致顺治同母后的关系并不太协调最关键因素是“情”：“立后”和“下嫁”。皇太后和顺治帝母子间在“立后”的问题上存在着矛盾和分歧，前者出于国家大统，后者重于个人感情。自太祖、太宗开国创业以来，把与蒙古“姻盟”视为团结蒙古各部，增强国力的重要政治措施，收到了很好效果，来自蒙古科尔沁的皇太后深有体会，因此她为顺治帝两次“立后”皆出于此种政治目的。第一次立蒙古科尔沁部卓礼克图亲王克善之女为后，顺治的皇后是母后和叔父多尔衮给指定的。小皇后出身蒙古科尔沁贵族，从小娇生惯养，顺治不喜欢。虽然勉强成了亲，但婚后经常发生口角。不久顺治帝认为志意不协，传旨废后，虽然皇太后不同意，但是看到儿子执意要废，也就不强求了，于是将皇后废为静妃，改住在侧宫。就这样，顺治不顾母后和大臣的反对，强行废掉了皇后。直到顺治病危的时候，被废的小皇后想要见他一面都给任何机会。第二次立蒙古科尔沁部贝勒绰尔济之女为后，顺治帝仍不满意，又要废后，却遭到母后的反对，未能废成。后来再立一个皇后，顺治还是不喜欢。
再者，顺治喜欢董鄂妃，爱得死去活来。后来皇太后得知，顺治帝已有意中人，是内大臣鄂硕之女董鄂氏，她很理解儿子的个人感情，便把董鄂氏召人宫内立为贤妃。但顺治帝要立董鄂氏为后，所以再次提出废后，这次不仅母后反对，而且知书达理的董鄂妃也不同意，于是顺治只好作罢。董鄂氏隶属满洲正白旗，父亲鄂硕任内大臣，母亲却是江南的一位才女。她兼有满汉女子的优点，既有满洲性格的豪放、开朗、洒脱，又有汉家才女的蕴藉、温柔、多情善感，外柔内刚，含而不露，有心胸有见识，同时有人称她可谓是姿容绝代。
顺治年幼即位，大权最初由叔叔多尔衮掌管，自小形成暴躁、猜忌的性格。再加上开始娶了一个刻薄的妻子，事事过得不顺心。清初有命妇轮番入侍后妃的制度，这便给顺治帝与董鄂妃相识热恋提供了机会。董鄂妃经常到后宫来拜见皇太后。她天生丽质，又很朴素，看起来宛若仙子，引起了顺治的注意。董鄂氏之夫博穆博果尔经常从军出征，董鄂氏出入宫苑侍候后妃，与福临相识并坠入情网。孝庄皇太后察觉后立即采取措施，宣布停止命妇入侍的旧例，以“严上下之体，杜绝嫌疑”。但这一切并不能阻止福临对董鄂氏的迷恋。为了获得更多接近董鄂氏的机会，顺治十二年二月，福临封博穆博果尔为和硕襄亲王，以示优宠。后来博穆博果尔得悉其中内情，愤怒地训斥董鄂氏。这事被福临知道，他打了弟弟一耳光，博穆博果尔因此羞愤自杀。未及守孝一年，董鄂妃便被顺治皇帝接进宫里封为王妃。一个月后，晋为贵妃，地位仅次于皇后。
顺治对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，准备二次废后。顺治的皇后是科尔沁蒙古博尔济吉特氏亲王的女儿，科尔沁蒙古自满清入关以前就始终支持皇太极平定满洲，夺取天下的战争，是蒙古四十九旗中最强大而举足轻重的一支。假如顺治再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，动摇大清帝国的立国之基。所有这些，顺治不是不知道，可是当一个人感情狂热的时候，理智难免就要丧失。董鄂氏没有显赫的家庭背景，她的母亲还是一个汉族女子。顺治册封董鄂氏为皇贵妃已经引起很多人因祖宗有“满汉不通婚”的制度而不满。孝庄太后毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令除去太庙匾额上的蒙古文字。同时，那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒也不去问候一声。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年。
入宫不久，董鄂妃生皇四子荣亲王，不久爱子病逝，董鄂妃十分伤心悲痛，身体每况愈下。顺治十七年（1660年）八月，董鄂妃病逝，顺治帝似乎失去了一切，“寻死觅活”，不能自拔，年轻的顺治帝，本来就尚佛事，喜好参禅，取法名“行痴”，面对繁忙的国事，却经常与僧人交往。把国家社稷置于脑后，董鄂妃死后更企图净发为僧，步人空门。皇太后对此十会失望，坚决反对，出面阻止。因为顺治对董鄂氏去世非常哀伤，为此五天没有上朝。不久，顺治下旨礼部，称“奉圣母皇太后懿旨，皇贵妃佐理宫中事务多年，以其贤淑之德行教化宫闱，成绩斐然。如今突然去世，我内心深为痛悼。现追封皇贵妃为皇后，以示褒奖推崇。朕仰承太后懿旨，特此追封，并加以下谥号：孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后。”顺治为她亲撰行状，说她对皇太后“奉养甚至，左右趋走，皇太后安之”；“事朕，候兴居，视饮食服御，曲体，无不悉”；“至节俭，不用金玉，诵四书及易，已卒业；习书未久，即精”，等等。并命学士王熙、胡北龙编纂《董鄂皇后语录》，大学士金之俊撰《董鄂皇后传》。当时听说的人都感到惊讶和不解：仅仅是一个贵妃，死后三天就被追封为皇后，皇帝何必如此滥加谥号？
贵妃辞世，留给少年天子无尽的哀思。4个多月之后，福临就溘然离世，追随爱